我国裸胸鳝属鱼类新记录种——奥迪萨裸胸鳝(Gymnothorax odishi)形态与线粒体基因组分析

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作者 梁日深 何浩斌 +6 位作者 郜梓涵 张景琪 朱梓锋 陈厚桦 周萌 黄燕华 张凯 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期279-291,共13页

为完善我国裸胸鳝属鱼类物种信息,研究报道了采集于海南省陵水县裸胸鳝属鱼类新记录种——奥迪萨裸胸鳝(Gymnothorax odishi)。该物种仅于2018年在东印度孟加拉湾首次发现,目前世界其他海域均无记录。针对采集的奥迪萨裸胸鳝进行详细的... 为完善我国裸胸鳝属鱼类物种信息,研究报道了采集于海南省陵水县裸胸鳝属鱼类新记录种——奥迪萨裸胸鳝(Gymnothorax odishi)。该物种仅于2018年在东印度孟加拉湾首次发现,目前世界其他海域均无记录。针对采集的奥迪萨裸胸鳝进行详细的外部形态特征分析,并从分子水平对该裸胸鳝进行线粒体全基因组测序。结果显示,奥迪萨裸胸鳝主要特征为体型粗壮,体棕褐色,吻端至鳃孔区域分布橘黄色斑点,眼睛后缘存在黑色斑块,鳃孔边缘黑色,身体无其他条带或斑纹;上颌齿、中央齿均单行,下颌齿两行,椎骨式为4-52-135。线粒体基因组方面,奥迪萨裸胸鳝线粒体全长为16580 bp,由13个蛋白编码基因、22个tRNA基因、2个rRNA基因和1个非编码控制区组成,基因组结构特征与其他脊椎动物相似。基于12个蛋白编码基因构建的海鳝科鱼类分子系统进化树上,奥迪萨裸胸鳝与匀斑裸胸鳝(Gymnothorax reevesii)、淡网纹裸胸鳝(Gymnothorax pseudothyrsoideus)、疏条纹裸胸鳝(Gymnothorax reticularis)及小裸胸鳝(Gymnothorax minor)聚在一起;基于COI基因构建的裸胸鳝属鱼类分子系统进化树,奥迪萨裸胸鳝与匀斑裸胸鳝、淡网纹裸胸鳝、肝色裸胸鳝(Gymnothoraxhepaticus)及黄纹裸胸鳝(Gymnothoraxmonochrous)等聚为一支。遗传距离方面,奥迪萨裸胸鳝与目前世界上其他裸胸鳝的遗传距离范围为0.082~0.263,均大于最小物种鉴定遗传距离0.020,揭示奥迪萨裸胸鳝在形态与分子水平均为区别于其他裸胸鳝的独立物种。研究结果表明我国海域也有奥迪萨裸胸鳝分布,为新记录种,为我国裸胸鳝属鱼类的系统分类及物种名录更新提供分类基础。 展开更多

关键词 奥迪萨裸胸鳝 新记录种 形态特征 线粒体基因组 系统进化

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基于ND1基因石斑鱼属鱼类分子系统进化关系研究

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作者 何浩斌 张国庆 +5 位作者 郜梓涵 胡凯红 林佳欣 周萌 黄燕华 梁日深 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期746-756,共11页

为从分子水平分析我国石斑鱼属鱼类物种分类关系,澄清分类争议,2019—2021年在广东、福建、海南、浙江、香港地区等沿海省市或地区水产市场、渔港码头,及澳大利亚采集石斑鱼属鱼类37种91尾,基于NADH脱氢酶亚基Ⅰ(ND1)基因综合分析它们... 为从分子水平分析我国石斑鱼属鱼类物种分类关系,澄清分类争议,2019—2021年在广东、福建、海南、浙江、香港地区等沿海省市或地区水产市场、渔港码头,及澳大利亚采集石斑鱼属鱼类37种91尾,基于NADH脱氢酶亚基Ⅰ(ND1)基因综合分析它们的分子系统进化关系。试验结果显示:37种石斑鱼ND1基因同源序列为645bp,种间遗传距离0.0062~0.2636,平均遗传距离0.1547。以九棘鲈属为外类群构建分子系统进化树,进化树上石斑鱼属鱼类主要形成两个基本分支,大多数种类在进化树上聚类关系清晰,节点拥有较高支持率。部分形态分类存在争议的石斑鱼:吊桥石斑鱼/电纹石斑鱼、花点石斑鱼/白背石斑鱼、萤点石斑鱼/纹波石斑鱼,进化树上均聚为姐妹分支,但支长能清晰区分各物种,两两间ND1遗传距离均较大(大于2%),揭示其各自应为独立的物种。黄鳍石斑鱼与细点石斑鱼ND1遗传距离仅为0.0062,进化树支长极短,两者在分子水平可能为同一物种。试验结果展示了37种石斑鱼分子系统分类关系,澄清部分形态相似物种同种异名分类争议,可为石斑鱼属鱼类物种分类奠定分子水平分类依据。 展开更多

