目的分析2019年青岛市从3例有摩洛哥旅行史甲型肝炎(甲肝)病例中检测到的甲肝病毒(Hepatitis A virus,HAV)株基因特征和感染来源。方法对甲肝病例进行流行病学调查,采集急性期血清标本并提取HAV核酸,采用巢式RT-PCR扩增和/或拼接HAV VP1...目的分析2019年青岛市从3例有摩洛哥旅行史甲型肝炎(甲肝)病例中检测到的甲肝病毒(Hepatitis A virus,HAV)株基因特征和感染来源。方法对甲肝病例进行流行病学调查,采集急性期血清标本并提取HAV核酸,采用巢式RT-PCR扩增和/或拼接HAV VP1-2A区和近全基因组核苷酸序列并构建系统进化树,分析本研究HAV与GenBank中参考株的核苷酸和氨基酸同源性以确定基因型,分析主要中和抗原表位关键氨基酸位点突变和基因重组。结果3例甲肝病例在发病潜伏期内有摩洛哥旅行史和半生食贝类海产品史,并检测到HAV核酸。3株HAV均位于系统进化树的ⅠA基因亚型欧洲分支,且在VP1-2A区与ⅠA亚型参考株的核苷酸和氨基酸差异分别仅为0.29%-7.45%和0.00%-2.59%;病例1感染的HAV与2018年爱尔兰分离株18IRL89195近全基因组的核苷酸序列同源性最高(98.41%),仅在编码区的3D区第80位(V/L)和第372位(K/R)氨基酸不同。病例2和病例3感染的HAV近全基因组序列完全相同,与2016年法国污水分离株G22-029的核苷酸和氨基酸同源性最高,分别为99.85%和100%。未发现3株HAV存在主要中和抗原表位关键氨基酸位点突变和基因重组。结论本研究HAV毒株属于ⅠA基因亚型,推测为境外感染且可能与半生食贝类海产品有关。展开更多
目的对猪肝中戊型肝炎病毒(hepatitis E virus,HEV)核酸检测方法进行优化和比较,为动物内脏标本中HEV检测提供技术参考。方法分别采用三种方法(PBS匀浆处理法、蛋白酶K处理法、氯仿抽提法)对人工污染HEV粪便悬液的猪肝标本进行前处理和...目的对猪肝中戊型肝炎病毒(hepatitis E virus,HEV)核酸检测方法进行优化和比较,为动物内脏标本中HEV检测提供技术参考。方法分别采用三种方法(PBS匀浆处理法、蛋白酶K处理法、氯仿抽提法)对人工污染HEV粪便悬液的猪肝标本进行前处理和病毒核酸提取,通过HEV RT-qPCR检测,比较HEV回收率、抑制率。将筛选出的最优的HEV检测方法应用于市售猪肝检测,对检出的阳性标本进行HEV基因分型。结果PBS匀浆处理法、蛋白酶K处理法、氯仿抽提法的HEV回收率分别为9.88%、0.19%和17.28%。蛋白酶K处理法的回收率小于1%,舍弃该方法,对其他两种方法进行t检验,结果表明两种方法回收率的差异具有统计学意义(t=26.801,P<0.001),氯仿抽提法的回收率较高。三种方法的抑制率均小于75%,在ISO/TS 15216-2∶2019标准的范围内。在192份市售猪肝标本中检出17份HEV RNA阳性标本,核酸阳性率为8.85%,其中5份标本HEV基因分型成功,均为基因4型。结论用氯仿抽提法对猪肝进行前处理,病毒回收效果较好,且在市售猪肝标本中检出HEV核酸阳性标本,该方法可用于食品中病毒的检测。展开更多
目的分析大连市甲型肝炎(甲肝)病毒(Hepatitis A virus,HAV)流行株基因特征。方法采集大连市2020年部分甲肝病例急性期血清或粪便标本,提取HAV核酸,采用巢式RT-PCR扩增目的基因,构建HAV获得序列与GenBank中参考序列的系统进化树,分析HA...目的分析大连市甲型肝炎(甲肝)病毒(Hepatitis A virus,HAV)流行株基因特征。方法采集大连市2020年部分甲肝病例急性期血清或粪便标本,提取HAV核酸,采用巢式RT-PCR扩增目的基因,构建HAV获得序列与GenBank中参考序列的系统进化树,分析HAV序列VP1-2A区核苷酸和氨基酸同源性,确定基因型。结果从甲肝病例标本中获得54条HAV序列,核苷酸、氨基酸同源性分别为97.15%-100%、98.13%-100%,属于ⅠA基因亚型。获得序列与中国内地序列中2014年辽宁省丹东市、2019-2020年山东省烟台市和威海市序列的核苷酸同源性最高,为98.42%-99.69%;与其他国家序列中日本、意大利HAV序列的核苷酸同源性最高,为99.07%-100%。在获得序列中,53条序列的氨基酸同源性为100%,1条序列与其存在2个氨基酸差异。结论大连市2020年HAV优势流行株为ⅠA基因亚型,甲肝可能具有多个传播链和相同感染来源。HAV基因型监测有助于HAV溯源和及时采取应对措施。展开更多
