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基于全基因组重测序研究文昌鸡产蛋性能的影响因素
1
作者 任钰为 陈星 +8 位作者 林燕宁 黄潇仙 洪玲玲 王峰 孙瑞萍 张艳 刘海隆 郑心力 晁哲 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期502-514,共13页
旨在通过研究文昌鸡进化过程的特征,深入理解影响产蛋性能的因素,为文昌鸡优良品种选育提供基础。本研究采集35只健康文昌鸡(35周龄,15公,20母)和30只健康江汉鸡(35周龄,10公,20母)的血液组织各3 mL提取DNA,采用全基因组重测序方法建库... 旨在通过研究文昌鸡进化过程的特征,深入理解影响产蛋性能的因素,为文昌鸡优良品种选育提供基础。本研究采集35只健康文昌鸡(35周龄,15公,20母)和30只健康江汉鸡(35周龄,10公,20母)的血液组织各3 mL提取DNA,采用全基因组重测序方法建库测序。首先,对于原始测序数据用trimmomatic软件过滤,获得高质量序列比对到鸡的参考基因组,GATK软件提取变异位点SNPs,设置参数质控去除低质量、假阳性变异位点,进一步采用snpEff对过滤的SNPs进行基因结构和功能注释。然后,比较文昌鸡和江汉鸡的群体结构差异,分别设置评估群体差异参数Fst、ROD、Tajima′s D的阈值,筛选受到选择的区域,并对这些区域的基因进行功能富集。结果表明:1)文昌鸡测序获得1.05 Tb clean data,平均每个样本大约29.97 Gb,测序深度大约28×;江汉鸡测序获得1.10 Tb clean data,每个样本大约36.72 Gb,测序深度大约35×;平均比对率>98%。2)两个群体基因结构注释总数均是内含子>基因间区>上下游调控区>编码区;系统进化树和主成分分析显示文昌鸡和江汉鸡亲缘关系较远;文昌鸡的连锁不平衡程度低于江汉鸡。3)与产蛋性能相关基因的功能富集结果主要包括3种必须氨基酸(缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸)代谢途径、钙离子沉积、金属肽酶抗氧化、肾上腺素和催乳素受体活性等功能,而且这些通路的基因都位于受到强烈选择的区域。综上所述,影响文昌鸡产蛋性能的因素主要包括必须氨基酸代谢、矿物质沉积和抗氧化、性腺激素分泌,这3个因素在进化过程中都受到强烈选择,对产蛋性能发挥重要调控作用。从进化分子遗传学角度研究鸡的产蛋机理,不但能够促进理解文昌鸡产蛋性能的进化特征,而且有助于加速高产蛋鸡品种或品系的培育。 展开更多
关键词 文昌鸡 全基因组重测序 遗传选择 产蛋性能 影响因素
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海南省文昌鸡传染性贫血的血清学调查
2
作者 张庆玲 史慧君 +4 位作者 刘光亮 晁哲 刘海隆 魏立民 张艳 《动物医学进展》 北大核心 2024年第1期121-125,共5页
为掌握海南省文昌鸡传染性贫血(CIAV)的流行情况,分别从海南省4个文昌鸡主要养殖地区海口、文昌、琼海和儋州的14个不同规模未免疫CIA疫苗的文昌鸡场采集血液样品1709份,采用ELISA检测CIAV抗体。结果显示,1709份血液样品共检出阳性样品... 为掌握海南省文昌鸡传染性贫血(CIAV)的流行情况,分别从海南省4个文昌鸡主要养殖地区海口、文昌、琼海和儋州的14个不同规模未免疫CIA疫苗的文昌鸡场采集血液样品1709份,采用ELISA检测CIAV抗体。结果显示,1709份血液样品共检出阳性样品564份,文昌鸡的CIAV抗体总阳性率为33%;4个地区的文昌鸡场均有不同程度的CIAV感染,其中儋州市文昌鸡的CIAV抗体阳性率最高,达到55%;成年文昌鸡的CIAV感染程度高于其他生长阶段鸡,抗体阳性率达到53.63%;CIAV在一年四季均有发生,以冬季高发,抗体阳性率为48.06%;不同规模文昌鸡场CIAV的感染率存在差异,以中小规模文昌鸡场的CIAV感染程度较高,抗体阳性率分别为41.48%和40.10%;在不同类型的文昌鸡群中商品代蛋鸡的CIAV抗体阳性率最高,达到62.62%。结果表明,CIAV在海南省文昌鸡养殖地区普遍存在,且在冬季、成年文昌鸡中高发,以商品代蛋鸡感染最为严重,因此,应针对性地加强对海南省文昌鸡传染性贫血的防控。 展开更多
关键词 鸡传染性贫血 血清学调查 文昌鸡
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海南黑山羊与其F1代杂交羊皮下脂肪转录组测序比较分析
3
