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哺乳动物长链非编码RNA的进化注释 被引量：1
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作者 卜德超 罗海涛 +4 位作者 焦飞 方双桑 谭程夫 刘志勇 赵屹 《中国科学：生命科学》 CSCD 北大核心 2016年第2期167-177,共11页
哺乳动物的基因组中能转录出成千上万的长链非编码RNA（lnc RNA）,这些新发现的RNA分子已经被证实参与了各种各样复杂的生物过程.目前大多数哺乳动物的lnc RNA的参考注释并不完全,这限制了对lnc RNA的进化以及接下来的功能研究.本研究... 哺乳动物的基因组中能转录出成千上万的长链非编码RNA（lnc RNA）,这些新发现的RNA分子已经被证实参与了各种各样复杂的生物过程.目前大多数哺乳动物的lnc RNA的参考注释并不完全,这限制了对lnc RNA的进化以及接下来的功能研究.本研究组利用9个物种6种组织的转录组测序数据,成功地构建出一个完备的哺乳动物lnc RNA的参考注释集合（约4142~42558条lnc RNA）.基于这些lnc RNA,做了一系列的进化研究,发现30%~99%的lnc RNA在基因组上是保守的,这些保守的lnc RNA中仅有20%~27%也能在转录层面保守,这与编码基因的保守性形成鲜明对比：保守的编码基因约有48%~80%能在转录层面保守.随后,基于lnc RNA的表达量数据成功地构建出其在9个物种中的系统发生树,通过对系统发生树的对比分析发现,lnc RNA的进化速率明显比编码基因快,且在不同的组织间有很大差别.将此项研究中得到的lnc RNA的集合以及其保守和进化的数据收集到Phylo NONCODE数据库中（http：//www.bioinfo.org/phylo Noncode）,这将成为研究非编码RNA进化及功能的非常有用的资源. 展开更多
关键词 长链非编码RNA 保守性 进化
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