关键词 石斑鱼属 线粒体DNA ND1序列 系统发育

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基于3个基因16种胡椒鲷分子系统进化关系

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作者 程静 张癸新 +4 位作者 陈厚桦 杨森 李培源 陈静仪 梁日深 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期234-242,共9页

为从分子水平分析胡椒鲷属鱼类分子系统分类关系,澄清物种分类争议,采集印度-西太平洋分布的胡椒鲷鱼类16种,利用PCR扩增及测序方法获得这16种鱼类线粒体Cyt b及核RAG2、S7标记序列,基于最大似然法与贝叶斯法构建分子系统进化关系。结... 为从分子水平分析胡椒鲷属鱼类分子系统分类关系,澄清物种分类争议,采集印度-西太平洋分布的胡椒鲷鱼类16种,利用PCR扩增及测序方法获得这16种鱼类线粒体Cyt b及核RAG2、S7标记序列,基于最大似然法与贝叶斯法构建分子系统进化关系。结果显示:16种鱼类Cyt b同源序列为657 bp,编码219个氨基酸;RAG2同源序列为726 bp,编码243个氨基酸;S7基因同源序列为729 bp,序列存在大量碱基插入与缺失。以大斑石鲈及断斑石鲈为外类群构建分子系统进化树,进化树上胡椒鲷鱼类主要分为3个分支,分支Ⅰ胡椒鲷具鲜艳的体色与斑纹,分支Ⅱ与分支Ⅲ胡椒鲷色彩单一,无鲜艳斑纹,与形态分类结果相似。少棘胡椒鲷属在进化树上并未形成独立的分支,而是位于胡椒鲷属内部。比较分析少棘胡椒鲷属、胡椒鲷属鱼类鳍棘数目与各物种在进化树上的分类关系,并未发现鳍棘数目与物种亲缘关系存在相关性。研究结果表明,在胡椒鲷类群中,背鳍鳍棘数可作为形态上区分不同胡椒鲷种类的指标,但未必能作为胡椒鲷鱼类亲缘关系远近的划分依据。结果支持目前大多数分子分类研究结果,少棘胡椒鲷鱼类应归为胡椒鲷属。 展开更多

关键词 胡椒鲷 系统进化 线粒体DNA 核DNA

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中国蓑鲉亚科鱼类DNA条形码及分子系统进化研究

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作者 程静 陈玉佩 +3 位作者 叶嘉文 陈厚桦 陈震翰 梁日深 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2024年第3期257-265,共9页

为从分子水平分析我国蓑鲉亚科鱼类分类关系,通过PCR扩增及测序获得了我国8种蓑鲉亚科鱼类COⅠ基因部分序列,结合GenBank下载的6种蓑鲉,共计14种40个个体线粒体COⅠ基因序列,利用MEGA X计算了序列信息和遗传距离,利用基于最大似然法和... 为从分子水平分析我国蓑鲉亚科鱼类分类关系,通过PCR扩增及测序获得了我国8种蓑鲉亚科鱼类COⅠ基因部分序列,结合GenBank下载的6种蓑鲉,共计14种40个个体线粒体COⅠ基因序列,利用MEGA X计算了序列信息和遗传距离,利用基于最大似然法和邻接法构建分子系统进化树。结果显示:除盔蓑鲉(Ebosia bleekeri)和安狭蓑鲉(Pteroidichthys amboinensis)只有一个样本无法测定外,其余12种蓑鲉亚科鱼类的种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的69.17倍,显示COⅠ基因可作为蓑鲉亚科鱼类的有效DNA条形码基因。进化树上,蓑鲉亚科部分属并未能聚成属间单系,其中蓑鲉属(Pterois)与短鳍蓑鲉属(Dendrochirus)在进化树上形成多个分支。在蓑鲉属中,翱翔蓑鲉(P.volitans)与斑鳍蓑鲉(P.miles)聚为一支,两者关系较近,但COⅠ遗传距离为0.042,大于Hebert推荐的0.020作为最小区分物种的遗传距离,支持两者为两个独立物种的观点;触须蓑鲉(P.antennata)、辐蓑鲉(P.radiate)和黑颊蓑鲉(P.mombasae)聚为一支,独立于翱翔蓑鲉与斑鳍蓑鲉的分支之外,并与短鳍蓑鲉属(Dendrochirus)的花斑短鳍蓑鲉(D.zebra)以及盔蓑鲉属(Ebosia)的种类聚在一起,与近期有关蓑鲉亚科各种属分子聚类研究结果相似;但这3种蓑鲉是否可以从蓑鲉属中独立出来归为Pteropterus属,还需要后续更多的蓑鲉亚科鱼类样品研究验证。 展开更多