作者 晁哲 任钰为 +5 位作者 孙瑞萍 魏立民 刘海隆 邢漫萍 黄丽丽 郑心力 《畜牧与兽医》 CAS 北大核心 2023年第3期1-7,共7页
为了研究海南黑山羊与其F1代杂交羊(努比亚山羊公羊与海南黑山羊母羊杂交)皮下脂肪组织的遗传差异,本研究采用RNA-Seq技术和生物信息学方法对2种山羊皮下脂肪组织进行转录组测序分析,运用DESeq鉴定2种山羊皮下脂肪组织间差异表达的mRNAs... 为了研究海南黑山羊与其F1代杂交羊(努比亚山羊公羊与海南黑山羊母羊杂交)皮下脂肪组织的遗传差异,本研究采用RNA-Seq技术和生物信息学方法对2种山羊皮下脂肪组织进行转录组测序分析,运用DESeq鉴定2种山羊皮下脂肪组织间差异表达的mRNAs和lncRNAs,对差异表达的mRNAs进行GO功能、KEGG通路富集分析,同时对差异表达的lncRNAs进行靶基因预测分析。结果显示:海南黑山羊与其F1代杂交羊皮下脂肪间存在330个差异表达的mRNAs,其中4个基因在F1代杂交羊皮下脂肪中特异表达、1个基因在海南黑山羊皮下脂肪中特异表达,在330个差异表达的mRNAs中,根据差异倍数大小,排名前10位的基因分别是PLXDC1、AOC1、SHROOM3、NTS、SPATS2、LOC102181165、BDKRB2、GSDMA、ETNK2、EPOR;存在138个差异表达的lncRNAs,其中9个在F1代杂交羊皮下脂肪中特异表达、5个在海南黑山羊皮下脂肪中特异表达。此外,本研究共获得143个差异表达lncRNAs顺式作用靶基因和135个差异表达lncRNAs反式作用靶基因。本研究为进一步研究山羊皮下脂肪沉积的遗传机理提供科学依据。 展开更多
关键词 海南黑山羊 皮下脂肪 基因 信使RNA 长链非编码RNA
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组分百日咳疫苗安全性检测体外替代方法的应用和初步评价
4
作者 吴燕 卫辰 +2 位作者 王丽婵 晁哲 马霄 《中国药事》 CAS 2023年第9期1047-1053,共7页
目的:用一种组分百日咳疫苗残留毒性的体外替代检测方法,更稳定和客观地评价疫苗成品的生产一致性。方法:验证直接定性法和间接定量法2种中华仓鼠卵巢细胞簇集试验方法,分别对6个国内外厂家的10种组分百日咳疫苗产品毒性进行定量和定性... 目的:用一种组分百日咳疫苗残留毒性的体外替代检测方法,更稳定和客观地评价疫苗成品的生产一致性。方法:验证直接定性法和间接定量法2种中华仓鼠卵巢细胞簇集试验方法,分别对6个国内外厂家的10种组分百日咳疫苗产品毒性进行定量和定性检测,并使用百日咳毒素参考品将体外法与小鼠组胺致敏试验进行桥接和初步评价。结果:体外定量试验的灵敏度为0.0026±0.0003 IU·mL^(-1),几何变异系数为13%,体外定性试验的灵敏度为0.0067±0.0016 IU·mL^(-1),几何变异系数为24%,组胺致敏试验的灵敏度为3.3 IU·mL^(-1);所有样品的体外定性结果均为阴性,小鼠组胺致敏试验结果均合格,体外定量结果与小鼠组胺致敏结果具有良好的相关性(r=0.737,P<0.05)。结论:本研究在国内首次使用CHO细胞簇集试验方法检测百日咳疫苗成品,并进行了初步评价。该方法灵敏度高于小鼠组胺致敏试验,可应用于百日咳疫苗毒性及毒性逆转检测。该方法需要更广泛的推广应用和数据积累,以达到完全替代动物实验的目标。 展开更多
关键词 组分疫苗 百日咳 中华仓鼠卵巢细胞簇集试验 毒性残留 替代方法
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恒河猴源大肠杆菌的分离鉴定及耐药性和致病性
5
作者 徐文星 安微 +8 位作者 王乃福 王绥家 王建华 刘忠梅 晁哲 王昱 高慎阳 李丹丹 徐国锋 《中国兽医杂志》 CAS 北大核心 2023年第3期69-73,共5页
为了查明引起海口市某进境实验动物隔离场3例恒河猴死亡的原因,本试验分别采集3只恒河猴的心脏、肝脏、脾脏、肺脏和淋巴结样本,进行细菌分离,通过细菌形态特征、显微镜镜检、生化鉴定、16S核糖体RNA(16S rRNA)序列分析对分离菌进行病... 为了查明引起海口市某进境实验动物隔离场3例恒河猴死亡的原因,本试验分别采集3只恒河猴的心脏、肝脏、脾脏、肺脏和淋巴结样本,进行细菌分离,通过细菌形态特征、显微镜镜检、生化鉴定、16S核糖体RNA(16S rRNA)序列分析对分离菌进行病原学鉴定;采用纸片扩散法(K-B法)测定分离菌的耐药表型;采用玻片凝集法测定分离菌的血清型;采用动物回归试验分析分离菌的致病性。结果显示,从3只恒河猴上各分离鉴定出1株大肠杆菌,命名为H01株(分离自脾脏)、H02株(分离自淋巴结)和H03株(分离自肝脏);3株大肠杆菌对12种常用抗菌药物产生不同程度耐药,并且都呈现多重耐药,其中对阿莫西林、庆大霉素、氯霉素、氟苯尼考和复方新诺明表现为耐药,仅对阿莫西林-克拉维酸钾、阿米卡星和多黏菌素B表现敏感;玻片凝集试验显示,H01株的血清型为O8,H02株的血清型为O3,H03株的血清型为O9;动物回归试验显示,3株分离菌都是强毒株。本试验为实验动物恒河猴源大肠杆菌病的防治提供参考依据。 展开更多
