动物遗传评估软件研究进展

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作者 张元旭 李竟 +8 位作者 王泽昭 陈燕 徐凌洋 张路培 高雪 高会江 李俊雅 朱波 郭鹏 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1827-1841,共15页

遗传评估软件在动物领域的应用极大地提高了育种工作效率。随着基因组测序技术不断完善和人工智能技术的兴起,动物遗传评估软件也得到了快速的发展。本文首先介绍了常规育种和基因组育种在动物育种领域的应用,然后重点回顾了GBLUP方法... 遗传评估软件在动物领域的应用极大地提高了育种工作效率。随着基因组测序技术不断完善和人工智能技术的兴起,动物遗传评估软件也得到了快速的发展。本文首先介绍了常规育种和基因组育种在动物育种领域的应用,然后重点回顾了GBLUP方法、贝叶斯方法和机器学习以及深度学习方法的全基因组遗传评估软件的特点和发展历史,最后展望了计算机软件在动物遗传评估育种中的未来发展趋势,旨为动物育种领域的研究人员提供相关遗传评估软件的参考。 展开更多

关键词 动物遗传评估软件 研究进展 常规育种 全基因组育种 贝叶斯方法 GBLUP 机器学习

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机器学习全基因组选择研究进展

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作者 李竟 张元旭 +8 位作者 王泽昭 陈燕 徐凌洋 张路培 高雪 高会江 李俊雅 朱波 郭鹏 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期2281-2292,共12页

机器学习方法是全基因组选择研究的重要分支,深度学习是近年来机器学习领域新的研究热点。本文介绍了机器学习以及深度学习全基因组选择研究的原理和应用发展,分别从模型框架、模型参数、特征选择等方面对深度学习全基因组育种值估计研... 机器学习方法是全基因组选择研究的重要分支,深度学习是近年来机器学习领域新的研究热点。本文介绍了机器学习以及深度学习全基因组选择研究的原理和应用发展,分别从模型框架、模型参数、特征选择等方面对深度学习全基因组育种值估计研究进展进行了阐述,探讨了深度学习全基因组选择研究中面临的一些的问题,并对未来进行了展望。 展开更多

关键词 全基因组选择 研究进展 机器学习 深度学习 原理与应用

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基因组选配研究及其在畜禽育种中的应用

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作者 王元清 王兢 +7 位作者 朱波 陈燕 徐凌洋 王泽昭 张路培 高会江 李俊雅 高雪 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期1-10,共10页

基因组选配(genomic mating,GM)是利用基因组估计育种值、风险指数(有效性)、交配亲本互补信息等概念进行选配优化的方法,其侧重于最佳的交配组合而不是截断式选择,可以有效控制群体近交速率的增长、维持遗传多样性,是基因组时代下最具... 基因组选配(genomic mating,GM)是利用基因组估计育种值、风险指数(有效性)、交配亲本互补信息等概念进行选配优化的方法,其侧重于最佳的交配组合而不是截断式选择,可以有效控制群体近交速率的增长、维持遗传多样性,是基因组时代下最具前瞻性的理论方法,具有更高的可行性、有效性,有望实现长期可持续的遗传进展。本文介绍了基因组选配的基本概念、原理与方法,并综述了畜禽育种中利用基因组信息优化选配的应用现状。此外,还提出了基因组选配亟待解决的问题以及未来研究方向。通过对这些问题的探索和研究,进一步提升基因组选配的效果,为推动畜禽育种的长期可持续发展提供参考。 展开更多

关键词 基因组选配 育种值 近交 遗传进展

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利用高密度SNP芯片评估中国地方肉牛品种基因组亲缘关系 被引量：5

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作者 马浩然 张路培 +6 位作者 金生云 宝金山 李红艳 高会江 徐凌洋 王泽昭 李俊雅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期4174-4185,共12页

