假单胞菌属(Pseudomonas spp.)是一类重要的食源性致病菌和腐败菌。噬菌体裂解酶具有高效裂解活性和靶向性等特征,可作为有效控制假单胞菌属细菌的新型抗菌剂。随着组学技术的高速发展,大量噬菌体的基因组信息得到破译,为噬菌体裂解酶...假单胞菌属(Pseudomonas spp.)是一类重要的食源性致病菌和腐败菌。噬菌体裂解酶具有高效裂解活性和靶向性等特征,可作为有效控制假单胞菌属细菌的新型抗菌剂。随着组学技术的高速发展,大量噬菌体的基因组信息得到破译,为噬菌体裂解酶生物信息的挖掘提供了数据资源。本研究基于NCBI等数据库,深入挖掘假单胞菌噬菌体裂解酶的理化参数、核心结构域、三维结构等生物信息。结果表明,共筛选获得了81个噬菌体裂解酶序列,此类裂解酶大多为亲水蛋白(80/81),均具有较高的等电点,蛋白总体带正电。在所筛选的裂解酶序列中,共发掘9个保守结构域,分别为Lyz-like super family、yz_endolysin_autolysin、Muramidase、PGRP super family、NlpC/P60、LT-like、Phage_lysis Superfamily、PG_binding_1、PG_binding_3。同源建模分析发现,裂解酶末端α-螺旋上均分布一定的正电荷基团,预测该结构可能赋予其穿透假单胞菌外膜的功能。本研究为假单胞菌噬菌体裂解酶的设计、改造和生产提供理论支撑,为假单胞菌的靶向防控提供重要的数据基础。展开更多
【目的】胞外多糖是生物被膜不可或缺的重要成分,在细菌致病和耐药过程中发挥着重要作用。运用酶制剂针对生物被膜的核心胞外多糖进行靶向清除,能够从根本上破坏细菌生物被膜的核心骨架,有助于战胜细菌生物被膜导致的危害。【方法】本...【目的】胞外多糖是生物被膜不可或缺的重要成分,在细菌致病和耐药过程中发挥着重要作用。运用酶制剂针对生物被膜的核心胞外多糖进行靶向清除,能够从根本上破坏细菌生物被膜的核心骨架,有助于战胜细菌生物被膜导致的危害。【方法】本研究针对常见致病菌生物被膜核心胞外多糖Pel、Psl、褐藻胶、N-乙酰氨基葡萄糖(Poly-β(1,6)-N-acetyl-D-glucosamine,PNAG)和纤维素,基于NCBI数据库中丰富的基因序列信息,筛选靶向生物被膜核心胞外多糖的水解酶,进一步运用phyre2、SWISS-MODEL等生物信息工具,分析了这些水解酶的理化性质、遗传进化、功能域及三维结构。【结果】筛选获得了153个靶向生物被膜核心胞外多糖的水解酶及其序列信息。其中,靶向Pel胞外多糖的水解酶共30个,属于糖苷水解酶114家族(glycoside-hydrolase family GH114);靶向Psl胞外多糖的水解酶共25个,属于糖苷水解酶超家族(glyco_hydro super family);靶向褐藻胶胞外多糖的水解酶共33个,属于褐藻胶裂解酶超家族(Alg Lyase superfamily);靶向PNAG胞外多糖的水解酶共30个,属于糖苷水解酶13家族(glycoside-hydrolase family GH13);靶向纤维素胞外多糖的水解酶共35个,属于糖苷水解酶8家族(glycosyl hydrolases family GH8)。【结论】这些水解酶菌具备靶向瓦解生物被膜核心胞外多糖的潜力,亟待进一步开发与应用。本研究提供了迄今为止最为全面的生物被膜核心胞外多糖水解酶序列组成及生物信息,为生物被膜的精准预防和靶向控制奠定扎实的数据基础。展开更多
文摘假单胞菌属(Pseudomonas spp.)是一类重要的食源性致病菌和腐败菌。噬菌体裂解酶具有高效裂解活性和靶向性等特征,可作为有效控制假单胞菌属细菌的新型抗菌剂。随着组学技术的高速发展,大量噬菌体的基因组信息得到破译,为噬菌体裂解酶生物信息的挖掘提供了数据资源。本研究基于NCBI等数据库,深入挖掘假单胞菌噬菌体裂解酶的理化参数、核心结构域、三维结构等生物信息。结果表明,共筛选获得了81个噬菌体裂解酶序列,此类裂解酶大多为亲水蛋白(80/81),均具有较高的等电点,蛋白总体带正电。在所筛选的裂解酶序列中,共发掘9个保守结构域,分别为Lyz-like super family、yz_endolysin_autolysin、Muramidase、PGRP super family、NlpC/P60、LT-like、Phage_lysis Superfamily、PG_binding_1、PG_binding_3。同源建模分析发现,裂解酶末端α-螺旋上均分布一定的正电荷基团,预测该结构可能赋予其穿透假单胞菌外膜的功能。本研究为假单胞菌噬菌体裂解酶的设计、改造和生产提供理论支撑,为假单胞菌的靶向防控提供重要的数据基础。
文摘【目的】胞外多糖是生物被膜不可或缺的重要成分,在细菌致病和耐药过程中发挥着重要作用。运用酶制剂针对生物被膜的核心胞外多糖进行靶向清除,能够从根本上破坏细菌生物被膜的核心骨架,有助于战胜细菌生物被膜导致的危害。【方法】本研究针对常见致病菌生物被膜核心胞外多糖Pel、Psl、褐藻胶、N-乙酰氨基葡萄糖(Poly-β(1,6)-N-acetyl-D-glucosamine,PNAG)和纤维素,基于NCBI数据库中丰富的基因序列信息,筛选靶向生物被膜核心胞外多糖的水解酶,进一步运用phyre2、SWISS-MODEL等生物信息工具,分析了这些水解酶的理化性质、遗传进化、功能域及三维结构。【结果】筛选获得了153个靶向生物被膜核心胞外多糖的水解酶及其序列信息。其中,靶向Pel胞外多糖的水解酶共30个,属于糖苷水解酶114家族(glycoside-hydrolase family GH114);靶向Psl胞外多糖的水解酶共25个,属于糖苷水解酶超家族(glyco_hydro super family);靶向褐藻胶胞外多糖的水解酶共33个,属于褐藻胶裂解酶超家族(Alg Lyase superfamily);靶向PNAG胞外多糖的水解酶共30个,属于糖苷水解酶13家族(glycoside-hydrolase family GH13);靶向纤维素胞外多糖的水解酶共35个,属于糖苷水解酶8家族(glycosyl hydrolases family GH8)。【结论】这些水解酶菌具备靶向瓦解生物被膜核心胞外多糖的潜力,亟待进一步开发与应用。本研究提供了迄今为止最为全面的生物被膜核心胞外多糖水解酶序列组成及生物信息,为生物被膜的精准预防和靶向控制奠定扎实的数据基础。
