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机器学习在新型冠状病毒感染诊疗中的应用研究进展
1
作者 郭桦 丁俊谕 +6 位作者 刘长鑫 张侃 马琳 王博 赵慧珺 宋曼雅 管希周 《解放军医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第7期863-870,共8页
新型冠状病毒感染(COVID-19)暴发以来,机器学习被广泛应用于其流行趋势的预测、高风险人群的筛查与追踪、早期诊断与监护等,显著提高了疫情期间信息的处理效率,为临床医师提供了高效的决策支持,但因用于开发模型的数据类型与规模、训练... 新型冠状病毒感染(COVID-19)暴发以来,机器学习被广泛应用于其流行趋势的预测、高风险人群的筛查与追踪、早期诊断与监护等,显著提高了疫情期间信息的处理效率,为临床医师提供了高效的决策支持,但因用于开发模型的数据类型与规模、训练方法等不同,执行诊断或预后任务的模型存在不同的局限性。本文从机器学习结合影像资料、实验室检查结果,以及整合这两部分数据所训练的模型综述机器学习在COVID-19诊断与预后中的应用,以期为机器学习的训练与应用提供更贴合实践的思路。 展开更多
关键词 新型冠状病毒感染 诊断 预后 机器学习
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耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌对喹诺酮类药物的耐药特性及机制研究
2
作者 宋曼雅 刘长鑫 +7 位作者 张侃 马林 王博 郭桦 丁俊谕 赵慧珺 周治同 管希周 《解放军医学院学报》 CAS 北大核心 2023年第8期873-878,共6页
背景 耐碳青霉烯类肺炎克雷伯(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)对喹诺酮类药物的耐药机制及对新一代喹诺酮类药物西他沙星的耐药特性目前国内未见相关研究。目的 研究CRKP对喹诺酮类药物的耐药特性及耐药机制。方法 ... 背景 耐碳青霉烯类肺炎克雷伯(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)对喹诺酮类药物的耐药机制及对新一代喹诺酮类药物西他沙星的耐药特性目前国内未见相关研究。目的 研究CRKP对喹诺酮类药物的耐药特性及耐药机制。方法 收集解放军总医院临床分离非重复耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌29株,采用微量肉汤稀释法检测CRKP对喹诺酮类药物的敏感度及外排泵抑制剂对CRKP耐药性的影响;通过棋盘法检测西他沙星联合其他抗菌药物对CRKP的体外抗菌活性;采用Sanger测序检测喹诺酮耐药决定区(quinolone resistance determining region,QRDR)突变;全基因组测序检测质粒介导的喹诺酮耐药基因(plasmid mediated quinolone resistance,PMQR)、外排泵、多位点序列分型等分子病原学特征。结果 29株CRKP对西他沙星、莫西沙星、环丙沙星的耐药率分别为90%、93%、93%,西他沙星MIC50值是莫西沙星的4倍、环丙沙星的8倍。西他沙星对blaKPC、blaNDM、blaOXA-48阳性的CRKP的敏感度分别为4.7%、66.6%、0。联合药敏结果表明西他沙星与黏菌素、依拉环素、替加环素联合用药对CRKP的协同、部分协同及相加作用分别为70%、20%、6%。blaKPC、blaNDM、blaOXA-48阳性的CRKP的QRDR突变率分别为95%、0、100%;质粒介导的PMQR携带率为83%;RND家族外排泵在CRKP菌株中普遍携带,外排泵抑制剂使CRKP对西他沙星的敏感度由10%上升至83%,耐药率由90%降至7%。解放军总医院优势传播菌株为ST11型blaKPC-2阳性菌株。结论 CRKP对喹诺酮类药物耐药率高,西他沙星与黏菌素的协同效果最好。QRDR突变和外排泵过表达是CRKP对喹诺酮类药物主要的耐药机制,产NDM酶CRKP的QRDR未见突变并且对喹诺酮类药物敏感性较好;ST11型blaKPC-2阳性菌株是解放军总医院优势流行菌株。 展开更多
关键词 耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌 喹诺酮 耐药基因 耐药机制
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血流感染碳青霉烯耐药肺炎克雷伯杆菌的危险因素及预后分析 被引量：5
