陕西地区血小板供者基因数据库拓展性应用的研究

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作者 齐珺 曹晓莉 +9 位作者 胡欣 李凤琴 孙振东 李昱辉 王满妮 王天菊 武君华 尚利侠 陈乐 徐华 《中国输血杂志》 CAS 2023年第7期637-641,共5页

目的通过分析本地区无偿献血与造血干细胞捐献群体之间的共性和特性,挖掘包括血小板基因供者库在内的无偿献血者与造血干细胞捐献者资料库间的融合潜力,提高招募成功率和已知结果库存率。方法应用数据库建模和比对方法对本市近10年无偿... 目的通过分析本地区无偿献血与造血干细胞捐献群体之间的共性和特性,挖掘包括血小板基因供者库在内的无偿献血者与造血干细胞捐献者资料库间的融合潜力,提高招募成功率和已知结果库存率。方法应用数据库建模和比对方法对本市近10年无偿献血者与中华骨髓库陕西分库造血干细胞捐献者之间的匹配度和融合度进行筛选分层,采用Arlequin 3.5.2.2软件计算HLA、HPA基因频率及单体型频率,并根据表型频率计算不同血小板供者后备库中找到HLA、HPA全匹配供者概率。结果在本地区已入库造血干细胞志愿捐献者中,依据其献血行为挖掘出的活跃献血者分别划分为血小板供者库后备一、二、三、四梯队,分别为696名、2752名、9092名和12028名捐献者。第一梯队具有10~50次血小板捐献经历和10~20次全血捐献经历的占比最高,分别为13.65%和26.01%;第二梯队具有10~20次全血捐献经历和10~50次血小板捐献经历者占比分别为15.04%和1.38%,与其他梯队献血特征有差异(P<0.05)。在现有血小板库+一二梯队的核心库容中(n=4955),患者找到至少1名HLA-A,B表型相同的供者的概率可达69.02%;当考虑到ABO和HPA同型时,找到至少1名HLA、HPA全相合且ABO同型供者概率(B型为例)为48.73%。结论西安地区全血捐献、单采血小板捐献和造血干细胞捐献这3类群体存在较大交叉分布性,与从头开始扩充库容相比,造血干细胞捐献者资料库中的活跃献血者是血小板供者库的后备有声力量,在扩大有效库容的同时能够最大限度降低建库成本和资源需求。 展开更多

关键词 人类白细胞抗原 血小板特异性抗原 血小板输注无效 造血干细胞捐献者资料库 血小板基因供者库

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陕西地区汉族人群KIR 基因多态性的研究

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作者 王天菊 尚利侠 +5 位作者 徐华 武君华 陈乐 王满妮 王小芳 齐珺 《临床输血与检验》 CAS 2023年第2期225-230,共6页

目的研究陕西地区汉族人群自然杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)基因多态性及基因型特点。方法随机抽取474名陕西地区造血干细胞无偿捐献者外周血,KIR基因分型采用聚合酶链式反应-序列特异性引物扩增技术;基因型参照等位基因频率网络数据... 目的研究陕西地区汉族人群自然杀伤细胞免疫球蛋白样受体(KIR)基因多态性及基因型特点。方法随机抽取474名陕西地区造血干细胞无偿捐献者外周血,KIR基因分型采用聚合酶链式反应-序列特异性引物扩增技术;基因型参照等位基因频率网络数据库(AFND)中的命名序号。结果陕西地区汉族人群中,存在于所有个体的基因有KIR 3DP 1、3DL 2、3DL 3、2DL 3和2DL 4。KIR 2DS 4、3DL 1、2DL 1、2DP 1、2DS 3、2DL 2、2DS 2、2DS 5、2DS 1、3DS 1、2DL 5基因频率分别为67.51%、96.20%、98.52%、99.37%、15.61%、20.89%、25.74%、29.32%、37.55%、37.76%、40.30%。共发现44种KIR基因型,其中以ID号为1、195、2、10、79最为常见,其频率分别为29.96%、13.08%、8.02%、5.91%、5.48%。结论陕西地区汉族人群KIR基因和基因型与中国汉族人群KIR分布有一些共同特点,同时有自身的分布特征。 展开更多

