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2017-2021年广州市病毒性腹泻病原学特征分析 被引量：5
1
作者 刘静雯 曾庆 +4 位作者 耿进妹 鲁影 李魁彪 狄飚 谢华萍 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第9期872-878,共7页
目的分析2017-2021年广州市病毒性腹泻主要病原轮状病毒和诺如病毒的特征,为病毒性腹泻病例监测和防控提供参考依据。方法收集广州市2017年1月1日-2021年12月31日各哨点监测医院的疑似及确诊腹泻病例标本,使用实时荧光RT-PCR法检测病毒... 目的分析2017-2021年广州市病毒性腹泻主要病原轮状病毒和诺如病毒的特征,为病毒性腹泻病例监测和防控提供参考依据。方法收集广州市2017年1月1日-2021年12月31日各哨点监测医院的疑似及确诊腹泻病例标本,使用实时荧光RT-PCR法检测病毒核酸。结果5年内共采集粪便或肛拭子等标本共5364份,检测为阳性的有1583份,阳性率为29.51%;A组轮状病毒和诺如病毒的阳性率分别为11.26%、20.74%;检出轮状病毒和诺如病毒混合感染134份,GI和GII混合感染30份。诺如病毒GII型主要在秋冬季高发。轮状病毒全年均可发病,其高发季节为冬春季。患者年龄主要集中在0~5岁。A组轮状病毒阳性者的男女比为1.27∶1,诺如病毒阳性者的男女比1.52∶1,GII.4[P31]型和GII.2[P16]型是诺如病毒最主要的2种基因亚型。A组轮状病毒以G9P[8]型最多,其次分别是G8P[8]、G2P[8]、G3P[8]型,同一病例多重基因型别感染的情况暂未发现。结论广州地区诺如病毒的高发季节为秋冬季,轮状病毒则是每年11月至次年3月,两种病毒均在5岁以下儿童更易感染,GII.4[P31]型和GII.2[P16]型是诺如病毒最主要的2种基因亚型,轮状病毒以G9P[8]型流行为主,G8P[8]型出现小流行。应加强病毒性腹泻的日常监测,分析该病毒病原谱的变化,做好预防控制措施。 展开更多
关键词 病毒性腹泻 轮状病毒 诺如病毒 病原学特征
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密码子优化的人H5N1流感病毒HA基因在哺乳动物细胞中获得高效表达 被引量：2
2
作者 李魁彪 张晓光 +6 位作者 马晶 贾晓俊 王敏 董婕 张晓梅 徐红 舒跃龙 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第2期101-105,共5页
为了提高人禽流感病毒血凝素HA的表达量,应对流感大流行疫苗的需求,按照人的偏爱密码子将H5N1(A/Anhui/1/2005)流感病毒的HA基因进行优化改造,经全基因合成后插入到真核表达载体pDC315中,构建了真核表达质粒pDC315-Mod·HA;将此质... 为了提高人禽流感病毒血凝素HA的表达量,应对流感大流行疫苗的需求,按照人的偏爱密码子将H5N1(A/Anhui/1/2005)流感病毒的HA基因进行优化改造,经全基因合成后插入到真核表达载体pDC315中,构建了真核表达质粒pDC315-Mod·HA;将此质粒和含野生HA基因的真核表达质粒pDC315-Wt·HA分别转染293T细胞,比较HA蛋白的表达量。结果表明:经间接免疫荧光实验及Western blot实验比较和鉴定,密码子优化后,HA蛋白在293T细胞中的表达水平显著提高,为流感大流行疫苗的研究打下了基础。 展开更多
关键词 H5N1 HA 密码子优化 真核表达
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2017—2018年广州市H3N2流感病毒流行及血凝素基因分子特征分析 被引量：13
3
作者 曹蓝 鲁恩洁 +4 位作者 陈艺韵 马钰 李魁彪 陆剑云 狄飚 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第10期899-904,921,共7页