关键词 蓑鲉亚科 COⅠ基因 DNA条形码 系统进化

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翻转课堂在营养代谢病学课程教学实践中的探索 被引量：1

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作者 寇红岩 梁日深 +2 位作者 赵丽娟 周萌 林蠡 《高教学刊》 2024年第4期113-116,共4页

营养代谢病学主要研究营养性疾病和代谢紊乱性疾病,是水产养殖专业必修的一门基础课。该门课程涉及到多个学科,尚无统一的针对水产养殖专业学生的教材,知识点多且容易混淆,传统教学方式起到的教学效果不显著。作者结合近几年的教学经验... 营养代谢病学主要研究营养性疾病和代谢紊乱性疾病,是水产养殖专业必修的一门基础课。该门课程涉及到多个学科,尚无统一的针对水产养殖专业学生的教材,知识点多且容易混淆,传统教学方式起到的教学效果不显著。作者结合近几年的教学经验,归纳和总结该门课程教学中存在的现状问题,针对目前就业对具备专业技能的高素质复合型人才的需求,基于翻转课堂提出教学方法的改革,以期为水产养殖专业开展营养代谢病学教学提供理论参考。 展开更多

关键词 营养代谢病学 教学效果 复合型人才 翻转课堂 水产养殖专业

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运动强度对罗氏沼虾运动行为和能量代谢的影响 被引量：1

6

作者 李江涛 邱小龙 +6 位作者 黄菲菲 邱晓桐 方俊超 梁日深 李清清 林蠡 吕晓静 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期98-110,共13页

为查明运动过程中罗氏沼虾的行为特征及其与肌肉能量代谢的关系,实验设置了对照、低、中、高4种不同强度的游泳和弹跳实验,研究了运动后罗氏沼虾的行为、能量来源和相关代谢酶活性。游泳强度通过在特定时间内设置不同的水流速度来确定,... 为查明运动过程中罗氏沼虾的行为特征及其与肌肉能量代谢的关系,实验设置了对照、低、中、高4种不同强度的游泳和弹跳实验,研究了运动后罗氏沼虾的行为、能量来源和相关代谢酶活性。游泳强度通过在特定时间内设置不同的水流速度来确定,对照、低、中、高强度的水流速度分别为0(自由运动)、5(200 min)、10(200 min)和15 cm/s(游泳至疲劳)。弹跳强度通过在特定时间内设置不同触碰频率来确定,对照、低、中、高强度的触碰频率分别为0(自由运动)、0.033(5 min)、0.050(5 min)和0.067 Hz(弹跳至疲劳)。结果显示,罗氏沼虾各运动组游泳足和尾肢的最大摆动频率和最大摆动幅度均显著高于对照组。各运动强度组肌肉蛋白质含量与对照组之间无显著差异,肌肉糖原含量均显著小于对照组,低强度游泳组肌肉甘油三酯含量小于对照组。中、高强度游泳组游泳足肌肉乳酸脱氢酶(LDH)活性和乳酸含量显著高于对照组,低强度游泳组游泳足肌肉丙酮酸脱氢酶、苹果酸脱氢酶和脂肪酶活性显著高于对照组。无论弹跳强度高低,罗氏沼虾腹部肌肉LDH酶活性和乳酸含量均显著高于对照组。研究表明,罗氏沼虾通过增加肌肉能量代谢强度来满足运动所需能量,游泳行为能量来源与游泳强度有关,弹跳行为主要依靠厌氧代谢获取能量。本研究结果丰富了虾类行为生理学理论知识,为罗氏沼虾的健康养殖提供基础数据。 展开更多

关键词 罗氏沼虾 游泳 弹跳 能量代谢 运动行为

原文传递

中国大陆沿海裸胸鳝属鱼类新记录种--鞍头裸胸鳝的形态与分子系统学

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作者 何浩斌 杨杰銮 +5 位作者 杨森 梁冠宇 李江涛 李清清 林蠡 梁日深 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期123-134,共12页