关键词 杀伤细胞免疫球蛋白样受体 基因多态性 基因型

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HLA-DRB1,-DQB1,-DPB1等位基因及单体型多态性与北方汉族急性髓系白血病(非M3型)的关联性研究 被引量：2

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作者 齐珺 王天菊 +7 位作者 陈乐 王满妮 王小芳 杜丹 尚利侠 武君华 房婕 李恒新 《中国输血杂志》 CAS 2021年第2期101-106,共6页

目的探讨HLAⅡ类(-DRB1,-DQB1,-DPB1)等位基因及单体型多态性与北方汉族急性髓系白血病(acute myeloid leukemia, AML)的易感相关性。方法以824名正常非亲缘造血干细胞捐献者(2016年1月—2019年9月)为对照,应用聚合酶链反应-测序分型(PC... 目的探讨HLAⅡ类(-DRB1,-DQB1,-DPB1)等位基因及单体型多态性与北方汉族急性髓系白血病(acute myeloid leukemia, AML)的易感相关性。方法以824名正常非亲缘造血干细胞捐献者(2016年1月—2019年9月)为对照,应用聚合酶链反应-测序分型(PCR-SBT)、下一代测序(NGS-ION S5TM)技术、基于LABScan? 3D平台的聚合酶链反应-序列特异寡核苷酸探针技术(PCR-SSO)等方法对308例AML(非M3型)患者进行HLAⅡ类(-DRB1,-DQB1,-DPB1)基因高分辨分型,用Arlequin 3.5.2.2软件计算HLA基因频率和单体型频率,计算疾病优势比(odds ratio,OR)进行病例对照研究。结果经χ^(2)检验、连续校正显示非M3型AML患者的HLA-DRB1*07∶01(14.61%vs 9.53%,P<0.01)、HLA-DQB1*02∶02(12.82%vs 8.31%,P<0.01)、HLA-DQB1*06∶02(11.53%vs 8.74%,P<0.05)和HLA-DPB1*17∶01(5.84%vs 3.16%,P<0.01)基因频率显著高于对照组,经Bonferroni校正后HLA-DRB1*07∶01(Pc<0.05)、HLA-DQB1*02∶02(Pc<0.05)和HLA-DPB1*17∶01(Pc<0.05)频率仍高于对照组,与AML呈强相关,OR分别为1.62(95%CI=1.23~2.14)、1.62(95%CI=1.21~2.18)和1.91(95%CI=1.23~2.94);AML患者的2座位单体型HLA-DRB1*07∶01-DQB1*02∶02频率经Bonferroni校正后仍高于对照组(12.66%vs 8.19%,Pc<0.05);3座位单体型HLA-DRB1*07∶01-DQB1*02∶02-DPB1*17∶01频率高于对照组,与AML呈强相关,是AML的易感单体型。结论本研究首次获得HLAⅡ(-DRB1,-DQB1,-DPB1)基因及单体型多态性与北方汉族AML相关性的资料,HLA-DRB1*07∶01、HLA-DQB1*02∶02、HLA-DPB1*17∶01及单体型HLA-DRB1*07∶01-DQB1*02∶02-DPB1*17∶01是北方汉族发生AML的风险基因及易感单体型,基于HLA单体型的风险预测可能比基于单个等位基因的风险计算更为精确。 展开更多

关键词 急性髓系白血病 人类白细胞抗原 HLAⅡ类 单体型 基因频率

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陕西地区血小板HLA/HPA基因供者库的建库评估及应用策略 被引量：2