旨在在系统对比分析亲缘关系不同计算方法基础上探索适合我国肉牛地方品种的亲缘关系评估方法。本研究主要以柴达木牛等10个肉牛地方品种为研究对象,使用重抽样方法获得地方品种的模拟数据,以此为基础使用PCA聚类结果为参照,分别利用预... 旨在在系统对比分析亲缘关系不同计算方法基础上探索适合我国肉牛地方品种的亲缘关系评估方法。本研究主要以柴达木牛等10个肉牛地方品种为研究对象,使用重抽样方法获得地方品种的模拟数据,以此为基础使用PCA聚类结果为参照,分别利用预测误差方差、广义决定系数、预测误差相关系数及SNP与QTL的连锁一致性程度系统对比了不同评估方法对地方品种亲缘关系的分类结果,并探索了遗传力因素对不同亲缘关系评估方法的影响。通过PCA分析可知10个肉牛地方品种可分为3大类,分别为北方牛品种(柴达木牛、西藏牛、蒙古牛以及延黄牛)、南方牛品种(文山牛、南丹牛以及雷琼牛)和西南牛品种(平武牛、凉山牛以及昭通牛),该分类结果与上述品种地理分布较为一致。与PCA结果对比发现,基于LD一致性的亲缘关系评估方法的评估结果与PCA聚类结果一致,且该方法能够使用皮尔逊相关系数量化品种间亲缘关系,具有较好的准确性。PEVD法、CD法与r法3种方法与上述方法相比评估群体间亲缘关系时容易受到性状估计育种值的误差方差影响,从而造成种间亲缘关系评估结果出现误差。评估结果影响因素分析发现,PEVD法、CD法和r法与PCA和LD一致性评估法相比,易受到评估性状遗传力的影响,评估结果稳定较差。而PCA和LD一致性评估法由于仅依赖基因组数据,不受到遗传力影响,能够更稳定的量化评估品种间亲缘关系,具有更好的可靠性。因此,基于LD一致性评估方法结果可准确量化评估肉牛品种间亲缘关系且评估结果稳定性较高。 展开更多

关键词 多品种基因组选择 亲缘关系 肉牛地方品种 高密度SNP芯片 连锁不平衡

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不同筛选方法的低密度SNP集合填充准确性比较 被引量：1

5

作者 林雨浓 王泽昭 +9 位作者 陈燕 朱波 高雪 张路培 高会江 徐凌洋 蔡文涛 李英豪 李俊雅 高树新 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期1585-1593,共9页

【目的】尝试通过在华西牛参考群高密度标记芯片位点中,使用两种标记筛选方法挑选具有代表性的且密度梯度不同的SNP位点集合,后利用基因组填充策略在相同填充参数下将低密度芯片数据填充至高密度继而进行后续基因组研究,从而达到降低华... 【目的】尝试通过在华西牛参考群高密度标记芯片位点中,使用两种标记筛选方法挑选具有代表性的且密度梯度不同的SNP位点集合,后利用基因组填充策略在相同填充参数下将低密度芯片数据填充至高密度继而进行后续基因组研究,从而达到降低华西牛基因型分型成本的目的。研究分别比较了不同标记集合填充准确性和填充一致性的差异,阐述了标记筛选方法、标记密度、最小等位基因频率和参考群体数量等4个因素对填充结果的影响,为华西牛低密度SNP填充芯片设计提供参考。【方法】将质控后剩余的1233头华西牛群体随机分为参考群(986头)和验证群(247头)。使用等间距法(equidistance,EQ)和高MAF法(high MAF,HM)两种标记筛选方法分别从华西牛参考群体的Illumina Bovine HD芯片位点集合中筛选出16种不同密度的SNP集合,共生成32种不同SNP梯度密度集合。随后在验证群体中利用Beagle(v5.1)软件将各低密度集合填充至770 k密度水平,计算填充准确性和填充一致性并对填充性能影响因素进行分析。【结果】32种低密度SNP集合的标记数量在100—16000之间,窗口最大为24176 kb,最小151 kb。随着标记密度升高,EQ和HM两种筛选方法填充一致性和准确性不断提升,但填充准确性和填充一致性增加的幅度越来越小。当标记集合密度超过12 k后均趋于平稳。SNP密度在16 k时两种方法的填充准确性达到最高(r^(2)_(EQ)=0.8801,r^(2)_(MAF)=0.8696)。当标记密度低于11 k时,不同标记密度梯度下HM方法填充一致性均高于EQ方法。然而当SNP集合密度超过11 k时,EQ筛选方法较表现出填充优势。与填充一致性结果趋势相似,在SNP集合密度低于10 k时,HM方法仍然具有较高的填充准确性,但当SNP集合密度高于10 k时,EQ方法的填充准确性则较高,且在SNP密度集合大于12 k后,EQ填充准确性趋于稳定。同时研究发现与低MAF标记位点相比,高MAF位点的填充准确性更高。填充过程中发现,填充一致性和填充准确性随着参考群体增大而提高。当参考群体数量在600—800时,位点填充准确性和一致性较高。【结论】在华西牛群体中,填充一致性和填充准确性随标记密度递增而上升,在标记密度为10 k—12 k区间,可获得较好的填充效果。当标记密度小于10 k时优先选择HM方法,更高密度时EQ方法较好。高MAF标记位点填充准确性更高。采用填充策略进行低密度标记填充时,参考群体数量在400头以上时填充效果较为理想。 展开更多

