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不同人群的SNPs基因型数据中r^2值对TagSNP数量的影响 被引量：2

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摘要 目的探索不同人群的单核苷酸多态性(SNPs)数据中,连锁不平衡相关程度(用r2值来表示)对标签SNP(TagSNP)数量的影响。方法依据HapMap2009年Ⅲ期所发布的三个人群的22号染色体的SNPs基因型数据,运用Haploview4.2软件筛选tagSNP,对比北京汉族人群、东京日本人群与来自欧洲北部和西部的犹他州人群的r2值与tagSNP数量的关系。结果三个人群均表现出随着所设定的r2值的增大tagSNP数量呈现出逐渐增多的趋势,但r2值相同时三个人群的tagSNP数量却存在着一定的差异,相对说来北京汉族人群和东京日本人群的结果较为接近。结论运用Haplo-view软件筛选tagSNP的方法有效,但要依据目标人群、研究经费等方面的具体情况设置合理的r2值。
作者 张镏琢 秦平 李昂 郑娟娟 孙远洁 袁重胜 刘艳
机构地区 哈尔滨医科大学卫生统计学教研室 哈尔滨医科大学研究生学院
出处 《中国卫生统计》 CSCD 北大核心 2012年第3期367-368,371,共3页 Chinese Journal of Health Statistics
基金 国家自然科学基金(30972537 81172741) 哈尔滨市科技攻关项目(2008RFQXS086)
关键词 单核苷酸多态性 连锁不平衡 标签SNP r2值
分类号 Q987 [生物学—遗传学]
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参考文献9

  • 1Akey J, Jin L, Xiong M. Haplotypes vs single marker linkage disequilibri- um tests:what do we gain? Eur J Hum Genet,2001,9(4) :291-300.
  • 2邹莉玲,赵耐青,秦国友,钱吉,邵敏华.应用关联规则筛选疾病相关的SNP位点及其组合的分析方法[J].中国卫生统计,2009,26(3):226-228. 被引量：12
  • 3Johnson GC, Esposito L, Barratt B J, et al. Haplotype tagging for the iden- tification of common disease genes. Nat Genet, 2001,29 (2) :233-237.
  • 4Patil N, Berno AJ, Hinds DA, et al. Blocks of limited haplotype diversity revealed by high-resolution scanning of human chromosome 21. Science, 2001,294 (5547) : 1669-1670.
  • 5Gopalakrishnan S, Qin ZS. TagSNP selection based on pairwise LD crite- ria and power analysis in association studies. Pac Symp Biocomput, 2006,511-522.
  • 6Xu Z, Kaplan NL, Taylor JA. Tag SNP selection for candidate gene asso- ciation studies using HapMap and gene resequencing data. Eur J Hum Genet,2007,15 (10) : 1063-1070.
  • 7Bakker PI, Yelensky R, Pe'er I, et al. Efficiency and power in genetic as- sociation studies. Nat Genet,2005,37 ( 11 ) : 1217-1223.
  • 8Sved JA. Correlation measures for linkage disequilibrium within and be- tween populations. Genet Res (Camb) ,2009,91 ( 3 ) : 183-192.
  • 9Tenesa A, Navarro P, Hayes B J, et al. Recent human effective population size estimated from linkage disequilibrium. Genome Res, 2007,17 ( 4 ) : 520-526.

二级参考文献8

  • 1屠康,喻辉,郭政,李霞.GO功能类与基因差异表达的关联规则挖掘算法[J].生物化学与生物物理进展,2004,31(8):705-711. 被引量：3
  • 2彭斌,杨忠,李辉智,易东.应用关联规则挖掘构建人小脑发育的基因表达关联网络[J].中国卫生统计,2007,24(2):117-119. 被引量：2
  • 3Zhang H, Cai B. The impact of tobacco on lung health in China. Respirology,2003,8 : 17-21.
  • 4Hu ZB, Shao MH, Yuan J, et al. Polymorphisms in DNA damage binding protein 2 (DDB2) and susceptibility of primary lung cancer in the Chinese: a case-control study. Carcinogenesis ,2006,27 (7) : 1475-1480.
  • 5Friedberg EC. How nucleotide excision repair protects against cancer. Nat Rev, Cancer,2001,1:22-33.
  • 6Moore JH, Ritchie MD. The challenges of whole-genome approaches to common diseases. JAMA,2004,291 : 1642-1643.
  • 7Agrawal R, Mannila H, Srikant R, et al. , Fast discovery of association rules. Advances in Knowledge Discovery and Data Mining. AAAI Press, Menlo Park,CA, 1996:307-328.
  • 8Nicolas P, Rafik TI, Yves B, et al. Generating a Condensed Representation for Association Rules. Journal of Intelligent Information Systems, 2005,24( 1 ) :29-60.

共引文献11

同被引文献32

  • 1李彪,陈润生.复杂疾病关联分析进展[J].中国医学科学院学报,2006,28(2):271-277. 被引量：9
  • 2张学军.复杂疾病的遗传学研究策略[J].安徽医科大学学报,2007,42(3):237-240. 被引量：31
  • 3Nakase T, Mizuno T, Harada S,et al. Angiotensinogen genepolymorphismas a risk factor for lischemic stroke [J]. J ClinNeurosci, 2007,14(10): 943-947.
  • 4Munshi A, Sharma V, Kaul S,et al. Association of the-344C/T aldosterone synthase (CYP11B2) gene variant withhypertensionand stroke [J]. J Neurol Sci, 2010,296 (1-2):34-38.
  • 5Saidi S, Mahjoub T, Almawi WY. Aldosterone synthase gene(CYP11B2) promoter polymorphism as a risk factor forischaemicstroke in Tunisian Arabs [J]. J Renin AngiotensinAldosterone Syst, 2010,11 (3): 180-186.
  • 6Jia EZ, Xu ZX, Guo CY, et al. Renin-angiotensin-aldosteronesystem gene polymorphisms and coronary artery disease:detection of gene-gene and gene-environment interactions [J].Cell Physiol Biochem, 2012,29 ?3-4): 443-452.
  • 7Turgut SAkin F, Akcilar R. Angiotensin converting enzymeI/D, angiotensinogen M235T and AT1-R A/Cl 166 genepolymorphisms in patients with acromegly[J]. Mol Biol Rep,2011,38(1): 569-576.
  • 8Chang SN,Lin JW, Juang JM, et al. Association betweengenetic polymorphisms in the renin-angiotensin system andsystolic heart failure revised by a propensity score-basedanalysis [J]. Cardiology, 2010, 116(4): 279-285.
  • 9Saidi S, Mallat SG, Almawi WY, et al. Association betweenrenin-angiotensin-aldosterone system genotypes and haplotypesand risk of ischemi stroke of atherosclerotic etiology [J]. ActaNeurologica Scandinavica, 2009, 119(6): 356-363.
  • 10梁茵.分类回归树算法的探讨[J].广东技术师范学院学报,2008,29(6):29-32. 被引量：6

引证文献2

中国卫生统计
2012年 第3期

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