4

作者 齐珺 李昱辉 +7 位作者 王天菊 李凤琴 武君华 尚利侠 陈乐 王满妮 房婕 徐华 《中国输血杂志》 CAS 2022年第8期799-804,共6页

目的探讨陕西地区血小板HLA/HPA基因供者库合适的库容水平及匹配概率,为本地区血小板供者库的建设、维护及应用提供数据支持。方法以11755名中华骨髓库陕西分库造血干细胞志愿捐献者、401名和249名陕西地区无血缘关系多次单采血小板捐... 目的探讨陕西地区血小板HLA/HPA基因供者库合适的库容水平及匹配概率,为本地区血小板供者库的建设、维护及应用提供数据支持。方法以11755名中华骨髓库陕西分库造血干细胞志愿捐献者、401名和249名陕西地区无血缘关系多次单采血小板捐献者为对象,分别进行HLA基因多态性分析、HPA基因分型和CD36抗原检测,应用Arlequin 3.5.2.2软件计算HLA、HPA基因频率及单体型频率,并根据表型频率计算找到HLA、HPA全匹配供者概率,评估库容水平。结果获得了陕西地区HLA-A、-B及HPA1-6、10、15、21表型群体多态性资料,在249例健康捐献者中检测到CD36抗原Ⅰ型和Ⅱ型缺失频率均为0.40%(1/249);计算推导得到当血小板供者库库容为194人时,患者有95%的把握能在该库中找到至少1名HPA1-6、10、15、21全匹配供者;1个1500人的血小板供者库有95%的概率可以找到1名HLA-A-B表型频率>0.002或单体型频率>0.001的相同供者,而找到任何1个交叉反应组(CREG)匹配的供者概率应在44.95%~97.57%之间;当供者数为8856、15033时,患者找到1名HLA表型相同的供者的概率可提高至80%和90%。结论在可靠的群体性多态性资料的支撑下,不同地区人群HLA/HPA的分布差异使得各地血小板供者库的建库模式和最适库容不尽相同,有必要应用多种血小板配合型输注策略扩大供者选择范围,从而有效降低建库成本和资源需求。 展开更多

关键词 人类白细胞抗原 血小板特异性抗原 基因多态性 血小板输注无效 血小板供者资料库

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HLA-DPB1 TCE错配及表达模型在同胞相合造血干细胞移植中的评估 被引量：1

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作者 齐珺 王天菊 +7 位作者 郝剑 尚利侠 王满妮 武君华 陈乐 王小芳 房婕 李恒新 《中国输血杂志》 CAS 2020年第9期876-880,共5页

目的回顾性调查陕西籍汉族同胞相合造血干细胞移植(HSCT)供受者HLA-DPB1配合情况以及HLA-DPB1 3′-UTR rs9277534分型,运用TCE(T-cell epitope)和表达模型进行风险评估。方法应用聚合酶链反应-测序分型(PCR-SBT)、下一代测序(NGS-ION S5... 目的回顾性调查陕西籍汉族同胞相合造血干细胞移植(HSCT)供受者HLA-DPB1配合情况以及HLA-DPB1 3′-UTR rs9277534分型,运用TCE(T-cell epitope)和表达模型进行风险评估。方法应用聚合酶链反应-测序分型(PCR-SBT)、下一代测序(NGS-ION S5TM)技术、基于LABScan■ 3D平台的聚合酶链反应-序列特异寡核苷酸探针技术(PCR-SSO)等方法对64对HLA-A,B,C,DRB1,DQB1 10/10相合的同胞供受者进行HLA-DPB1基因分型和新等位基因的确证,对DPB1错配供受者rs9277534 SNP位点进行测序,依据DPB1 T-Cell Epitope Algorithm version 3.0和rs9277534基因型进行TCE模型和表达模型预测。结果在64例HSCT受者中共计检出14种DPB1等位基因,其中DPB1*05∶01∶01G、DPB1*02∶01和DPB1*04∶01∶01G频率分布最高,分别占31.25%、20.31%和16.41%;发现新等位基因1例,于2020年6月26日被正式命名为HLA-DPB1*1120∶01;检出的3对错配供受者均为单一DPB1位点不合,DPB1座位热点交换率为4.69%,且均为不允许错配(non-PM);rs9277534基因型分别为AG/AG、AG/GG和AA/AG,供受对1较供受对2和3可能存在更高发生急性移植物抗宿主病(aGVHD)的风险。结论同胞相合HSCT中仍需关注HLA-DPB1呈现的TCE不允许错配及表达模型所预示的移植后风险。 展开更多