目的对牡蛎中戊型肝炎病毒(hepatitis E virus,HEV)检测方法进行比较,为牡蛎中HEV的检测提供技术参考。方法参考欧盟ISO/TS 15216-2∶2019,用蛋白酶K消化法对人工污染HEV粪便悬液的牡蛎消化腺标本进行前处理后,分别用四种核酸提取方法进...目的对牡蛎中戊型肝炎病毒(hepatitis E virus,HEV)检测方法进行比较,为牡蛎中HEV的检测提供技术参考。方法参考欧盟ISO/TS 15216-2∶2019,用蛋白酶K消化法对人工污染HEV粪便悬液的牡蛎消化腺标本进行前处理后,分别用四种核酸提取方法进行HEV RNA提取,通过Real time RT-PCR检测,比较HEV回收率;分别用蛋白酶K消化法、蛋白酶K消化+PEG沉淀法和蛋白酶K消化+PEG沉淀+氯仿抽提法对人工污染的牡蛎消化腺标本进行前处理,用最优核酸提取方法进行HEV RNA提取,通过Real time RT-PCR检测,比较三种前处理方法的HEV回收率和抑制率。将最优HEV检测方法应用于市售牡蛎标本检测。结果四种核酸提取方法的HEV回收率分别为1.37%,2.50%,4.24%和7.56%,差异有统计学意义(F=847.220,P<0.001);三种前处理方法的HEV回收率分别为6.02%,13.65%和21.17%,差异有统计学意义(F=16.800,P<0.001),蛋白酶K消化+PEG沉淀+氯仿抽提法回收率最高;三种方法的抑制率分别为13.38%,20.98%和8.66%,差异具有统计学意义(F=20.205,P<0.001),蛋白酶K消化+PEG沉淀+氯仿抽提法抑制率最低。在120份市售牡蛎标本中检出一份HEV RNA阳性标本。结论在对牡蛎标本进行HEV检测时,用蛋白酶K消化+PEG沉淀+氯仿抽提法进行前处理,能够提高牡蛎中HEV的回收率,更适用于牡蛎标本的前处理;不同厂家的病毒核酸提取方法的HEV回收率不同,开展检测前应比对筛选,择优使用。展开更多
目的建立甲型肝炎病毒(hepatitis A virus,HAV)数字芯片式RT-PCR(dRT-PCR)方法并与real time RT-PCR(RT-qPCR)方法进行比较,选出适用于检测草莓中HAV的最佳方法。方法提取HAV疫苗RNA,优化dRT-PCR的反应条件,评价其特异性;碱性洗脱-PEG...目的建立甲型肝炎病毒(hepatitis A virus,HAV)数字芯片式RT-PCR(dRT-PCR)方法并与real time RT-PCR(RT-qPCR)方法进行比较,选出适用于检测草莓中HAV的最佳方法。方法提取HAV疫苗RNA,优化dRT-PCR的反应条件,评价其特异性;碱性洗脱-PEG浓缩法对草莓标本进行前处理后提取核酸,同时采用dRT-PCR与RT-qPCR方法,检测纯水或草莓基质中HAV疫苗RNA的敏感性、抑制率;比较人工污染草莓中HAV的回收率,并应用于市售标本中的检测。结果确立了dRT-PCR反应的最适退火温度为60℃,最佳引物、探针浓度为0.4μmol/L、0.4μmol/L、0.2μmol/L,特异度良好;两种检测方法检测HAV疫苗RNA在纯水或草莓基质中的敏感性没有明显差异,dRT-PCR的抑制率较低。dRT-PCR与RT-qRCR在检测较高浓度HAV污染草莓标本时的回收率分别为12.90±0.006%、30.12±0.02%;在检测较低浓度HAV污染草莓标本时的回收率分别为18.27±0.07%、10.85±0.03%,差异均具有统计学意义(P<0.05)。对市售标本进行检测,两种方法检测结果均为阴性。结论本研究建立的dRT-PCR法,与RT-qPCR检测不同基质中的HAV RNA敏感性没有明显差异,但dRT-PCR对PCR反应抑制物有较好的耐受能力,在检测低浓度HAV时回收率较高。两种检测方法均可用于草莓中甲型肝炎病毒的定量检测,可根据具体实际情况进行选择。展开更多