关键词 恒河猴 大肠杆菌 分离鉴定 耐药性 血清型 致病性
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4个基因在副猪嗜血杆菌感染仔猪脑组织中DNA甲基化与mRNA表达联合验证
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作者 杨雅琼 程鸿星 +7 位作者 梁明霞 刘玉兰 付书林 张晶 陈洪波 任红艳 郭玲 晁哲 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期1651-1659,共9页
【目的】验证候选基因在副猪嗜血杆菌(Glaesserella parasuis,GPS)感染仔猪脑组织中DNA甲基化与mRNA表达之间的联合调控关系,为揭示副猪嗜血杆菌引起仔猪脑膜炎的表观致病机理提供理论依据。【方法】选取6头28日龄断奶仔猪,随机均分为... 【目的】验证候选基因在副猪嗜血杆菌(Glaesserella parasuis,GPS)感染仔猪脑组织中DNA甲基化与mRNA表达之间的联合调控关系,为揭示副猪嗜血杆菌引起仔猪脑膜炎的表观致病机理提供理论依据。【方法】选取6头28日龄断奶仔猪,随机均分为对照组和GPS组,GPS组仔猪腹腔注射1 mL 2×109 CFU/mL副猪嗜血杆菌SH0165菌液,对照组仔猪腹腔注射等量生理盐水,7 d后采集仔猪脑组织提取DNA和RNA。采用实时荧光定量PCR检测4个候选基因(LYPD1、PITPNM1、SYP、ACVR1B)的mRNA表达量,并利用重亚硫酸盐测序(bisulfite sequencing PCR,BSP)、甲基化特异性PCR(methylation-specific PCR,MSP)检测副猪嗜血杆菌感染前后4个基因在仔猪脑组织中的DNA甲基化变化。【结果】本研究成功将MSP方法应用于基因的DNA甲基化测序研究,使其不局限于定点检测甲基化位点。实时荧光定量PCR结果显示,与对照组相比,GPS组仔猪LYPD 1、PITPNM 1、SYP、ACVR 1 B基因mRNA表达均显著或极显著下调(P<0.05;P<0.01)。DNA甲基化测序结果显示,除ACVR 1 B基因外,各基因DNA甲基化均上调。【结论】除ACVR 1 B基因外,LYPD 1、PITPNM 1、SYP 3个基因DNA甲基化与mRNA表达水平呈反向关联调控,副猪嗜血杆菌感染后仔猪脑组织DNA甲基化变化对4个候选基因的表达具有不同的调控模式。 展开更多
关键词 副猪嗜血杆菌 LYPD 1基因 PITPNM 1基因 SYP基因 ACVR 1 B基因 DNA甲基化
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五指山猪与临高猪杂交利用效果研究
7
作者 王峰 孙瑞萍 +2 位作者 晁哲 刘海隆 刘圈炜 《猪业科学》 2023年第6期120-122,共3页
五指山猪(Wuzhishan pig)因原产于海南省五指山区而得名,是我国著名珍稀地方小型猪种,因肉质细嫩鲜美而深受人们喜爱,尤其白切或红焖五指山猪已成为当地餐桌上的必备佳肴,作为中高档肉用产品开发着广阔的前景。临高猪(LinGao pig)是海... 五指山猪(Wuzhishan pig)因原产于海南省五指山区而得名,是我国著名珍稀地方小型猪种,因肉质细嫩鲜美而深受人们喜爱,尤其白切或红焖五指山猪已成为当地餐桌上的必备佳肴,作为中高档肉用产品开发着广阔的前景。临高猪(LinGao pig)是海南特有的地方优良猪种,其乳猪产品“临高烤乳猪”为海南“四大名吃”之一。 展开更多
关键词 五指山猪 优良猪种 杂交利用 临高猪 小型猪 烤乳猪 产品开发 海南省
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姜黄素对海南屯昌猪生长性能、饲料养分表观消化率和血清生化指标的影响 被引量：1
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作者 欧阳坤 魏立民 +7 位作者 孙瑞萍 解娅立 齐琪 李想 刘圈炜 晁哲 张永亮 陈婷 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期1867-1875,共9页
