目的了解杭州市男男性行为人群(men who have sex with men,MSM)HIV-1感染者的分子网络及治疗前耐药特征。方法收集杭州市2020—2021年新确证HIV-1感染且未经抗病毒治疗的MSM病例血样,扩增HIV-1 pol区基因并测序。使用MEGA6.0软件构建...目的了解杭州市男男性行为人群(men who have sex with men,MSM)HIV-1感染者的分子网络及治疗前耐药特征。方法收集杭州市2020—2021年新确证HIV-1感染且未经抗病毒治疗的MSM病例血样,扩增HIV-1 pol区基因并测序。使用MEGA6.0软件构建系统进化树判断亚型,通过Cytoscape3.7.0软件绘制分子传播网络图。使用美国斯坦福大学HIV耐药数据库在线分析耐药情况。结果共获得1158条pol基因序列和9种HIV-1亚型,以CRF07_BC(49.9%,573/1158)和CRF01_AE(36.7%,425/1158)为主。初始CD4^(+)T淋巴细胞个数在不同亚型间的差异有统计学意义(χ^(2)=37.02,P<0.001)。以1.0%基因距离阈值绘制HIV-1分子传播网络,形成104个传播簇(簇内病例数2~72例),入网率34.7%(402/1158);发现一个包含72例患者的CRF07_BC活跃传播簇。治疗前耐药株流行率为7.5%(87/1158);对蛋白酶抑制剂的耐药突变发生率最高(3.5%,41/1158),突变位点以Q58E为主(61.0%,25/41),发现3例患者对非核苷类逆转录酶抑制剂和核苷类逆转录酶抑制剂同时耐药。结论杭州市MSM HIV-1感染者的感染亚型多样化,存在CRF07_BC活跃分子传播大簇;治疗前耐药处于中度流行水平,存在抗病毒治疗一线药物多重耐药。展开更多
目的了解杭州市新报告HIV-1感染者独特重组型(unique recombinant forms,URFs)毒株分子流行特征,为艾滋病防控提供理论支持。方法收集杭州市2019—2023年新确诊且未经抗病毒治疗HIV-1感染病例血样,通过逆转录和巢式PCR扩增HIV-1 pol区...目的了解杭州市新报告HIV-1感染者独特重组型(unique recombinant forms,URFs)毒株分子流行特征,为艾滋病防控提供理论支持。方法收集杭州市2019—2023年新确诊且未经抗病毒治疗HIV-1感染病例血样,通过逆转录和巢式PCR扩增HIV-1 pol区基因并测序。通过系统进化树筛选URFs毒株,并对其进行重组分析。计算URFs序列间遗传距离并构建分子网络。使用校正群体耐药分析程序(Calibrated Populatin Resistance,CPR)分析传播性耐药突变。结果获得222条URFs毒株pol基因序列,占5.0%(222/4471),重组类型分别为CRF01_AE/CRF07_BC(60.4%,134/222)、CRF01_AE/C(11.7%,26/222)、CRF01_AE/B(9.5%,21/222)、CRF01_AE/B/C(8.1%,18/222)、B/C(7.6%,17/222)和CRF55_01B/CRF07_BC(2.7%,6/222)。78.8%(175/222)病例通过男男性行为(men who have sex with man,MSM)感染,MSM平均年龄(31.3±10.5)岁。2019—2023年URFs发现比例从4.0%(34/843)增加到7.4%(60/807)。在1.5%最适基因距离阈值下构建分子网络,入网率49.5%(110/222),鉴别出23个簇;发现1个含有39个病例的同性和异性混合活跃传播大簇,重组型为CRF01_AE/CRF07_BC,平均基因距离0.005。URFs传播性耐药发生率为3.2%(7/222)。结论杭州市新报告HIV-1感染者HIV-1 URFs主要在青壮年MSM中产生和传播,呈逐年递增趋势,存在需要重点关注和有效干预的活跃传播大簇,急需制定有效干预措施防止该簇继续扩张,同时应持续加强监测本市URFs的发生和传播,了解分子簇及耐药动态。展开更多
文摘目的了解杭州市男男性行为人群(men who have sex with men,MSM)HIV-1感染者的分子网络及治疗前耐药特征。方法收集杭州市2020—2021年新确证HIV-1感染且未经抗病毒治疗的MSM病例血样,扩增HIV-1 pol区基因并测序。使用MEGA6.0软件构建系统进化树判断亚型,通过Cytoscape3.7.0软件绘制分子传播网络图。使用美国斯坦福大学HIV耐药数据库在线分析耐药情况。结果共获得1158条pol基因序列和9种HIV-1亚型,以CRF07_BC(49.9%,573/1158)和CRF01_AE(36.7%,425/1158)为主。初始CD4^(+)T淋巴细胞个数在不同亚型间的差异有统计学意义(χ^(2)=37.02,P<0.001)。以1.0%基因距离阈值绘制HIV-1分子传播网络,形成104个传播簇(簇内病例数2~72例),入网率34.7%(402/1158);发现一个包含72例患者的CRF07_BC活跃传播簇。治疗前耐药株流行率为7.5%(87/1158);对蛋白酶抑制剂的耐药突变发生率最高(3.5%,41/1158),突变位点以Q58E为主(61.0%,25/41),发现3例患者对非核苷类逆转录酶抑制剂和核苷类逆转录酶抑制剂同时耐药。结论杭州市MSM HIV-1感染者的感染亚型多样化,存在CRF07_BC活跃分子传播大簇;治疗前耐药处于中度流行水平,存在抗病毒治疗一线药物多重耐药。
文摘目的了解杭州市新报告HIV-1感染者独特重组型(unique recombinant forms,URFs)毒株分子流行特征,为艾滋病防控提供理论支持。方法收集杭州市2019—2023年新确诊且未经抗病毒治疗HIV-1感染病例血样,通过逆转录和巢式PCR扩增HIV-1 pol区基因并测序。通过系统进化树筛选URFs毒株,并对其进行重组分析。计算URFs序列间遗传距离并构建分子网络。使用校正群体耐药分析程序(Calibrated Populatin Resistance,CPR)分析传播性耐药突变。结果获得222条URFs毒株pol基因序列,占5.0%(222/4471),重组类型分别为CRF01_AE/CRF07_BC(60.4%,134/222)、CRF01_AE/C(11.7%,26/222)、CRF01_AE/B(9.5%,21/222)、CRF01_AE/B/C(8.1%,18/222)、B/C(7.6%,17/222)和CRF55_01B/CRF07_BC(2.7%,6/222)。78.8%(175/222)病例通过男男性行为(men who have sex with man,MSM)感染,MSM平均年龄(31.3±10.5)岁。2019—2023年URFs发现比例从4.0%(34/843)增加到7.4%(60/807)。在1.5%最适基因距离阈值下构建分子网络,入网率49.5%(110/222),鉴别出23个簇;发现1个含有39个病例的同性和异性混合活跃传播大簇,重组型为CRF01_AE/CRF07_BC,平均基因距离0.005。URFs传播性耐药发生率为3.2%(7/222)。结论杭州市新报告HIV-1感染者HIV-1 URFs主要在青壮年MSM中产生和传播,呈逐年递增趋势,存在需要重点关注和有效干预的活跃传播大簇,急需制定有效干预措施防止该簇继续扩张,同时应持续加强监测本市URFs的发生和传播,了解分子簇及耐药动态。
