基于4D-Label-free技术慢性弥漫性轴索损伤大鼠海马组织的蛋白质组学分析

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作者 张丽 熊红丽 朱士胜 《解剖学报》 CAS CSCD 2024年第5期515-523,共9页

目的筛选慢性弥漫性轴索损伤(DAI)大鼠海马组织差异表达蛋白(DEPs),为探索慢性DAI潜在发病机制以及临床诊断、筛选药物治疗靶点、评估预后等提供实验依据。方法实验动物分为模型组(DAI组,n=20)和对照组(CON组,n=20),采用改良的Marmarou... 目的筛选慢性弥漫性轴索损伤(DAI)大鼠海马组织差异表达蛋白(DEPs),为探索慢性DAI潜在发病机制以及临床诊断、筛选药物治疗靶点、评估预后等提供实验依据。方法实验动物分为模型组(DAI组,n=20)和对照组(CON组,n=20),采用改良的Marmarou法建立SD大鼠DAI模型,模型建立3周后利用4D-Label-free技术检测慢性DAI组脑海马组织中的蛋白图谱变化,以DAI组/CON组表达量变化倍数(FC)>1.2或<0.83且P<0.05筛选DEPs,运用基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因百科全书(KEGG)通路富集分析方法对筛选的DEPs进行生物信息学分析。结果共筛选出92个DEPs,上调52个,下调40个。GO分析结果显示,DEPs主要涉及去磷酸化,ATP合成耦合电子传递,过氧化氢介导的细胞程序性死亡的正向调节及神经递质受体内化等生物过程功能。KEGG通路分析结果提示,DEPs主要参与代谢途径、活性氧、神经变性途径-多种疾病、逆行内源性大麻素信号传导、谷胱甘肽代谢等信号通路。结论通过4D-Label-free技术筛选出了慢性DAI组大鼠海马组织中的DEPs。所筛选出的DEPs及其所富集的生物过程和信号通路为慢性DAI的深入研究提供依据。 展开更多

关键词 弥漫性轴索损伤 蛋白质组学 4D-Label-free技术 生物信息学分析 大鼠

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基于iTRAQ技术对戊四氮点燃癫痫大鼠海马组织的蛋白质组学分析

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作者 张鹏 张丽 +1 位作者 熊红丽 朱士胜 《神经解剖学杂志》 CAS CSCD 2023年第6期649-656,共8页

目的:筛选癫痫大鼠海马组织差异表达蛋白(DEPs),为进一步探索癫痫的发病机制和药物治疗靶点提供思路。方法:采用戊四氮(PTZ)诱导建立SD大鼠癫痫模型(PTZ组),利用同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)联合LC-MS/MS技术检测大鼠海马组织蛋白质... 目的:筛选癫痫大鼠海马组织差异表达蛋白(DEPs),为进一步探索癫痫的发病机制和药物治疗靶点提供思路。方法:采用戊四氮(PTZ)诱导建立SD大鼠癫痫模型(PTZ组),利用同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)联合LC-MS/MS技术检测大鼠海马组织蛋白质谱,以PTZ组对control组蛋白表达量变化倍数>1.5或<0.67且P<0.05为标准筛选DEPs,并对DEPs进行基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因百科全书(KEGG)通路富集等生物信息学分析。结果:共筛选出80个显著DEPs,其中上调39个,下调41个。GO分析显示:上调的DEPs主要涉及细胞对神经生长因子刺激的反应、轴突发育、细胞表面受体信号通路、神经元迁移、肌动蛋白细丝解聚和信号转导等生物过程;下调的DEPs主要涉及三羧酸循环、柠檬酸盐代谢过程、丙酮酸-乙酰辅酶A生物合成过程、草酰乙酸代谢过程、粘附聚集体的调节等生物过程。KEGG通路富集分析显示:上调的DEPs主要参与腺苷酸活化蛋白激酶(AMPK)信号通路、肌动蛋白细胞骨架的调节、鞘脂信号通路、苯丙氨酸代谢和胰岛素信号通路等5条信号通路;下调的DEPs主要参与柠檬酸循环、碳代谢、乙醛酸和二羧酸代谢、代谢途径、氨基酸的生物合成和肌萎缩侧索硬化症等6条信号通路。结论:本研究通过iTRAQ蛋白质组学方法筛选出了癫痫海马组织的DEPs,对DEPs进行生物信息学分析所富集的代谢通路可能与癫痫的发病密切相关。 展开更多