【目的】研究饲粮中添加姜黄素对生长期海南屯昌猪生长性能、血清生化指标和饲料养分表观消化率的影响。【方法】选取健康、体重(35.88 kg±0.25 kg)接近的80头海南屯昌猪,随机分成5组,每组4个重复,每个重复4头猪,其中对照组饲喂基... 【目的】研究饲粮中添加姜黄素对生长期海南屯昌猪生长性能、血清生化指标和饲料养分表观消化率的影响。【方法】选取健康、体重(35.88 kg±0.25 kg)接近的80头海南屯昌猪,随机分成5组,每组4个重复,每个重复4头猪,其中对照组饲喂基础饲粮,抗生素组在基础饲粮中添加300 mg/kg硫酸黏膜杆菌素,3个试验组分别在基础饲粮中添加200(姜黄素1组)、400(姜黄素2组)和600 mg/kg(姜黄素3组)姜黄素。预饲期7 d,正试期50 d。试验第51天早上称重,计算生长性能;从每组随机选取6头猪静脉采血,检测血清生化指标;每个重复随机收集3头猪的新鲜粪便,测定饲料养分表观消化率。【结果】与对照组相比,姜黄素3组猪平均日增重(ADG)提高23.82%(P<0.05);料重比(F/G)降低20.06%(P<0.05);血清天门冬氨酸氨基转移酶(AST)活性和二氨氧化酶(DAO)含量分别降低22.23%和29.31%(P<0.05);血清IgA含量提高21.14%(P<0.05)。与抗生素组相比,姜黄素3组猪平均日增重(ADG)提高23.09%(P<0.05);粗纤维表观消化率提高42.14%(P<0.05);血清AST活性降低31.75%(P<0.05)。姜黄素2组猪平均日增重与对照组和抗生素组均无显著差异(P>0.05),粗纤维表观消化率极显著高于对照组和抗生素组(P<0.05);与对照组相比,姜黄素1、2组猪血清D-乳酸和DAO含量均显著降低(P<0.05)。【结论】饲粮中添加600 mg/kg姜黄素可以提高生长期海南屯昌猪的生长性能和粗纤维表观消化率,提升机体免疫状态,具有替代抗生素的潜力。 展开更多
关键词 姜黄素 海南屯昌猪 生长性能 表观消化率 血清生化指标
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五指山猪和长白猪断奶仔猪肠道免疫性能及微生物多样性比较分析
9
作者 张婷 魏立民 +7 位作者 刘光亮 王峰 晁哲 任钰为 刘海隆 郑心力 黄丽丽 孙瑞萍 《中国畜牧兽医》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期3113-3122,共10页
【目的】探讨早期断奶对五指山猪和长白猪小肠肠道免疫性能及微生物多样性的影响差异。【方法】选择生长发育及营养状况良好、28日龄断奶的长白猪与五指山猪各6头,于50日龄采集小肠各段组织、内容物、黏膜,依次采用石蜡切片(HE染色)、16... 【目的】探讨早期断奶对五指山猪和长白猪小肠肠道免疫性能及微生物多样性的影响差异。【方法】选择生长发育及营养状况良好、28日龄断奶的长白猪与五指山猪各6头,于50日龄采集小肠各段组织、内容物、黏膜,依次采用石蜡切片(HE染色)、16S rDNA V3-V4区基因高通量测序、实时荧光定量PCR测定,比较两品种间肠道形态学、肠道菌群及肠道黏膜免疫相关基因mRNA相对表达量的差异。【结果】①五指山猪空肠绒毛高度显著低于长白猪(P<0.05)。②长白猪十二指肠与回肠微生物多样性均较五指山猪更丰富(P<0.05)。③在门水平上,五指山猪空肠、回肠中厚壁菌门(Firmicutes)的丰度均显著高于长白猪,但变形菌门(Proteobacteria)出现相反的表达趋势(P<0.05)。在属水平上,五指山猪回肠中乳杆菌属(Lactobacillus)的丰度显著高于长白猪(P<0.05)。④黏膜免疫相关基因表达量的检测结果显示,长白猪十二指肠中抑炎因子白细胞介素10(IL-10)和紧密连接蛋白闭锁小带蛋白1(ZO1)的mRNA表达量均显著高于五指山猪(P<0.05);而空肠与回肠中促炎因子肿瘤坏死因子-α(TNF-α)的mRNA表达量均显著低于五指山猪(P<0.05)。【结论】与长白猪相比,早期断奶后五指山猪小肠肠道免疫性能及微生物多样性较差,可适当延长五指山猪的断奶日龄来减少仔猪腹泻率,以保证断奶仔猪的成活率。 展开更多
关键词 五指山猪 长白猪 早期断奶 免疫性能 肠道微生物多样性
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五指山猪骨骼肌全基因组甲基化鉴定与分析