目的比较戊型肝炎病毒(hepatitis E virus,HEV)3种核酸检测方法的敏感性及特异性。方法将HEV基因4型代表株的开放阅读框(open reading frame,ORF)2区部分基因序列克隆至pUC57载体,合成质粒DNA,使用A、B两种实时定量方法检测该质粒,比较...目的比较戊型肝炎病毒(hepatitis E virus,HEV)3种核酸检测方法的敏感性及特异性。方法将HEV基因4型代表株的开放阅读框(open reading frame,ORF)2区部分基因序列克隆至pUC57载体,合成质粒DNA,使用A、B两种实时定量方法检测该质粒,比较最低检出限;使用其他标本做特异性检测。使用3种方法平行检测急性戊肝病例血清标本,比较检测结果。结果A、B方法对质粒DNA的最低检出限均可达35拷贝数/反应,特异度均为100%;A、B和C方法对急性戊肝病例血清标本HEV RNA检出阳性率分别为47.8%(43/90)、43.3%(39/90)和41.1%(37/90),一致率为88.9%(80/90),3种方法的检出率之间无统计学差异(χ^2=0.8414,P=0.6566)。A方法检测Ct值≤34.6或者B方法检测Ct值≤35.6的血清标本,C方法扩增成功率为100%。结论A方法的敏感性和特异性均较高,C方法为灵敏的基因检测方法。展开更多
目的探讨乙型肝炎(乙肝)病毒(Hepatitis B Virus,HBV)脱氧核糖核酸(Deoxyribonucleic Acid,DNA)载量与乙肝病毒e抗原(HBV e Antigen,HBeAg)和抗乙肝病毒e抗原抗体(Antibody to HBeAg,Anti-HBe)定量的相关关系。方法使用美国雅培公司Abbo...目的探讨乙型肝炎(乙肝)病毒(Hepatitis B Virus,HBV)脱氧核糖核酸(Deoxyribonucleic Acid,DNA)载量与乙肝病毒e抗原(HBV e Antigen,HBeAg)和抗乙肝病毒e抗原抗体(Antibody to HBeAg,Anti-HBe)定量的相关关系。方法使用美国雅培公司Abbott Axsym System,采用微粒子捕捉免疫发光技术(Microparticle Enzyme Immunoassay,MEIA),对621份HBV阳性回访人群血清进行HBV五项血清标志物的定性和定量检测;采用美国应用生物技术公司的7500实时聚合酶链反应系统[Real Time Polymerase Chain Reaction(PCR)System],运用PCR荧光探针法检测血清中HBV DNA含量;并进行统计分析。结果 (1)HBeAg阳性组HBV DNA阳性率高于HBeAg阴性组(X^2=44.60,P<0.0001);(2)HBV DNA载量分别与HBeAg、Anti-HBe定量存在对数正相关关系(偏相关系数r=0.65,P<0.0001;r=0.71,P<0.0001)。结论 HBeAg阳性预示HBV复制活跃,血清转换后HBV复制下降,但HBeAg或Anti-HBe定量越高,HBV DNA载量均越高,传染性越强。展开更多
目的观察乙型病毒性肝炎(乙肝)母婴传播阻断效果;探讨母婴传播阻断失败的病毒学因素。方法在四川和甘肃省5家医院招募439名慢性乙肝病毒(Hepatitis B virus,HBV)感染孕妇及其新生儿,开展调查并采集血标本。对新生儿接种全程3剂次乙肝疫...目的观察乙型病毒性肝炎(乙肝)母婴传播阻断效果;探讨母婴传播阻断失败的病毒学因素。方法在四川和甘肃省5家医院招募439名慢性乙肝病毒(Hepatitis B virus,HBV)感染孕妇及其新生儿,开展调查并采集血标本。对新生儿接种全程3剂次乙肝疫苗(Hepatitis B vaccine,HepB),检测母婴HBV血清学标志物和母亲病毒载量,扩增母亲HBV基因序列。结果研究地区乙肝母婴传播阻断成功率为93.39%,失败率为2.73%,无应答率为3.87%。母亲HBV基因型为C(43.01%)、B(37.63%)和D(19.35%);血清型为adr(37.63%)、adw(36.56%)、ayw(21.51%)、不确定型别(3.23%)和ayr(1.08%);阻断成功组和失败组的母亲a抗原决定簇突变率分别为30.59%、25.00%;阻断成功组与失败组的母亲HBV基因型构成、血清型构成以及a抗原决定簇突变率均无显著性差异(Fisher’s精确概率法,P>0.05)。结论研究地区乙肝母婴传播阻断成功率较高。HBV基因型、血清型差异以及a抗原决定簇突变不是影响母婴传播阻断失败的因素。展开更多