关键词 癫痫 蛋白质组学 同位素标记相对和绝对定量 生物信息学分析 戊四氮点燃模型 大鼠

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SD大鼠急性乙二醇中毒的法医病理学研究 被引量：3

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作者 朱士胜 黄伟 +9 位作者 赵鹏 朱英 王徐 刘剑波 刘明博 李永国 刘云志 唐任宽 李红卫 李剑波 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第1期43-46,共4页

目的 :探讨急性乙二醇(ethylene glycol,EG)中毒的病理学变化,为急性EG中毒的法医病理学鉴定提供客观诊断依据。方法:将30只SD大鼠随机分为空白对照组和急性EG中毒组,急性EG中毒组用12 ml/kg的EG行灌胃处理。取各组动物的心脏、肝脏和... 目的 :探讨急性乙二醇(ethylene glycol,EG)中毒的病理学变化,为急性EG中毒的法医病理学鉴定提供客观诊断依据。方法:将30只SD大鼠随机分为空白对照组和急性EG中毒组,急性EG中毒组用12 ml/kg的EG行灌胃处理。取各组动物的心脏、肝脏和肾脏等组织标本,行HE染色。并用透视电子显微镜(transmission electron microscopy,TEM)观察各组动物的肾脏和肝脏。结果:急性EG中毒组的各组织样本均有不同程度的损害,以肾脏损害最为严重,并可见淡蓝色草酸钙结晶。TEM下可见急性EG中毒组的肾小管上皮细胞和肝脏细胞的细胞质及管腔内有圆形、椭圆形高密度电子颗粒(草酸钙结晶)沉积。结论:各组织器官草酸钙结晶沉积和以肾脏损害为主的靶组织器官病理变化或可作为急性EG中毒的法医学鉴定的病理诊断依据。 展开更多

关键词 乙二醇 急性中毒 斯泼累格·多雷大鼠 透视电子显微镜 法医病理学

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阿尔茨海默病差异表达基因的生物信息学分析 被引量：2

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作者 朱士胜 张丽 +4 位作者 代亚磊 张怡 徐妍 石雪萍 廖勇 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第4期434-440,共7页

目的:应用生物信息学方法分析阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)不同病情程度的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),在分子水平上探讨AD的发病制,为研究AD提供新思路。方法:从基因表达综合数据库(gene expression ... 目的:应用生物信息学方法分析阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)不同病情程度的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),在分子水平上探讨AD的发病制,为研究AD提供新思路。方法:从基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)下载基因芯片数据集GSE28146,使用在线分析工具GEO2R分别筛选AD轻度组、中度组和重度组与正常对照组比较的DEGs。运用DAVID数据库对筛选出的DEGs进行基因本体(gene ontology,GO)富集分析和京都基因与基因百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路分析,通过STRING数据库构建蛋白相互作用网络,并采用Cytoscape软件筛选关键基因。结果:AD轻度组、中度组和重度组分别筛选出881、896和1142个DEGs。GO功能富集显示:轻度组与凋亡相关过程的激活、调节免疫反应、蛋白质磷酸化等生物过程密切相关,中度组与炎症反应、凋亡调节、钙离子的释放等生物过程密切相关,重度组与NF-κB的激活、蛋白质磷酸化和去磷酸化、细胞外基质的降解等生物过程密切相关。KEGG分析显示:轻度组主要富集到p53和TGF-β等信号通路,中度组主要富集到癌症途径、自然杀伤细胞介导的细胞毒性、细胞黏附分子等信号通路,重度组主要富集到细胞周期、Hippo信号通路、神经活性配体-受体相互作用等信号通路。蛋白互作网路分析各组富集程度最高的前5个关键基因:轻度组为GART、EHMT2、KRAS、ESR1、CD44;中度组为CBLB、HERC1、UBE2G1、UBE2M、HECW2;重度组为UBE2C、SOCS3、FBXW7、UBE3B、UBA6。结论:采用生物信息学方法分析不同病情程度的AD,所富集的信号通路和筛选出的关键基因可能在AD发生发展过程中起重要作用,为进一步深入研究AD提供了依据和思路。 展开更多