3
作者 刘长鑫 张侃 +5 位作者 王博 马琳 郭桦 丁俊谕 杨继勇 管希周 《解放军医学院学报》 CAS 2020年第8期799-804,共6页
目的探讨血流感染碳青霉烯耐药肺炎克雷伯杆菌(carbapenems-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)的危险因素及预后。方法采用回顾性病例对照研究,收集我中心2018年1月1日-2018年12月31日血液细菌培养结果为肺炎克雷伯杆菌阳性的住院... 目的探讨血流感染碳青霉烯耐药肺炎克雷伯杆菌(carbapenems-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)的危险因素及预后。方法采用回顾性病例对照研究,收集我中心2018年1月1日-2018年12月31日血液细菌培养结果为肺炎克雷伯杆菌阳性的住院患者86例,根据药敏试验分为CRKP组(24例)和碳青霉烯类敏感肺炎克雷伯杆菌(carbapenems sensitive Klebsiella pneumoniae,CSKP)组(62例)。比较两组的临床特征、感染前90 d内相关因素的暴露情况以及患者生存情况。结果急诊ICU、肝胆外科、肿瘤外科为血流感染肺炎克雷伯杆菌最多的3个科室。单因素分析显示CSKP组白细胞介素-6(interleukin 6,IL-6)、C反应蛋白(C-reactive protein,CRP)水平高于CRKP组;CSKP与CRKP在转床、入住ICU、置入引流管、深静脉置管、机械通气、留置尿管、留置胃管、手术治疗、β-内酰胺类复合剂、碳青霉烯类、硝基咪唑类指标上有统计学差异(P均<0.05);logistic回归分析显示留置尿管(OR=12.893,P<0.001)、留置引流管(OR=5.878,P=0.007)是CRKP感染的独立危险因素。CRKP组患者住院期间死亡率为41.7%,高于血流感染CSKP患者的8.1%(P=0.001)。结论留置尿管、留置引流管是血流感染CRKP的独立危险因素,血流感染CRKP有较高的死亡率,临床应加强感控措施,合理地使用抗生素及侵入性检查治疗。 展开更多
关键词 肺炎克雷伯杆菌 碳青霉烯类 耐药 危险因素 死亡率
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新型冠状病毒肺炎患者特异性IgG和IgM的动态变化分析 被引量：3
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作者 郭桦 马琳 +7 位作者 王钊 刘长鑫 张侃 丁俊谕 王博 赵慧珺 宋曼雅 管希周 《解放军医学院学报》 CAS 北大核心 2021年第12期1263-1268,共6页
背景随着对新型冠状病毒肺炎(corona virus disease 2019,COVID-19)诊断以及疾病分型的了解,血清抗体的临床价值进一步受到关注。目的分析新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)肺炎患者特异性抗体在病程中的动态变化及其在... 背景随着对新型冠状病毒肺炎(corona virus disease 2019,COVID-19)诊断以及疾病分型的了解,血清抗体的临床价值进一步受到关注。目的分析新型冠状病毒(2019 novel coronavirus,2019-nCoV)肺炎患者特异性抗体在病程中的动态变化及其在普通、重症、危重患者中的差异,进一步探究危重患者的免疫机制,为COVID-19患者的诊断、早期分型治疗提供参考。方法对武汉市火神山医院2020年2月2日-2020年4月15日收治的1921例COVID-19患者(男性952例,女性969例)进行回顾性分析,根据《新型冠状病毒肺炎诊疗方案》中的临床分型标准,将患者分为普通型(n=1280)、重型(n=591)和危重型(n=50)三组,比较其基线特征与实验室指标,观察患者住院期间抗体水平与阳性率随病程进展的动态变化。并分析2019-nCoV特异性抗体表达与各实验室指标以及核酸结果之间的关系。结果IgM阳性率在患者发病后第6周达到高峰(80.9%),之后呈下降趋势。IgG阳性率在第4周达到90.69%,第9周达到100%,且一直维持在较高水平。普通与重症组患者IgM阳性率均呈现先上升后下降的趋势,危重患者IgM出现时间延迟但抗体滴度水平最高,且IgM阳性率持续下降,IgM的中位滴度值方面重症组>普通组>危重组[53.18(27.44,105.13)>46.48(23.39,91.08)>38.54(19.66,64.23),P<0.05]。