关键词 填充准确性 低密度SNP芯片 华西牛 连锁不平衡 最小等位基因频率

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华西牛胴体及原始分割肉块重量性状遗传参数估计与全基因组关联分析 被引量：1

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作者 李柯安宁 杜丽丽 +9 位作者 安炳星 邓天宇 梁忙 曹晟 杜悦莹 徐凌洋 高雪 张路培 李俊雅 高会江 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期3664-3676,共13页

旨在利用基因组信息来估计华西牛胴体性状与原始分割肉块重量性状遗传参数并挖掘与之相关的重要候选基因。本研究以1585头18月龄华西牛屠宰个体17个胴体及原始分割肉块重量性状为研究对象,利用GCTA与R软件以及770K高密度芯片数据,对17... 旨在利用基因组信息来估计华西牛胴体性状与原始分割肉块重量性状遗传参数并挖掘与之相关的重要候选基因。本研究以1585头18月龄华西牛屠宰个体17个胴体及原始分割肉块重量性状为研究对象,利用GCTA与R软件以及770K高密度芯片数据,对17个性状进行遗传参数估计以及候选基因挖掘。结果显示,四肢及臀部区域原始分割肉块重量性状属于高遗传力性状(0.41~0.57),躯干部分原始分割肉块重量以及出栏重、胴体重、屠宰率、净肉率属于中等遗传力性状(0.19~0.39)。GWAS分析共检测出26个显著SNPs位点并定位到24个候选基因,富集分析显示相关候选基因参与细胞增殖、脂质代谢及能量转换等过程,NSMF、NOXA、TEFM、MATN1、MKX、FOXO 1等基因为华西牛肌肉生长候选基因。结果为华西牛后续育种策略的细化提供参考。 展开更多

关键词 华西牛 胴体性状 原始分割肉块重量性状 遗传参数 全基因组关联分析

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基因组选择信号揭示西×荷杂交牛杂种优势相关基因 被引量：1

7

作者 范婷婷 马毅 +7 位作者 王兢 赵国耀 徐凌洋 陈燕 张路培 高会江 李俊雅 高雪 《中国畜禽种业》 2023年第7期9-18,1,共11页

为探究德系西门塔尔牛与荷斯坦牛的杂种优势,挖掘与杂种优势相关的候选基因,解析牛杂种优势的遗传机制。该研究选择系谱信息清晰的德系西门塔尔牛(父本)、荷斯坦牛(母本)及其杂交F_(1)代共91头个体,利用Illumina Bovine GGP100K高密度... 为探究德系西门塔尔牛与荷斯坦牛的杂种优势,挖掘与杂种优势相关的候选基因,解析牛杂种优势的遗传机制。该研究选择系谱信息清晰的德系西门塔尔牛(父本)、荷斯坦牛(母本)及其杂交F_(1)代共91头个体,利用Illumina Bovine GGP100K高密度芯片进行基因分型,基于群体分化系数Fst对其开展研究,鉴定杂种优势相关基因。结果表明,F_(1)代与德系西门塔尔牛(父本)Fst分析发现,在全基因组水平Top 1%的阈值内,检测到859个SNPs位点区域Fst值>0.19,注释到候选基因249个;与荷斯坦牛(母本)的Fst分析,发现有860个SNPs位点区域Fst值>0.15,注释到261个候选基因。基因Pathway富集分析发现,F_(1)代与父本间受到选择的基因主要富集在轴突引导通路(P<0.01);与母本间受到选择的基因主要富集在灶性粘连和催乳素信号通路(P<0.05),这些通路上的基因可能对杂交后代杂种优势的产生具有较大的影响。对F_(1)代与父本、母本共同受到选择的SNPs位点进行定位与注释,鉴定发现共有38个与牛生长发育、产奶、肉质、胴体、繁殖等性状相关的基因,如OXTR、CHKA、PRKN等。结果表明这些基因可能为西×荷杂交牛杂种优势相关基因,并为西荷杂种优势利用提供了参考依据。 展开更多