目的对广州市H3N2流感病毒进行基因变异和进化分析,为H3N2流感科学防控提供科学依据。方法对广州市2017年1月-2018年9月流感监测标本进行H3N2病毒检测和分离,并对HA基因进行测序,通过生物信息学软件分析病毒变异和进化特点。结果所监测... 目的对广州市H3N2流感病毒进行基因变异和进化分析,为H3N2流感科学防控提供科学依据。方法对广州市2017年1月-2018年9月流感监测标本进行H3N2病毒检测和分离,并对HA基因进行测序,通过生物信息学软件分析病毒变异和进化特点。结果所监测的8 535份标本中,检出H3N2流感阳性标本386份,阳性率为4.52%。对其中16株分离株HA基因测序结果显示,与同年度疫苗推荐株A/Hong Kong/4801/2014相比,2017年广州H3N2病毒A 区抗原位点变异频率较高,多发生于140位、144位和150位,其中有7株病毒发生新抗原漂移,变异毒株占比43.75%。受体结合位点变异主要发生在前壁,位于T131K位和T135K(N)位。糖基化位点变异同样多发生于A区抗原位点和受体结合位点前壁。2017年广州H3N2流感病毒均位于3C.2a分支,但分支内又进一步进化形成3个不同的小流行分支,包括3C.2a1分支,以及与2016年北京、2017年美国分离株亲缘相近的另外两个小分支。结论 2017年广州H3N2流感病毒HA蛋白重要氨基酸位点的变异表现遗传多态性,特别是在抗原性上可能发生了较大变异。在基因进化上表现为多样性和复杂性,呈现多分支进化特点。因此有必要密切监测流行毒株的进化趋势,以期及时对疫苗株的匹配性进行有效评估。 展开更多
关键词 H3N2流感病毒 血凝素 基因变异 基因进化
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广州市人感染H7N9禽流感病毒高致病性变异株监测与基因进化分析 被引量：7
4
作者 曹蓝 李魁彪 +7 位作者 陆剑云 陈艺韵 刘艳慧 鲁恩洁 马钰 夏丹 刘文辉 狄飚 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第2期107-112,119,共7页
目的通过对广州市人感染H7N9禽流感病毒高致病性变异株基因变异和进化特点进行分析,掌握本地区H7N9病毒病原学特点,为疾病防控提供参考。方法选取2017年广州市人感染H7N9禽流感病毒阳性标本10份,提取核酸扩增HA、NA、M基因进行测序,通... 目的通过对广州市人感染H7N9禽流感病毒高致病性变异株基因变异和进化特点进行分析,掌握本地区H7N9病毒病原学特点,为疾病防控提供参考。方法选取2017年广州市人感染H7N9禽流感病毒阳性标本10份,提取核酸扩增HA、NA、M基因进行测序,通过生物信息学软件分析病毒重要蛋白突变情况和遗传进化特点。结果广州地区H7N9禽流感病毒基因同源性差异较大,大部分毒株基因与广东毒株同源性最高,部分毒株基因与河南、内蒙古等地毒株同源性最高。监测到5株病毒为H7N9禽流感病毒高致病性变异株,部分病毒出现了HA蛋白Q226L的突变,提示对人呼吸道上皮细胞SAα-2, 6Gal受体结合能力增加。HA蛋白和NA蛋白上糖基化位点均有一定的增加和缺失突变。HA、NA和M1蛋白上毒力相关位点均突变增强。M2蛋白均呈现耐药突变,同时监测到2株高致病性突变株出现对神经氨酸酶抑制剂的耐药突变。遗传进化结果显示,HA基因和NA基因在华南和华东分支均有分布,M1基因进化特点相对复杂,分别与华南地区H9N2、H7N9病毒,及北方地区的H7N9病毒重组。结论 2017年广州地区发现2株对达菲耐药的人感染H7N9禽流感病毒高致病性变异株。H7N9禽流感病毒在广州地区不断发生进化重组,具有遗传多样性和复杂性,提示高致病性耐药株有向华南以外地区传播的风险。 展开更多
关键词 人感染H7N9禽流感病毒 高致病性突变株 耐药 基因变异 遗传进化
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交叉引物恒温扩增法检测甲型H1N1流感病毒及临床应用 被引量：9
5
作者 白志军 胡林 +4 位作者 李魁彪 钟华燕 陈艺韵 鲁恩洁 狄飚 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第3期208-211,215,共5页