危重组IgG出现最晚,中位滴度值显著低于其他两组[102.59(66.48,172.34)vs 154.08(86.25,184.87)、153.1(87.88,184.6),P<0.05],三组IgG均呈持续上升趋势。随着病情严重程度的加重,中性粒细胞计数、白细胞计数以及降钙素原均显著升高;三组患者核酸转阴时间差异无统计学意义[36.0(27.0,45.0)d vs 36.0(27.0,44.0)d vs 41.0(29.0,48.0)d,P>0.05]。结论抗体检测可以补充核酸检测用于诊断,且抗体在普通、重症与危重患者中的差异性表达与患者的免疫状态密切相关,核酸转阴时间与病情严重程度的关系需要进一步研究。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 新冠肺炎危重患者 免疫 IGM IGG
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亚胺培南/瑞来巴坦与阿米卡星联合对耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌的体外抗菌活性
5
作者 赵慧珺 马琳 +5 位作者 刘长鑫 张侃 郭桦 丁俊谕 刘琪琦 管希周 《中华医院感染学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第12期1788-1794,共7页
目的 本研究旨在探讨新型β-内酰胺酶抑制剂亚胺培南/瑞来巴坦(IMR)单独和与阿米卡星(AMK)联合对耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的体外抗菌活性。方法 收集中国人民解放军总医院2017-2018年间,临床分离的30株非重复CRKP菌株,使用Illum... 目的 本研究旨在探讨新型β-内酰胺酶抑制剂亚胺培南/瑞来巴坦(IMR)单独和与阿米卡星(AMK)联合对耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的体外抗菌活性。方法 收集中国人民解放军总医院2017-2018年间,临床分离的30株非重复CRKP菌株,使用Illumina高通量测序仪Hiseq 2500型进行二代测序,之后将其序列进行拼接、组装并加以注释,最后通过多位点序列分型(MLST)分析,确定菌株的分子分型。采用微量肉汤稀释法测定IMR和AMK的最小抑菌浓度(MIC),棋盘法测定IMR和AMK的联合抑菌效应,并利用部分抑菌浓度指数(FICI)和Loewe加性指数评估联合抑菌效果。结果 基因测序结果显示CRKP菌株均携带碳青霉烯酶,其中携带KPC-1 21株,携带OXA-48 5株,携带NDM-1 2株,携带NDM-5和OXA-10各1株。另外,β-内酰胺酶中SHV-134(19/30,63.33%),TEM-181(17/30,56.67%)和CTX-M-65(15/30,50.00%)分布广泛。MLST将30株CRKP菌株分为9个不同的ST型,以ST11和ST383为主。30株CRKP菌株对IMR的耐药率为56.67%(17/30),对21株CRKP菌株联合AMK后测得IMR的MIC_(50)和MIC_(90)由联合之前的128μg/ml均下降至0.5μg/ml,对产金属酶(MBLs)和非产MBLs的CRKP菌株的MIC值最高均降低1/256(P<0.05);FICI评估作用显示,14株(14/21,66.67%)为协同作用,7株(7/21,33.33%)为无关作用;Loewe加性指数评估显示19株(19/21,90.48%)为协同作用,2株(2/21,9.52%)为相加作用,两种评估方法均未出现拮抗作用。结论 IMR联合AMK对CRKP菌株有较好的体外协同抗菌作用,可成为治疗IMR耐药及MBLs细菌的潜在药物组合。 展开更多
关键词 耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌 亚胺培南/瑞来巴坦 阿米卡星 协同作用 多位点序列分型
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碳青霉烯耐药肠杆菌科细菌感染的抗菌药物治疗现状及研究进展 被引量：4
6
作者 刘长鑫 张侃 +5 位作者 王博 丁俊谕 郭桦 宋曼雅 赵慧珺 管希周 《中华医院感染学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期795-800,共6页
