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系统生物学方法在中药品质形成机制研究中的应用
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作者 林谷音 冯煦 陈雨 《中药材》 CAS 北大核心 2023年第7期1823-1828,共6页
中药品质是药用植物在其生长发育和对环境的适应过程中逐渐形成的,主要包括中药遗传品质与中药生态品质。中药的品质决定了中药活性成分的开发与中药资源的合理利用,是中药临床应用效果的保证,因而中药品质形成机制亟待阐明。系统生物... 中药品质是药用植物在其生长发育和对环境的适应过程中逐渐形成的,主要包括中药遗传品质与中药生态品质。中药的品质决定了中药活性成分的开发与中药资源的合理利用,是中药临床应用效果的保证,因而中药品质形成机制亟待阐明。系统生物学这门新兴学科通过多组学研究的方法,可将基因组学、转录组学、蛋白组学和代谢组学方法得到的高通量数据进行系统的生物信息学分析和数据处理,为中药品质形成机制研究带来新的机遇。本文综述了近年来系统生物学的一些前沿方法,以及在中药品质形成机制研究中的相关研究进展,概述了系统生物学方法在中药品质形成机制中的研究现状,同时总结了在中药遗传品质、中药生态品质研究中的系统生物学“整体观”研究思路,为今后中药品质形成机制的解析提供“整体观”的研究思路与技术方法。 展开更多
关键词 中药 品质形成机制 系统生物学 多组学联用
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荆芥1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶基因克隆及生物信息学分析 被引量：4
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作者 林谷音 周佩娜 +4 位作者 尹梦娇 刘莉成 戴仕林 刘潺潺 吴啟南 《中草药》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期527-537,共11页
目的克隆荆芥1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶(1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase,StDXS)基因,并进行生物信息学分析。方法根据荆芥转录组数据获得的StDXS基因序列设计特异性引物,通过RT-PCR技术获得StDXS基因cDNA的全长序列,并进... 目的克隆荆芥1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶(1-deoxy-D-xylulose 5-phosphate synthase,StDXS)基因,并进行生物信息学分析。方法根据荆芥转录组数据获得的StDXS基因序列设计特异性引物,通过RT-PCR技术获得StDXS基因cDNA的全长序列,并进行生物信息学分析。结果荆芥StDXS基因全长2177 bp,包含一个长度为2157 bp的开放阅读框,编码718个氨基酸,其理论相对分子质量为77240,等电点为6.32,定位于叶绿体,不存在跨膜区及信号肽,为非分泌蛋白。同源系统进化树分析表明,该序列与同科植物鼠尾草的DXS基因进化关系较近,均属于DXS1亚家族。密码子偏性分析表明,该基因偏好使用以A/T结尾的密码子,具有28个偏性密码子,烟草为该基因最适合的外源表达宿主。结论成功克隆荆芥StDXS基因并进行生物信息学分析,为从分子水平调控荆芥的生长发育和改善药材产量和品质提供理论基础。 展开更多
关键词 荆芥 1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶 基因克隆 生物信息学分析 RT-PCR
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荆芥柠檬烯-3-羟化酶基因克隆及生物信息学分析 被引量：2
3
作者 尹梦娇 戴仕林 +4 位作者 周佩娜 林谷音 刘莉成 刘潺潺 吴啟南 《中国实验方剂学杂志》 CAS CSCD 北大核心 2021年第2期130-137,共8页
目的:克隆荆芥(Schizonepeta tenuifolia)中的柠檬烯-3-羟化酶基因(limonene-3-hydroxylase,StL3OH),并对该基因的cDNA序列进行生物信息学分析。方法:根据荆芥转录组数据库设计特异性引物,通过逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)技术克隆StL... 目的:克隆荆芥(Schizonepeta tenuifolia)中的柠檬烯-3-羟化酶基因(limonene-3-hydroxylase,StL3OH),并对该基因的cDNA序列进行生物信息学分析。方法:根据荆芥转录组数据库设计特异性引物,通过逆转录聚合酶链式反应(RT-PCR)技术克隆StL3OH基因的cDNA序列,并进行生物信息学分析。结果:荆芥StL3OH基因的cDNA序列长为1 598 bp,包含1个长度为1 497 bp的完整开放阅读框,编码498个的氨基酸,其StL3OH蛋白理论相对分子质量为56.40 kDa,为亲水性不稳定蛋白。生物信息学分析表明,StL3OH蛋白无信号肽,具有1个跨膜区,可能定位于内质网膜上。多重序列比对和聚类分析表明,荆芥StL3OH蛋白与植物留兰香柠檬烯-3-羟化酶蛋白(MsL3OH)的氨基酸序列高度相似,均含有细胞色素P450血红素结合区,属于细胞色素CYP71家族中的D亚家族。密码子偏性分析表明,该基因偏好使用以鸟嘌呤/胞嘧啶(G/C)结尾的密码子,具有27个偏性密码子,烟草为该基因最适合的外源表达宿主。结论:首次从荆芥中克隆得到StL3OH基因的cDNA序列,为下一步研究StL3OH蛋白的结构与功能和该基因在荆芥单萜类成分的累积与生物合成的调控机制提供依据。 展开更多
关键词 荆芥 柠檬烯-3-羟化酶 单萜 基因克隆 生物信息学分析
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