为完善中国裸胸鳝属鱼类物种信息,实验报道了采集于中国大陆沿海水域(福建省厦门市和广东省汕头市)的新记录种--鞍头裸胸鳝,目前该物种世界上仅日本及中国台湾东部有分布记录。通过对采集样品进行详细的形态学特征分析,综合利用DNA条形... 为完善中国裸胸鳝属鱼类物种信息,实验报道了采集于中国大陆沿海水域(福建省厦门市和广东省汕头市)的新记录种--鞍头裸胸鳝,目前该物种世界上仅日本及中国台湾东部有分布记录。通过对采集样品进行详细的形态学特征分析,综合利用DNA条形码COⅠ及16S rRNA基因进行分子鉴定及系统分类研究。结果显示,鞍头裸胸鳝主要鉴别特征为:体色浅褐色,眼后头顶有一个暗色马鞍状斑纹,背鳍起点前有一黑色三角形大斑块,腹部有黑色条纹从鳃孔下方延伸至肛门,背鳍、臀鳍边缘均为白色;体修长,全长为体高的19.06~19.60倍;上下颌齿均单行,上颌齿每侧8个,下颌齿12~14个,总脊椎数为162~168。基于COⅠ及16S rRNA基因分析,鞍头裸胸鳝与其他裸胸鳝遗传距离分别为COⅠ(0.120~0.255),16S rRNA (0.059~0.132),其中COⅠ遗传距离已远大于Herbert设定的2%最小物种鉴定遗传距离,揭示鞍头裸胸鳝为独立物种。进化树上,鞍头裸胸鳝与白缘裸胸鳝聚为一支,二者亲缘关系较为紧密。研究表明,鞍头裸胸鳝在中国大陆沿海也有分布,为有效新记录种。本研究为中国裸胸鳝属鱼类的系统分类及物种名录修订提供相关分类基础。 展开更多

关键词 鞍头裸胸鳝 新记录种 形态特征 COⅠ基因 16S rRNA基因

原文传递

九棘鲈属鱼类DNA条形码及分子系统发育关系

8

作者 张国庆 梁冠宇 +4 位作者 杨森 蔡林豪 何静 董烨玮 梁日深 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2023年第5期522-531,共10页

为从分子水平分析九棘鲈属(Cephalopholis)鱼类物种分类关系,并验证细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COI)作为DNA条形码对九棘鲈属物种鉴定的有效性,采集了我国分布的12种九棘鲈属鱼类,利用PCR扩增及测序方法获得COI基因部分序列,结合GenBank下载... 为从分子水平分析九棘鲈属(Cephalopholis)鱼类物种分类关系,并验证细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(COI)作为DNA条形码对九棘鲈属物种鉴定的有效性,采集了我国分布的12种九棘鲈属鱼类,利用PCR扩增及测序方法获得COI基因部分序列,结合GenBank下载的4种九棘鲈COI基因进行分析,利用MEGA 7.0软件计算碱基信息与遗传距离,基于最大似然法和邻接法构建分子系统进化树。结果表明,16种九棘鲈种内平均遗传距离为0.002,种间平均遗传距离为0.142,两者相差71倍,表明COI基因可作为九棘鲈属鱼类分子鉴定的条形码基因。在分子系统进化上,16种九棘鲈属鱼类聚为体色特征不同的3个类群,其中七带九棘鲈(C.igarashiensis)与卜氏九棘鲈(C.polleni)体色为多彩颜色,两者最先分化,位于进化树底部。其余的九棘鲈主要形成体色为红色与体色为褐色的类群,与形态学的分类结果一致。对于以往部分存在误鉴或同种异名分类争议的九棘鲈品种:青星九棘鲈(C.miniata)与半斑九棘鲈(C.hemistiktos)、橙点九棘鲈(C.aurantia)与黑边九棘鲈(C.spiloparaea),通过本研究构建的进化树枝长能清晰加以区分,并且两两之间的遗传距离也远大于0.020,揭示其各自应为独立的物种。研究结果可为九棘鲈属鱼类的分类及物种鉴定提供分子水平分类依据。 展开更多

关键词 九棘鲈属 COI基因 DNA条形码 分子系统进化

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基于COI及RAG2基因序列15种金线鱼科鱼类分子系统进化关系 被引量：5

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作者 梁日深 陈冬青 +3 位作者 苏国茂 周萌 吴灶和 邹记兴 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2017年第8期74-81,共8页

本研究基于线粒体DNACOI及核DNARAG2基因部分序列分析了印度-太平洋金线鱼科4属15种鱼类分子系统进化关系,综合2基因序列采用最大似然法构建了系统进化树。研究获得15种金线鱼科鱼类COI基因序列651bp及RAG2基因序列726bp,2基因片段均不... 本研究基于线粒体DNACOI及核DNARAG2基因部分序列分析了印度-太平洋金线鱼科4属15种鱼类分子系统进化关系,综合2基因序列采用最大似然法构建了系统进化树。研究获得15种金线鱼科鱼类COI基因序列651bp及RAG2基因序列726bp,2基因片段均不存在插入与缺失。构建的进化树上,(1)15种金线鱼科鱼类种内不同个体间均聚为一支,形成物种内的单系,节点支持率为100%。(2)金线鱼科4个属主要分成2个分支,金线鱼属与锥齿鲷属聚为一支,眶棘鲈属与副眶棘鲈属聚为另一支,与形态分类一致。(3)对于金线鱼属物种间的聚类情况,六齿金线鱼与深水金线鱼,印度洋金线鱼与金线鱼,苏门答腊金线鱼与日本金线鱼均紧密聚成姐妹分支,红金线鱼与姬金线鱼分类地位较为原始,位于上述金线鱼大分支的基部。而该物种间聚类结果与Mohd在形态上根据尾鳍上下叶的长度性状把金线鱼分成2大组群的结果不同。对于该分歧是由于分子进化速率与表型进化速率不一致导致,还是体色斑纹、鳍条数等性状不能作为区分金线鱼属鱼类分类关系的有效指标,还需今后进一步的研究。 展开更多