现代统计学的重要模型--广义线性混合模型(Generalized Linear Mixed Models,GLMM),在传染病流行病学研究中应用广泛,可用于分析重复测量、簇群聚集以及空间聚集分布等资料,如队列研究、多中心临床试验、传染病的横断面调查等。现介绍G...现代统计学的重要模型--广义线性混合模型(Generalized Linear Mixed Models,GLMM),在传染病流行病学研究中应用广泛,可用于分析重复测量、簇群聚集以及空间聚集分布等资料,如队列研究、多中心临床试验、传染病的横断面调查等。现介绍GLMM的原理,并用统计分析系统软件进行实例模拟。与传统固定效应广义线性模型相比,GLMM拟合模型简单、结果稳定可靠,更适合在传染病流行病学研究中应用。展开更多
文摘目的分析2019年青岛市从3例有摩洛哥旅行史甲型肝炎(甲肝)病例中检测到的甲肝病毒(Hepatitis A virus,HAV)株基因特征和感染来源。方法对甲肝病例进行流行病学调查,采集急性期血清标本并提取HAV核酸,采用巢式RT-PCR扩增和/或拼接HAV VP1-2A区和近全基因组核苷酸序列并构建系统进化树,分析本研究HAV与GenBank中参考株的核苷酸和氨基酸同源性以确定基因型,分析主要中和抗原表位关键氨基酸位点突变和基因重组。结果3例甲肝病例在发病潜伏期内有摩洛哥旅行史和半生食贝类海产品史,并检测到HAV核酸。3株HAV均位于系统进化树的ⅠA基因亚型欧洲分支,且在VP1-2A区与ⅠA亚型参考株的核苷酸和氨基酸差异分别仅为0.29%-7.45%和0.00%-2.59%;病例1感染的HAV与2018年爱尔兰分离株18IRL89195近全基因组的核苷酸序列同源性最高(98.41%),仅在编码区的3D区第80位(V/L)和第372位(K/R)氨基酸不同。病例2和病例3感染的HAV近全基因组序列完全相同,与2016年法国污水分离株G22-029的核苷酸和氨基酸同源性最高,分别为99.85%和100%。未发现3株HAV存在主要中和抗原表位关键氨基酸位点突变和基因重组。结论本研究HAV毒株属于ⅠA基因亚型,推测为境外感染且可能与半生食贝类海产品有关。
文摘目的分析大连市甲型肝炎(甲肝)病毒(Hepatitis A virus,HAV)流行株基因特征。方法采集大连市2020年部分甲肝病例急性期血清或粪便标本,提取HAV核酸,采用巢式RT-PCR扩增目的基因,构建HAV获得序列与GenBank中参考序列的系统进化树,分析HAV序列VP1-2A区核苷酸和氨基酸同源性,确定基因型。结果从甲肝病例标本中获得54条HAV序列,核苷酸、氨基酸同源性分别为97.15%-100%、98.13%-100%,属于ⅠA基因亚型。获得序列与中国内地序列中2014年辽宁省丹东市、2019-2020年山东省烟台市和威海市序列的核苷酸同源性最高,为98.42%-99.69%;与其他国家序列中日本、意大利HAV序列的核苷酸同源性最高,为99.07%-100%。在获得序列中,53条序列的氨基酸同源性为100%,1条序列与其存在2个氨基酸差异。结论大连市2020年HAV优势流行株为ⅠA基因亚型,甲肝可能具有多个传播链和相同感染来源。HAV基因型监测有助于HAV溯源和及时采取应对措施。
