目的了解无偿献血人群丙型肝炎病毒(HCV)感染者中隐匿性乙肝感染(OBI)率,为进一步阐明HCV/OBI的作用机制提供科学依据。方法采用盖立复PROCLEIX TIGRIS、罗氏cobas s 201和罗氏E601等仪器对2011年1月—2015年7月广州无偿献血者中的933(...目的了解无偿献血人群丙型肝炎病毒(HCV)感染者中隐匿性乙肝感染(OBI)率,为进一步阐明HCV/OBI的作用机制提供科学依据。方法采用盖立复PROCLEIX TIGRIS、罗氏cobas s 201和罗氏E601等仪器对2011年1月—2015年7月广州无偿献血者中的933(人)份HCV感染者标本做HBV DNA和抗-HBc检测,比较HCV单纯感染者和HCV/OBI共感染者之间性别、年龄、民族和转氨酶的差异;巢式PCR扩增HCV/OBI共感染者HCV C区和S区,并构建进化树和基因分型,荧光定量PCR检测HCV和HBV的病毒载量;另外,随机选取同期本地HCV 6a基因型的44名单纯HCV感染者和16名HCV/HBV共感染者最为对照组,通过巢式PCR扩增各组HCV C区,并对3组对象的HCV核心蛋白氨基酸序列做比对分析。结果本组HCV感染的献血者标本中,有6(人)份HBV DNA和抗-HBc阳性,亦即OBI感染率为6.43‰(6/933);该6份HCV/OBI共感染标本的HCV基因型中6a占83.3%(5/6)、1b占16.7%(1/6),HCV病毒载量(log_(10)IU/mL)为3.8—5.7(5.0±0.69)。HCV单纯感染者和HCV/OBI共感染者的性别、年龄、民族、籍贯和ALT均无明显差异(P>0.05)。HCV单纯感染者、HCV/HBV共感染者和HCV/OBI共感染者HCV核心蛋白序列氨基酸变异数分别为0.8±1.3 vs 0.7±1.5 vs 0.4±0.5(P>0.05),没有在HCV/OBI共感染者中发现一致性的结构或突变规律。结论广州地区无偿献血人群HCV感染者中的OBI阳性率较高。展开更多
目的将深度测序法用于HCV感染者中不同基因型/亚型混合感染的检测。方法 2例HCV RNA阳性血浆标本(标记为1和2号标本),以NS5B和E1编码区为目的基因,经RT-PCR扩增后做sanger核苷酸序列测定,对其做基因分型发现2个编码区的分型结果后,重复3...目的将深度测序法用于HCV感染者中不同基因型/亚型混合感染的检测。方法 2例HCV RNA阳性血浆标本(标记为1和2号标本),以NS5B和E1编码区为目的基因,经RT-PCR扩增后做sanger核苷酸序列测定,对其做基因分型发现2个编码区的分型结果后,重复3次NS5B基因PCR扩增;合并3次PCR产物用Ion TorrentTM半导体测序仪做深度测序。获得的序列用Geneious软件的"The map to reference algorithm"和"De novo assembly"2种方法做序列分析和比对,并用Mega 5构建进化树。结果 sanger测序:1、2号标本NS5B基因分型均为1b,E1基因分型均为2a;深度测序:2个标本均为HCV 1b与2a混合感染,其中The map to reference algorithm(Geneious)方法显示,1号标本中1b占92.7%、2a占3.8%、没有比对到的序列(unused seq)占3.5%,2号标本相应为84.3%、5.4%,没有比对到的序列占10.3%;De novo assembly(Geneious)方法显示,1号标本中1b占96.3%、2a占3.7%,2号标本相应为94.1%、5.9%。结论深度测序技术可以精确地获得HCV混合感染的不同基因型/亚型信息,De novo assembly(Geneious)分析HCV的深度测序数据更为精确和直观。展开更多
文摘目的了解无偿献血人群丙型肝炎病毒(HCV)感染者中隐匿性乙肝感染(OBI)率,为进一步阐明HCV/OBI的作用机制提供科学依据。方法采用盖立复PROCLEIX TIGRIS、罗氏cobas s 201和罗氏E601等仪器对2011年1月—2015年7月广州无偿献血者中的933(人)份HCV感染者标本做HBV DNA和抗-HBc检测,比较HCV单纯感染者和HCV/OBI共感染者之间性别、年龄、民族和转氨酶的差异;巢式PCR扩增HCV/OBI共感染者HCV C区和S区,并构建进化树和基因分型,荧光定量PCR检测HCV和HBV的病毒载量;另外,随机选取同期本地HCV 6a基因型的44名单纯HCV感染者和16名HCV/HBV共感染者最为对照组,通过巢式PCR扩增各组HCV C区,并对3组对象的HCV核心蛋白氨基酸序列做比对分析。结果本组HCV感染的献血者标本中,有6(人)份HBV DNA和抗-HBc阳性,亦即OBI感染率为6.43‰(6/933);该6份HCV/OBI共感染标本的HCV基因型中6a占83.3%(5/6)、1b占16.7%(1/6),HCV病毒载量(log_(10)IU/mL)为3.8—5.7(5.0±0.69)。HCV单纯感染者和HCV/OBI共感染者的性别、年龄、民族、籍贯和ALT均无明显差异(P>0.05)。HCV单纯感染者、HCV/HBV共感染者和HCV/OBI共感染者HCV核心蛋白序列氨基酸变异数分别为0.8±1.3 vs 0.7±1.5 vs 0.4±0.5(P>0.05),没有在HCV/OBI共感染者中发现一致性的结构或突变规律。结论广州地区无偿献血人群HCV感染者中的OBI阳性率较高。
文摘目的将深度测序法用于HCV感染者中不同基因型/亚型混合感染的检测。方法 2例HCV RNA阳性血浆标本(标记为1和2号标本),以NS5B和E1编码区为目的基因,经RT-PCR扩增后做sanger核苷酸序列测定,对其做基因分型发现2个编码区的分型结果后,重复3次NS5B基因PCR扩增;合并3次PCR产物用Ion TorrentTM半导体测序仪做深度测序。获得的序列用Geneious软件的"The map to reference algorithm"和"De novo assembly"2种方法做序列分析和比对,并用Mega 5构建进化树。结果 sanger测序:1、2号标本NS5B基因分型均为1b,E1基因分型均为2a;深度测序:2个标本均为HCV 1b与2a混合感染,其中The map to reference algorithm(Geneious)方法显示,1号标本中1b占92.7%、2a占3.8%、没有比对到的序列(unused seq)占3.5%,2号标本相应为84.3%、5.4%,没有比对到的序列占10.3%;De novo assembly(Geneious)方法显示,1号标本中1b占96.3%、2a占3.7%,2号标本相应为94.1%、5.9%。结论深度测序技术可以精确地获得HCV混合感染的不同基因型/亚型信息,De novo assembly(Geneious)分析HCV的深度测序数据更为精确和直观。
