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严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)刺突蛋白的B细胞及T细胞抗原表位的生物信息学分析 被引量：1
1
作者 陶佳 李莎莎 +3 位作者 杨继辉 张婷瑞 吕咏雪 赵巍 《细胞与分子免疫学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期49-56,共8页
目的使用生物信息学方法预测严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)刺突蛋白(S蛋白)的结构特点,并预测可能的B细胞和T细胞表位。方法从NCBI数据库中获取SARS-CoV-2的S蛋白氨基酸序列,通过蛋白质基本性质分析工具ProtParam分析S蛋白... 目的使用生物信息学方法预测严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)刺突蛋白(S蛋白)的结构特点,并预测可能的B细胞和T细胞表位。方法从NCBI数据库中获取SARS-CoV-2的S蛋白氨基酸序列,通过蛋白质基本性质分析工具ProtParam分析S蛋白的理化性质;利用综合性序列工具软件Lasergene和蛋白质二级结构分析软件SOMPA分析S蛋白二级结构;蛋白质同源物/类似物Y识别引擎Phyre2和分子图像观察软件Rasmol构建并分析S蛋白三级结构;B细胞表位预测工具ABCpred、BepiPred和BcePred预测S蛋白的B细胞抗原表位;利用免疫表位数据库IEDB预测S蛋白的T细胞抗原表位。结果S蛋白由1273个氨基酸组成,理论等电点为6.24,原子组成为C_(6336)H_(9770)N_(1656)O_(1894)S_(54),属于稳定亲水性蛋白。Lasergene软件的Gramier-Robson方法预测显示:α螺旋占23.5%、β折叠占53.7%、转角区域占14.9%、无规则卷曲占8.33%;Lasergene软件的Chou-Fasman方法预测显示:α螺旋占20.9%,β折叠占35.5%,β转角占35.2%。同时,使用SOPMA在线服务工具分析S蛋白二级结构,其中α螺旋占28.59%,延长链占23.25%,β转角占3.38%,无规则卷曲占44.78%。ABCpred、BepiPred和BcePred分别预测S蛋白的潜在B细胞抗原表位数量为5个、11个、6个。IEDB预测的CD8^(+)T细胞表位和CD4^(+)T细胞表位结果中分别选择各人类白细胞抗原(HLA)基因型亲和力最好的5个表位。结论采用生物信息学方法预测SARS-CoV-2的S蛋白具有多个B细胞及T细胞抗原表位。 展开更多
关键词 严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2) 刺突蛋白/S蛋白 生物信息学 B细胞表位 T细胞表位
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多房棘球绦虫热休克蛋白90的生物信息学分析
2
作者 常亮亮 吕咏雪 +2 位作者 张翠影 朱亚洲 赵巍 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2023年第5期542-546,共5页
目的预测多房棘球绦虫热休克蛋白90(Echinococcus multilocularis HSP90,EmHSP90)的生化特性、结构和抗原表位,为泡型包虫病肽疫苗的研究提供理论基础。方法登陆NCBI数据库检索并下载EmHSP90的氨基酸序列,通过Expasy在线预测网站预测EmH... 目的预测多房棘球绦虫热休克蛋白90(Echinococcus multilocularis HSP90,EmHSP90)的生化特性、结构和抗原表位,为泡型包虫病肽疫苗的研究提供理论基础。方法登陆NCBI数据库检索并下载EmHSP90的氨基酸序列,通过Expasy在线预测网站预测EmHSP90的理化性质;采用PRABI数据库中的SOPMA预测EmHSP90的二级结构;利用SWISS-MODEL在线预测网站预测EmHSP90的三级结构;通过在线工具NetAcet-1.0预测EmHSP90的乙酰化位点,Netphos3.1预测EmHSP90的磷酸化位点,NetNGlyc1.0预测EmHSP90的N-糖基化位点;利用在线数据库TMHMM预测EmHSP90的跨膜结构域;利用在线数据库Signal P-5.0 Server预测EmHSP90的信号肽序列;通过在线数据库Predicting Antigenic Peptides预测EmHSP90的抗原决定簇;利用IEDB数据库预测EmHSP90的优势B细胞表位;利用SYFPEITHI在线数据库预测EmHSP90的T细胞优势表位。