摘要
利用Illumina Miseq测序技术,对中华鳑鲏基因组文库进行测序,查找基因组微卫星(SSR)位点并分析其组成,共检测到249 167个SSR位点,1～6核苷酸重复SSR均存在,其中二核苷酸重复SSR数量最多(53. 59%),其次为单核苷酸重复SSR(34. 19%),其他数量由多到少依次为三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸和六核苷酸重复。随机选择50个SSR位点利用8份中华鳑鲏DNA样品进行验证,有41个位点能检测到扩增产物,其中28个位点扩增产物带型清晰且具多态性,利用上述多态性SSR标准检测泰州地区中华鳑鲏多态性。结果表明,有21个SSR标记扩增产物稳定,每个位点观测到等位基因3～13个,观测杂合度、期望杂合度分别为0. 306 7～0. 914 5、0. 384 5～0. 952 1,多态性信息含量为0. 317 3～0. 910 5,各位点间不存在连锁不平衡现象。说明利用Illumina Miseq测序技术开发中华鳑鲏SSR标记效率高,开发的标记适用中华鳑鲏资源评估。
出处
《江苏农业科学》
2018年第18期164-168,共5页
Jiangsu Agricultural Sciences
基金
江苏农牧科技职业学院科研项目(编号:NSF201510-1)
江苏省水产三新工程项目(编号:Y2015-25)
江苏省高校"青蓝工程"(编号:苏教师[2017]15号)