关键词 全基因组 选择信号 杂种优势

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CRISPR相关技术在肉牛领域的研究进展 被引量：1

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作者 吴天弋 党靖宇 +4 位作者 王添祯 张路培 高雪 李俊雅 徐凌洋 《中国畜禽种业》 2023年第9期11-19,共9页

成簇而规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)基因编辑工具已在动植物领域被广泛应用。与ZFN和TALEN不同,CRISPR使用碱基配对来建立其与靶位点的特异性结合,因此它的设计和应用更为简单、灵活,并在家畜育种中产生了巨大影响。该文主要介绍了... 成簇而规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)基因编辑工具已在动植物领域被广泛应用。与ZFN和TALEN不同,CRISPR使用碱基配对来建立其与靶位点的特异性结合,因此它的设计和应用更为简单、灵活,并在家畜育种中产生了巨大影响。该文主要介绍了CRISPR的技术原理和CRISPR相关工具的发展历程,并回顾了该技术在肉牛育种和生产中的诸多应用,例如使用CRISPR/Cas9编辑牛的基因组以提高其抗病或产肉性能,又或者使用CRISPR/Cas13a蛋白进行便捷的现场病毒检测,这些研究成果正在加速提高我国的肉牛生产水平。同时也指出了当前CRISPR技术的不足与未来的发展方向。 展开更多

关键词 CRISPR 肉牛 基因编辑 核酸鉴定

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基于转录组分析挖掘平凉红牛背最长肌肉质性状候选基因

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作者 王文翔 杜丽丽 +12 位作者 胡俊伟 张琰翔 马铭昊 段蕊 钱聪 王欣玥 李三禄 张长庆 张路培 高雪 徐凌洋 李俊雅 高会江 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期4589-4604,共16页

旨在挖掘与平凉红牛背最长肌营养成分含量相关的候选基因,以提高肉品质。本研究选用相同饲养条件下30月龄及750 kg的40头阉牛,测定蛋白质、脂肪和水分3种常规营养成分的含量,分别挑选表型数据具有极端差异的高、低组,每组3个重复。通过... 旨在挖掘与平凉红牛背最长肌营养成分含量相关的候选基因,以提高肉品质。本研究选用相同饲养条件下30月龄及750 kg的40头阉牛,测定蛋白质、脂肪和水分3种常规营养成分的含量,分别挑选表型数据具有极端差异的高、低组,每组3个重复。通过主成分分析和比较转录组分析筛选具有显著因子载荷基因(significant factor loading genes,SFLGs)和差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并进行富集分析。利用所有样本的转录组数据和表型数据进行加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA),筛选与表型相关的目标基因模块(r>0.35且P<0.05)与Hub基因(hub genes,HGs)。针对蛋白质、脂肪和水分含量3个性状分别鉴定到91、81和80个SFLGs(第一主成分PC1和第二主成分PC2)和18、85和338个DEGs,其中PC1和PC2共有的SFLGs分别有8、4和3个,具有显著因子载荷的DEGs分别有1、3和2个,富集分析结果与相应的表型相关。通过WGCNA分别筛选出2个目标基因模块及10、14和26个HGs,均鉴定到MYADML 2和ZBTB 14等关键候选基因,其可能在影响三者比例方面发挥重要作用。本研究通过鉴定影响3种常规营养成分含量的候选基因,挖掘到与肉质性状相关的关键基因。研究结果将为平凉红牛的育种工作提供理论基础,同时也为其他肉牛的品质育种提供参考。 展开更多

关键词 平凉红牛 背最长肌 营养成分含量 转录组

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肉牛无角性状研究进展

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作者 窦宇廷 张元旭 +9 位作者 李竟 王泽昭 陈燕 徐凌洋 张路培 高会江 高雪 李俊雅 李辉 朱波 《中国畜禽种业》 2023年第7期61-67,共7页

角是动物在长期进化过程中演化出的组织结构,是反刍动物最具标志性的结构之一,对牛的生存和繁衍具有重要作用。但在现代集约化的肉牛养殖业中,牛角的存在往往引发了一系列问题,对肉牛养殖行业的发展产生了阻碍,所以对于肉牛无角性状的... 角是动物在长期进化过程中演化出的组织结构,是反刍动物最具标志性的结构之一,对牛的生存和繁衍具有重要作用。但在现代集约化的肉牛养殖业中,牛角的存在往往引发了一系列问题,对肉牛养殖行业的发展产生了阻碍,所以对于肉牛无角性状的研究非常重要。该文介绍了肉牛角形态结构和发育特点,并对近年来研究的无角和角发育的相关基因进行了归纳,还对一些无角肉牛培育的方法进行了介绍,旨在对肉牛无角性状研究和肉牛无角新品种培育提供一些参考。 展开更多

