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吉林省玉米种质资源SSR和SNP分子身份证的构建及应用
1
作者
张茗起
王蕊
+16 位作者
张春宵
孙擘
任洁
李淑芳
王璐
朱少喜
张江斌
施昕晨
王海杰
张云龙
田红丽
赵怡锟
匡猛
王元东
易红梅
李晓辉
王凤格
《中国农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期236-249,I0001,I0002,共16页
【目的】农作物种质资源具有重要的战略地位。吉林省玉米种质资源库主要存储具有北方春玉米区特色的种质资源。鉴于在传统农作物种质资源管理过程中难以获取真实身份信息的现状,利用分子标记技术构建种质资源分子身份证可以有效鉴定种...
【目的】农作物种质资源具有重要的战略地位。吉林省玉米种质资源库主要存储具有北方春玉米区特色的种质资源。鉴于在传统农作物种质资源管理过程中难以获取真实身份信息的现状,利用分子标记技术构建种质资源分子身份证可以有效鉴定种质资源真实身份,强化种质资源的分类管理。通过深度发掘吉林省玉米种质资源库的优异资源,推动共享利用。【方法】以吉林省玉米种质资源库中的2918份玉米种质资源为研究对象,采用玉米品种鉴定检测标准中推荐的40对SSR标记,以及61214个SNP标记来构建其分子身份证。根据获得的分子身份证信息将种质资源划分为核心、同近源、异质和群体等类进行管理,并进一步针对核心种质进行遗传多样性分析。【结果】为2918份种质资源构建了SSR分子身份证,为除异质性种质外的2502份种质资源构建了SNP分子身份证。分别制定了玉米种质资源SSR和SNP分子身份证的建设规范。其中,SSR分子身份证由40个SSR位点指纹转化为三位数字和一位字母的编码组合构成,并以二维码形式存储;SNP分子身份证由61214个SNP位点指纹转化为可视化的条形码。根据样品纯合度和指纹特异性等特征,将样品划分为1561份核心类、705份同近源类、416份异质类及236份群体类种质资源。遗传多样性分析表明,以旅大红骨群、黄改群为代表的国内种质资源是该库的主要种质资源,占全部核心种质资源的64.38%。【结论】提出了玉米种质资源分子身份证构建流程,为吉林省玉米种质资源库2918份种质资源构建了全部的SSR分子身份证和2502份SNP分子身份证;建立了核心、同近源、异质、群体四类种质资源筛选方案,实现了种质资源的分类管理。
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关键词
玉米
种质资源
吉林
SSR
SNP
分子身份证
下载PDF
职称材料
农作物分子检测实验室样品库管理系统构建
2
作者
张茗起
张云龙
+3 位作者
赵怡锟
王凤格
匡猛
彭军
《实验室研究与探索》
CAS
北大核心
2022年第10期270-276,共7页
近年来对植物样品进行检测的需求增加,各级检测实验室待测样品的储存和管理难度也随之上升。已有系统通常仅针对库房管理,不能实现样品和实验结论关联对应的需求,难以追踪样品出库后的去向,也无法直接根据实验产生的结果指导对应样品的...
近年来对植物样品进行检测的需求增加,各级检测实验室待测样品的储存和管理难度也随之上升。已有系统通常仅针对库房管理,不能实现样品和实验结论关联对应的需求,难以追踪样品出库后的去向,也无法直接根据实验产生的结果指导对应样品的处理销毁工作。现基于JavaScript语言、利用Node.js、Prisma和SQLite数据库开发了以HTML格式呈现的检测实验室样品库管理系统。该系统可有效解决上述问题,并可对检测工作从合同签订、样品接收到出具报告、样品异议期暂存和弃置全流程进行管理,规范检测实验的工作流程。该系统可有效提高工作效率、减少人为因素导致的检测结果误差,为各级检测机构建立同类管理系统提供参考。
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关键词
农作物
检测实验室
样品库
数据管理系统
系统开发
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职称材料
题名
吉林省玉米种质资源SSR和SNP分子身份证的构建及应用
1
作者
张茗起
王蕊
张春宵
孙擘
任洁
李淑芳
王璐
朱少喜
张江斌
施昕晨
王海杰
张云龙
田红丽
赵怡锟
匡猛
王元东
易红梅
李晓辉
王凤格
机构
北京市农林科学院玉米研究所/农业农村部农作物DNA指纹创新利用重点实验室(部省共建)/玉米DNA指纹及分子育种北京市重点实验室
吉林省农业科学院玉米研究所
中国农业科学院棉花研究所/棉花生物学国家重点实验室
吉林省农业科学院作物资源研究所