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作者 张庆玲 任钰为 +4 位作者 孙瑞萍 刘海隆 王峰 李丹丹 晁哲 《畜牧与兽医》 CAS 北大核心 2023年第6期16-22,共7页
为了研究五指山猪背最长肌与半腱肌的遗传差异,鉴定差异甲基化区域(DMRs)和差异甲基化基因(DMGs),采用全基因组重亚硫酸盐测序技术(WGBS)对五指山猪背最长肌和半腱肌进行DNA甲基化水平检测和DMRs分析,对DMGs进行基因本体(GO)功能、京都... 为了研究五指山猪背最长肌与半腱肌的遗传差异,鉴定差异甲基化区域(DMRs)和差异甲基化基因(DMGs),采用全基因组重亚硫酸盐测序技术(WGBS)对五指山猪背最长肌和半腱肌进行DNA甲基化水平检测和DMRs分析,对DMGs进行基因本体(GO)功能、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并与已有的转录组数据进行整合分析,探讨基因组甲基化对基因表达差异的影响。结果显示:五指山猪背最长肌和半腱肌全基因组范围内胞嘧啶甲基化主要发生在CG序列上;在CG序列环境下,启动子和第一外显子区域的甲基化水平低于其他基因区域,该环境下五指山猪背最长肌和半腱肌间存在348613个DMRs和17484个DMGs,DMGs主要富集到61个GO条目和289个KEGG通路;在五指山猪背最长肌和半腱肌mRNA差异表达前10位的基因中,锌指结构家族成员4(ZIC4)、锌指结构家族成员1(ZIC1)、成对同源异型结构域蛋白转录因子1(PITX1)、碱性-螺旋-环-螺旋转录因子1(SIM1)、小清蛋白(PVALB)、SEC14类脂质结合因子5(SEC14L5)、丝氨酸蛋白酶抑制剂B家族成员11(SERPINB11)、肌球蛋白结合蛋白H(MYBPH)这8个基因存在DMRs,5个基因(ZIC4、PITX1、SIM1、SEC14L5、MYBPH)存在启动子区甲基化差异。本研究为阐明五指山猪骨骼肌生长发育机制提供表观遗传学依据。 展开更多
关键词 五指山猪 背最长肌 半腱肌 全基因组 甲基化
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间戊二烯选择性加氢制正戊烯
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作者 高明明 程杰 +6 位作者 晁哲 万克柔 张炳亮 郑金欣 林涛 李国斌 马聪 《工业催化》 CAS 2024年第5期67-69,共3页
研究间戊二烯选择性加氢制正戊烯工艺及催化剂,提升正戊烯产品选择性。结果表明,Pd-Pb-K/γ-Al_(2)O_(3)贵金属催化剂加氢活性和选择性好,氢气和双烯烃物质的量比是控制正戊烯选择性的关键因素。在三段注氢固定床加氢工艺中,在较低温度... 研究间戊二烯选择性加氢制正戊烯工艺及催化剂,提升正戊烯产品选择性。结果表明,Pd-Pb-K/γ-Al_(2)O_(3)贵金属催化剂加氢活性和选择性好,氢气和双烯烃物质的量比是控制正戊烯选择性的关键因素。在三段注氢固定床加氢工艺中,在较低温度和压力条件下,控制n(H_(2))∶n(双烯烃)及三段注氢比例,可保证双戊烯转化率,并有效提升正戊烯产品选择性。 展开更多
关键词 精细化学工程 间戊二烯 正戊烯 选择性加氢 三段注氢
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铜基催化剂上丙二醇甲醚脱氢制甲氧基丙酮
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作者 林涛 程杰 +10 位作者 张炳亮 范嘉煊 高明明 郑金欣 晁哲 李国斌 马晓云 杜宏芃 王雷 魏入朝 张力 《工业催化》 CAS 2024年第1期46-49,共4页
采用混合法制备5种铜基催化剂CuAlO_(x)、CuSiO_(x)、CuZnAlO_(x)、CuMnAlO_(x)和CuZnCrO_(x),在固定床反应器中考察催化剂在丙二醇甲醚直接脱氢生成甲氧基丙酮反应中的活性。结果表明,CuZnAlO_(x)催化剂性能较好,丙二醇甲醚转化率为48.... 采用混合法制备5种铜基催化剂CuAlO_(x)、CuSiO_(x)、CuZnAlO_(x)、CuMnAlO_(x)和CuZnCrO_(x),在固定床反应器中考察催化剂在丙二醇甲醚直接脱氢生成甲氧基丙酮反应中的活性。结果表明,CuZnAlO_(x)催化剂性能较好,丙二醇甲醚转化率为48.6%,甲氧基丙酮选择性为99.1%。考察反应温度、氮氢流速和球磨时间对催化剂性能的影响,并进行长周期的催化剂稳定性实验。制备的CuZnAlO_(x)催化剂具有较好的活性、稳定性和工业应用前景。 展开更多
