为了研究杜洛克猪和杜长大猪校正115 kg眼肌面积(corrected loin eye area at 115 kg)的遗传参数及相关的候选基因,试验收集2783头杜洛克猪和2424头杜长大猪的LEA115数据,使用Gene Seek GGP 50K芯片对杜洛克猪与杜长大猪进行基因分型。...为了研究杜洛克猪和杜长大猪校正115 kg眼肌面积(corrected loin eye area at 115 kg)的遗传参数及相关的候选基因,试验收集2783头杜洛克猪和2424头杜长大猪的LEA115数据,使用Gene Seek GGP 50K芯片对杜洛克猪与杜长大猪进行基因分型。对杜洛克猪的基因型数据进行质量控制,去除个体基因型检出率<0.95的样品,去除单核苷酸多态性(single-nucleotide pdymorphism,SNP)基因型检出率<0.99、最小等位基因频率<0.05、哈代-温伯格平衡检验P值<1×10^(-6)的SNP位点;对杜长大猪不进行哈代-温伯格平衡检验,其余质量控制条件同杜洛克猪。利用ASReml软件对杜洛克猪与杜长大猪的LEA115进行遗传参数估计,使用rMVP软件包提供的FarmCPU(fixed and random model circulating probability unification)模型对杜洛克猪与杜长大猪的LEA115进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),筛选显著的SNP位点,在显著SNP位点上下游500 kb范围内挖掘潜在候选基因。通过NCBI和Animal QTL等数据库最终鉴定出杜洛克猪和杜长大猪LEA115的候选基因。结果表明:杜洛克猪和杜长大猪的LEA115均为低等遗传力,分别为0.13和0.09。与杜洛克猪LEA115显著相关的显著SNP位点有11个,分布在5,6,7,8,13,14,15,16号染色体上;与杜长大猪LEA115显著相关的SNP位点有10个,分布在1,2,6,7,8,9,13号染色体上。KLHL21、NUDT3、PACSIN1、SPDEF、SNRPC、ANKS1A、ENSSSCG00000043323、CHCHD6基因可作为杜洛克猪LEA115的候选基因;ENSSSCG00000052059、SLC39A7、ABHD4基因可作为杜长大猪LEA115的候选基因。说明与猪LEA115显著相关的SNP位点和候选基因为猪LEA115的标记辅助选择提供了分子遗传标记。展开更多
文摘为了研究杜洛克猪和杜长大猪校正115 kg眼肌面积(corrected loin eye area at 115 kg)的遗传参数及相关的候选基因,试验收集2783头杜洛克猪和2424头杜长大猪的LEA115数据,使用Gene Seek GGP 50K芯片对杜洛克猪与杜长大猪进行基因分型。对杜洛克猪的基因型数据进行质量控制,去除个体基因型检出率<0.95的样品,去除单核苷酸多态性(single-nucleotide pdymorphism,SNP)基因型检出率<0.99、最小等位基因频率<0.05、哈代-温伯格平衡检验P值<1×10^(-6)的SNP位点;对杜长大猪不进行哈代-温伯格平衡检验,其余质量控制条件同杜洛克猪。利用ASReml软件对杜洛克猪与杜长大猪的LEA115进行遗传参数估计,使用rMVP软件包提供的FarmCPU(fixed and random model circulating probability unification)模型对杜洛克猪与杜长大猪的LEA115进行全基因组关联分析(genome-wide association study,GWAS),筛选显著的SNP位点,在显著SNP位点上下游500 kb范围内挖掘潜在候选基因。通过NCBI和Animal QTL等数据库最终鉴定出杜洛克猪和杜长大猪LEA115的候选基因。结果表明:杜洛克猪和杜长大猪的LEA115均为低等遗传力,分别为0.13和0.09。与杜洛克猪LEA115显著相关的显著SNP位点有11个,分布在5,6,7,8,13,14,15,16号染色体上;与杜长大猪LEA115显著相关的SNP位点有10个,分布在1,2,6,7,8,9,13号染色体上。KLHL21、NUDT3、PACSIN1、SPDEF、SNRPC、ANKS1A、ENSSSCG00000043323、CHCHD6基因可作为杜洛克猪LEA115的候选基因;ENSSSCG00000052059、SLC39A7、ABHD4基因可作为杜长大猪LEA115的候选基因。说明与猪LEA115显著相关的SNP位点和候选基因为猪LEA115的标记辅助选择提供了分子遗传标记。