出处
《中国农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期236-249,I0001,I0002,共16页
基金
国家重点研发计划(2021YFD1201005)
北京市农林科学院科技创新能力建设专项(KJCX20230303)
北京市农林科学院科研创新平台建设专项(PT2023-34)。
文摘
【目的】农作物种质资源具有重要的战略地位。吉林省玉米种质资源库主要存储具有北方春玉米区特色的种质资源。鉴于在传统农作物种质资源管理过程中难以获取真实身份信息的现状,利用分子标记技术构建种质资源分子身份证可以有效鉴定种质资源真实身份,强化种质资源的分类管理。通过深度发掘吉林省玉米种质资源库的优异资源,推动共享利用。【方法】以吉林省玉米种质资源库中的2918份玉米种质资源为研究对象,采用玉米品种鉴定检测标准中推荐的40对SSR标记,以及61214个SNP标记来构建其分子身份证。根据获得的分子身份证信息将种质资源划分为核心、同近源、异质和群体等类进行管理,并进一步针对核心种质进行遗传多样性分析。【结果】为2918份种质资源构建了SSR分子身份证,为除异质性种质外的2502份种质资源构建了SNP分子身份证。分别制定了玉米种质资源SSR和SNP分子身份证的建设规范。其中,SSR分子身份证由40个SSR位点指纹转化为三位数字和一位字母的编码组合构成,并以二维码形式存储;SNP分子身份证由61214个SNP位点指纹转化为可视化的条形码。根据样品纯合度和指纹特异性等特征,将样品划分为1561份核心类、705份同近源类、416份异质类及236份群体类种质资源。遗传多样性分析表明,以旅大红骨群、黄改群为代表的国内种质资源是该库的主要种质资源,占全部核心种质资源的64.38%。【结论】提出了玉米种质资源分子身份证构建流程,为吉林省玉米种质资源库2918份种质资源构建了全部的SSR分子身份证和2502份SNP分子身份证;建立了核心、同近源、异质、群体四类种质资源筛选方案,实现了种质资源的分类管理。
关键词
玉米
种质资源
吉林
SSR
SNP
分子身份证
Keywords
maize
germplasm resource
Jilin
SSR
SNP
molecular ID
分类号
S513 [农业科学—作物学]
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职称材料
题名
农作物分子检测实验室样品库管理系统构建
2
作者
张茗起
张云龙
赵怡锟
王凤格
匡猛
彭军
机构
中国农业科学院棉花研究所/棉花生物学国家重点实验室
北京农林科学院玉米研究中心/玉米DNA指纹及分子育种北京市重点实验室
出处
《实验室研究与探索》
CAS
北大核心
2022年第10期270-276,共7页
基金
北京市农林科学院科技创新能力建设专项(KJCX20200305)。
文摘
近年来对植物样品进行检测的需求增加,各级检测实验室待测样品的储存和管理难度也随之上升。已有系统通常仅针对库房管理,不能实现样品和实验结论关联对应的需求,难以追踪样品出库后的去向,也无法直接根据实验产生的结果指导对应样品的处理销毁工作。现基于JavaScript语言、利用Node.js、Prisma和SQLite数据库开发了以HTML格式呈现的检测实验室样品库管理系统。该系统可有效解决上述问题,并可对检测工作从合同签订、样品接收到出具报告、样品异议期暂存和弃置全流程进行管理,规范检测实验的工作流程。该系统可有效提高工作效率、减少人为因素导致的检测结果误差,为各级检测机构建立同类管理系统提供参考。
关键词
农作物
检测实验室
样品库
数据管理系统
系统开发
Keywords
crop
testing Laboratory
sample library
data management system
system development
分类号
S325 [农业科学—作物遗传育种]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
吉林省玉米种质资源SSR和SNP分子身份证的构建及应用
张茗起
王蕊
张春宵
孙擘
任洁
李淑芳
王璐
朱少喜
张江斌
施昕晨
王海杰
张云龙
田红丽
赵怡锟
匡猛
王元东
易红梅
李晓辉
王凤格
《中国农业科学》
CAS
CSCD
北大核心
2024
0
下载PDF
职称材料
2
农作物分子检测实验室样品库管理系统构建
张茗起
张云龙
赵怡锟
王凤格
匡猛
彭军
《实验室研究与探索》
CAS
北大核心
2022
0
下载PDF
职称材料
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