目的:发现具有组蛋白去乙酰化酶(HDAC)3/8抑制活性的中药小分子活性成分。方法:应用Auto Dock 4.2.6软件进行分子对接技术,以HDAC抑制剂曲古抑菌素A(TSA)为参照,对19种中药小分子成分进行筛选,设定默认对接构象数,获得对接结合能、活性...目的:发现具有组蛋白去乙酰化酶(HDAC)3/8抑制活性的中药小分子活性成分。方法:应用Auto Dock 4.2.6软件进行分子对接技术,以HDAC抑制剂曲古抑菌素A(TSA)为参照,对19种中药小分子成分进行筛选,设定默认对接构象数,获得对接结合能、活性位点氨基酸残基和氢键,并进行生物活性验证。结果:19种中药小分子与HDAC3和HDAC8均有不同程度的结合能,其中熊果酸、防己诺林碱和粉防己碱对HDAC3和HDAC8的结合能较低,结合活性较强。防己诺林碱与HDAC3处在1位点的最优结合能最低(-26.71 k J·mol^-1),与HDAC8处在9位点的最优结合能最低(-26.84 k J·mol^-1);粉防己碱与HDAC3处在13位点的最优结合能最低(-26.38 k J·mol^-1),与HDAC8处在12位点的结合能最低(-25.41 k J·mol^-1);熊果酸与HDAC3处在16位点的结合能最低(-25.83 k J·mol^-1),与HDAC8处在8位点的最优结合能最低(-35.62 k J·mol^-1)。通过Py MOL 2.3.1渲染出了3种小分子对接位点氨基酸,熊果酸与HDAC3/8结合时,活性位点均产生2个氢键,且相互作用较强,同时有较多活性位点氨基酸相连接。防己诺林碱与HDAC3活性位点产生2个氢键,与HDAC8活性位点产生1个氢键,与部分活性位点氨基酸进行疏水性结合。粉防己碱与HDAC3/8均无氢键作用,对接位点均由4种活性氨基酸对接。对接效果最优的3种小分子(熊果酸、防己诺林碱和粉防己碱)在500μmol·L^-1和100μmol·L^-1浓度下对HDAC3/8均有抑制活性,且抑制活性在选出的10种小分子中仍最优。结论:在被筛选的19个小分子中,熊果酸、粉防己碱和防己诺林碱有可能是新型HDAC3/8抑制靶点抗炎药物,可为探索新的抗炎药物提供参考。展开更多
文摘目的:发现具有组蛋白去乙酰化酶(HDAC)3/8抑制活性的中药小分子活性成分。方法:应用Auto Dock 4.2.6软件进行分子对接技术,以HDAC抑制剂曲古抑菌素A(TSA)为参照,对19种中药小分子成分进行筛选,设定默认对接构象数,获得对接结合能、活性位点氨基酸残基和氢键,并进行生物活性验证。结果:19种中药小分子与HDAC3和HDAC8均有不同程度的结合能,其中熊果酸、防己诺林碱和粉防己碱对HDAC3和HDAC8的结合能较低,结合活性较强。防己诺林碱与HDAC3处在1位点的最优结合能最低(-26.71 k J·mol^-1),与HDAC8处在9位点的最优结合能最低(-26.84 k J·mol^-1);粉防己碱与HDAC3处在13位点的最优结合能最低(-26.38 k J·mol^-1),与HDAC8处在12位点的结合能最低(-25.41 k J·mol^-1);熊果酸与HDAC3处在16位点的结合能最低(-25.83 k J·mol^-1),与HDAC8处在8位点的最优结合能最低(-35.62 k J·mol^-1)。通过Py MOL 2.3.1渲染出了3种小分子对接位点氨基酸,熊果酸与HDAC3/8结合时,活性位点均产生2个氢键,且相互作用较强,同时有较多活性位点氨基酸相连接。防己诺林碱与HDAC3活性位点产生2个氢键,与HDAC8活性位点产生1个氢键,与部分活性位点氨基酸进行疏水性结合。粉防己碱与HDAC3/8均无氢键作用,对接位点均由4种活性氨基酸对接。对接效果最优的3种小分子(熊果酸、防己诺林碱和粉防己碱)在500μmol·L^-1和100μmol·L^-1浓度下对HDAC3/8均有抑制活性,且抑制活性在选出的10种小分子中仍最优。结论:在被筛选的19个小分子中,熊果酸、粉防己碱和防己诺林碱有可能是新型HDAC3/8抑制靶点抗炎药物,可为探索新的抗炎药物提供参考。
