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DNA条形码(ITS2)在葫芦科鉴定中应用价值的评估 被引量：5
1
作者 唐银琳 刘镛 +4 位作者 姚辉 陈振东 吴耀生 徐鹏 蒋东 《植物科学学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期631-638,共8页
探讨在纳入分析数据时,数据信息的选择对ITS2序列作为DNA条形码在葫芦科植物中鉴定能力的影响。首先,建立由葫芦科植物ITS2序列组成的3个资料组,其中Dataset1为实验样本,Dataset2由实验样本及Gen-Bank数据库样本组合,Dataset3为从Datas... 探讨在纳入分析数据时,数据信息的选择对ITS2序列作为DNA条形码在葫芦科植物中鉴定能力的影响。首先,建立由葫芦科植物ITS2序列组成的3个资料组,其中Dataset1为实验样本,Dataset2由实验样本及Gen-Bank数据库样本组合,Dataset3为从Dataset2中去除部分序列后所得。通过比较3个资料组的种间、种内的变异、Barcoding Gap及鉴定成功率,评估纳入分析的数据选择差异对ITS2鉴定能力的影响。结果显示ITS2序列在3个资料组属水平上的鉴定成功率均达到100%;种水平上,用BLAST1法鉴定成功率分别为100%、67.8%、90.6%,Nearest Distance法鉴定成功率分别为100%、52.5%、66.5%。可见纳入分析的数据选择有差异时,会导致鉴定成功率的较大变化。3个资料组中,ITS2分析仅有Dataset2的Barcoding Gap不够显著。因此对于DNA条形码分析中的数据纳入标准,值得进一步研究。 展开更多
关键词 葫芦科 ITS2 鉴定 应用价值 纳入标准
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陆生植物鲨烯合酶适应性进化正选择位点分析 被引量：11
2
作者 刘镛 吴耀生 +3 位作者 胡艳玲 晁耐霞 唐银琳 蒋东 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期91-97,共7页
鲨烯合酶是三萜类皂苷生物合成途径中的关键酶,其活性的高低决定了三萜皂苷、植物甾醇等后续次生代谢物的含量.对鲨烯合酶进行正选择位点分析,可为识别重要的功能位点提供有意义的信息.本研究在克隆获得五加科三七、葫芦科绞股蓝鲨烯合... 鲨烯合酶是三萜类皂苷生物合成途径中的关键酶,其活性的高低决定了三萜皂苷、植物甾醇等后续次生代谢物的含量.对鲨烯合酶进行正选择位点分析,可为识别重要的功能位点提供有意义的信息.本研究在克隆获得五加科三七、葫芦科绞股蓝鲨烯合酶cDNA的基础上,结合GenBank中所登载的植物鲨烯合酶cDNA序列信息,利用位点模型检测并分析了38种陆生植物鲨烯合酶的适应性进化.结果显示,进化上相对保守的鲨烯合酶受到正选择作用,检测到的21个正选择位点大部分集中于第2跨膜区及其两侧,其中189S、194S、196S、265I、389P、390T、408A、410R和414N等9个位点很可能与鲨烯合酶的活性有关.本研究从分子进化角度为调控三萜类化合物的生物合成提供了一个新的思路. 展开更多
关键词 鲨烯合酶 适应性进化 正选择 陆生植物
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新生儿耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌耐药性及耐药基因研究 被引量：4
3
作者 黄维真 梁军荣 +5 位作者 王双杰 张清 唐银琳 黄昌园 黄丽英 潘新年 《检验医学与临床》 CAS 2016年第15期2100-2102,共3页
目的研究临床分离自新生儿的耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌的耐药性及碳青霉烯酶耐药基因类型。方法收集2013年12月至2015年12月南宁市2家妇幼保健院住院新生儿临床分离碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌8株。使用生物梅里埃公司的VITEK-2Compact全... 目的研究临床分离自新生儿的耐碳青霉烯肺炎克雷伯菌的耐药性及碳青霉烯酶耐药基因类型。方法收集2013年12月至2015年12月南宁市2家妇幼保健院住院新生儿临床分离碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌8株。使用生物梅里埃公司的VITEK-2Compact全自动细菌鉴定仪对细菌进行鉴定以及菌株最低抑菌浓度(MIC)检测。改良Hodge试验筛选碳青霉烯酶阳性菌株,乙二胺四乙酸(EDTA)纸片增效试验筛选产金属酶菌株。PCR扩增碳青霉烯酶基因(KPC、GES、SME、NMC、IMI、IMP、NDM-1、VIM、SIM),并对PCR阳性产物测序鉴定,测序结果与GenBank数据库进行比对。结果药敏结果显示,8株耐药菌株对大部分临床常用抗菌药物高度耐药,对氟喹诺酮类抗菌药物和氨基糖苷类抗菌药物有较高的敏感性。表型确认试验显示,6株改良Hodge试验阳性,7株EDTA协同试验阳性。8株碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌均携带IMP-4碳青霉烯酶基因,未检出KPC、GES、SME、NMC、IMI、NDM-1、VIM、SIM型碳青霉烯酶基因。结论本地区新生儿碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌对多种抗菌药物的耐药率较高,新生儿临床分离碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌主要耐药机制是产B类碳青霉烯酶,IMP-4是其主要酶型。 展开更多
