目的运用网络药理学分析方法进行仙灵骨葆治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的药理机制分析。方法借助中药系统药理学数据库和分析平台以及中药综合数据库获取仙灵骨葆活性成分以及相关靶标,运用Cytoscape 3.7.1软件绘制“活性成分-靶标...目的运用网络药理学分析方法进行仙灵骨葆治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的药理机制分析。方法借助中药系统药理学数据库和分析平台以及中药综合数据库获取仙灵骨葆活性成分以及相关靶标,运用Cytoscape 3.7.1软件绘制“活性成分-靶标”网络图,以“osteoporosis”为关键词从GeneCards:The Human Gene Database获取OP相关基因,运用STRING数据分析平台进行PPI(protein-protein interaction)网络分析,运用DAVID数据分析平台进行基因本体(gene ontology,GO)生物过程富集以及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,并运用Cytoscape 3.7.1软件绘制“通路-靶标”网络图。结果共获取仙灵骨葆相关活性成分115种,核心活性成分有槲皮素、山奈酚、木犀草素、淫羊藿苷元、丹参酮IIA等。活性成分所涉及的靶标共有301个,核心靶标有PTGS2、PTGS1、ESR1等。PPI网络显示了111种核心蛋白之间的互作关系,主要与调节细胞周期有关。GO富集生物过程经筛选后共获得46项,所得生物过程亦与细胞周期有关,正调控NF-kappaB转录活性因子的过程是OP发生的机制之一,与现有研究符合。KEGG通路富集共获得37项,提示仙灵骨葆治疗OP作用集中于PI3K-Akt、TNF、MAPK、Estrogen等信号通路。结论仙灵骨葆核心活性成分中,黄酮类化合物主要通过调节OPG/RANK/RANKL,抑制破骨细胞,促进成骨细胞分化;淫羊藿苷元可增强成骨细胞活性。核心靶标PTGS2可限制M-CSF以及RANKL的表达,进而影响成骨/破骨细胞分化;雌激素受体与绝经后骨质疏松密切相关。核心通路如PI3K-Akt信号通路可增加骨量、促进成骨细胞分化;TNF信号通路、MAPK信号通路等均与成骨细胞分化有关;雌激素信号通路以及GnRh信号通路为仙灵骨葆干预绝经后骨质疏松提供依据。因此仙灵骨葆干预OP机制是通过多种途径、多种靶标、多种信号通路同时进行的,运用网络药理学方法可以在一定程度上对其进行预测。展开更多
目的运用网络药理学研究桃红四物汤治疗骨质疏松(OP)的作用机制。方法运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取桃红四物汤的化合物及靶标,经筛选后输入Uniprot获取对应基因Symbol;从人类基因数据库(Gene Card:The Human Gene Dat...目的运用网络药理学研究桃红四物汤治疗骨质疏松(OP)的作用机制。方法运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取桃红四物汤的化合物及靶标,经筛选后输入Uniprot获取对应基因Symbol;从人类基因数据库(Gene Card:The Human Gene Database)获取OP的疾病基因,并筛选出交集基因;运用STRING构建蛋白质互作用网络(PPI)、g:Profiler数据分析平台进行基因本体(GO)富集及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;运用Cytoscape3.7.1软件绘制“中药-活性成分-靶标-通路”网络图,并进行网络拓扑学分析以确定核心基因。结果经筛选得到桃红四物汤活性成分46种,靶标基因216个,与疾病基因对照去重后获得交集基因137个,GO富集分析后共获得符合筛选标准的条目660条,KEGG富集分析共获得99条。结论豆甾醇、β-谷甾醇为桃红四物汤主要活性成分,治疗的核心靶点包括丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT)1、JUN等,涉及酶结合、转录基因调节等多个生物过程,调控丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)-AKT等信号通路。展开更多
文摘目的运用网络药理学分析方法进行仙灵骨葆治疗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的药理机制分析。方法借助中药系统药理学数据库和分析平台以及中药综合数据库获取仙灵骨葆活性成分以及相关靶标,运用Cytoscape 3.7.1软件绘制“活性成分-靶标”网络图,以“osteoporosis”为关键词从GeneCards:The Human Gene Database获取OP相关基因,运用STRING数据分析平台进行PPI(protein-protein interaction)网络分析,运用DAVID数据分析平台进行基因本体(gene ontology,GO)生物过程富集以及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,并运用Cytoscape 3.7.1软件绘制“通路-靶标”网络图。结果共获取仙灵骨葆相关活性成分115种,核心活性成分有槲皮素、山奈酚、木犀草素、淫羊藿苷元、丹参酮IIA等。活性成分所涉及的靶标共有301个,核心靶标有PTGS2、PTGS1、ESR1等。PPI网络显示了111种核心蛋白之间的互作关系,主要与调节细胞周期有关。GO富集生物过程经筛选后共获得46项,所得生物过程亦与细胞周期有关,正调控NF-kappaB转录活性因子的过程是OP发生的机制之一,与现有研究符合。KEGG通路富集共获得37项,提示仙灵骨葆治疗OP作用集中于PI3K-Akt、TNF、MAPK、Estrogen等信号通路。结论仙灵骨葆核心活性成分中,黄酮类化合物主要通过调节OPG/RANK/RANKL,抑制破骨细胞,促进成骨细胞分化;淫羊藿苷元可增强成骨细胞活性。核心靶标PTGS2可限制M-CSF以及RANKL的表达,进而影响成骨/破骨细胞分化;雌激素受体与绝经后骨质疏松密切相关。核心通路如PI3K-Akt信号通路可增加骨量、促进成骨细胞分化;TNF信号通路、MAPK信号通路等均与成骨细胞分化有关;雌激素信号通路以及GnRh信号通路为仙灵骨葆干预绝经后骨质疏松提供依据。因此仙灵骨葆干预OP机制是通过多种途径、多种靶标、多种信号通路同时进行的,运用网络药理学方法可以在一定程度上对其进行预测。
文摘目的运用网络药理学研究桃红四物汤治疗骨质疏松(OP)的作用机制。方法运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取桃红四物汤的化合物及靶标,经筛选后输入Uniprot获取对应基因Symbol;从人类基因数据库(Gene Card:The Human Gene Database)获取OP的疾病基因,并筛选出交集基因;运用STRING构建蛋白质互作用网络(PPI)、g:Profiler数据分析平台进行基因本体(GO)富集及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;运用Cytoscape3.7.1软件绘制“中药-活性成分-靶标-通路”网络图,并进行网络拓扑学分析以确定核心基因。结果经筛选得到桃红四物汤活性成分46种,靶标基因216个,与疾病基因对照去重后获得交集基因137个,GO富集分析后共获得符合筛选标准的条目660条,KEGG富集分析共获得99条。结论豆甾醇、β-谷甾醇为桃红四物汤主要活性成分,治疗的核心靶点包括丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(AKT)1、JUN等,涉及酶结合、转录基因调节等多个生物过程,调控丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)、磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)-AKT等信号通路。