关键词 催化剂工程 铜基催化剂 直接脱氢 丙二醇甲醚 甲氧基丙酮
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海南地方猪内脏器官的解剖学比较分析
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作者 林燕宁 任钰为 +4 位作者 洪玲玲 黄潇仙 孙瑞萍 王峰 晁哲 《养猪》 2023年第2期51-57,共7页
为了研究海南地方猪的器官解剖学特征,获得不同海南地方猪种器官的基础性数据,试验通过称重、解剖测量并进行统计分析,获得海南地方猪器官的相对重量和长宽比。结果显示,定安猪的肾脏(双肾)相对重量显著高于其他3种海南地方猪;五指山猪... 为了研究海南地方猪的器官解剖学特征,获得不同海南地方猪种器官的基础性数据,试验通过称重、解剖测量并进行统计分析,获得海南地方猪器官的相对重量和长宽比。结果显示,定安猪的肾脏(双肾)相对重量显著高于其他3种海南地方猪;五指山猪的肾脏(双肾)相对重量显著低于其他3种海南地方猪;临高猪的脾脏相对重量显著高于墩头猪;定安猪的肝脏(含胆)的相对重量显著高于临高猪和五指山猪。五指山猪的心脏长宽比显著高于定安猪;墩头猪的肾脏长宽比显著高于其他3种海南地方猪;五指山猪的肾脏长宽比显著高于定安猪。本研究成功获得海南地方猪4种器官的形态特征和发育情况,为下一步开展基因组和转录组差异分析提供表型数据支撑。 展开更多
关键词 五指山猪 定安猪 器官相对重量 心脏
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海南黑山羊GDF9和BMP15基因多态性与初胎产羔数间的关系 被引量：11
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作者 晁哲 邢漫萍 +5 位作者 黄丽丽 孙瑞萍 刘海隆 魏立民 刘圈炜 郑心力 《畜牧与兽医》 北大核心 2021年第11期14-20,共7页
为了探究海南黑山羊生长分化因子9(GDF9)和骨形态发生蛋白15(BMP15)基因多态性与初胎产羔数间的关系,采用PCR扩增海南黑山羊GDF9和BMP15基因序列,通过基因测序检测2个基因中SNP位点的多态性分布情况,并与初胎产羔数进行关联分析。结果:... 为了探究海南黑山羊生长分化因子9(GDF9)和骨形态发生蛋白15(BMP15)基因多态性与初胎产羔数间的关系,采用PCR扩增海南黑山羊GDF9和BMP15基因序列,通过基因测序检测2个基因中SNP位点的多态性分布情况,并与初胎产羔数进行关联分析。结果:在海南黑山羊GDF9基因中共发现3处碱基突变,分别位于GDF9基因的第1外显子、第2外显子和3′端,在BMP15基因中共发现2处碱基突变,分别位于BMP15基因的5′端和第2外显子;在GDF9基因+183处的A/C突变位点、+2 082处的A/C突变位点、+2 541处的C/T突变位点上,海南黑山羊的优势基因型分别是CC、AA和CT,在BMP15基因-519处的A/G突变位点、+6 124处的C/G突变上,海南黑山羊的优势基因型分别是AG和CC;GDF9基因+2 541处的C/T突变与初胎产羔数呈显著相关,TT基因型个体的产羔数显著高于CC基因型个体(P<0.05)。本试验为通过基因标记辅助选择提高海南黑山羊的产羔数奠定基础。 展开更多
关键词 海南黑山羊 生长分化因子9 骨形态发生蛋白15 多态性 产羔数
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五指山猪FUT1基因SNP检测及生物信息学分析 被引量：6
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作者 晁哲 王峰 +3 位作者 黄丽丽 刘海隆 孙瑞萍 郑心力 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2015年第11期2915-2920,共6页
为获得五指山猪FUT1基因序列并分析其基因结构,检测FUT1基因中的单核苷酸多态性(SNP)位点在五指山猪群体中的分布情况,本试验利用PCR扩增猪FUT1基因组序列,通过基因测序寻找该基因中的SNP位点,使用PCR-RFLP方法对120头五指山猪进行了FUT... 为获得五指山猪FUT1基因序列并分析其基因结构,检测FUT1基因中的单核苷酸多态性(SNP)位点在五指山猪群体中的分布情况,本试验利用PCR扩增猪FUT1基因组序列,通过基因测序寻找该基因中的SNP位点,使用PCR-RFLP方法对120头五指山猪进行了FUT1基因型检测,并运用生物信息学方法对FUT1基因序列进行分析。在猪FUT1基因组中共发现两个单碱基突变,分别位于编码区(A+307G)和3′非翻译区(A+1 856C);在FUT1基因A+307G突变位点上,五指山猪均为GG基因型;此外,FUT1基因启动子区域和第2外显子处存在CpG岛。本研究成功获得五指山猪FUT1基因序列信息,为下一步五指山猪FUT1基因的功能研究奠定基础。 展开更多