结果EmHSP90由711个氨基酸组成,其相对分子质量为80.04924×10^(3),不稳定系数41.09,为不稳定蛋白;亲水性平均系数-0.276,是亲水性蛋白;其二级结构中α螺旋占50.91%,β转角占4.92%,延伸链占13.92%,无规则卷曲占30.24%;含有1个乙酰化位点,64个磷酸化位点(40个丝氨酸(Ser)磷酸化位点,16个苏氨酸(Thr)磷酸化位点,8个酪氨酸(Tyr)磷酸化位点)及4个N-糖基化位点;不含信号肽序列和跨膜结构域;EmHSP90的平均抗原倾向指数为1.0244,共有27个抗原决定簇区域;该蛋白共有B细胞优势表位10条,CTL细胞优势表位13条,Th细胞优势表位14条。结论生物信息学方法预测EmHSP90为不稳定亲水性蛋白,含有B细胞优势表位和T细胞优势表位,可为泡型包虫病肽疫苗的研制提供参考。 展开更多
关键词 多房棘球绦虫 EmHSP90 疫苗
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细粒棘球绦虫原头节抗原Eg-00512的生物信息学分析 被引量：3
3
作者 李莎莎 陶佳 +4 位作者 吕咏雪 朱亚洲 赵殷奇 赵嘉庆 赵巍 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2022年第1期71-74,113,共5页
目的分析细粒棘球绦虫原头节特异性抗原Eg-00512的生物信息学特征。方法通过NCBI数据库获取Eg-00512蛋白的氨基酸序列;使用ProtParam在线软件分析Eg-00512蛋白的理化性质;采用SOMPA在线软件分析蛋白的二级结构;使用IEDB在线软件预测Eg-0... 目的分析细粒棘球绦虫原头节特异性抗原Eg-00512的生物信息学特征。方法通过NCBI数据库获取Eg-00512蛋白的氨基酸序列;使用ProtParam在线软件分析Eg-00512蛋白的理化性质;采用SOMPA在线软件分析蛋白的二级结构;使用IEDB在线软件预测Eg-00512蛋白的亲水性、柔韧性、表面可及性、β-转角;应用SWISS-MODEL在线服务器分析蛋白氨基酸序列并组合模板和Eg-00512蛋白的三级结构;B细胞表位采用在线软件IEDB及BcePred综合预测,T细胞表位采用在线预测软件SYFPEITHI分析确定。结果Eg-00512蛋白由1254个氨基酸组成,理论pI值6.15;归类于稳定蛋白质,属于亲水性蛋白。Eg-00512蛋白的二级结构中α螺旋占51.28%,延伸链占17.22%,β-转角占4.78%,无规卷曲占26.71%。Eg-00512蛋白B细胞表位数量各为8个;有13个CTL和14个Th细胞优势表位。结论生物信息学方法预测细粒棘球绦虫原头节含有多个优势B、T细胞抗原表位,为包虫病的诊断和疫苗的研究奠定了理论基础。 展开更多
关键词 细粒棘球绦虫 Eg-00512蛋白 生物信息学分析 抗原表位
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细粒棘球绦虫原头节抗原Eg-01883的B细胞表位预测、筛选及其血清学诊断价值 被引量：2
4
作者 赵殷奇 徐士梅 +4 位作者 朱明星 张婷瑞 吕咏雪 赵瑞 赵巍 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2019年第11期1277-1281,共5页