关键词 造血干细胞移植 HLA-DPB1 T细胞表位 rs9277534 急性移植物抗宿主病

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Wipe Test在HLA组织配型实验室污染监测及预防管理中的应用 被引量：1

6

作者 武君华 尚利侠 +5 位作者 陈乐 王小芳 王天菊 王满妮 房婕 齐珺 《检验医学与临床》 CAS 2020年第3期358-362,共5页

目的建立人类白细胞抗原(HLA)组织配型实验室常规DNA污染监测试验体系,预防和消除可能会干扰检测准确性的PCR产物或基因组DNA的污染。方法设计含多种阴阳性对照和各关键监测点的完整反应链,针对HLA-Ⅰ类和Ⅱ类基因扩增区域内的非多态区... 目的建立人类白细胞抗原(HLA)组织配型实验室常规DNA污染监测试验体系,预防和消除可能会干扰检测准确性的PCR产物或基因组DNA的污染。方法设计含多种阴阳性对照和各关键监测点的完整反应链,针对HLA-Ⅰ类和Ⅱ类基因扩增区域内的非多态区进行引物特异性PCR,琼脂糖凝胶电泳测定扩增产物;对被污染监测点进行局部灭活处理后对相应监测点重新采样进行灭活验证;同时采取不定期抽查监测与定期全面监测相结合的方式确保实验过程零污染。结果灭活处理及整改后,所监测HLA基因分型实验过程中的核酸抽提区、PCR加样区、PCR扩增区、下游产物处理区4个区域的主要监测点污染监测结果均合格。结论该研究建立的以Wipe Test为核心的DNA防污染监测实验体系能够有效监测和灭活验证可能会干扰检测准确性的PCR产物或基因组DNA的污染,是HLA组织配型实验室质量控制管理程序的重要组成部分。 展开更多

关键词 HLA组织配型实验室 擦拭试验 污染监测

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单体型相合造血干细胞移植后受者HLA嵌合表型分析

7

作者 王天菊 齐珺 +6 位作者 李恒新 王满妮 房婕 徐华 武君华 尚利侠 陈乐 《中国输血杂志》 CAS 2022年第4期455-459,共5页

目的分析和鉴定亲缘HLA半相合造血干细胞移植5年后受者HLA-A/B/C/DRB1/DQB1基因型1例。方法采用一代测序和序列特异性寡核苷酸探针分别对血液和口腔拭子样品进行基因分型。结果在HLA半相合造血干细胞移植5年后,该受者血液HLA分型为供者... 目的分析和鉴定亲缘HLA半相合造血干细胞移植5年后受者HLA-A/B/C/DRB1/DQB1基因型1例。方法采用一代测序和序列特异性寡核苷酸探针分别对血液和口腔拭子样品进行基因分型。结果在HLA半相合造血干细胞移植5年后,该受者血液HLA分型为供者型:A^(*)33∶03-B^(*)58∶01-C^(*)01∶02/03∶02-DQB1;03∶01-DRB1;12∶01,A^(*)11∶01-B^(*)54∶01-C^(*)01∶02/03∶02-DQB1;05∶03-DRB1;14∶05;口腔拭子HLA分型为患者和供者嵌合体型∶A^(*)24∶02-B^(*)46∶01-C^(*)01∶02/03∶02-DQB1;06∶01-DRB1;08∶03,A^(*)33∶03-B^(*)58∶01-C^(*)01∶02/03∶02-DQB1;03∶01-DRB1;12∶01,A^(*)11∶01-B^(*)54∶01-C^(*)01∶02/03∶02-DQB1;05∶03-DRB1;14∶05。结论HLA基因分型为HLA半相合造血干细胞移植后受者的嵌合状态提供了一定的实验和数据支持,随着后续的研究和受者检测的增多,HLA基因分型将为移植后受者的免疫状态和疾病进展提供更多的参考。 展开更多