关键词 五指山猪 FUT1基因 多态性 生物信息学分析
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鸡HSP90AA1基因SNP检测及启动子区CpG岛的甲基化研究 被引量：2
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作者 晁哲 吴望军 +4 位作者 邢漫萍 黄丽丽 孙瑞萍 刘海隆 郑心力 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2019年第2期504-511,共8页
试验旨在获得鸡热休克蛋白90α(HSP90AA1)基因序列并分析其基因结构和相关遗传变异,检测HSP90AA1基因启动子区CpG岛的甲基化状态,初步探索HSP90AA1基因在肌肉组织生长发育中的作用。以文昌鸡和北京油鸡为试验材料,利用PCR扩增鸡HSP90AA... 试验旨在获得鸡热休克蛋白90α(HSP90AA1)基因序列并分析其基因结构和相关遗传变异,检测HSP90AA1基因启动子区CpG岛的甲基化状态,初步探索HSP90AA1基因在肌肉组织生长发育中的作用。以文昌鸡和北京油鸡为试验材料,利用PCR扩增鸡HSP90AA1基因组序列;通过基因测序寻找该基因中的单核苷酸多态性(SNP)位点;使用在线软件MethPrimer预测鸡HSP90AA1基因中CpG岛的位置;应用MassArray质谱法检测鸡胸肌中HSP90AA1基因启动子区CpG岛的甲基化水平,比较分析文昌鸡和北京油鸡HSP90AA1基因的甲基化差异。结果显示,在鸡HSP90AA1基因组中共发现7个SNPs位点,分别位于启动子区(A-189G,C-109T)、第1外显子(A+6G)、第2外显子(C+343T)、第2内含子(A+634G、A+836G)和第7内含子(A+3449G);鸡HSP90AA1基因包含10个外显子和9个内含子,其启动子区存在1个CpG岛,位于-1 802～-469bp处;在HSP90AA1基因启动子区共检测了42个CpG位点的甲基化水平,文昌鸡和北京油鸡中分别有9个(CpG_16.17.18、CpG_21.22.23、CpG_32.33和CpG_57)和4个CpG位点(CpG_1、CpG_5.6和CpG_57)在胸肌生长发育过程中发生甲基化改变。结果表明,文昌鸡与北京油鸡HSP90AA1基因序列信息和启动子区CpG岛的甲基化水平不同,这可能导致两种鸡对于应激反应具有不同的耐受程度。以上试验结果将为文昌鸡和北京油鸡生长发育规律、系统选育等方面的研究提供表观遗传学依据。 展开更多
关键词 文昌鸡 北京油鸡 HSP90AA1基因 启动子 甲基化
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猪Lbx2基因的克隆、序列分析及表达 被引量：3
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作者 晁哲 郑心力 +5 位作者 孙瑞萍 魏立民 刘圈炜 刘海隆 黄丽丽 王峰 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2013年第8期26-30,共5页
试验利用PCR扩增猪Lbx2基因组序列,通过克隆测序寻找基因中的突变位点,采用半定量RT-PCR分析猪不同组织中Lbx2基因的表达情况。结果显示,Lbx2基因在肝脏、肾脏和脾脏中微弱表达,在肌肉组织中不表达;通过比较不同物种氨基酸序列,结果发现... 试验利用PCR扩增猪Lbx2基因组序列,通过克隆测序寻找基因中的突变位点,采用半定量RT-PCR分析猪不同组织中Lbx2基因的表达情况。结果显示,Lbx2基因在肝脏、肾脏和脾脏中微弱表达,在肌肉组织中不表达;通过比较不同物种氨基酸序列,结果发现猪Lbx2与牛、猩猩、犬进化关系较近;此外,在猪Lbx2基因组中发现5处突变位点,其中1个缺失突变(缺失11bp)位于基因启动子区,另外4个单核苷酸突变分别位于第1外显子和内含子中。该试验结果为下一步Lbx2基因的功能研究奠定了基础。 展开更多
关键词 猪 Lbx2基因 表达 生物信息学分析
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鸡热休克蛋白70基因克隆、单核苷酸多态性检测及生物信息学分析 被引量：2