关键词 肉牛 无角性状 基因 无角品种培育

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国内外种公牛拍卖会发展史

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作者 王亭 朱波 +8 位作者 王泽昭 陈燕 徐凌洋 张路培 高雪 高会江 曹阳 赵玉民 李俊雅 《中国畜禽种业》 2023年第7期128-134,共7页

我国肉牛产业起步晚,肉牛种业相对落后,目前正处于蓬勃发展时期,然而国外肉牛产业发展具有悠久历史,对于良种肉牛的推广方式也多种多样。本文首先对国内外肉牛产业的发展历史进行了详细综述,种业作为肉牛产业的重要组成部分,良种对肉牛... 我国肉牛产业起步晚,肉牛种业相对落后,目前正处于蓬勃发展时期,然而国外肉牛产业发展具有悠久历史,对于良种肉牛的推广方式也多种多样。本文首先对国内外肉牛产业的发展历史进行了详细综述,种业作为肉牛产业的重要组成部分,良种对肉牛业的贡献超过了40%,而肉牛种牛拍卖会作为良种推广的一种重要宣传方式,重点概述了影响种牛拍卖价格的因素,并对不同国家的种牛拍卖会历程进行了介绍,以期为推进我国肉牛种业发展提供参考。 展开更多

关键词 肉牛 种业发展 拍卖会

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杂交群体动物基因聚合 被引量：1

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作者 徐凌洋 赵福平 +4 位作者 任航行 陆健 张莉 魏彩虹 杜立新 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2012年第10期1328-1338,共11页

基因聚合是通过优化设计杂交方案,选择利用目标基因或与其紧密连锁的分子标记,通过世代选择实现将来源于多个不同群体的优势目标基因或基因型聚合到同一个理想个体中,进而达到生产出超级经济性状个体的目的。针对聚合不同目标基因个数,... 基因聚合是通过优化设计杂交方案,选择利用目标基因或与其紧密连锁的分子标记,通过世代选择实现将来源于多个不同群体的优势目标基因或基因型聚合到同一个理想个体中,进而达到生产出超级经济性状个体的目的。针对聚合不同目标基因个数,设计4类杂交方案——两群体、三群体、四群体级联、四群体对称。在相同的杂交方案中,比较基因型选择和表型选择策略,分析不同杂交组合、性状遗传力、初始基因频率、基础群体规模对聚合设计的影响,并筛选出最佳的聚合方案。研究结果表明,在较大的基础群体规模和较高初始群体基因频率下,获得聚合多个目标基因的理想个体的可能性较大。在四群体杂交方案中,亲本的杂交次序对于级联杂交比对称杂交的影响较大。模拟结果表明,运用基因型选择进行聚合育种优于表型选择。文章所开发设计的聚合模拟育种的统计分析方法和相应软件为指导杂交育种方案和选择策略的设计提供理论参考,同时,为进一步设计开发聚合设计模拟育种平台奠定基础。 展开更多

关键词 基因聚合 优化设计 杂交群体 群体哈明距离

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我国肉用西门塔尔牛群体生长发育性状遗传参数估计及其遗传进展 被引量：19

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作者 朱波 李姣 +6 位作者 汪聪勇 徐凌洋 陈燕 高雪 张路培 高会江 李俊雅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第8期1833-1844,共12页