关键词 金线鱼科 系统发育 COI基因 RAG2基因

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基于S7核糖体蛋白基因部分序列的10种石鲈科鱼类的系统发育关系 被引量：4

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作者 梁日深 杨国华 +2 位作者 罗大极 钟山 邹记兴 《热带海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期98-102,共5页

分析了石鲈科4属10种鱼类S7核糖体蛋白基因内含子1部分序列特征,采用MP法和NJ法构建系统发育树。结果表明,在分子系统树上,10种石鲈科(Haemulidae)鱼类共组成两大类群,其中髭鲷属(Hapalogenys)鱼类和胡椒鲷属(Plectorhynchus)鱼类聚成... 分析了石鲈科4属10种鱼类S7核糖体蛋白基因内含子1部分序列特征,采用MP法和NJ法构建系统发育树。结果表明,在分子系统树上,10种石鲈科(Haemulidae)鱼类共组成两大类群,其中髭鲷属(Hapalogenys)鱼类和胡椒鲷属(Plectorhynchus)鱼类聚成一类群,石鲈属(Pomadasys)鱼类和仿石鲈属(Haemulon)鱼类聚成一类群,两类群再聚成一支,10种石鲈科鱼类构成单一分支类群。髭鲷属鱼类跟胡椒鲷属鱼类的亲缘关系较近。基于遗传距离分析表明,相对于石鲈属,髭鲷属鱼类跟仿石鲈属鱼类的遗传距离较小。因此,研究结果支持髭鲷属的分类地位是介于胡椒鲷属和仿石鲈属之间,未能从石鲈科中独立出来形成髭鲷科(Hapalogeniidae)。 展开更多

关键词 S7核糖体蛋白基因 石鲈科(Haemulidae) 系统发育

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基于ND1基因序列的16种胡椒鲷鱼类分子系统进化关系研究 被引量：4

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作者 梁日深 梁志刚 +3 位作者 方浩航 谭佳瑜 彭颖暄 薛涛 《海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2014年第10期25-32,共8页

本研究基于线粒体DNA分子标记NADH脱氢酶亚基1基因(ND1)部分序列分析了印度-西太平洋海域的胡椒鲷属及少棘胡椒鲷属共16种胡椒鲷鱼类的系统进化关系。采用最大简约法及最大似然法构建了系统进化树。进化树上,16种胡椒鲷鱼类共形成两个... 本研究基于线粒体DNA分子标记NADH脱氢酶亚基1基因(ND1)部分序列分析了印度-西太平洋海域的胡椒鲷属及少棘胡椒鲷属共16种胡椒鲷鱼类的系统进化关系。采用最大简约法及最大似然法构建了系统进化树。进化树上,16种胡椒鲷鱼类共形成两个形态特征截然不同的类群,其中类群一的种类体表具有各种鲜艳的颜色与多变的斑纹,主要分布在西太平洋地区;类群二的种类颜色灰暗单一,少数体表具有暗色斑点与条纹,大多数分布在印度洋地区。此外,进化树上,少棘胡椒鲷属的种类都位于胡椒鲷属的类群一内部,与斑胡椒鲷,暗点胡椒鲷形成的姐妹种有较近的亲缘关系。基于遗传距离的数据,少棘胡椒鲷属与胡椒鲷属间的平均遗传距离小于胡椒鲷属内部种间的遗传距离,显示出少棘胡椒鲷属与胡椒鲷属有非常近的亲缘关系,支持少棘胡椒鲷归类于胡椒鲷属的观点。 展开更多

关键词 系统发育 仿石鲈科 胡椒鲷属 少棘胡椒鲷属 ND1

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基于RAG2基因序列分析仿石鲈科鱼类及其相关种类系统进化关系 被引量：2

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作者 梁日深 周爱国 +2 位作者 陈金涛 邹青 邹记兴 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期651-660,共10页