目的建立交叉引物恒温扩增（Cross Priming Amplification,CPA）技术对甲型H1N1流感病毒进行检测的方法,并对该方法通过临床标本进行评价。方法根据甲型H1N1流感病毒的保守序列设计特异性引物,并在同一温度下实现RNA的逆转录和DNA扩增,... 目的建立交叉引物恒温扩增（Cross Priming Amplification,CPA）技术对甲型H1N1流感病毒进行检测的方法,并对该方法通过临床标本进行评价。方法根据甲型H1N1流感病毒的保守序列设计特异性引物,并在同一温度下实现RNA的逆转录和DNA扩增,该扩增产物可通过全封闭式核酸检测装置进行检测。14份健康人咽拭子标本、7个其他呼吸道病毒和6个虫媒病毒株被用来检测CPA反应的特异性;已知病毒滴度的甲型H1N1毒株进行对照梯度稀释,以测试CPA的敏感性;102份甲型H1N1临床咽拭子标本为检测对象,评估其临床的检测的可行性。结果 CPA反应未出现对健康样本以及其他病毒产生交叉反应;对已知滴度的病毒进行梯度稀释检测,证明CPA的敏感性为10拷贝/μL。对甲型H1N1流感临床病例发病1~3d临床标本新建检测方法的检出率为100%,4~6d临床标本检出率为79.31%,≥7d临床标本检出率为9.09%。讨论CPA具有较高的敏感性、特异性,对设备要求低,适合基层医疗单位对甲型H1N1流感发病早期诊断使用。 展开更多
关键词 甲型H1N1流感病毒 交叉引物恒温扩增技术 临床应用
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广州市2015年禽类市场禽流感流行病学监测 被引量：16
6
作者 曹蓝 陈艺韵 +7 位作者 鲁恩洁 苏文哲 刘静雯 陈宗遒 陆剑云 刘艳慧 马钰 李魁彪 《中国动物检疫》 CAS 2016年第8期8-12,共5页
为了解2015年广州市禽类市场的禽流感病毒污染情况,为科学制定人感染禽源流感病毒的防控措施提供基础数据,对2015年广州市12个区部分禽类市场的3 447份样本进行了禽流感病毒荧光RT-PCR检测。结果显示:全部样品的A型禽流感病毒和H9亚型... 为了解2015年广州市禽类市场的禽流感病毒污染情况,为科学制定人感染禽源流感病毒的防控措施提供基础数据,对2015年广州市12个区部分禽类市场的3 447份样本进行了禽流感病毒荧光RT-PCR检测。结果显示:全部样品的A型禽流感病毒和H9亚型禽流感病毒的阳性率分别为12.56%和6.24%。1月份为A型和H9亚型禽流感阳性率最高的月份,阳性率分别为23.94%和14.73%。从化区的A型禽流感病毒阳性率最高(24.48%),黄埔区的H9亚型禽流感病毒阳性检出率最高(14.76%)。不同类型样品中,A型禽流感病毒阳性率最高为砧板、刀具类(15.16%),最低为冰鲜生鲜(7.78%)。H9亚型禽流感病毒阳性检出率最高为笼具(8.25%),最低为置物台面(2.84%)。结果表明:广州市禽类市场冬春季节禽流感病毒阳性率较高;全市各区禽类市场普遍存在禽流感病毒污染;禽类交易各环节中,宰杀和饲养环节的污染最为严重。建议在加强活禽交易市场全面清洗消毒的基础上,对不同季节、不同交易环节,采取差异化的和基于风险的消毒、监测措施,以降低人通过禽类市场感染禽流感病毒的风险。 展开更多
关键词 禽类市场 禽流感 监测
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气象因素对活禽市场外环境H7N9禽流感病毒影响作用分析 被引量：14
7
作者 陈纯 陆剑云 +5 位作者 李魁彪 马钰 曹蓝 刘艳慧 陈宗遒 李铁钢 《首都公共卫生》 2017年第2期56-58,共3页
目的研究广州市气压、气温、水汽压、相对湿度、降水量、风速和日照等气象因素对活禽市场外环境H7N9病毒的影响作用。方法根据广州市2014年1月1日-2016年5月31日活禽市场外环境H7N9监测数据和同期气象数据,使用spearman相关分析和logis... 目的研究广州市气压、气温、水汽压、相对湿度、降水量、风速和日照等气象因素对活禽市场外环境H7N9病毒的影响作用。方法根据广州市2014年1月1日-2016年5月31日活禽市场外环境H7N9监测数据和同期气象数据,使用spearman相关分析和logistic逐步回归法进行分析。结果单因素分析结果显示,气温(r=-0.168)、水汽压(r=-0.157)和日照时数(r=-0.070)与活禽市场外环境H7N9病毒阳性率呈负相关,气压(r=0.124)与活禽市场外环境H7N9病毒阳性率呈正相关。多因素分析结果显示,气温(OR=0.991,95%CI=0.987~0.995)与活禽市场外环境H7N9病毒阳性率呈负相关。结论气温等气象因素对活禽市场外环境H7N9病毒阳性率存在一定影响。 展开更多
关键词 H7N9 活禽市场 监测 气象因素
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2016-2018年广州市H6亚型禽流感病毒外环境分离株HA基因遗传特征分析 被引量：2
8