关键词 阿尔茨海默病 差异表达基因 生物信息学 蛋白质相互作用 关键基因

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弥漫性轴索损伤生物标志物的研究进展

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作者 朱士胜 张鹏 +1 位作者 赵鹏 李剑波 《现代医药卫生》 2018年第13期2001-2004,共4页

弥漫性轴索损伤（DAI）是一种常见的脑损伤,是造成重型脑损伤患者不良预后的主要原因之一,其病理特点是轴索广泛的损害^（[1]）。DAI严重危害患者的生命健康,其病理生理机制仍不清楚,临床迄今为止尚无治疗DAI的有效药物和措施。近年来,... 弥漫性轴索损伤（DAI）是一种常见的脑损伤,是造成重型脑损伤患者不良预后的主要原因之一,其病理特点是轴索广泛的损害^（[1]）。DAI严重危害患者的生命健康,其病理生理机制仍不清楚,临床迄今为止尚无治疗DAI的有效药物和措施。近年来,随着研究的不断深入,在DAI的早期诊断、治疗及预后等方面已取得了很大的进展,发现了较多与DAI发病机制、早期诊断与预后评估相关的特异性强、灵敏性好的生物标志物，为进一步探索DAI的病理生理机制、了解DAI患者的症状、体征及病程进展，提高DAI的诊治水平提供了重要参考。现就弥漫性轴索损伤生物标志物的研究进展进行综述。 展开更多

关键词 弥漫性轴索损伤 神经系统疾病 生物标志物 早期诊断 综述

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微管相关蛋白-1B在弥漫性轴索损伤中的表达变化与意义 被引量：2

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作者 张鹏 赵敏珠 +4 位作者 朱士胜 刘梦 高军 李红卫 李剑波 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期34-37,共4页

目的 :观察微管相关蛋白-1B(microtubule-associate protein 1B,MAP1B)在SD大鼠弥漫性轴索损伤(diffuse axonal injury,DAI)后脑组织中表达的变化,探索其表达变化的意义。方法 :采用改良的Marmarou法建立SD大鼠DAI模型,分为空白对照组(1... 目的 :观察微管相关蛋白-1B(microtubule-associate protein 1B,MAP1B)在SD大鼠弥漫性轴索损伤(diffuse axonal injury,DAI)后脑组织中表达的变化,探索其表达变化的意义。方法 :采用改良的Marmarou法建立SD大鼠DAI模型,分为空白对照组(10只,不予任何处理),假打击组(10只,给予致伤组相同的打击前准备,但不予以打击),致伤6 h组(10只),致伤1 d组(10只)和致伤3 d组(10只),分别于打击6 h、1 d、3 d后,处死动物,提取脑组织,结合Western blot和免疫组化方法,观察SD大鼠脑组织中MAP1B表达的变化。结果:Western blot结果显示致伤6 h组(0.50±0.07)、致伤1 d组(0.56±0.07)和致伤3 d组(0.50±0.06)中MAP1B表达水平较空白对照组(0.30±0.06;P=0.001,P=0.000,P=0.001)、假打击组(0.30±0.04;P=0.001,P=0.000,P=0.001)明显升高。免疫组化结果显示致伤6 h组(4.70±0.79)、致伤1 d组(4.78±0.86)和致伤3 d组(4.70±0.89)中MAP1B表达水平较空白对照组(4.06±1.15;P=0.023,P=0.007,P=0.023)、假打击组(3.90±1.46;P=0.002,P=0.000,P=0.002)明显升高。结论:SD大鼠DAI后脑组织中MAP1B表达水平上调,提示其参与了DAI后轴索损伤的病理改变过程,并可能在稳定、修复及再生受损轴索的机制中起着重要作用。 展开更多