为探讨仿石鲈科鱼类目前存在的分类争议问题,测定了仿石鲈科(Haemulidae),金线鱼科(Nemipteridae),眶棘鲈属(Scolopsis)等相关科属共33种鱼类RAG2基因部分序列,利用最大简约法(MP法)和贝叶斯分析法(BI法),并以黄鹦嘴鱼作为外类群构建分... 为探讨仿石鲈科鱼类目前存在的分类争议问题,测定了仿石鲈科(Haemulidae),金线鱼科(Nemipteridae),眶棘鲈属(Scolopsis)等相关科属共33种鱼类RAG2基因部分序列,利用最大简约法(MP法)和贝叶斯分析法(BI法),并以黄鹦嘴鱼作为外类群构建分子系统进化树。结果显示,33种鱼类共形成三大类群,其中仿石鲈科8个属聚成一类群,金线鱼属和眶棘鲈属的种类聚成另一类群,眶棘鲈属未能与仿石鲈科形成单系。同时,基于属间遗传距离比较,眶棘鲈属与金线鱼科的遗传距离比其与仿石鲈科各属的遗传距离要小得多,表明眶棘鲈属与金线鱼科有更近的亲缘关系,支持眶棘鲈属隶属于金线鱼科的观点。此外,传统分类资料中归类于仿石鲈科的髭鲷属(Hapalogenys)也没有与仿石鲈科聚成单系,而是独自形成一支,位于进化树基部,显示出髭鲷属与仿石鲈科关系较远,与近年来认为髭鲷属应该从仿石鲈科中划分出去的结果一致。在仿石鲈科内部,少棘胡椒鲷属(Diagramma)中的少棘胡椒鲷与胡椒鲷属(Plectorhinchus)的种类关系很近。在进化树上,少棘胡椒鲷位于胡椒鲷属的内部,花尾胡椒鲷最先分化出来,位于该分支基部,支持少棘胡椒鲷归为胡椒鲷属,名称沿用原来的学名胡椒鲷的观点。 展开更多

关键词 仿石鲈科 眶棘鲈属 髭鲷属 少棘胡椒鲷属 系统发育 重组激活基因

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基于S7核糖体蛋白基因部分序列的7种金线鱼属鱼类分子系统进化关系 被引量：2

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作者 梁日深 王超 +2 位作者 邹青 周爱国 邹记兴 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第3期506-513,共8页

测定了7种金线鱼属(Nemipterus)及2种锥齿鲷属(Pentapus)鱼类S7核糖体蛋白基因(S7基因)内含子1部分序列,以二线眶棘鲈(Scolopsis bilineatus)做为外类群初步探讨了其分子进化关系。测序所得S7部分序列为734-746 bp,序列比对后得到同源序... 测定了7种金线鱼属(Nemipterus)及2种锥齿鲷属(Pentapus)鱼类S7核糖体蛋白基因(S7基因)内含子1部分序列,以二线眶棘鲈(Scolopsis bilineatus)做为外类群初步探讨了其分子进化关系。测序所得S7部分序列为734-746 bp,序列比对后得到同源序列743 bp。其中保守位点386个,变异位点351个,简约性信息位点289个。A+T含量(54.1%)高于G+C含量(45.9%)。基于Kimura 2-Parameter模型计算出7种金线鱼的遗传距离为0.042-0.294。S7序列存在大量碱基插入与缺失,其中日本金线鱼(Nemipterus japonicus)与苏门答腊金线鱼(N.mesoprion)在第167、182、474、608、662 bp位置,金线鱼(N.virgatus)与印度洋金线鱼(N.bipunctatus)第227、332、401、604 bp的位置具有相同的碱基插入缺失特征,且具有种类特异性。最后利用最大似然法(ML)与贝叶斯分析(BI)构建分子系统进化树,7种金线鱼聚在一起,其中日本金线鱼与苏门答腊金线鱼聚为一支,金线鱼、深水金线鱼和印度洋金线鱼聚成一支。结论认为需要结合多方面的形态与分子证据,才能进一步明确金线鱼属鱼类的系统进化关系。 展开更多

关键词 金线鱼属 系统发育 S7核糖体蛋白基因

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印度-西太平洋胡椒鲷亚科鱼类DNA条形码及分子系统进化研究 被引量：2

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作者 梁日深 谭佳瑜 +3 位作者 梁志刚 薛涛 方浩航 吴灶和 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2015年第4期766-773,共8页

为探讨COⅠ基因作为条形码在胡椒鲷亚科鱼类物种鉴定的可行性,研究测定了胡椒鲷亚科8种鱼类51个个体线粒体COⅠ基因长度为651 bp的序列,利用MEGA 5.0计算胡椒鲷亚科种内与种间的遗传距离,基于最大似然法与贝叶斯法构建了系统进化树。结... 为探讨COⅠ基因作为条形码在胡椒鲷亚科鱼类物种鉴定的可行性,研究测定了胡椒鲷亚科8种鱼类51个个体线粒体COⅠ基因长度为651 bp的序列,利用MEGA 5.0计算胡椒鲷亚科种内与种间的遗传距离,基于最大似然法与贝叶斯法构建了系统进化树。结果显示:胡椒鲷亚科鱼类种间平均遗传距离(0.142)显著大于种内平均遗传距离(0.003),物种间遗传距离均大于Hebert推荐的物种鉴定最小种间遗传距离0.020(2%)。系统进化树上,同一物种不同个体间均能形成独立的单系分支,表明COⅠ基因可作为胡椒鲷亚科物种鉴定的有效条形码基因。研究同时揭示,在形态分类上被认为是同种异名的两种胡椒鲷(条纹胡椒鲷与东方胡椒鲷)的COⅠ基因序列差异达到0.070,有可能是两个独立的物种。此外,在属级水平,少棘胡椒鲷属与胡椒鲷属种类之间的平均遗传距离小于胡椒鲷属内部种间的遗传距离,支持少棘胡椒鲷归属于胡椒鲷属的观点。 展开更多