目的应用计算机软件分析细粒棘球绦虫原头节特异性抗原分子Eg-01883,预测其可能形成的B细胞表位,并探讨其B细胞表位的免疫反应性及诊断价值。方法使用在线软件SOPMA及DNAStar分析Eg-01883的二级结构,采用SWISS-Model预测该蛋白的三级结... 目的应用计算机软件分析细粒棘球绦虫原头节特异性抗原分子Eg-01883,预测其可能形成的B细胞表位,并探讨其B细胞表位的免疫反应性及诊断价值。方法使用在线软件SOPMA及DNAStar分析Eg-01883的二级结构,采用SWISS-Model预测该蛋白的三级结构。应用在线软件ABCPred和IEDB结合其亲水性、柔韧性、表面可及性、抗原性等二级结构和三级结构对其B细胞表位进行分析预测、并人工合成表位肽段;以完整蛋白rEg-01883免疫小鼠产生的抗血清为一抗,采用间接ELISA方法筛选免疫反应性较强的表位,然后再以感染细粒棘球绦虫的小鼠血清为一抗,ELISA检测其免疫反应性,评价其诊断价值。结果初步筛选出7条抗原指数较高的Eg-01883表位,B细胞表位区域位于1-15、19-34、155-169、180-196、216-232、236-248、271-287位氨基酸。合成上述表位,纯度为99.99%。使用完整蛋白免疫血清筛选出2条反应原性较强的优势表位19-34和180-196,细粒棘球蚴感染小鼠血清能识别这两条B细胞表位,A450值结果分别为0.8218±0.0406和0.6398±0.0447,与对照组A_(450)值0.3312±0.0267和0.2961±0.0284比较差异均有统计学意义(P<0.05)。结论成功筛选到两个潜在的B细胞表位诊断抗原肽,对进一步开发细粒棘球绦虫早期诊断抗原和研究优势表位疫苗具有重要意义。 展开更多
关键词 细粒棘球绦虫 诊断抗原肽 B细胞表位 rEg-01883 生物信息学
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重组抗原P29免疫小鼠感染细粒棘球蚴后mRNA表达差异分析 被引量：2
5
作者 张婷瑞 佟雪琪 +6 位作者 杜先才 吕咏雪 赵殷奇 朱明星 赵嘉庆 王亚娜 赵巍 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2021年第4期433-437,共5页
目的对重组蛋白P29免疫并感染细粒棘球蚴的小鼠产生差异表达的mRNA进行分析,为重组蛋白P29分子的转化和应用研究奠定基础。方法将BALB/c小鼠随机分为3组,分别为P29免疫+感染组、感染对照组和空白对照组。P29免疫+感染组小鼠用10μg/只... 目的对重组蛋白P29免疫并感染细粒棘球蚴的小鼠产生差异表达的mRNA进行分析,为重组蛋白P29分子的转化和应用研究奠定基础。方法将BALB/c小鼠随机分为3组,分别为P29免疫+感染组、感染对照组和空白对照组。P29免疫+感染组小鼠用10μg/只重组蛋白P29进行皮下多点免疫,并在3个月后用细粒棘球蚴腹腔感染小鼠,感染对照组只感染细粒棘球蚴,空白对照组不免疫P29蛋白也不感染细粒棘球蚴。在不同时间点制备外周血淋巴细胞,提取出总RNA,再利用KAPA Strand mRNA-Seq试剂盒进行mRNA建库,利用二代测序技术测序后采用生物信息学方法分析转录组表达差异并对其进行功能和通路注释。结果利用mRNA文库测序P29免疫+感染组免疫后获得19 717 433条reads, P29免疫+感染组感染后获得24 908 555条reads,空白对照组免疫后获得25 555 287条reads,空白对照组感染后获得23 772 436条reads,感染对照组感染后获得21 539 925条reads。各文库测序量均在4Gb以上。通过生物信息学分析筛选出疫苗诱导组差异表达mRNA共473个,病原体感染组差异表达mRNA共85个,疫苗诱导+病原体感染差异表达mRNA共192个。通过GO富集分析,免疫后的P29免疫+感染组与空白对照组比较,差异表达的mRNA主要富集在蛋白二聚体活动,高尔基体及翻译等过程中;感染后的感染对照组与空白对照组比较,差异表达的mRNA主要富集在转录因子活动细胞质,免疫反应等过程;免疫感染后的P29免疫+感染组与感染对照组比较,差异表达的mRNA主要富集在蛋白二聚体活动,质膜,细胞运动等过程。KEGG通路分析中差异表达的mRNA主要富集在核糖体,趋化因子信号通路,紧密连接等通路。结论重组抗原P29免疫小鼠攻击感染细粒棘球蚴后存在mRNA的差异表达,这些分子与多种生物学过程密切相关。 展开更多
关键词 细粒棘球蚴 MRNA 差异表达基因 生物信息学
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细粒棘球绦虫Calmodulin蛋白的生物信息学分析 被引量：2
6
作者 朱亚洲 吕咏雪 +5 位作者 杜先才 张婷瑞 李莎莎 陶佳 杨继辉 赵巍 《中国病原生物学杂志》 CSCD 北大核心 2021年第8期897-901,共5页