关键词 弥漫性轴索损伤 微管相关蛋白-1B 轴索修复 SD大鼠

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基于~1H-NMR技术的SD大鼠弥漫性轴索损伤血浆代谢组学研究 被引量：1

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作者 熊进成 朱士胜 +4 位作者 赵鹏 马若翔 肖翾 李红卫 李剑波 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第2期167-171,共5页

目的:采用核磁共振氢谱(~1H-NMR)结合模式识别的方法研究SD大鼠弥漫性轴索损伤(diffuse axonal injury,DAI)后血浆代谢的变化,探讨~1H-NMR在DAI中应用的可行性,并筛选出DAI的早期差异代谢物。方法:采用改良的Marmarou A法建立SD大鼠DAI... 目的:采用核磁共振氢谱(~1H-NMR)结合模式识别的方法研究SD大鼠弥漫性轴索损伤(diffuse axonal injury,DAI)后血浆代谢的变化,探讨~1H-NMR在DAI中应用的可行性,并筛选出DAI的早期差异代谢物。方法:采用改良的Marmarou A法建立SD大鼠DAI模型,分为打击致伤组(n=6),假手术组(n=6,给予打击致伤组相同的打击前准备,但不予以打击),于致伤后1 d抽取心血,分离出血浆。应用~1H-NMR结合模式识别技术对大鼠血浆进行代谢组学分析,筛选差异代谢物。结果:通过对打击致伤组与假手术组血浆代谢组差异代谢物的相关性分析及独立样本t检验,筛选出相关系数丨r丨>0.6且P<0.05的差异代谢物。结果显示,与假手术组相比,打击致伤组血浆中丙酮酸(Pyruvate)(r=-0.831,P=0.019)、赖氨酸(Lysine)(r=-0.773,P=0.030)、谷氨酸(Glutamate)(r=-0.772,P=0.042)、谷氨酰胺(Glutamine)(r=-0.772,P=0.042)、异丁酸(Isobutyrate)(r=-0.631,P=0.045)、甘油(Glycerol)(r=-0.844,P=0.032)明显升高,丙二酸二乙酯(Malonate)(r=0.699,P=0.038)、L2(r=0.786,P=0.047)、L3(r=0.666,P=0.031)、L4(r=0.715,P=0.022)、L10(r=0.663,P=0.025)、β-葡萄糖(β-Glucose)(r=0.800,P=0.030)、α-葡萄糖(α-Glucose)(r=0.808,P=0.015)明显降低。结论:基于~1H-NMR结合模式的方法对DAI后血浆的代谢组学分析是可行的,所筛选出的13种差异代谢物及其表达变化,不仅为进一步探索DAI的病理生理机制提供了新的研究基础;同时,对于临床DAI的早期诊断、治疗及法医学鉴定提供了重要的方法和依据。 展开更多

关键词 弥漫性轴索损伤 代谢组学 ^1H-NMR SD大鼠

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基因捕获技术在肝癌侵袭和迁移相关基因筛选中的应用

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作者 熊冬梅 朱士胜 汤华 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第1期42-46,共5页

目的:用基因捕获技术在肝癌细胞SMMC7721细胞中寻找与肝癌侵袭和迁移相关的基因。方法:首先,将p U21质粒转染到肝癌细胞SMMC7721细胞,用G418筛选出单克隆稳定细胞系;其次,采用Transwell小室实验和划痕实验,检测这些单克隆细胞侵袭和迁... 目的:用基因捕获技术在肝癌细胞SMMC7721细胞中寻找与肝癌侵袭和迁移相关的基因。方法:首先,将p U21质粒转染到肝癌细胞SMMC7721细胞,用G418筛选出单克隆稳定细胞系;其次,采用Transwell小室实验和划痕实验,检测这些单克隆细胞侵袭和迁移能力的变化;最后,用5’-Full RACE实验、T克隆及基因测序检测这些细胞系中被p U21质粒捕获的基因。结果:成功获得了约300株稳定转染p U21质粒的单克隆细胞系,得到了约30株侵袭和迁移能力增强的细胞株和约40株侵袭和迁移能力减弱的细胞株。通过5’-Full RACE实验、T克隆及基因测序检测,证明了在A554细胞系中,被p U21质粒捕获的基因是long inter-genic non-protein coding RNA 52(LINC00052)。结论:应用基因捕获技术筛选肝癌侵袭和迁移相关基因是可行的。 展开更多