作者 曹蓝 李魁彪 +4 位作者 鲁恩洁 陈艺韵 刘艳慧 夏丹 狄飚 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2019年第12期1106-1109,1116,共5页
目的对广州禽类市场外环境H6亚型禽流感病毒进行分离和测序,分析HA基因遗传进化特点。方法通过接种鸡胚分离H6亚型禽流感病毒,采用RT-PCR方法扩增HA基因全长序列并测序,通过DNA Star7.1和MEGA 4.0软件,分析HA基因遗传特征。结果2016-201... 目的对广州禽类市场外环境H6亚型禽流感病毒进行分离和测序,分析HA基因遗传进化特点。方法通过接种鸡胚分离H6亚型禽流感病毒,采用RT-PCR方法扩增HA基因全长序列并测序,通过DNA Star7.1和MEGA 4.0软件,分析HA基因遗传特征。结果2016-2018年广州禽类市场外环境分离到6株H6亚型禽流感病毒,HA基因核苷酸同源性在81.0%~99.1%之间。基因序列特征分析显示,所有分离株裂解位点序列相对保守,只有1个碱性氨基酸插入,呈现低致病性禽流感病毒分子特点。受体结合位点均为226Q和228G,为禽类呼吸道上皮受体结合位点。2016年分离株发现183-NNT糖基化位点的缺失。进化分析显示,广州早期分离株属于广东常见的ST2853-like分支,但2018年监测发现了ST339-like新流行分支病毒。结论广州地区H6亚型禽流感病毒尚为禽类低致病性病毒,本研究毒株HA基因变异较大,2018年毒株出现多遗传分支进化趋势,因此需要继续监测H6亚型禽流感病毒的流行和变异。 展开更多
关键词 H6亚型禽流感病毒 HA基因 变异
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2019年广州市甲型H1N1流感病毒全基因组序列的遗传特征分析 被引量：2
9
作者 曹蓝 吴迪 +6 位作者 陈艺韵 曾庆 夏丹 陆剑云 狄飚 张周斌 李魁彪 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第4期323-329,共7页
目的对甲型H1N1流感病毒进行基因组全序列遗传特征分析,为流感的科学防控提供新数据。方法选取7株2019年广州市甲型H1N1流感病毒进行全基因组序列测定,分析其遗传特征。结果7株病毒的核苷酸同源性最高为PB2基因(98.8%~99.9%),最低为NA基... 目的对甲型H1N1流感病毒进行基因组全序列遗传特征分析,为流感的科学防控提供新数据。方法选取7株2019年广州市甲型H1N1流感病毒进行全基因组序列测定,分析其遗传特征。结果7株病毒的核苷酸同源性最高为PB2基因(98.8%~99.9%),最低为NA基因(97.3%~99.2%)。总体上,不同月份的H1N1流感分离株在遗传进化上以时间分布为聚类特征,特别是2019年6月份以后的H1N1分离株与我国使用的2020-2021年疫苗推荐株A/Guangdong-Maonan/1536/2019(H1N1)亲缘关系最近,位于同一进化分支。疫苗株所在分支的分离株除PA和M1蛋白外,其余蛋白均有不同数量的相同特异性氨基酸突变。分离自监测哨点医院流感样病例的毒株与社区流感暴发疫情的毒株属于同一进化分支。全基因组8片段的遗传进化树显示,未发现不同基因来源的基因重配现象。结论广州市甲型H1N1流感疫情流行株与门诊监测流行株高度同源,进化起源相同。全基因组序列上推荐疫苗株与流行株匹配性较好,未发现基因重配现象。 展开更多
关键词 甲型H1N1流感病毒 全基因组 遗传进化
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1株重组H6N2禽流感病毒全基因组特征分析 被引量：1
10
作者 曹蓝 夏丹 +6 位作者 刘艳慧 曾庆 陈艺韵 陆剑云 李魁彪 张周斌 狄飚 《中国人兽共患病学报》 CAS CSCD 北大核心 2021年第1期91-98,共8页