旨在对我国国家肉牛遗传评估中心收集的于2000-2019年出生的6837头肉用西门塔尔牛的各阶段体重和日增重数据进行遗传参数估计,并估计其在2007-2017年取得的遗传进展。本研究利用REML算法估计我国肉用西门塔尔牛各性状遗传力,通过ASREML... 旨在对我国国家肉牛遗传评估中心收集的于2000-2019年出生的6837头肉用西门塔尔牛的各阶段体重和日增重数据进行遗传参数估计,并估计其在2007-2017年取得的遗传进展。本研究利用REML算法估计我国肉用西门塔尔牛各性状遗传力,通过ASREML软件计算所有个体的育种值,再估计各性状的遗传进展。结果显示,我国肉用西门塔尔牛初生重、6月龄重、12月龄重、18月龄重和24月龄重的遗传力估计值分别为0.44、0.42、0.35、0.38和0.46,初生至6月龄日增重、6~12月龄日增重、12~18月龄日增重、18~24月龄日增重的遗传力估计值分别为0.47、0.32、0.36、0.39。我国肉用西门塔尔牛在2007-2017年初生重、6月龄重、12月龄重、18月龄重和24月龄重的平均每年遗传进展为0.46、2.65、4.31、4.12和2.44 kg,初生至6月龄日增重、6~12月龄日增重、12~18月龄日增重、18~24月龄日增重的平均每年遗传进展为0.014、0.016、0.009和0.007 kg·d-1。本研究对我国肉用西门塔尔牛群体生长发育性状的遗传参数做了系统评估分析,并评估了我国肉用西门塔尔牛取得的遗传进展,为下一步我国肉牛遗传改良计划的实施提供理论依据。 展开更多

关键词 中国肉用西门塔尔牛 生长发育性状 遗传参数 遗传进展

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中国西门塔尔牛肉用群体重要经济性状遗传参数估计 被引量：13

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作者 牛红 宝金山 +11 位作者 吴洋 朱波 张文刚 夏江威 宋禹昕 郭鹏 徐凌洋 陈燕 高雪 张路培 高会江 李俊雅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第9期1817-1823,共7页

本研究旨在对出生于2008-2013年的中国西门塔尔牛肉用群体的重要经济性状进行遗传参数和方差组分估计,该群体大小为2 939头。采用非求导约束最大似然法估计遗传力、遗传相关和方差组分。结果显示,初生重、断奶重、出栏重、胴体重、屠宰... 本研究旨在对出生于2008-2013年的中国西门塔尔牛肉用群体的重要经济性状进行遗传参数和方差组分估计,该群体大小为2 939头。采用非求导约束最大似然法估计遗传力、遗传相关和方差组分。结果显示,初生重、断奶重、出栏重、胴体重、屠宰率和净肉率的遗传力估计值分别为0.48、0.44、0.43、0.38、0.31、0.39。其中,初生重和断奶重的遗传相关估计结果为0.57,出栏重和胴体重的遗传相关为0.94,屠宰率和净肉率的遗传相关为0.89。该群体的生长和屠宰相关性状均属于中高遗传力性状,且性状之间具有较高的遗传相关。本研究对中国西门塔尔牛肉用群体重要经济性状的遗传参数做了系统评估分析,为将来制定育种方案和遗传评估奠定基础。 展开更多

关键词 中国西门塔尔牛肉用群体 非求导约束最大似然法 方差组分 遗传参数

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国内外肉牛遗传评估体系概况 被引量：6

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作者 朱波 李宏伟 +11 位作者 周姵诺 李倩 高翰 王泽昭 汪聪勇 蔡文涛 徐凌洋 陈燕 张路培 高雪 高会江 李俊雅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第6期1447-1460,共14页

种公牛的选育是肉牛育种工作的核心。传统选育肉用种公牛需要经过后裔测定进行选择,其优点是准确性高,但存在周期长、屠宰和肉质性状难以收集、成本高等问题,致其选择效率低。自2001年全基因组选择概念提出后,该技术迅速成为动植物育种... 种公牛的选育是肉牛育种工作的核心。传统选育肉用种公牛需要经过后裔测定进行选择,其优点是准确性高,但存在周期长、屠宰和肉质性状难以收集、成本高等问题,致其选择效率低。自2001年全基因组选择概念提出后,该技术迅速成为动植物育种领域研究的热点。利用全基因组选择进行肉用种公牛的选育,进行早期选择从而大幅度缩短世代间隔,可以提高繁殖性状等低遗传力性状的选择准确性,加快遗传进展,并大大降低育种成本。2014年,美国安格斯协会开始应用全基因组选择技术,其他欧美发达国家也陆续使用,肉牛育种进入基因组时代。中国自2017年开始使用全基因组选择技术选择青年肉用种公牛,并于2020年在全国范围内使用该技术进行基因组遗传评估。本文综述了国内外肉牛遗传评估现状,以期为我国肉牛育种工作提供参考和借鉴。 展开更多

关键词 肉牛 遗传评估 综合选择指数 全基因组选择

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绵羊体重性状全基因组关联分析 被引量：10

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作者 张莉 刘佳森 +9 位作者 徐凌洋 赵福平 陆健 张世芳 王慧华 张晓宁 魏彩虹 陆国彬 郑友民 杜立新 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2014年第2期194-203,共10页