文摘目的对牡蛎中戊型肝炎病毒(hepatitis E virus,HEV)检测方法进行比较,为牡蛎中HEV的检测提供技术参考。方法参考欧盟ISO/TS 15216-2∶2019,用蛋白酶K消化法对人工污染HEV粪便悬液的牡蛎消化腺标本进行前处理后,分别用四种核酸提取方法进行HEV RNA提取,通过Real time RT-PCR检测,比较HEV回收率;分别用蛋白酶K消化法、蛋白酶K消化+PEG沉淀法和蛋白酶K消化+PEG沉淀+氯仿抽提法对人工污染的牡蛎消化腺标本进行前处理,用最优核酸提取方法进行HEV RNA提取,通过Real time RT-PCR检测,比较三种前处理方法的HEV回收率和抑制率。将最优HEV检测方法应用于市售牡蛎标本检测。结果四种核酸提取方法的HEV回收率分别为1.37%,2.50%,4.24%和7.56%,差异有统计学意义(F=847.220,P<0.001);三种前处理方法的HEV回收率分别为6.02%,13.65%和21.17%,差异有统计学意义(F=16.800,P<0.001),蛋白酶K消化+PEG沉淀+氯仿抽提法回收率最高;三种方法的抑制率分别为13.38%,20.98%和8.66%,差异具有统计学意义(F=20.205,P<0.001),蛋白酶K消化+PEG沉淀+氯仿抽提法抑制率最低。在120份市售牡蛎标本中检出一份HEV RNA阳性标本。结论在对牡蛎标本进行HEV检测时,用蛋白酶K消化+PEG沉淀+氯仿抽提法进行前处理,能够提高牡蛎中HEV的回收率,更适用于牡蛎标本的前处理;不同厂家的病毒核酸提取方法的HEV回收率不同,开展检测前应比对筛选,择优使用。
文摘目的建立甲型肝炎病毒(hepatitis A virus,HAV)数字芯片式RT-PCR(dRT-PCR)方法并与real time RT-PCR(RT-qPCR)方法进行比较,选出适用于检测草莓中HAV的最佳方法。方法提取HAV疫苗RNA,优化dRT-PCR的反应条件,评价其特异性;碱性洗脱-PEG浓缩法对草莓标本进行前处理后提取核酸,同时采用dRT-PCR与RT-qPCR方法,检测纯水或草莓基质中HAV疫苗RNA的敏感性、抑制率;比较人工污染草莓中HAV的回收率,并应用于市售标本中的检测。结果确立了dRT-PCR反应的最适退火温度为60℃,最佳引物、探针浓度为0.4μmol/L、0.4μmol/L、0.2μmol/L,特异度良好;两种检测方法检测HAV疫苗RNA在纯水或草莓基质中的敏感性没有明显差异,dRT-PCR的抑制率较低。dRT-PCR与RT-qRCR在检测较高浓度HAV污染草莓标本时的回收率分别为12.90±0.006%、30.12±0.02%;在检测较低浓度HAV污染草莓标本时的回收率分别为18.27±0.07%、10.85±0.03%,差异均具有统计学意义(P<0.05)。对市售标本进行检测,两种方法检测结果均为阴性。结论本研究建立的dRT-PCR法,与RT-qPCR检测不同基质中的HAV RNA敏感性没有明显差异,但dRT-PCR对PCR反应抑制物有较好的耐受能力,在检测低浓度HAV时回收率较高。两种检测方法均可用于草莓中甲型肝炎病毒的定量检测,可根据具体实际情况进行选择。
文摘目的观察乙型病毒性肝炎(乙肝)母婴传播阻断效果;探讨母婴传播阻断失败的病毒学因素。方法在四川和甘肃省5家医院招募439名慢性乙肝病毒(Hepatitis B virus,HBV)感染孕妇及其新生儿,开展调查并采集血标本。对新生儿接种全程3剂次乙肝疫苗(Hepatitis B vaccine,HepB),检测母婴HBV血清学标志物和母亲病毒载量,扩增母亲HBV基因序列。结果研究地区乙肝母婴传播阻断成功率为93.39%,失败率为2.73%,无应答率为3.87%。母亲HBV基因型为C(43.01%)、B(37.63%)和D(19.35%);血清型为adr(37.63%)、adw(36.56%)、ayw(21.51%)、不确定型别(3.23%)和ayr(1.08%);阻断成功组和失败组的母亲a抗原决定簇突变率分别为30.59%、25.00%;阻断成功组与失败组的母亲HBV基因型构成、血清型构成以及a抗原决定簇突变率均无显著性差异(Fisher’s精确概率法,P>0.05)。结论研究地区乙肝母婴传播阻断成功率较高。HBV基因型、血清型差异以及a抗原决定簇突变不是影响母婴传播阻断失败的因素。
文摘现代统计学的重要模型--广义线性混合模型(Generalized Linear Mixed Models,GLMM),在传染病流行病学研究中应用广泛,可用于分析重复测量、簇群聚集以及空间聚集分布等资料,如队列研究、多中心临床试验、传染病的横断面调查等。现介绍GLMM的原理,并用统计分析系统软件进行实例模拟。与传统固定效应广义线性模型相比,GLMM拟合模型简单、结果稳定可靠,更适合在传染病流行病学研究中应用。
