目的通过对24位点可变串联重复序列(Variable number of tandem repeats, VNTR)和日本12位点VNTR(日本JATA12位点)的应用,探索适合辽宁省基因分型的相关位点,初步建立本省的VNTR分型体系。方法采用实验菌株为省级保存的2011-2013年采集...目的通过对24位点可变串联重复序列(Variable number of tandem repeats, VNTR)和日本12位点VNTR(日本JATA12位点)的应用,探索适合辽宁省基因分型的相关位点,初步建立本省的VNTR分型体系。方法采用实验菌株为省级保存的2011-2013年采集自辽宁省14个市的75株菌株。以PCR为基础选取不同位点的引物28对(其中标准24位点与日本JATA12位点中共有的位点有8对)对相应目的片段进行扩增,最后用琼脂糖凝胶电泳进行检测。结果日本JATA12位点不适用于辽宁省的菌株,12位点中的VNTR2074、VNTR3336和Qub15位点通过多次改变PCR条件进行实践仍未得出准确的条带(杂带过多或无目的条带)。标准的24位点中的全部24个位点均可通过实验得出清晰的条带,说明标准24位点的方法可以用于建立辽宁省结核分枝杆菌MIRU-VNTR基因分型体系。75株结核分枝杆菌临床分离株的24个VNTR位点检测结果显示这些菌株均有明显的多态性,24个VNTR位点的Hunter-Gaston指数从0到0.75,其中分辨力最高的位点是MIRU26,分辨力最低的位点是MIRU2。结论辽宁省与日本虽同为北京基因型的主要流行地区,但辽宁省流行的北京基因型结核分枝杆菌的基因与日本流行的北京基因型结核分枝杆菌存在着不同的特点。24位点MIRU-VNTR基因分型体系适用于本省,目前已初步建立我省VNTR基因分型位点体系,我们将通过进一步的实验精简位点,最终建立最适用于本省的精准VNTR基因分型体系。展开更多
目的了解辽宁省81例结核分枝杆菌多位点数目可变串联重复序列分析(variable number of tandem repeats,VNTR)的基因多态性及近期传播情况。方法对2018年辽宁省内送至辽宁省疾病预防控制中心实验室的菌株进行传代后采用对硝基苯甲酸(p-ni...目的了解辽宁省81例结核分枝杆菌多位点数目可变串联重复序列分析(variable number of tandem repeats,VNTR)的基因多态性及近期传播情况。方法对2018年辽宁省内送至辽宁省疾病预防控制中心实验室的菌株进行传代后采用对硝基苯甲酸(p-nitrobenzoic acid,PNB)培养基进行菌群鉴定,以区分结核分枝杆菌复合体和非结核分枝杆菌。采用固体比例法利用罗氏培养基对4种一线抗结核药物进行药敏实验。以PCR为基础对标准24位点进行检测分析,利用RD105基因缺失法鉴定北京基因型。利用Microsoft Excel软件进行多态性分析,利用https://www.miru-vntrplus.org/MIRU/index网站得到VNTR基因分型结果,同时进行位点多态性和成簇率的计算。采用SPSS 23.0软件进行数据的统计描述,对计数资料或各年度耐药情况进行χ~2检验;当理论频数<5时,采用Fisher确切概率法计算双侧P值,检验水准α=0.05。结果经分析81株菌株可分为3个基因群(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ),菌株数分别为1(1.23%)、4(4.94%)和76(93.83%),其中最大的基因群为Ⅲ群。成簇率为4.94%(4/81)。近期感染率最小估计值为2.47%(2/81)。24个VNTR位点中有5个位点的多态性较好,3个位点的多态性尚可,16个位点的多态性较差。结论初步证实辽宁省耐药结核分枝杆菌菌株存在明显的基因多态性,其主要流行型为北京基因型(Ⅲ群)。展开更多
文摘目的通过对24位点可变串联重复序列(Variable number of tandem repeats, VNTR)和日本12位点VNTR(日本JATA12位点)的应用,探索适合辽宁省基因分型的相关位点,初步建立本省的VNTR分型体系。方法采用实验菌株为省级保存的2011-2013年采集自辽宁省14个市的75株菌株。以PCR为基础选取不同位点的引物28对(其中标准24位点与日本JATA12位点中共有的位点有8对)对相应目的片段进行扩增,最后用琼脂糖凝胶电泳进行检测。结果日本JATA12位点不适用于辽宁省的菌株,12位点中的VNTR2074、VNTR3336和Qub15位点通过多次改变PCR条件进行实践仍未得出准确的条带(杂带过多或无目的条带)。标准的24位点中的全部24个位点均可通过实验得出清晰的条带,说明标准24位点的方法可以用于建立辽宁省结核分枝杆菌MIRU-VNTR基因分型体系。75株结核分枝杆菌临床分离株的24个VNTR位点检测结果显示这些菌株均有明显的多态性,24个VNTR位点的Hunter-Gaston指数从0到0.75,其中分辨力最高的位点是MIRU26,分辨力最低的位点是MIRU2。结论辽宁省与日本虽同为北京基因型的主要流行地区,但辽宁省流行的北京基因型结核分枝杆菌的基因与日本流行的北京基因型结核分枝杆菌存在着不同的特点。24位点MIRU-VNTR基因分型体系适用于本省,目前已初步建立我省VNTR基因分型位点体系,我们将通过进一步的实验精简位点,最终建立最适用于本省的精准VNTR基因分型体系。
文摘目的了解辽宁省81例结核分枝杆菌多位点数目可变串联重复序列分析(variable number of tandem repeats,VNTR)的基因多态性及近期传播情况。方法对2018年辽宁省内送至辽宁省疾病预防控制中心实验室的菌株进行传代后采用对硝基苯甲酸(p-nitrobenzoic acid,PNB)培养基进行菌群鉴定,以区分结核分枝杆菌复合体和非结核分枝杆菌。采用固体比例法利用罗氏培养基对4种一线抗结核药物进行药敏实验。以PCR为基础对标准24位点进行检测分析,利用RD105基因缺失法鉴定北京基因型。利用Microsoft Excel软件进行多态性分析,利用https://www.miru-vntrplus.org/MIRU/index网站得到VNTR基因分型结果,同时进行位点多态性和成簇率的计算。采用SPSS 23.0软件进行数据的统计描述,对计数资料或各年度耐药情况进行χ~2检验;当理论频数<5时,采用Fisher确切概率法计算双侧P值,检验水准α=0.05。结果经分析81株菌株可分为3个基因群(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ),菌株数分别为1(1.23%)、4(4.94%)和76(93.83%),其中最大的基因群为Ⅲ群。成簇率为4.94%(4/81)。近期感染率最小估计值为2.47%(2/81)。24个VNTR位点中有5个位点的多态性较好,3个位点的多态性尚可,16个位点的多态性较差。结论初步证实辽宁省耐药结核分枝杆菌菌株存在明显的基因多态性,其主要流行型为北京基因型(Ⅲ群)。