关键词 基因捕获技术 肝癌 侵袭和迁移 LINC00052

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基于气相色谱-质谱联用技术的甲状腺功能亢进性心脏病大鼠心脏组织代谢组学分析

9

作者 董靖 张丽 +2 位作者 熊红丽 朱士胜 陈燕梅 《重庆医学》 CAS 2023年第11期1620-1626,1632,共8页

目的通过气相色谱-质谱(GC-MS)联用技术探究甲状腺功能亢进性心脏病(HHD)大鼠心肌组织代谢物变化,筛选相关代谢通路,阐明HHD可能的发病机制。方法将20只SD大鼠随机分为对照组和HHD组,给予相应药物干预后,采集大鼠心脏组织进行GC-MS分析... 目的通过气相色谱-质谱(GC-MS)联用技术探究甲状腺功能亢进性心脏病(HHD)大鼠心肌组织代谢物变化,筛选相关代谢通路,阐明HHD可能的发病机制。方法将20只SD大鼠随机分为对照组和HHD组,给予相应药物干预后,采集大鼠心脏组织进行GC-MS分析,结合多变量、单变量统计分析及数据库检索,筛选出HHD可能的潜在生物标志物,利用MetaboAnalyst 5.0软件对筛选出的潜在生物标志物进行代谢通路分析。结果相对于对照组,HHD组共筛选鉴定出57种差异代谢物作为潜在生物标志物,这些潜在生物标志物参与了39条代谢通路,其中丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢,β-丙氨酸代谢,牛磺酸和亚牛磺酸代谢,甘氨酸、丝氨酸和苏氨酸代谢,戊糖和葡萄糖醛酸相互转化,氨酰-tRNA生物合成其6条代谢通路变化明显。结论HHD心脏组织中氨基酸、糖类、脂类和核苷酸等代谢水平发生明显变化;上述6条代谢通路异常可能是HHD潜在发病机制。 展开更多

关键词 甲状腺功能亢进性心脏病 代谢组学 气相色谱-质谱 生物标志物 代谢通路分析

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201例交通事故导致膝关节损伤的法医学分析 被引量：4

10

作者 朱英 李红卫 +3 位作者 赵鹏 唐任宽 朱士胜 李剑波 《中华创伤杂志》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期32-35,共4页

目的探讨交通事故导致膝关节损伤的特点，为其法医学鉴定提供客观依据。方法对2006—2008年间经重庆法医验伤所鉴定的201例交通事故导致的膝关节损伤案例进行回顾性研究。结果根据膝关节的损伤类型，将本组案例分为骨损伤组、软组织损... 目的探讨交通事故导致膝关节损伤的特点，为其法医学鉴定提供客观依据。方法对2006—2008年间经重庆法医验伤所鉴定的201例交通事故导致的膝关节损伤案例进行回顾性研究。结果根据膝关节的损伤类型，将本组案例分为骨损伤组、软组织损伤组及骨合并软组织损伤组。通过对各组膝关节功能情况的分析发现：对于负重情况，其正常率以及不能负重率，骨损伤组以及骨合并软组织损伤组均与软组织损伤组差异有统计学意义（P〈0．05）。结论将患者的负重情况、行走功能以及步态情况纳入鉴定过程，会使交通事故导致膝关节损伤的法医学鉴定更为合理。 展开更多

关键词 事故 交通 膝损伤 法医学鉴定

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扩张型心肌病猝死患者临床及病理学特征 被引量：4

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作者 刘明博 朱士胜 +6 位作者 刘剑波 王徐 宋涛 朱英 唐任宽 李红卫 李剑波 《临床心血管病杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第9期690-691,共2页