关键词 新生儿 肺炎克雷伯菌 耐药性 碳青霉烯类 耐药基因
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3种广西钩藤属药用植物的RAPD多态性分析 被引量：3
4
作者 徐鹏 吴耀生 +5 位作者 黄瑞松 周娟 罗育 李科志 唐银琳 刘镛 《时珍国医国药》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期703-705,共3页
目的运用随机扩增多态性技术探索广西钩藤属药用植物的遗传多态性,为其种质鉴定提供依据。方法采用优化的试剂盒提取法提取大叶钩藤、白钩藤、毛钩藤3种植物的总DNA。用经过筛选的18条10个碱基的随机引物进行PCR扩增。结果优化后的试剂... 目的运用随机扩增多态性技术探索广西钩藤属药用植物的遗传多态性,为其种质鉴定提供依据。方法采用优化的试剂盒提取法提取大叶钩藤、白钩藤、毛钩藤3种植物的总DNA。用经过筛选的18条10个碱基的随机引物进行PCR扩增。结果优化后的试剂盒提取法可有效获取3种钩藤属植物的基因组DNA,18条随机引物扩增得到条带共260条,其中多态性条带231条,多态率达到88.9%,扩增效果好。按UPGMA法进行聚类分析,计算其遗传相似系数,结果显示,5份钩藤供试材料聚为3类。结论 3种广西钩藤属药用植物的聚类结果与其种和地理区域远近一致,与形态学观察可能存在差异。所得RAPD标记可用于钩藤属药用植物的多态性研究,并为今后开发遗传鉴定的分子标记奠定基础。 展开更多
关键词 钩藤属 基因组DNA RAPD 多态性
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绞股蓝法呢基焦磷酸合酶基因的克隆及其序列分析 被引量：8
5
作者 蒋东 唐银琳 +1 位作者 陶晨陈 吴耀生 《生物技术通讯》 CAS 2014年第2期198-202,共5页
目的：克隆并分析绞股蓝法呢基焦磷酸合酶（FPS）基因的全长序列。方法：参照罗汉果法呢基焦磷酸合酶基因，设计扩增绞股蓝FPS基因的3’RACE引物，采用3＇RACE和5＇RACE法克隆绞股蓝FPS基因全长eDNA。结果：获得绞股蓝FPS基因全长eDNA... 目的：克隆并分析绞股蓝法呢基焦磷酸合酶（FPS）基因的全长序列。方法：参照罗汉果法呢基焦磷酸合酶基因，设计扩增绞股蓝FPS基因的3’RACE引物，采用3＇RACE和5＇RACE法克隆绞股蓝FPS基因全长eDNA。结果：获得绞股蓝FPS基因全长eDNA序列共1288个核苷酸，包含一个1026核苷酸的开放读框，编码342个氨基酸残基，推断该蛋白的相对分子质量为3．94x10^4。NCBIBlast结果显示绞股蓝FPS基因编码蛋白的氨基酸序列与已知的植物FPS氨基酸序列的同源性为91％～74％，核酸序列的同源性为88％-78％。结论：克隆了绞股蓝FPS基因全长eDNA序列，为进一步研究绞股蓝FPS基因的表达及三萜皂苷合成通路关键酶分子的进化奠定了基础。 展开更多
关键词 绞股蓝 法呢基焦磷酸合酶 基因克隆 序列分析
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基于DNA条形码(ITS2)的绞股蓝与其混伪品的分子鉴定方法分析 被引量：2
6
作者 刘镛 唐银琳 +2 位作者 吴铁 吴耀生 蒋东 《中外医疗》 2012年第29期105-106,共2页
目的探讨基于ITS2序列的绞股蓝与其混伪品鉴定的新方法。方法从GenBank中下载绞股蓝及其混伪品的ITS2序列,用软件MEGA4.0等进行相关数据分析,通过ITS2数据库预测ITS2二级结构,并用最大简约法构建系统发育树。结果绞股蓝与其混伪品的ITS... 目的探讨基于ITS2序列的绞股蓝与其混伪品鉴定的新方法。方法从GenBank中下载绞股蓝及其混伪品的ITS2序列,用软件MEGA4.0等进行相关数据分析,通过ITS2数据库预测ITS2二级结构,并用最大简约法构建系统发育树。结果绞股蓝与其混伪品的ITS2序列存在差异,其二级结构在4个螺旋区的茎环数目、大小、位置以及螺旋发出时的角度均有明显差异,绞股蓝最大种内K2P遗传距离远远小于其与混伪品的最小种间K2P遗传距离,构建的系统发育树显示绞股蓝与其混伪品可明显分开。结论基于DNA条形码的ITS2序列为绞股蓝及其混伪品的准确、简便鉴定提供了新的分子鉴定方法。 展开更多
关键词 绞股蓝 ITS2序列 混伪品 分子鉴定
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NK细胞对激素敏感型肾病综合征患儿预后判断的价值 被引量：4
7
作者 周晖登 黄海锋 +1 位作者 唐银琳 荆俊鹏 《现代免疫学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期41-44,共4页
为探讨NK细胞在肾病综合征患儿中的临床价值,选取激素敏感型原发性肾病综合征(steroid-sensitive nephrotic syndrome, SSNS)患儿共63例,对照组30例,采用流式细胞术检测患儿治疗前后淋巴细胞亚群(CD4^+、CD8^+、CD4^+/CD8^+、CD19^+)和N... 为探讨NK细胞在肾病综合征患儿中的临床价值,选取激素敏感型原发性肾病综合征(steroid-sensitive nephrotic syndrome, SSNS)患儿共63例,对照组30例,采用流式细胞术检测患儿治疗前后淋巴细胞亚群(CD4^+、CD8^+、CD4^+/CD8^+、CD19^+)和NK细胞,并在患儿出院后对其进行随访。结果显示治疗后患儿NK细胞水平显著升高(P<0.05),NK细胞水平与患儿预后显著相关。提示激素治疗能够显著影响SSNS患儿体内NK细胞的水平, NK细胞可以作为一个评估SSNS患儿预后的指标。 展开更多
关键词 自然杀伤细胞 肾病综合征 流式细胞术 淋巴细胞亚群
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