凡纳滨对虾的主要选育目标分为两个方面:一是培育具有较强抗病、抗逆性的“高抗系”(GK),二是培育具有快速生长特性的“快大系”(KD)。然而,国内缺少针对这两个选育群体的遗传多样性特别是基因组近交水平的调查分析研究。基于液相芯片...凡纳滨对虾的主要选育目标分为两个方面:一是培育具有较强抗病、抗逆性的“高抗系”(GK),二是培育具有快速生长特性的“快大系”(KD)。然而,国内缺少针对这两个选育群体的遗传多样性特别是基因组近交水平的调查分析研究。基于液相芯片“黄海芯1号”(55 K SNP)的基因分型数据,首次分析了GK(1064尾个体)和KD(564尾个体)选育群体的遗传结构和遗传多样性,调查了连续性纯合片段(ROH)的基因组分布特征,并重点评估了两个群体的基因组近交水平。PCA及进化树分析表明GK及KD群体可明确分层,亲缘关系热图表明KD群体内个体间的亲缘关系比GK群体更近。GK群体包括的家系数量更多,导致其遗传多样性高于KD群体;两群体间的F_(st)为0.09,存在中等遗传分化。GK和KD群体每个ROH的平均长度分别为(1.70±0.34)Mb和(1.65±0.38)Mb,每个样本ROH的平均数量分别为1.98±1.30和2.07±1.37。GK和KD群体0.8~1.25 Mb长度的ROH占比分别为11.41%和19.17%,表明KD群体的选育历史比GK群体更长。两个群体>2.25 Mb长度的ROH片段占比分别为10.26和9.74%,表明两个群体短期内未发生近亲交配。七种基因组近交系数评估结果表明,KD群体的近交水平高于GK群体。不依赖基础群体等位基因频率的F_(ROH)和F_(HOM)方法可准确地评价育种群体的真实近交水平,而F_(VR1)、F_(YA1)和F_(LH1)等依赖基础群体等位基因频率的方法可以用来比较群体及个体间的相对近交水平。上述结果为准确地评估育种群体的近交水平和优化育种方案提供了重要参考依据。展开更多
精确地估计加性和显性遗传效应,可以提高选择准确度和加速遗传进展。本研究构建了343个罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)G7~G9育种群体全同胞家系(半同胞家系244个),测定了29523尾个体的收获体重。基于单性状动物模型,利用平均信息...精确地估计加性和显性遗传效应,可以提高选择准确度和加速遗传进展。本研究构建了343个罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)G7~G9育种群体全同胞家系(半同胞家系244个),测定了29523尾个体的收获体重。基于单性状动物模型,利用平均信息约束最大似然法(average information restricted maximum likelihood method,AIREML)估计了G7、G8、G9和G8+G9 4个数据集收获体重的方差组分。分析时采用了两种模型:(1)加性遗传效应模型,包含加性遗传效应和共同环境效应(A+C);(2)加显性遗传效应模型,进一步包括显性遗传效应(A+D+C)。结果表明,在A+C模型下,估计得到的4个数据集收获体重的遗传力范围在0.046~0.082,为低遗传力水平(h^2≤0.15)。在A+D+C模型下,估计得到的收获体重遗传力范围在0.063~0.096,显性方差组分比率范围为0.027~0.571。模型中包括显性遗传效应后,G8数据集收获体重遗传力的估计值变大,其余3个数据集的估计值变小。罗氏沼虾育种群体收获体重遗传力较低,表明需要引进性能优良的野生或改良群体,增加育种群体的遗传变异丰富度;4个数据集显性遗传方差比率值变化较大,表明需要新的算法并利用更多世代数据提高其估计值的准确性。展开更多
文摘凡纳滨对虾的主要选育目标分为两个方面:一是培育具有较强抗病、抗逆性的“高抗系”(GK),二是培育具有快速生长特性的“快大系”(KD)。然而,国内缺少针对这两个选育群体的遗传多样性特别是基因组近交水平的调查分析研究。基于液相芯片“黄海芯1号”(55 K SNP)的基因分型数据,首次分析了GK(1064尾个体)和KD(564尾个体)选育群体的遗传结构和遗传多样性,调查了连续性纯合片段(ROH)的基因组分布特征,并重点评估了两个群体的基因组近交水平。PCA及进化树分析表明GK及KD群体可明确分层,亲缘关系热图表明KD群体内个体间的亲缘关系比GK群体更近。GK群体包括的家系数量更多,导致其遗传多样性高于KD群体;两群体间的F_(st)为0.09,存在中等遗传分化。GK和KD群体每个ROH的平均长度分别为(1.70±0.34)Mb和(1.65±0.38)Mb,每个样本ROH的平均数量分别为1.98±1.30和2.07±1.37。GK和KD群体0.8~1.25 Mb长度的ROH占比分别为11.41%和19.17%,表明KD群体的选育历史比GK群体更长。两个群体>2.25 Mb长度的ROH片段占比分别为10.26和9.74%,表明两个群体短期内未发生近亲交配。七种基因组近交系数评估结果表明,KD群体的近交水平高于GK群体。不依赖基础群体等位基因频率的F_(ROH)和F_(HOM)方法可准确地评价育种群体的真实近交水平,而F_(VR1)、F_(YA1)和F_(LH1)等依赖基础群体等位基因频率的方法可以用来比较群体及个体间的相对近交水平。上述结果为准确地评估育种群体的近交水平和优化育种方案提供了重要参考依据。
文摘精确地估计加性和显性遗传效应,可以提高选择准确度和加速遗传进展。本研究构建了343个罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)G7~G9育种群体全同胞家系(半同胞家系244个),测定了29523尾个体的收获体重。基于单性状动物模型,利用平均信息约束最大似然法(average information restricted maximum likelihood method,AIREML)估计了G7、G8、G9和G8+G9 4个数据集收获体重的方差组分。分析时采用了两种模型:(1)加性遗传效应模型,包含加性遗传效应和共同环境效应(A+C);(2)加显性遗传效应模型,进一步包括显性遗传效应(A+D+C)。结果表明,在A+C模型下,估计得到的4个数据集收获体重的遗传力范围在0.046~0.082,为低遗传力水平(h^2≤0.15)。在A+D+C模型下,估计得到的收获体重遗传力范围在0.063~0.096,显性方差组分比率范围为0.027~0.571。模型中包括显性遗传效应后,G8数据集收获体重遗传力的估计值变大,其余3个数据集的估计值变小。罗氏沼虾育种群体收获体重遗传力较低,表明需要引进性能优良的野生或改良群体,增加育种群体的遗传变异丰富度;4个数据集显性遗传方差比率值变化较大,表明需要新的算法并利用更多世代数据提高其估计值的准确性。