关键词 DNA条形码 COⅠ基因 胡椒鲷亚科 系统分类

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基于S7核糖体蛋白基因部分序列的石鲈属鱼类分子系统进化关系 被引量：1

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作者 梁日深 卓孝磊 +3 位作者 龙敏明 黄桂菊 喻达辉 邹记兴 《海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2013年第1期165-171,共7页

基于核DNA分子标记S7核糖体蛋白基因内含子1部分序列对分布于南海及美洲,非洲,大洋洲等周边海区的石鲈属鱼类11种,结合石鲈亚科其他属如仿石鲈属,异孔石鲈属,八带石鲈属及锯鳃石鲈属等21种鱼类的系统进化关系进行了研究分析。利用最大... 基于核DNA分子标记S7核糖体蛋白基因内含子1部分序列对分布于南海及美洲,非洲,大洋洲等周边海区的石鲈属鱼类11种,结合石鲈亚科其他属如仿石鲈属,异孔石鲈属,八带石鲈属及锯鳃石鲈属等21种鱼类的系统进化关系进行了研究分析。利用最大简约法以及贝叶斯法构建了系统进化树。进化树上,石鲈属的种类并没有形成一个单系,除了大斑石鲈,断斑石鲈等6种石鲈属鱼类聚成一石鲈属的分支外,其他石鲈属种类都位于进化树的不同位置。侧扁石鲈与八带石鲈聚在一起,大棘石鲈与异孔石鲈属聚在一起。红海石鲈与纵带石鲈与仿石鲈属的种类关系较近,佩氏石鲈最先分化出来,位于整个石鲈亚科分支基部。该分类关系与其各自的地理分布情况有着一定的联系。 展开更多

关键词 石鲈亚科 石鲈属 系统发育 S7核糖体蛋白基因

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印度-太平洋石鲈亚科鱼类DNA条形码及分子系统进化研究

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作者 梁日深 吴丽钰 +3 位作者 苏国茂 程硕 周萌 吴灶和 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2016年第1期99-107,共9页

为探讨DNA条形码基因COⅠ序列在石鲈亚科鱼类物种鉴定的有效性,本研究分析了印度-太平洋区域的石鲈亚科7个属29种鱼类9个个体长度为651 bp的COⅠ基因序列,利用MEGA 5.0计算石鲈亚科种内与种间的遗传距离,并基于最大简约法与最大似然法... 为探讨DNA条形码基因COⅠ序列在石鲈亚科鱼类物种鉴定的有效性,本研究分析了印度-太平洋区域的石鲈亚科7个属29种鱼类9个个体长度为651 bp的COⅠ基因序列,利用MEGA 5.0计算石鲈亚科种内与种间的遗传距离,并基于最大简约法与最大似然法构建了其分子系统进化关系。结果显示:石鲈亚科鱼类种间遗传距离在0.021—0.240之间,平均遗传距离0.184;种内遗传距离在0.000—0.009之间,平均0.004。其中种间平均遗传距离(0.184)显著大于种内平均遗传距离(0.004),种间遗传距离是种内的46倍。同时,各物种间遗传距离均大于Hebert推荐区分物种的最小种间遗传距离0.02(2%)。基于COⅠ序列构建的系统进化树,同一物种不同个体间均能聚成独立的单系,表明COⅠ基因可作为石鲈亚科物种准确鉴定的有效条形码基因。同时,系统进化树上,石鲈属是非单系类群,主要形成5个分支,而不同分支的种类与其地理分布存在一定的相关性,与近年部分分子系统地理学的研究观点一致。 展开更多

关键词 DNA条形码 COⅠ基因 胡椒鲷亚科 系统分类

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视频技术在水产养殖专业课程教学中的应用与探究 被引量：2

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作者 梁日深 《教育教学论坛》 2015年第33期165-166,共2页

水产养殖学是一门理论与实践紧密结合的学科,许多课程应以实践教学为主。本文基于传统教学模式存在诸多不足的基础上,提出视频教学应作为水产养殖专业课程实践性教育的主要辅助手段,明确视频教学在水产养殖专业课程上的重要性,并深入分... 水产养殖学是一门理论与实践紧密结合的学科,许多课程应以实践教学为主。本文基于传统教学模式存在诸多不足的基础上,提出视频教学应作为水产养殖专业课程实践性教育的主要辅助手段,明确视频教学在水产养殖专业课程上的重要性,并深入分析视频技术应用于于水产养殖专业课程教学中的应该注意的问题及主要应用模式,旨在为今后水产养殖专业课程教学改革方法提供有效的参考资料。 展开更多