关键词 异基因造血干细胞移植 人类白细胞抗原 测序 嵌合体

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3个HLA-A新等位基因的序列分析及确认

8

作者 尚利侠 齐珺 +5 位作者 武君华 陈乐 王满妮 王小芳 房婕 王天菊 《临床输血与检验》 CAS 2021年第6期728-732,共5页

目的确认3个HLA新等位基因,并分析其核苷酸和氨基酸序列。方法应用DNA测序分型技术(Sanger测序)对2018年中国造血干细胞捐献者资料库入库样本A/B/C/DRB1/DQB1位点进行常规检测,采用二代测序(Next Generation Sequence,NGS)方法对Sanger... 目的确认3个HLA新等位基因,并分析其核苷酸和氨基酸序列。方法应用DNA测序分型技术(Sanger测序)对2018年中国造血干细胞捐献者资料库入库样本A/B/C/DRB1/DQB1位点进行常规检测,采用二代测序(Next Generation Sequence,NGS)方法对Sanger测序检测到A位点无匹配结果的3个样本进行测序确认,所得序列与已知同源性最高的等位基因序列进行比对,分析其核苷酸序列的差异。结果样本1与其同源性最高的A^(*)02:07:01相比,第3外显子520碱基发生G>A变异,导致第174位密码子GCC>ACC,氨基酸由丙氨酸(Ala)变成苏氨酸(Thr);样本2与其同源性最高的A^(*)02:06:01相比,第4外显子641碱基发生C>T变异,导致第214位密码子ACT>ATT,氨基酸由苏氨酸(Thr)变成异亮氨酸(Ile);样本3与其同源性最高的A^(*)02:01:01相比,第4外显子652碱基发生G>C变异,导致第218位密码子GTC>CTC,氨基酸由缬氨酸(Val)变成亮氨酸(Leu)。结论3个等位基因均为HLA-A新等位基因,被世界卫生组织HLA因子命名委员会分别正式命名为:HLA-A^(*)02:897、HLA-A^(*)02:898、HLA-A^(*)02:899。 展开更多

关键词 HLA等位基因 碱基变异 二代测序

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下一代测序鉴定新等位基因HLA-DQB1*04:74和HLA-DRB1*07:01:23序列及家系调查

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作者 武君华 王满妮 +5 位作者 王天菊 王小芳 尚利侠 陈乐 房婕 齐珺 《中国实验诊断学》 2021年第10期1489-1494,共6页

人类对主要组织相容性复合物(MHC)的研究起源于同种异体组织器官移植和移植物的急性排斥反应。人类的MHC称为白细胞抗原(HLA)系统。HLA主要的遗传特征是共显性、多基因性和极度丰富的多态性。1958年第一个HLA抗原被检出,经过数十年的发... 人类对主要组织相容性复合物(MHC)的研究起源于同种异体组织器官移植和移植物的急性排斥反应。人类的MHC称为白细胞抗原(HLA)系统。HLA主要的遗传特征是共显性、多基因性和极度丰富的多态性。1958年第一个HLA抗原被检出,经过数十年的发展,相关工作者一直努力应对HLA不断扩大的等位基因数量。截至2020年4月更新的国际免疫遗传IMGT/HLA数据库3.40.0版(http//:www.ebi.ac.uk/imgt/hla/stats.html)显示,共计发现HLA-A座位等位基因6082种,B座位等位基因7255种,C座位等位基因5842种,DRB1座位等位基因2706种,DQB1座位等位基因1826种。 展开更多

关键词 家系调查 急性排斥反应 HLA抗原 移植物 器官移植 免疫遗传 下一代测序 遗传特征

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罕见等位基因HLA-C*08:84碱基序列和蛋白分子三维结构分析

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作者 王天菊 齐珺 +7 位作者 李恒新 郝剑 王小芳 王满妮 房婕 武君华 尚利侠 陈乐 《中华医学遗传学杂志》 CAS CSCD 2021年第8期798-802,共5页