目前国内治疗碳青霉烯耐药肠杆菌(CRE)感染的抗菌药主要有替加环素、多黏菌素、氨基糖苷类、喹诺酮和新上市的头孢他啶-阿维巴坦。国外一些新抗菌药物取得了较好的疗效,包括β-内酰胺类复合剂、头孢菌素类、四环素类和氨基糖苷类,以及... 目前国内治疗碳青霉烯耐药肠杆菌(CRE)感染的抗菌药主要有替加环素、多黏菌素、氨基糖苷类、喹诺酮和新上市的头孢他啶-阿维巴坦。国外一些新抗菌药物取得了较好的疗效,包括β-内酰胺类复合剂、头孢菌素类、四环素类和氨基糖苷类,以及一些正在研发的药物,都具有独特的优势。除了有效的抗菌药物,临床用药方案也与治疗效果有很大相关性。本文从抗菌机制和临床应用角度,综述了治疗CRE感染的相关药物,分目前国内现有抗菌药和新抗菌药研究进展两部分。简要介绍面对CRE感染,如何尽早给予恰当的目标治疗,根据菌株产碳青霉烯酶情况、结合PK/PD理论及病情给予合适的联合治疗,为临床治疗提供参考。 展开更多
关键词 碳青霉烯类 耐药 肠杆菌科细菌 药物治疗
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耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌血流感染的抗菌药物治疗方案和死亡危险因素分析 被引量：1
7
作者 刘长鑫 马琳 +6 位作者 张侃 郭桦 丁俊谕 王博 张歆刚 杨继勇 管希周 《中国综合临床》 2021年第6期547-554,共8页
目的探讨耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenems-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)血流感染患者的抗菌药物治疗方案与预后的关系及血流感染CRKP的死亡危险因素。方法采用回顾性病例对照研究方法,收集解放军总医院第一医学中心2013... 目的探讨耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenems-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)血流感染患者的抗菌药物治疗方案与预后的关系及血流感染CRKP的死亡危险因素。方法采用回顾性病例对照研究方法,收集解放军总医院第一医学中心2013年1月1日至2018年12月31日(未收录2016年1月1日至2017年12月31日的数据)临床静脉血标本中分离出的CRKP,根据相关标准共纳入50例CRKP血流感染患者,根据住院结局分为死亡组(19例)和生存组(31例),收集患者的相关临床资料、感染之后抗菌药物治疗方案。比较死亡组与生存组的临床特征、不同抗菌药物治疗方案与预后的相关性,使用Logistic回归模型分析CRKP血流感染患者死亡的危险因素。结果 CRKP血流感染患者住院期间病死率为38%(19/50)。死亡组与生存组比较年龄[(66.89±18.13)岁与(55.06±14.39)岁,t=2.555,P=0.014]、查尔森合并症指数[(6.11±2.87)与(3.19±1.97),t=4.256,P<0.001]差异均有统计学意义,死亡组合并慢性阻塞性肺病[42.1%(8/19)与3.2%(1/31),χ^(2)=9.574,P=0.002]、查尔森合并症指数≥5[68.4%(13/19)与22.6%(7/31),χ^(2)=10.314,P=0.001]、感染性休克[36.8%(7/19)与6.5%(2/31),χ^(2)=5.456,P=0.020]、肺部感染源[36.8%(7/19)与9.7%(3/31),χ^(2)=3.868,P=0.049]的比例均高于生存组。Kaplan-Meier生存曲线显示,恰当的目标治疗30 d病死率低于不恰当的目标治疗(χ^(2)=8.138,P=0.004)。多因素分析显示,感染性休克(OR=56.363,95%CI:4.309~737.273,P=0.002)、查尔森合并症指数≥5(OR=18.605,95%CI:1.813~190.896,P=0.014)是CRKP血流感染患者死亡的独立危险因素。结论对CRKP血流感染患者,给予恰当的目标治疗能降低30 d病死率。临床应预防感染性休克的出现,加强对查尔森合并症指数≥5的患者的诊治,以降低死亡风险。 展开更多
关键词 肺炎克雷伯菌 碳青霉烯类抗菌药物 药物疗法 危险因素 预后
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