目的：探讨扩张型心肌病（DCM）猝死患者临床、病理学特征。方法：对30例DCM猝死的案例进行回顾性研究。结果：DCM猝死者中男性多于女性,年龄多集中在20~45岁。多数生前无明显的心脏病临床表现,在有或无明显诱因下出现猝死。心肌细胞变... 目的：探讨扩张型心肌病（DCM）猝死患者临床、病理学特征。方法：对30例DCM猝死的案例进行回顾性研究。结果：DCM猝死者中男性多于女性,年龄多集中在20~45岁。多数生前无明显的心脏病临床表现,在有或无明显诱因下出现猝死。心肌细胞变性坏死以左、右心室及部分心内膜下为重。结论：DCM发病的隐匿性和诊断的复杂性常常需尸体检验确诊。尸体检验为解决医患纠纷提供可靠证据,也为临床诊断及治疗提供借鉴意义,以避免不当治疗诱发猝死。 展开更多

关键词 扩张型心肌病 猝死 特征

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基于超高效液相色谱-质谱技术的模式识别在弥漫性轴索损伤大鼠早期血浆代谢组学中的应用 被引量：4

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作者 赵敏珠 李红卫 +7 位作者 朱士胜 张鹏 朱英 吴涛 唐任宽 李永国 刘云志 李剑波 《中华创伤杂志》 CAS CSCD 北大核心 2014年第11期1151-1155,共5页

目的 探讨基于超高效液相色谱-质谱技术（ultra performance liquid chromatographymass spectrometry,UPLC-MS）的模式识别方法应用于SD大鼠弥漫性轴索损伤（diffuse axonal injury,DAI）模型血浆代谢组学研究的可行性.方法 采用改良Ma... 目的 探讨基于超高效液相色谱-质谱技术（ultra performance liquid chromatographymass spectrometry,UPLC-MS）的模式识别方法应用于SD大鼠弥漫性轴索损伤（diffuse axonal injury,DAI）模型血浆代谢组学研究的可行性.方法 采用改良Marmarous法建立SD大鼠DAI模型.将18只SD大鼠按随机数字表法分为空白对照组、假手术对对照组和打击致伤组,每组6只.应用UPLC-MS技术对空白对照组、假手术对照组及打击致伤组大鼠血浆进行检测,所得数据分别采用主成分分析法（principal component analysis,PCA）、偏最小二乘判别分析法（partial least squares discriminant analysis,PLS-DA）和正交信号偏最小二乘判别分析法（orthogonal signal correction-partial least squares discriminant analysis,OSC-PLS-DA）进行模式识别分析,确定打击致伤组与对照组血浆的代谢差异,比较三种模式识别方法的判别能力.根据PLS-DA模型的变量重要性投影（variable importance in the projection,V1P）值初步筛选出可能的代谢标志物.结果 打击致伤组与对照组血浆代谢组存在明显差异,但PCA模式识别未能将打击致伤组和对照组明显区分开,而PLS-DA和OSC-PLS-DA模式识别法可显著将其分开.初步确认7个质荷比（分别为243.102 3,227.103 0,146.165 0,59.049 7,145.1197,218.138 9,169.096 9）对应的化合物可能为大鼠DA1候选的潜在生物标志物.结论 建立了利用UPLC-MS技术进行DAI大鼠模型早期的血浆代谢组学研究检测,PLS-DA和OSC-PLS-DA模式识别法明显优于PCA模式识别法,初步筛选出大鼠DAI可能的生物标志物,为DAI早期诊断、治疗及法医学鉴定奠定了基础. 展开更多

关键词 弥漫性轴索损伤 质谱法 代谢组学

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小鼠皮肤损伤后时序芯片数据分析及关键基因的筛选

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作者 吴涛 朱士胜 +5 位作者 熊红丽 张丽 赵聪聪 陆涛 李红卫 李剑波 《中国法医学杂志》 CSCD 2021年第2期124-129,共6页