目的掌握广州地区禽类市场H6N2亚型禽流感病毒的分子遗传特征,为禽流感的科学防控提供研究数据。方法对禽类市场外环境分离株A/EN/Guangzhou/13565/2018(H6N2)进行全基因组序列测定,应用生物信息软件分析分子遗传特征。结果A/EN/Guangzh... 目的掌握广州地区禽类市场H6N2亚型禽流感病毒的分子遗传特征,为禽流感的科学防控提供研究数据。方法对禽类市场外环境分离株A/EN/Guangzhou/13565/2018(H6N2)进行全基因组序列测定,应用生物信息软件分析分子遗传特征。结果A/EN/Guangzhou/13565/2018(H6N2)毒株各基因片段最大相似度毒株均为国内H6N2禽流感病毒,核苷酸最大相似性在96.85%~98.22%之间,氨基酸最大相似性在96.30%~99.30%之间。各基因片段均属于欧亚谱系,HA、PB2、PB1、PA、M、NS基因归属于ST339-like分支,NP基因归属于HN573-like分支,发生多分支进化来源的重组。NA基因在HxN2亚型基因中归属于H6N2分支。该病毒为禽源低致病性病毒,但在PB2-89位、PB1-473位、PB1-F2蛋白、PA-409位、M1-30/215位、NS1-42/205位均发生对哺乳动物致病性增强的氨基酸变异。结论广州地区禽类市场监测发现的1株重组H6N2禽流感病毒,属于禽源低致病性病毒,但存在发生跨宿主传播的潜在风险,需加强监测。 展开更多
关键词 禽流感病毒 H6N2 基因重组 变异
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基于风险分析的H7N9流感防控策略探讨 被引量：4
11
作者 曹蓝 张海明 李魁彪 《中国动物检疫》 CAS 2015年第12期1-4,共4页
结合流感病毒的生物学特性,从时间分布、家禽生产和流通环节分布以及种间分布对H7N9流感的流行病学特点进行分析,得出冬春季节、活禽交易市场特别是活禽零售市场,以及鸡、污水、饮水、砧板分别是H7N9流感发生和存在的高风险时段、高风... 结合流感病毒的生物学特性,从时间分布、家禽生产和流通环节分布以及种间分布对H7N9流感的流行病学特点进行分析,得出冬春季节、活禽交易市场特别是活禽零售市场,以及鸡、污水、饮水、砧板分别是H7N9流感发生和存在的高风险时段、高风险环节以及高风险种类。建议在今后的H7N9流感防控过程中采取基于风险分析的监测和防控,切实降低人感染H7N9流感的风险。 展开更多
关键词 H7N9流感 流行特点 基于风险 防控策略
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丙型肝炎病毒抗体酶联免疫诊断试剂中酶结合物稀释液对酶结合物稳定性影响的研究 被引量：2
12
作者 宋惠娟 向凌云 +4 位作者 史楠 李成文 李魁彪 林兴兵 曹友声 《药品评价》 CAS 2005年第5期351-353,共3页
目的通过对不同酶结合物稀释液的丙型肝炎病毒(HCV)抗体酶联免疫诊断试剂的稳定性对比试验,优选出最佳的酶结合物稀释液用于HCV抗体诊断试剂的生产。方法用不同酶结合物稀释液的HCV抗体酶联免疫诊断试剂,对丙型肝炎质控血清进行检测,检... 目的通过对不同酶结合物稀释液的丙型肝炎病毒(HCV)抗体酶联免疫诊断试剂的稳定性对比试验,优选出最佳的酶结合物稀释液用于HCV抗体诊断试剂的生产。方法用不同酶结合物稀释液的HCV抗体酶联免疫诊断试剂,对丙型肝炎质控血清进行检测,检测出4℃试剂盒实验结果各样品S/CO值和37℃3d试剂盒实验结果各样品S/CO值,将实验结果进行对比。结果以中性PBST(加有Tween-20的磷酸盐缓冲液)为缓冲液,以BSA(牛血清白蛋白)和Casein(酪蛋白)无关蛋白作稳定剂的酶结合物稀释液的试剂的实验结果明显优于其余试剂。结论以PBST为缓冲液,以BSA和Casein无关蛋白作稳定剂组成酶结合物稀释液适用于HCV抗体酶联免疫诊断试剂的生产。 展开更多
关键词 HCV抗体 酶联免疫 酶结合物稀释液 稳定性 对比研究
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新冠疫情大流行期间广州市H3N2流感病毒分子流行特征分析
13
作者 曹蓝 周腾飞 +7 位作者 陈艺韵 马蒙蒙 夏丹 刘艳慧 李魁彪 狄飚 秦鹏哲 张周斌 《中华预防医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第3期351-357,共7页
分析新型冠状病毒疫情(新冠疫情)大流行期间广州市H3N2流感病毒分子变异特征。收集流感监测哨点医院流感样病例样本,进行病毒分离和全基因组高通量测序。结果显示,新冠疫情大流行期间广州市在2022年第二季度出现了一次H3N2流感流行高峰... 分析新型冠状病毒疫情(新冠疫情)大流行期间广州市H3N2流感病毒分子变异特征。收集流感监测哨点医院流感样病例样本,进行病毒分离和全基因组高通量测序。结果显示,新冠疫情大流行期间广州市在2022年第二季度出现了一次H3N2流感流行高峰(阳性率为52.23%),流行强度和持续时间均高于2019年H3N2流感流行期。2022年流行株HA基因和NA基因均属于3C.2a1b.2a.1a.1分支,与2019年冬季的H3N2流行株进化分支(Group-3 毒株3C.2a1b.1a)不同。2022年流行株抗原位点变异主要发生在C区I48T位,HA蛋白受体结合位点与疫苗株一致。大部分流行株在HA蛋白上带有13个糖基化位点,一起暴发疫情分离株发生24-NST处糖基化位点的缺失。综上,新冠疫情大流行期间,引起广州市2022年H3N2流感流行的病毒株属于新衍生进化分支,进化起源上并非由2019年广州市毒株直接传播进化而来。 展开更多
