【目的】筛选和识别大河猪背脂沉积相关的关键候选基因。【方法】对高背膘和低背膘各6头大河猪的背部脂肪组织进行转录组测序,筛选差异表达基因并对其GO功能和KEGG通路富集进行分析,结合蛋白质—蛋白质互作网络构建,对大河猪背脂沉积关...【目的】筛选和识别大河猪背脂沉积相关的关键候选基因。【方法】对高背膘和低背膘各6头大河猪的背部脂肪组织进行转录组测序,筛选差异表达基因并对其GO功能和KEGG通路富集进行分析,结合蛋白质—蛋白质互作网络构建,对大河猪背脂沉积关键基因进行发掘与鉴定,再随机挑选3个关键基因进行RT-qPCR验证。【结果】共检测到214个差异表达基因,在高背膘组大河猪中有107个基因上调,107个基因下调。这些基因极显著富集于氧酸代谢、有机酸代谢、脂质代谢、羧酸代谢等生物学过程,以及过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferator-activated receptor,PPAR)信号通路、腺苷酸活化蛋白激酶(AMP-activated protein kinase,AMPK)信号通路、丙酮酸代谢、三羧酸循环等脂肪沉积调控通路(P<0.01),其中,PCK1、ME1、ACLY、ACACA、FASN和SCD为背脂沉积的关键基因。随机挑选的3个关键基因(PCK1、ACLY和ME1)在高、低背膘组大河猪背部脂肪中的表达差异达到显著或极显著水平(P<0.05或P<0.01)。【结论】研究结果初步鉴定了大河猪背脂沉积的关键基因,为深入揭示猪背脂沉积的分子机制及促进瘦肉率等背脂相关性状的遗传改良提供了科学基础和依据。展开更多
一方面,社区信息沿着最短路径传播且随着传播逐渐衰减,信息传到较远位置可能性很小。另一方面,在信息量一定的情况下,在不同路径长度下,每条边累积信息量不同。由此两方面的考虑,引入节点影响力和局部中心度,结合GN算法删除最大边介数...一方面,社区信息沿着最短路径传播且随着传播逐渐衰减,信息传到较远位置可能性很小。另一方面,在信息量一定的情况下,在不同路径长度下,每条边累积信息量不同。由此两方面的考虑,引入节点影响力和局部中心度,结合GN算法删除最大边介数的核心思想,得到一种新的社区发现算法WLCD(weighted local community detection,WLCD)。实验证明,在三种真实网络数据集中,WLCD算法对比其他几种经典社区检测算法更好,在模块度、调整兰德系数、标准互信息以及准确率等评价指标方面都有比较好的结果。展开更多
文摘【目的】筛选和识别大河猪背脂沉积相关的关键候选基因。【方法】对高背膘和低背膘各6头大河猪的背部脂肪组织进行转录组测序,筛选差异表达基因并对其GO功能和KEGG通路富集进行分析,结合蛋白质—蛋白质互作网络构建,对大河猪背脂沉积关键基因进行发掘与鉴定,再随机挑选3个关键基因进行RT-qPCR验证。【结果】共检测到214个差异表达基因,在高背膘组大河猪中有107个基因上调,107个基因下调。这些基因极显著富集于氧酸代谢、有机酸代谢、脂质代谢、羧酸代谢等生物学过程,以及过氧化物酶体增殖物激活受体(peroxisome proliferator-activated receptor,PPAR)信号通路、腺苷酸活化蛋白激酶(AMP-activated protein kinase,AMPK)信号通路、丙酮酸代谢、三羧酸循环等脂肪沉积调控通路(P<0.01),其中,PCK1、ME1、ACLY、ACACA、FASN和SCD为背脂沉积的关键基因。随机挑选的3个关键基因(PCK1、ACLY和ME1)在高、低背膘组大河猪背部脂肪中的表达差异达到显著或极显著水平(P<0.05或P<0.01)。【结论】研究结果初步鉴定了大河猪背脂沉积的关键基因,为深入揭示猪背脂沉积的分子机制及促进瘦肉率等背脂相关性状的遗传改良提供了科学基础和依据。
文摘一方面,社区信息沿着最短路径传播且随着传播逐渐衰减,信息传到较远位置可能性很小。另一方面,在信息量一定的情况下,在不同路径长度下,每条边累积信息量不同。由此两方面的考虑,引入节点影响力和局部中心度,结合GN算法删除最大边介数的核心思想,得到一种新的社区发现算法WLCD(weighted local community detection,WLCD)。实验证明,在三种真实网络数据集中,WLCD算法对比其他几种经典社区检测算法更好,在模块度、调整兰德系数、标准互信息以及准确率等评价指标方面都有比较好的结果。