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作者 晁哲 林哲敏 +5 位作者 刘海隆 张星 郑心力 黄丽丽 谢亮 王峰 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2014年第3期194-199,共6页
试验旨在克隆鸡热休克蛋白70(heat shock protein 70,HSP70)基因,获得基因序列并分析基因结构和相关遗传变异,检测单核苷酸多态性(SNP)位点在文昌鸡和北京油鸡群体中的分布。试验利用PCR扩增鸡HSP70基因组序列,通过克隆测序寻找基因中... 试验旨在克隆鸡热休克蛋白70(heat shock protein 70,HSP70)基因,获得基因序列并分析基因结构和相关遗传变异,检测单核苷酸多态性(SNP)位点在文昌鸡和北京油鸡群体中的分布。试验利用PCR扩增鸡HSP70基因组序列,通过克隆测序寻找基因中的突变位点。在鸡HSP70基因组中共发现3处突变位点,分别位于启动子区(T-564C)、5′非翻译区(A-68G)和编码区(A-1044G)。使用PCR-RFLP方法检测T-564C位点后发现,等位基因C在文昌鸡和北京油鸡中的基因频率分别为0.87和0.55。利用生物信息学分析发现,鸡HSP70基因启动子区域存在一些潜在的转录因子结合位点,如Sp1、AP-1、GATA-1、CREB、MZF1和HSF2等。 展开更多
关键词 鸡 热休克蛋白70基因 多态性 生物信息学分析
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Lbx1与Lbx2基因在猪骨骼肌中的甲基化状态 被引量：1
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作者 晁哲 孙瑞萍 +6 位作者 魏立民 刘圈炜 郑心力 刘海隆 黄丽丽 邓昌彦 王峰 《中国畜牧兽医》 CAS 北大核心 2014年第1期167-170,共4页
为了探究猪Lbx1和Lbx2基因的甲基化模式,本研究采用亚硫酸盐测序技术,在猪背最长肌中分析Lbx1和Lbx2基因启动子和外显子1的甲基化状态。结果发现,Lbx1基因的甲基化差异区在外显子1处的CpG岛内;Lbx2基因的甲基化差异区在CpG岛外的启动子... 为了探究猪Lbx1和Lbx2基因的甲基化模式,本研究采用亚硫酸盐测序技术,在猪背最长肌中分析Lbx1和Lbx2基因启动子和外显子1的甲基化状态。结果发现,Lbx1基因的甲基化差异区在外显子1处的CpG岛内;Lbx2基因的甲基化差异区在CpG岛外的启动子区。Lbx1基因CpG岛内的高密度甲基化可能参与下调该基因在背最长肌中的表达量。 展开更多
关键词 猪 骨骼肌 甲基化 Lbx1基因 Lbx2基因
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氟烷敏感基因在海南地方猪中的检测分析 被引量：3
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作者 晁哲 刘海隆 +3 位作者 孙瑞萍 魏立民 王峰 郑心力 《养猪》 2014年第2期51-52,共2页
猪氟烷基因（Halothane,HAL）又被称为氟烷敏感基因或兰尼定受体基因，是控制猪应激综合征（porcine stress syndrome, PSS）的一个主效基因[1]。PSS是一种遗传缺陷病，主要是由猪兰尼定受体基因突变造成的。该基因位于猪6号染色体上，... 猪氟烷基因（Halothane,HAL）又被称为氟烷敏感基因或兰尼定受体基因，是控制猪应激综合征（porcine stress syndrome, PSS）的一个主效基因[1]。PSS是一种遗传缺陷病，主要是由猪兰尼定受体基因突变造成的。该基因位于猪6号染色体上，当其cDNA中第1843个碱基由C突变为T时，会使受体蛋白第615位的精氨酸突变为半胱氨酸[2]。兰尼定受体是骨骼肌细胞内肌浆网上控制钙离子进出肌纤维的通道，应激敏感猪的基因突变改变了兰尼定受体结构，使该通道失常，表现出通道的关闭及泵的作用受到抑制。当受到某些环境因素刺激后，会造成大量钙离子析出，引起电解质代谢紊乱，析出的钙离子会激活过量的糖原酵解，引起肌肉pH的异常变化，从而产生劣质肉。 展开更多
关键词 猪应激综合征 氟烷敏感基因 检测分析 基因突变 海南 受体基因 钙离子 氟烷基因
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