摘要
对血液样本进行有效RNA保存,高性价比进行RNA提取以及获取高质量LncRNA文库,为后续文库质检及顺利上机测序提供高质量样本。方法:PAXgene Blood RNA Kit作为对照组,与罗氏High Pure Viral RNA Kit等3种试剂盒对比研究,比较得到的RNA浓度,筛选结果最优试剂盒;应用两种不同方法对RNA进行转录组文库的构建,比较得到转录组文库浓度,得出效果最优的制备方法。结果:当对罗氏试剂盒步骤中ploy A用量达到8 μL,其获取的RNA浓度比PAXgene血液RNA管特定的PAXgene Blood RNA Kit获取的高2.84 ng/μL。使用Total RNA-seq (H/M/R) Library Prep Kit构建LncRNA文库,合成二链后用DNA磁珠进行二次纯化,获取效果最优。结论:使用PAXGENE血液RNA管采集样本,罗氏试剂盒提取样本RNA,采用NR603-去核糖体RNA方法构建LncRNA文库三者结合,可达到最佳组合,为构建LncRNA文库提供更好的技术选择。
基金
广西重点研发计划(基于高通量测序探索冠状病毒等呼吸道病毒宿主溯源的研究(桂科AB20059002))和广西医科大学杰青培养项目基金(GuangxiScientificandTechnologicalResearch(GuikeAB20059002))通信作者:胡艳玲,高级研究员,主要研究方向为生物信息学和病原微生物学。