关键词 H3N2流感病毒 分子变异 遗传特征 新型冠状病毒 监测
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一种基于多重PCR的基孔肯雅病毒全基因组高通量测序方法的建立
14
作者 苏文哲 李岩 +7 位作者 陆维智 谢华萍 李魁彪 狄飚 聂凯 王环宇 张周斌 许松涛 《中华预防医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期489-496,共8页
目的:建立基于多重PCR的基孔肯雅病毒全基因组高通量测序方法。方法:通过NCBI网站检索和下载CHIKV的各基因型序列,经序列比对筛选出备选参考序列,使用Primalscheme和Geneious Prime等软件进行引物方案的设计、筛选和人工优化,并使用7份C... 目的:建立基于多重PCR的基孔肯雅病毒全基因组高通量测序方法。方法:通过NCBI网站检索和下载CHIKV的各基因型序列,经序列比对筛选出备选参考序列,使用Primalscheme和Geneious Prime等软件进行引物方案的设计、筛选和人工优化,并使用7份CHIKV阳性样品对实验流程进行评估。结果:本研究所设计的引物方案可对各阳性样品进行成功扩增;在样品Ct值小于33时,可获得完整编码区序列;样品Ct值达到35时,可获得99.38%的编码区序列;使用多次迭代,逐步校正的拼接策略可将拼接成功率提高5.70%~25.43%。结论:建立的基于多重PCR的基孔肯雅病毒全基因组高通量测序方法操作简单,对多个浓度的基孔肯雅病毒阳性临床样品均表现良好。 展开更多
关键词 基孔肯雅病毒 全基因组测序 多重PCR 高通量测序
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基于纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒的测序鉴定及其基因特征分析
15
作者 曹蓝 夏丹 +7 位作者 陈艺韵 周腾飞 殷尚晖 刘艳慧 李魁彪 狄飚 张周斌 秦鹏哲 《中华流行病学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期574-578,共5页
目的利用纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒进行测序鉴定并分析病毒的基因特征。方法对2021年广州市某农贸市场外环境H3N2禽流感阳性样本进行鸡胚培养,联合病毒全基因组序列靶向扩增和纳米孔测序技术进行病毒高通量测序。通过生... 目的利用纳米孔测序技术对新型重组H3N2禽流感病毒进行测序鉴定并分析病毒的基因特征。方法对2021年广州市某农贸市场外环境H3N2禽流感阳性样本进行鸡胚培养,联合病毒全基因组序列靶向扩增和纳米孔测序技术进行病毒高通量测序。通过生物信息学软件,分析病毒基因特点。结果系统发育进化树显示,该毒株各基因片段均属于欧亚进化分支,宿主来源均为禽源。其HA基因与我国H3N6禽流感病毒亲缘关系较近。NA基因与2017-2020年我国H3N2禽流感病毒亲缘关系较近。PB1基因与2016-2022年我国广西壮族自治区、福建省H5N6禽流感病毒亲缘关系较近,与广州市H5N6禽流感流行株PB1基因亲缘关系较远。其余内部基因片段来源复杂,具有明显的遗传多样性。分子特征显示,该毒株具有典型的低致病性禽流感病毒分子特征,倾向结合禽源受体。生物特性相关重要蛋白位点上,该毒株发生PB2-L89V、PB1-L473V、NP-A184K、M1-N30D/T215A、NS1-P42S/N205S等致病性增强突变。结论本研究通过纳米孔测序鉴定一株新型重组H3N2禽流感病毒,分析发现该病毒与H5N6禽流感病毒发生了基因重组。目前该病毒跨种传播能力较低,但有必要密切关注H3亚型禽流感病毒的流行和变异。 展开更多