本研究旨在利用全基因组关联分析方法(genome-wide association studies,GWAS)挖掘影响绵羊体重性状的遗传标记和功能基因。采用Illumina OvineSNP50BeadChip中密度商业化羊芯片,对3个品种(苏尼特羊、德国肉用美利奴羊和杜泊羊)共计329... 本研究旨在利用全基因组关联分析方法(genome-wide association studies,GWAS)挖掘影响绵羊体重性状的遗传标记和功能基因。采用Illumina OvineSNP50BeadChip中密度商业化羊芯片,对3个品种(苏尼特羊、德国肉用美利奴羊和杜泊羊)共计329只绵羊的体重性状(初生重、断奶重、6月龄重、断奶前日增重、断奶后日增重、日增重)进行GWAS分析。统计分析和基因注释基于TASSEL软件、混合线性模型和2012年10月公布的最新版绵羊基因组Ovis_aries_v3.1序列信息。结果表明,有10个SNPs位点在全基因组显著水平上与断奶后日增重相关,部分位点分布在羊注释基因内(MEF2B、RFXANK等);除此之外还检测到22个SNPs在染色体显著水平上与其他体重性状存在相关性,获得一批重要的候选基因。这些基因对绵羊体重性状功能基因的挖掘具有重要的理论意义和参考价值。 展开更多

关键词 绵羊 体重性状 全基因组关联分析

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肉用西门塔尔牛群体生长曲线拟合及体重与体尺相关性分析的研究 被引量：39

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作者 梁永虎 朱波 +7 位作者 金生云 宝金山 徐凌洋 陈燕 高雪 张路培 高会江 李俊雅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第3期497-506,共10页

旨在对内蒙古乌拉盖地区肉用西门塔尔牛群体的体重和体尺等性状进行分析,研究其生长发育规律并构建通过体尺预测体重的回归方程。本研究测定了2 162头肉用西门塔尔牛从出生到20月龄的体重、体高、十字部高、体斜长、胸围和腹围,利用Logi... 旨在对内蒙古乌拉盖地区肉用西门塔尔牛群体的体重和体尺等性状进行分析,研究其生长发育规律并构建通过体尺预测体重的回归方程。本研究测定了2 162头肉用西门塔尔牛从出生到20月龄的体重、体高、十字部高、体斜长、胸围和腹围,利用Logistic、Brody、Gompertz和Bertallanffy 4种模型拟合其生长曲线,分别估算出4种曲线方程中的相关参数,并进行体重与体尺的相关性与回归分析。结果表明,4种曲线模型对肉用西门塔尔牛体重和体尺生长过程均有较好的拟合度(R^2>0.98),但对于不同的性状,最佳拟合模型不同。体重与体尺相关关系表明,体重与体斜长、胸围、腹围的相关性较高,其中体重与胸围的相关系数最高(0.958 55)。其体尺与体重之间呈极显著正相关关系。预测体重回归方程为Y=-366.485 70+1.307 37 X_3+3.896 12 X_4-0.417 50 X_5。研究表明,Gompertz和Bertallanffy两种模型对体重的拟合优于其他两种模型,Brody模型对体高、体斜长、胸围、腹围和十字部高的拟合效果均是最优。体重预测回归方程具有统计学意义,为肉用西门塔尔牛群体的进一步选育提供数据基础。 展开更多

关键词 肉用西门塔尔牛 生长曲线 预测方程 回归分析

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高原家养动物环境适应性的研究进展 被引量：20

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作者 张天留 高雪 +5 位作者 徐凌洋 陈燕 张路培 朱波 高会江 李俊雅 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期1475-1487,共13页

