摘要
目的 探讨超声波细胞粉碎机在高通量测序中应用的最佳DNA片段化条件。方法 DNA样品在冰浴条件下采用不同的超声功率、单次间隙时间和超声时间、工作时间（单一样品超声破碎时间）、仪器连续工作时间,通过琼脂糖凝胶电泳和2100生物分析仪分别检测基因组DNA片段化和羟甲基化免疫共沉淀效果。结果 超声功率280 W、间隙时间/超声时间5s/5s、总工作时间18min,仪器连续工作时间不超过90min,超声波处理时样品始终保持冰浴环境可获得高通量测序需要的、长度主要集中在200~500bp之间的DNA片段。结论 在我们优化的实验条件下,利用超声波细胞粉碎机可以得到重复性较好的基因组DNA片段,可满足高通量测序文库构建中对DNA片段质量的要求。
Objective To investigate the optimal conditions of DNA fragmentation using a ultrasonic cell disrupter in high-throughput sequencing. Methods Under the conditions of ice bath,and of the diverse ultrasonic power,gap/ultrasonic duration,ultrasonic time,and continuous operating time of the instrument,the DNA was broken with the ultrasonic cell disrupter and then analyzed using agarose gel electrophoresis and the Agilent 2100 expert_High Sensitivity DNA Assay to determine the effects of both DNA fragmentation and hydroxyl methylation immune coprecipitation. Results Under the conditions of ice bath and ultrasonic power of 280W,gap/ultrasonic duration of 5s/5s,ultrasonic time of 18 min,and continuous operating time of the in-strument of 90min,we could harvest the genomic DNA fragment of 200 ~ 500 bp for the needs of high -throughput sequencing. Conclusion Using the ultrasonic cell disrupter under the optimized conditions,we can yield the repeatable DNA fragments which can be used to library construction for high-throughput sequencing.
出处
《右江民族医学院学报》
2016年第5期466-469,共4页
Journal of Youjiang Medical University for Nationalities
基金
国家自然科学基金(31260635)
广西自然科学基金(2015GXNSFAA139219和2016GXNSFAA380177)
右江民族医学院博士科研启动基金项目
2013年度广西高校科学技术研究项目(桂教科研[2013]7号
2013YB185)
广西自治区级大学生创新创业训练计划项目(桂教高教[2016]41号
201610599039和201610599051
右医院字[2012]23号
QJCX201321和QJCX201334)
右江民族医学院校级大学生创新创业训练计划项目(右医教字[2014]5号
XJCXB201412
XJCXB201420和XJCXB201423)