目的应用生物信息学方法对皮肤损伤后不同时间点的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)进行分析,为法医学皮肤损伤时间推断(wound age estimation)提供理论依据。方法从基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO... 目的应用生物信息学方法对皮肤损伤后不同时间点的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)进行分析,为法医学皮肤损伤时间推断(wound age estimation)提供理论依据。方法从基因表达综合数据库(gene expression omnibus,GEO)下载基因芯片数据集GSE23006,使用在线分析工具GEO2R分别筛选皮肤损伤后1d组、3d组、5d组、7d组和10d组与正常对照组比较的DEGs,采用Cytoscape软件筛选关键基因,对所筛选的关键基因进行蛋白网络互作分析、GO和KEGG富集分析。结果与正常对照组比较,小鼠皮肤损伤1d、3d、5d、7d和10d分别筛选的结果如下:1d组关键基因为Cd44、Mmp9、Stat1、Ptprc、Il6、Tlr4、Tnf、Tlr2和Il1β;3d组关键基因为Mmp9、Stat1、Ptprc、Il6和Il1β;5d组关键基因为Crp、Serpine1、Fos、Stat1、Jun、Mmp9、Cxcl10、Vcam1、Mmp3、Cxcl5、Spp1、Timp1和Fn1;7d组关键基因为Krt83、Col1a1和Timp1;10d组关键基因为Crp、Fos、Ctgf、Il1f6、Cxcl1、Il6、Actc1、Mmp13、Timp1、Cxcl2、Eln、Atf3和Il1β。关键基因GO功能分析显示与炎症反应、免疫调节、组织修复和组织重塑有关,KEGG分析显示与细胞凋亡、炎症介质调控、免疫细胞受体信号通路等相关。关键基因在皮肤损伤愈合过程不同阶段发挥重要作用,与损伤时间存在相关性。结论筛选出的小鼠皮肤损伤不同时间点关键基因可作为相应时间点的特定表达基因,为进一步深入研究皮肤损伤、进行损伤时间推断提供了依据和思路。 展开更多

关键词 法医病理学 关键基因 生物信息学 差异表达基因 皮肤损伤时间

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颞下颌关节骨关节病关节液的定量蛋白质组学研究 被引量：1

14

作者 胡静 钟晓波 +2 位作者 朱士胜 冯驰 李汶洋 《医学信息》 2020年第10期65-69,89,共6页

目的鉴定颞下颌关节骨关节病(TMJOA)患者关节液中蛋白质表达情况,筛选出生物标志物,并初步探讨其发病机制。方法选择2019年5~10月22例于我院行颞下颌关节玻璃酸钠注射治疗的TMJOA患者作为实验组,收集同期10名健康志愿者作为健康对照组,... 目的鉴定颞下颌关节骨关节病(TMJOA)患者关节液中蛋白质表达情况,筛选出生物标志物,并初步探讨其发病机制。方法选择2019年5~10月22例于我院行颞下颌关节玻璃酸钠注射治疗的TMJOA患者作为实验组,收集同期10名健康志愿者作为健康对照组,采集两组受试者关节液标本,应用同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ)-LC-MS/MS检测和鉴定差异蛋白,对差异表达的蛋白进行生物信息学分析。结果共鉴定出蛋白370个,与健康对照组相比,实验组中差异表达蛋白82个,其中上调蛋白35个,下调蛋白47个(差异倍数≥1.5或≤0.67,P≤0.05)。差异蛋白主要参与的生物学过程有:cellular process,metabolic process,biological regulation,response to stimulus等;主要涉及的分子功能包括:binding,catalytic activity,enzyme regulator activity等;差异蛋白主要富集在PPAR signaling pathway通路。结论 iTRAQ-LC-MS/MS技术成功筛选到多个与TMJOA发病相关的蛋白,C4BPA、CD5L、PRDX2、CAH1可作为TMJOA诊断的候选生物标志物和潜在治疗靶点。 展开更多

关键词 颞下颌关节骨关节病 关节液 蛋白质组学 同位素标记相对和绝对定量(iTRAQ) 生物标志物

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