摘要
基于实验合成的五配位磷氨基酸晶体的平方锥和三角锥的结构,以及氨基酸侧链参与形成五配位磷化学结构实验的基础上,设计了软件来搜索国际蛋白数据库中可能形成五配位磷结构的含磷蛋白.利用自主编写的软件研究发现,国际蛋白质数据库(PDB库)收录的398个含磷的蛋白激酶中,有382个蛋白激酶(96%)在活化过程中可能经历了五配位磷化学过渡态或中间体.例如1H8E蛋白的Lys16的NZ原子与GNP2的P原子形成了可能的五配位化学结构,将该结构与实验得到的氨基酸小分子晶体的实际五配位磷结构进行叠加,结构符合很好,相关结构的偏差RMSD值为0.71?文中的软件下载地址为ftp//166.111.28.228,软件版权登记号2002SR2943.
出处
《中国科学（B辑）》
CSCD
北大核心
2004年第3期252-258,共7页
Science in China(Series B)
基金
国家自然科学基金(批准号:20132020)
科技部
教育部和清华大学资助项目
