摘要
目的胶质母细胞瘤(GBM)的胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤(Cp G)岛岸区(GCI shores)甲基化改变较Cp G岛甲基化改变频率更高,但是其与GBM的关系目前尚不清楚。方法利用肿瘤与癌症基因图谱计划(TCGA),基因表达公共数据库(GEO)中GSE36278和GSE60274系列中的GBM病例资料和芯片数据,通过Cox回归模型与生存分析,研究GCI shores甲基化状态与GBM患者预后的关系。结果TCGA病例组(n=136)中高风险组的中位OS为8.1个月[95%可信区间(CI):5.8~10.5个月],短于低风险组的中位OS为20.1个月(95%CI:17.4~22.8个月),P<0.001;GSE36278病例组(n=37)中高风险组的中位OS为12个月(95%CI:11.5~12.5个月),短于低风险组的中位OS 15个月(95%CI:12.4~17.6个月),P=0.023;验证组GSE60274病例组(n=62)中高风险组的中位OS为10.5个月(95%CI:7.8~13.1个月),短于低风险组的中位OS 16.0个月(95%CI:14.3~17.7个月),P=0.003;多因素Cox回归分析表明7-GCI shores甲基化状态评分是独立于O6-甲基鸟嘌呤-DNA甲基转移酶(MGMT)启动子甲基化状态和年龄的预后因素。结论本研究首次建立并验证了可以预测GBM患者临床预后的基于7-GCI shores区域甲基化状态的风险评分方程。
Objective The changes of methylation status within cytosine-phosphate-guanine （CpG） island shores （GCI shores） occurred more frequently than CpG islands （CGI） in gliblastoma multiforme （GBM）. However, the relatiouship between methylation pattens of GCI shores and GBM was not clear. Methods Genome-wide gene methylation data and corresponding patient＇s clinical data were downloaded from The Cancer Genome Atlas （TCGA）, Gene Expression Omnibus （GEO） with accession number of GSE36278 and GSFf3027g. The prognestic value of 7-GCI methylation signature in GBM patients was investigated by Kaplan-Meier method and multivariate Cox regression analysis. Results In TCGA dataset （n =136）, patients in high risk group had shorter overall survival （OS） than patients in low risk group tmedian OS： 8.1 [95% confidence interval （CI）： 5.8-10.5] vs 20.1 （95% CI： 17.4- 22.8） months, P 〈0.13011; in GSE36278 dataset （n =37）, patients in high risk group had shorter overall survival （OS） than patients in low risk group [median OS： 12 （95% CI： 11.5 -12.5） vs 15 （95% CI： 12.4 -17.6） months, P=0.023] ; in validation dataset GSF60274 （n =62）, patients in high risk group had shorter overall survival （OS） than patients in low risk group [ median OS： 10. 5 （95% CI： 7. 8 - 13.1） vs 16 （95% CI： 14. 3 - 17.7） months, P = 0. 0（B ]. Multivariate Cox regression analysis showed 7-GCI signature to be a prognosticator independent of age and O （6）-methylguanine-DNA methyltrausferase （MGMT） promoter methylation status. Conclusion The present study identifies and validates a prognostic risk score formula based on 7 GCI shores methylation status.
出处
《中华神经外科疾病研究杂志》
CAS
2018年第1期27-31,共5页
Chinese Journal of Neurosurgical Disease Research
基金
国家自然科学基金资助项目(81471266
81671302
81672909)