关键词 禽流感病毒 基因重组 纳米孔测序
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1例A(H1N1)pdm09流感重症病例感染株病毒基因组学变异特征分析
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作者 曹蓝 陈艺韵 +6 位作者 马蒙蒙 周腾飞 夏丹 刘艳慧 李魁彪 狄飚 秦鹏哲 《华南预防医学》 2024年第4期375-379,共5页
目的通过比较1株重症A(H1N1)pdm09流感病毒株与轻型感染株及疫苗株的病毒遗传进化和基因变异差异,探讨重症流感病毒基因组学特点。方法收集流感监测哨点医院重症流感病例和轻型流感样病例的呼吸道样本,全基因组序列测序后,通过生物信息... 目的通过比较1株重症A(H1N1)pdm09流感病毒株与轻型感染株及疫苗株的病毒遗传进化和基因变异差异,探讨重症流感病毒基因组学特点。方法收集流感监测哨点医院重症流感病例和轻型流感样病例的呼吸道样本,全基因组序列测序后,通过生物信息学软件对流感病毒的遗传进化和基因变异特征进行分析。结果1株重症A(H1N1)pdm09流感病毒株与同期流行的8株轻型毒株病毒核苷酸同源性差异最大的为HA基因(97.0%~99.9%),差异最小的为PB2基因(98.9%~100.0%)。病毒株各基因片段与A/Brisbane/02/2018疫苗株同源性普遍高于与A/Michigan/45/2015疫苗株的同源性。氨基酸位点分析上,重症毒株携带有特异的氨基酸变异位点,分别位于HA蛋白K521R、NP蛋白A129S和NS蛋白L52I/S87P/M104I。在遗传进化特征上,重症毒株HA和NA基因均位于6B.1A.5a进化分支,不同于大部分轻型病毒株。重症毒株与轻型病毒株NA蛋白神经氨酸酶催化位均未发生变异。结论重症流感病毒株位于6B.1A.5a进化分支,与轻型流感病毒株进化分支不同。重症毒株在HA蛋白、NP蛋白和NS蛋白发生特异性氨基酸突变,建议应持续密切关注重症流感病毒基因变异特点。 展开更多
关键词 A(H1N1)pdm09流感病毒 重症流感 基因组变异 遗传进化
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2020年广州市外环境禽流感病毒监测与职业暴露人群血清学分析 被引量：1
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作者 夏丹 刘艳慧 +4 位作者 曹蓝 陈艺韵 朱娉婷 李魁彪 狄飚 《医学动物防制》 2023年第11期1064-1067,共4页
目的分析2020年广州市新冠肺炎常态化管理背景下,禽类市场外环境禽流感病毒的污染情况和职业暴露人群的感染现状,为人禽流感疫情的防控提供科学依据。方法2020年1—12月在广州市每个社区卫生服务中心辖区内选择1家禽类市场进行抽样,实... 目的分析2020年广州市新冠肺炎常态化管理背景下,禽类市场外环境禽流感病毒的污染情况和职业暴露人群的感染现状,为人禽流感疫情的防控提供科学依据。方法2020年1—12月在广州市每个社区卫生服务中心辖区内选择1家禽类市场进行抽样,实时荧光定量PCR方法检测A型及H5、H7、H9亚型禽流感病毒核酸。采集职业暴露人群的血清标本,使用血凝抑制试验方法检测抗体滴度。结果共检测17068份环境标本,A型及H5、H7、H9亚型禽流感病毒核酸阳性检出率分别为16.94%、1.90%、0.12%、12.66%,H9亚型占A型禽流感病毒总阳性率的74.71%。8~9月和12月出现2次流行高峰,2~3月阳性率最低。广州市周边城区各型别禽流感病毒核酸阳性检出率高于中心城区(χ^(2)=1118.120、86.531、9.576、881.309,P<0.05)。A型禽流感病毒核酸阳性检出率最高的标本类型分别为禽类饮用水(26.10%)、脱毛机内壁(21.49%)和档口地面(21.08%)。1712份血清标本,48份为血凝素抗体阳性,H5、H7、H9亚型禽流感病毒均有检出。结论2020年广州市禽类市场外环境禽流感病毒以H9亚型为主,H5、H7亚型共流行,职业暴露人群存在禽流感病毒隐性感染,应加强主动监测。 展开更多
关键词 禽流感 外环境 监测 分析
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中国内地首宗二代甲型H1N1流感病例分析 被引量：1
