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基于CRISPR/Cas13a系统建立大口黑鲈弹状病毒检测方法
被引量:
3
1
作者
张敏琳
黄枫淇
+9 位作者
左小玲
梁建韬
梁凯珊
单金红
李宗烊
喻婕
罗丽媛
禤梓杰
赵会宏
王庆
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期283-291,共9页
为了建立一种灵敏度高、特异性强并且适合现场诊断的大口黑鲈弹状病毒(Micropterus salmoides rhabdovirus,MSRV)检测方法,研究基于CRISPR-Cas13a系统并结合多酶恒温核酸快速扩增(MIRA)技术建立了一种MSRV的检测方法。实验对MSRV序列进...
为了建立一种灵敏度高、特异性强并且适合现场诊断的大口黑鲈弹状病毒(Micropterus salmoides rhabdovirus,MSRV)检测方法,研究基于CRISPR-Cas13a系统并结合多酶恒温核酸快速扩增(MIRA)技术建立了一种MSRV的检测方法。实验对MSRV序列进行多重序列比对分析后,针对MSRV衣壳蛋白(CP)基因的特异性区域设计两个靶点,并通过体外转录成特异性的crRNA,同时设计合成MIRA引物序列实现目标序列的等温扩增,最后结合Cas13a蛋白、crRNA、恒温扩增体系构建检测体系,并从高效crRNA的选择、反应温度、ssRNA报告探针浓度和Cas13a与crRNA的浓度比四个方面优化了反应体系,并采用最优检测体系对大口黑鲈样本进行检测验证。结果显示,在20μL检测体系中加入200 nmol/L Cas13a、100 nmol/L crRNA1、100 nmol/L crRNA2及500 nmol/L ssRNA报告探针,在37℃的情况下能够获得最佳的检测效果。并且该检测体系可以检测到102 fM的MSRV病毒,具有良好的特异性和灵敏性,此外检测结果可直接通过紫外灯照射直接观察。研究基于CRISPR/Cas13a系统结合等温扩增MIRA技术建立的MSRV检测方法,可在室温下且不需要昂贵的仪器进行MSRV病毒检测,检测结果可以肉眼直接观察,能在多种场合下使用,研究结果为检测MSRV提供了有效方法。
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关键词
大口黑鲈弹状病毒
CRISPR-Cas13a
MIRA
大口黑鲈
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题名
基于CRISPR/Cas13a系统建立大口黑鲈弹状病毒检测方法
被引量:
3
1
作者
张敏琳
黄枫淇
左小玲
梁建韬
梁凯珊
单金红
李宗烊
喻婕
罗丽媛
禤梓杰
赵会宏
王庆
机构
华南农业大学海洋学院
华南农业大学粤港海洋生物资源保护与开发联合实验室
出处
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024年第2期283-291,共9页
基金
国家自然科学基金面上项目(42176103)
国家重点研发计划(2022YFD2400502)
广东省自然科学基金面上项目(2022A1515012505)资助。
文摘
为了建立一种灵敏度高、特异性强并且适合现场诊断的大口黑鲈弹状病毒(Micropterus salmoides rhabdovirus,MSRV)检测方法,研究基于CRISPR-Cas13a系统并结合多酶恒温核酸快速扩增(MIRA)技术建立了一种MSRV的检测方法。实验对MSRV序列进行多重序列比对分析后,针对MSRV衣壳蛋白(CP)基因的特异性区域设计两个靶点,并通过体外转录成特异性的crRNA,同时设计合成MIRA引物序列实现目标序列的等温扩增,最后结合Cas13a蛋白、crRNA、恒温扩增体系构建检测体系,并从高效crRNA的选择、反应温度、ssRNA报告探针浓度和Cas13a与crRNA的浓度比四个方面优化了反应体系,并采用最优检测体系对大口黑鲈样本进行检测验证。结果显示,在20μL检测体系中加入200 nmol/L Cas13a、100 nmol/L crRNA1、100 nmol/L crRNA2及500 nmol/L ssRNA报告探针,在37℃的情况下能够获得最佳的检测效果。并且该检测体系可以检测到102 fM的MSRV病毒,具有良好的特异性和灵敏性,此外检测结果可直接通过紫外灯照射直接观察。研究基于CRISPR/Cas13a系统结合等温扩增MIRA技术建立的MSRV检测方法,可在室温下且不需要昂贵的仪器进行MSRV病毒检测,检测结果可以肉眼直接观察,能在多种场合下使用,研究结果为检测MSRV提供了有效方法。
关键词
大口黑鲈弹状病毒
CRISPR-Cas13a
MIRA
大口黑鲈
Keywords
Micropterus salmoides rhabdovirusis
CRISPR-Cas13a
MIRA
Micropterus salmoides
分类号
S941.4 [农业科学—水产养殖]
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题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于CRISPR/Cas13a系统建立大口黑鲈弹状病毒检测方法
张敏琳
黄枫淇
左小玲
梁建韬
梁凯珊
单金红
李宗烊
喻婕
罗丽媛
禤梓杰
赵会宏
王庆
《水生生物学报》
CAS
CSCD
北大核心
2024
3
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