目的预测细粒棘球绦虫钙调蛋白(Echinococcus granulosus calmodulin, EgCalmodulin)的生化特性、结构和抗原表位,为包虫病分子肽疫苗的筛选奠定基础。方法利用在线数据库以及生物信息学相关软件分析EgCalmodulin蛋白的理化性质、二级... 目的预测细粒棘球绦虫钙调蛋白(Echinococcus granulosus calmodulin, EgCalmodulin)的生化特性、结构和抗原表位,为包虫病分子肽疫苗的筛选奠定基础。方法利用在线数据库以及生物信息学相关软件分析EgCalmodulin蛋白的理化性质、二级和三级结构、亲/疏水性、表面可及性、抗原指数和柔性区域以及该蛋白的抗原表位。结果细粒棘球绦虫Calmodulin蛋白是由118个氨基酸组成,相对分子质量为13.48×10^(3),属于较稳定蛋白质;不含信号肽序列和跨膜结构域;二级结构中α-螺旋占47.46%,β-转角占13.56%,延伸连占15.25%,无规则卷曲占23.73%;亲水区域明显,评分较高的抗原指数所在区域与柔性区域相对应;优势B细胞表位位于10-20、32-37、47-55、65-74、81-91、100-110氨基酸区段;优势T细胞表位位于99-105、33-41、87-95,45-56、99-110、9-21氨基酸区段。结论利用生物信息学方法预测EgCalmodulin蛋白含有优势B、T细胞表位,可为包虫病分子肽疫苗的筛选提供参考。 展开更多
关键词 细粒棘球绦虫 钙调蛋白 抗原表位
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补充维生素D对小囟门婴幼儿头围发育及智力测评的影响 被引量：1
7
作者 梁友 沈健 吕咏雪 《中国儿童保健杂志》 CAS 北大核心 2014年第2期167-169,共3页
目的探讨婴幼儿补充维生素D对小囟门儿童头围发育及Bayley智力测评结果的关系。方法选择2010年1月-2011年11月在湖州市妇幼保健院体检的正常儿童118例作为观察对象,分为小囟门组和正常对照组,均给与维生素D,分别在月龄3、12、18个月三... 目的探讨婴幼儿补充维生素D对小囟门儿童头围发育及Bayley智力测评结果的关系。方法选择2010年1月-2011年11月在湖州市妇幼保健院体检的正常儿童118例作为观察对象,分为小囟门组和正常对照组,均给与维生素D,分别在月龄3、12、18个月三个时间节点测量头围值,同时在6、18个月两个时间节点做Bayley智力测试。结果小囟门组与对照组儿童在3、12、18个月头围值差异均无统计学意义(P>0.05);两组与相应年龄小儿头围正常值比较差异无统计学意义(P>0.05);两组儿童6、18个月Bayley智力测试结果均为正常。结论服用预防剂量的维生素D不会影响小囟门儿童头围的发育及智能发育,无论前囟大小均应服用预防剂量的维生素D。 展开更多
关键词 维生素D 小囟门 头围发育 Baytey智力测评
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补充维生素D对小囟门儿童头围发育及Bayley智力测评结果的影响 被引量：1
8
作者 梁友 沈健 吕咏雪 《中国农村卫生事业管理》 2014年第7期857-859,共3页
目的:探讨婴幼儿补充维生素D对小囟门儿童头围发育及Bayley智力测评结果的关系。方法:选择2010年1月至2011年11月在湖州市妇幼保健院体检的正常儿童118例作为观察对象,分为小囟门组和正常对照组,均给与维生素D预防佝偻病,分别在3个月、1... 目的:探讨婴幼儿补充维生素D对小囟门儿童头围发育及Bayley智力测评结果的关系。方法:选择2010年1月至2011年11月在湖州市妇幼保健院体检的正常儿童118例作为观察对象,分为小囟门组和正常对照组,均给与维生素D预防佝偻病,分别在3个月、12个月、18个月三个时间节点测量头围值,同时在6个月、18个月两个时间节点分别做Bayley智力测试,分析其关系。结果:小囟门组与对照组在3个月、12个月、18个月时头围值均无统计学意义(P>0.05);且两组与相应年龄小儿头围正常值比较无统计学意义(P>0.05);两组小儿6个月、18个月Bayley智力测试结果均为正常。结论:服用预防剂量的维生素D不会阻碍婴幼儿头围的发育,对智力没有影响。无论前囟大小应服用维生素D预防佝偻病。 展开更多
关键词 维生素D 小囟门 头围发育 Bayley智力测评
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