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作者 李魁彪 狄飚 +13 位作者 吴新伟 伍业健 谢华萍 蒋力云 陈艺韵 许杨 白志军 李美霞 李铁钢 刘于飞 毛新武 袁俊 杨智聪 王鸣 《中华医学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2009年第30期2160-2160,共1页
2009年5月28日广州发现中国内地首宗二代甲型H1N1流感病例。我们对这宗案例涉及的3例患者持续进行了病毒核酸检测，以了解甲型H1N1流感在传播过程中的病毒排毒和病程演变情况，为我国甲型H1N1流感疫情防控提供实验室数据。
关键词 H1N1 病例分析 中国内地 流感 甲型 病毒核酸检测 实验室数据 病程演变
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2012—2013年广州市职业暴露人群及环境禽流感监测分析 被引量：12
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作者 李魁彪 鲁恩洁 +6 位作者 陈艺韵 刘静雯 和鹏 曹蓝 苏文哲 陈宗遒 狄飚 《华南预防医学》 2015年第4期356-357,360,共3页
目的了解2012—2013年广州市职业暴露人群中禽流感病毒亚型隐性感染状况以及禽类市场环境中H7N9病毒污染状况。方法采集家禽职业暴露人群以及H7N9疫情专项调查人群血清样本和环境拭子样本,用红细胞凝集抑制试验(HI)检测H5N1、H7N9和H9N... 目的了解2012—2013年广州市职业暴露人群中禽流感病毒亚型隐性感染状况以及禽类市场环境中H7N9病毒污染状况。方法采集家禽职业暴露人群以及H7N9疫情专项调查人群血清样本和环境拭子样本,用红细胞凝集抑制试验(HI)检测H5N1、H7N9和H9N2亚型禽流感抗体,用实时荧光定量PCR方法对禽类环境样本进行禽流感病毒核酸检测。结果 2012年250份常规监测职业暴露人群血清样本中检出H5N1亚型抗体阳性2份,阳性率为0.80%。2013年394份常规监测职业暴露人群血清样本中检出H9N2亚型禽流感病毒抗体阳性29份,阳性率为7.36%。2013年259份专项监测血清样本中检出H9N2亚型禽流感病毒抗体阳性7份,阳性率为2.70%。2012年185份环境样本中共检出流感病毒阳性22份,阳性率为11.89%;其中H5亚型阳性13份、H9亚型阳性7份、A未分型阳性2份。2013年6 264份市场环境样本中共检出流感病毒阳性204份,阳性率为3.26%;其中H7N9亚型阳性5份、H5亚型阳性13份、H9亚型阳性80份、A未分型106份。结论广州市市场环境中存在H7N9病毒污染,暂未发现职业暴露人群感染H7N9禽流感病毒,但该人群H9N2隐性感染情况较为严重。 展开更多
关键词 职业暴露 流感病毒A型 流行病学
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广州市乙型肝炎病毒携带者的病毒基因型分析 被引量：2
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作者 李魁彪 狄飚 +5 位作者 蔡衍珊 刘建华 徐建敏 吴新伟 和鹏 王鸣 《中国病毒病杂志》 CAS 2012年第1期38-41,共4页
目的掌握广州市乙型肝炎(乙肝)病毒流行状况、基因型和分子进化情况。方法对广州市人群进行系统抽样,采集血样,用ELISA法分析乙肝病毒感染状况;从300份乙肝病毒表面抗原阳性血清(HBsAg)提取DNA,对S基因测序分析。结果广州市1～59岁人群... 目的掌握广州市乙型肝炎(乙肝)病毒流行状况、基因型和分子进化情况。方法对广州市人群进行系统抽样,采集血样,用ELISA法分析乙肝病毒感染状况;从300份乙肝病毒表面抗原阳性血清(HBsAg)提取DNA,对S基因测序分析。结果广州市1～59岁人群乙肝表面抗原流行率为12.45%(95%CI10.54%～14.37%),低年龄组流行率显著低于高年龄组;广州市流行的乙肝病毒基因型有2种,其中B基因型占72.41%,C基因型占27.59%,不同毒株间核苷酸同源性为93.15%～99.91%。结论广州地区人群乙肝疫苗接种效果明显,但乙肝表面抗原流行率仍高于全国水平;S基因序列和各参考株高度同源,未发现其他基因型及有生物学意义的变异。 展开更多
关键词 乙行肝炎病毒 表面抗原 分子流行病学
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