目的鉴定1例人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)罕见等位基因C*08:84,并调查该基因的家系遗传情况,预测分析其氨基酸残基改变在编码蛋白分子三维空间结构影响。方法应用单核苷酸序列分析、序列特异性寡核苷酸探针聚合酶链反... 目的鉴定1例人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)罕见等位基因C*08:84,并调查该基因的家系遗传情况,预测分析其氨基酸残基改变在编码蛋白分子三维空间结构影响。方法应用单核苷酸序列分析、序列特异性寡核苷酸探针聚合酶链反应及单等位基因组特异性测序确定HLA-C分型并对该基因的先证者进行家系调查。应用Swiss-Model服务器,Phyre2和FATCAT在线软件对其三级结构进行模拟分析,对差异氨基酸结构和所处位置及可能的影响进行推测。结果家系分析表明HLA-C*08:84来自先证者母亲,与同源性最高的HLA-C*08:01相比较存在g.512G>C(p.Trp147Ser)变异。其编码三级结构模拟分析表明氨基酸变异位置为α2链,该位置参与构成抗原多肽结合凹槽F。C*08:84与C*08:01、C*08:02、C*08:03、C*08:22肽结合区182个氨基酸主链分子间抗原结合槽均方根偏差(RMSD)分别为1.70 nm、1.79 nm、0.71 nm、1.70 nm。结论确认并分析了罕见等位基因C*08:84,对其临床意义进行初步探讨和分析。 展开更多

关键词 人类白细胞抗原 罕见等位基因 HLA三维结构模拟分析

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T细胞表位模型和表达模型对非亲缘造血干细胞移植供受者HLA-DPB1基因错配风险的预测功能评估

11

作者 齐珺 王天菊 +6 位作者 王满妮 尚利侠 陈乐 王小芳 李昱辉 徐华 马超锋 《中华医学杂志》 CAS 2024年第11期850-856,共7页

目的评估T细胞表位(TCE)模型和表达模型对人类白细胞抗原(HLA)相合非亲缘造血干细胞移植(MUD-HSCT)供受者HLA-DPB1基因错配风险的预测功能。方法回顾性分析2016至2019年陕西省血液中心进行HLA高分辨分型确认的MUD-HSCT供受者364例(182对... 目的评估T细胞表位(TCE)模型和表达模型对人类白细胞抗原(HLA)相合非亲缘造血干细胞移植(MUD-HSCT)供受者HLA-DPB1基因错配风险的预测功能。方法回顾性分析2016至2019年陕西省血液中心进行HLA高分辨分型确认的MUD-HSCT供受者364例(182对)。182例受者中,男121例,女61例,年龄(26.3±14.2)岁;182例供者中,男148例,女34例,年龄(33.7±7.5)岁。应用聚合酶链反应-测序分型(PCR-SBT)、下一代测序(NGS)技术和基于LABScan^(■)3D平台的聚合酶链反应-序列特异寡核苷酸探针技术(PCR-SSO)等进行HLA-A、B、C、DRB1、DQB1、DPB1基因高分辨分型,采用PCR-SBT进行单核苷酸多态性(SNP)分型,运用TCE模型和表达模型评估MUD-HSCT供受者HLA-DPB1基因错配模式和急性移植物抗宿主病(aGVHD)风险。结果检出26种HLA-DPB1等位基因及其3′-UTR rs9277534 SNP基因型,发现并正式命名2个新等位基因HLA-DPB1^(*)1052∶01和HLA-DPB1^(*)1119∶01。HLA-DPB1基因总错配率达90.66%(165/182),TCE模型允许错配占47.80%(87/182),不允许错配占42.86%(78/182);移植物抗宿主(GvH)方向的不允许错配为13.73%(25/182),宿主抗移植物(HvG)方向的不允许错配为29.12%(53/182)。TCE模型中共有73对供受者符合表达模型评估标准,其中TCE允许错配组的受者DP5错配占34.25%(25/73),根据表达模型预测其移植后aGVHD风险为高风险;TCE不允许错配组的受者DP2错配占6.85%(5/73),受者DP5错配占10.86%(8/73),均被预测为aGVHD高风险。两种模型之间的整体一致性为27.27%,不一致性为16.97%。结论TCE模型和表达模型是预测MUD-HSCT供受者HLA-DPB1基因错配风险的有效工具,综合应用两种模型有助于移植风险分层评估。 展开更多

关键词 人类白细胞抗原 T细胞表位 表达水平 单核苷酸多态性 造血干细胞移植 允许错配 不允许错配

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