青藏高原环境主要体现为低氧低压、寒冷干燥、紫外线强、食物匮乏等,而高原家养动物经历了长期的选择和培育后能够生活在此环境下,其机体已经形成了独特的高原适应性特征。由于高原畜禽机体适应进化体系的复杂性,全面系统的适应性分子... 青藏高原环境主要体现为低氧低压、寒冷干燥、紫外线强、食物匮乏等,而高原家养动物经历了长期的选择和培育后能够生活在此环境下,其机体已经形成了独特的高原适应性特征。由于高原畜禽机体适应进化体系的复杂性,全面系统的适应性分子机制解析尚未完善。随着分子生物学和生物信息学的发展,高原家养动物基因组组装和功能注释完成,然后逐步开展了基因组、转录组和蛋白质组等组学层面的工作,挖掘到一系列高原动物环境适应性关键候选基因,为解析高原家养动物环境适应性分子机制研究提供了强有力支撑。本文以世居在青藏高原的藏鸡(Gallus gallus)、藏猪(Sus scrofa)、牦牛(Bos grunniens)、藏山羊(Capra hircus)、藏绵羊(Ovis aries)、藏马(Equus caballus)和藏獒(Canis lupus familiaris)等高原土著畜禽资源作为分类单元,分别从组织器官的解剖学结构、血液生理生化指标和分子遗传机制解析3个方面进行论述,并对高原适应性进化的研究趋势进行展望,以期为下一步培育高原高寒低氧地区新品种奠定基础。 展开更多

关键词 高原适应性 组织器官 血液生理指标 分子机制

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西门塔尔牛与我国地方黄牛的杂种优势预测分析 被引量：6

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作者 范婷婷 陈燕 +4 位作者 张路培 徐凌洋 高会江 李俊雅 高雪 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第3期653-661,共9页

旨在利用覆盖全基因组和与性状相关的SNPs标记分析西门塔尔牛和地方黄牛两个亲本群体的遗传结构,通过亲本种群之间的遗传距离预测不同杂交组合在生长、胴体和肉质性状上的杂种优势。本研究选择来自内蒙古锡林郭勒盟乌拉盖管理区牧场的1... 旨在利用覆盖全基因组和与性状相关的SNPs标记分析西门塔尔牛和地方黄牛两个亲本群体的遗传结构,通过亲本种群之间的遗传距离预测不同杂交组合在生长、胴体和肉质性状上的杂种优势。本研究选择来自内蒙古锡林郭勒盟乌拉盖管理区牧场的1222头西门塔尔牛和8个地方黄牛品种190头共组成8个杂交组合,对亲本群体进行遗传结构分析。利用牛770K SNP芯片对两个亲本群体进行基因型分型,通过牛QTL数据库筛选与目的性状对应的QTLs,对全基因组SNP位点进行映射分析得到与性状相关的SNP标记。利用两种SNP标记构建状态同源矩阵,计算各杂交组合亲本间的遗传距离。结果,所有亲本群体聚成3类,西门塔尔牛聚成一类,北方黄牛(蒙古牛、西藏牛和柴达木牛)聚成一类,南方黄牛(昭通牛、平武牛、南丹牛、文山牛和凉山牛)聚成一类。西门塔尔牛与北方黄牛在PCA图上的距离较近,说明两者之间亲缘关系相对较近,遗传背景差异较小。在各性状中,遗传距离最大的亲本组合都是西门塔尔牛与南丹牛杂交组合。除了大理石花纹评分性状是西门塔尔牛与昭通牛之间的遗传距离最小,其余性状遗传距离最小的亲本组合都是西门塔尔牛与平武牛杂交组合。据此推测,各性状杂种优势较优的可能组合是西门塔尔牛与南丹牛杂交组合。 展开更多

关键词 地方黄牛 SNP标记 杂种优势 遗传距离

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平凉红牛群体特性研究进展及未来育种研究方向 被引量：6

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作者 马钧 张路培 +5 位作者 陈燕 徐凌洋 朱波 高会江 李俊雅 高雪 《中国畜牧杂志》 CAS 北大核心 2022年第2期37-41,共5页

平凉红牛是由平凉本地黄牛改良选育形成的独特肉牛种质资源,具有肌内脂肪沉积明显、肉质细嫩等优良特性,但其遗传背景复杂,种群缺乏系统的选育方案,育种进展较为缓慢。本文总结了近年来平凉红牛的育种研究进展,研判了现阶段育种发展中... 平凉红牛是由平凉本地黄牛改良选育形成的独特肉牛种质资源,具有肌内脂肪沉积明显、肉质细嫩等优良特性,但其遗传背景复杂,种群缺乏系统的选育方案,育种进展较为缓慢。本文总结了近年来平凉红牛的育种研究进展,研判了现阶段育种发展中所面临的诸多挑战,提出平凉红牛下一步的育种及研究方向,以期为加快平凉红牛的品种化培育提供参考。 展开更多

关键词 平凉红牛 大理石花纹牛肉 育种 研究进展 研究方向

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