关键词 水产养殖 视频教学 教学模式

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基于线粒体D-loop区比较分析野生与养殖斜带髭鲷种群的遗传多样性 被引量：16

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作者 陈竹 钟山 +3 位作者 罗大极 杨国华 梁日深 邹记兴 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期761-767,共7页

采集广东省深圳市南澳区野生斜带髭鲷Hapalogenys nitens(Richardson)和养殖斜带髭鲷各25个样本。通过设计特异性引物,采用PCR技术对该50个个体的mtDNA D-loop区全序列进行扩增,测序得到的序列进行比对,发现该50个序列长度变异较小,均在... 采集广东省深圳市南澳区野生斜带髭鲷Hapalogenys nitens(Richardson)和养殖斜带髭鲷各25个样本。通过设计特异性引物,采用PCR技术对该50个个体的mtDNA D-loop区全序列进行扩增,测序得到的序列进行比对,发现该50个序列长度变异较小,均在788—790 bp之间,野生型和养殖型区别不大。采用MEGA(version 4.0)和DnaSP(version 4.0)软件对序列进行分析,结果显示:50条序列中T、C、A和G碱基平均含量分别为29.9%、21.5%、35.2%和13.5%,其中A+T的含量(65.1%)显著高于G+C含量(34.9%),表现了明显的碱基偏倚。50个个体表现为26种单倍型,包括91个多态位点,单倍型间平均遗传距离为0.024,单倍型多态性(h)为0.958,核苷酸多态性(π)值为0.02277。研究表明,mtDNA D-loop区可以作为检测野生与养殖斜带髭鲷群体遗传多样性的有效分子标记,而广东省深圳市南澳区野生斜带髭鲷种群遗传多样性已经下降至中等水平。研究提示野生斜带髭鲷种群遗传多样性不容乐观,资源调查、种质维护与遗传评价有待深入。 展开更多

关键词 斜带髭鲷 线粒体基因组 D-LOOP 基因多态性

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斑鳢嗜水气单胞菌病病原的鉴定及其病理组织学的研究 被引量：9

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作者 陈言峰 马文山 +3 位作者 陈文慧 梁日深 廖富蘋 邹记兴 《大连海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第6期514-520,共7页

从患病斑鳢Channa maculata体内分离到一株细菌(FS20100810),经人工感染试验证实为该病的病原菌。该菌株兼性厌氧,为革兰氏阴性杆菌,能运动,无芽孢,无荚膜,能发酵葡萄糖、蔗糖、麦芽糖、甘露醇、七叶苷,氧化酶反应、接触酶反应、吲哚试... 从患病斑鳢Channa maculata体内分离到一株细菌(FS20100810),经人工感染试验证实为该病的病原菌。该菌株兼性厌氧,为革兰氏阴性杆菌,能运动,无芽孢,无荚膜,能发酵葡萄糖、蔗糖、麦芽糖、甘露醇、七叶苷,氧化酶反应、接触酶反应、吲哚试验和M.R.试验均为阳性。该菌株对斑鳢的半致死浓度为6.83×105 cfu/mL。16S rRNA基因序列与嗜水气单胞菌Aeromonas hydrophila的同源性为99.6%。药敏试验结果显示,该菌株对氧氟沙星、菌必治、先锋噻肟等抗生素敏感,对复方新诺明等中度敏感,对苯唑青霉素、青霉素G、氨苄青霉素耐药。通过对人工感染的斑鳢进行组织切片观察,发现病鱼的鳃、心肌、肝脏、肾脏、脾脏、肠道等器官组织均有明显的病理变化。 展开更多

关键词 斑鳢 嗜水气单胞菌 16S RRNA 毒力因子 组织病理

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杂交鳢(乌鳢♂×斑鳢♀)及其亲本血液指标的比较分析 被引量：10

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作者 卓孝磊 梁日深 +2 位作者 陈言峰 梁桂洪 邹记兴 《淡水渔业》 CSCD 北大核心 2010年第3期72-75,79,共5页

本研究采用血细胞分析仪、流式细胞仪和血涂片制作方法,对杂交鳢及其亲本血液指标进行了比较分析。结果显示,杂交鳢(Channa argus♂×C.maculata♀)与其亲本相比,表现出明显杂种优势:在血液红细胞数目、白细胞数目、血红蛋白含量和... 本研究采用血细胞分析仪、流式细胞仪和血涂片制作方法,对杂交鳢及其亲本血液指标进行了比较分析。结果显示,杂交鳢(Channa argus♂×C.maculata♀)与其亲本相比,表现出明显杂种优势:在血液红细胞数目、白细胞数目、血红蛋白含量和血细胞比容上,杂交鳢都比亲本高,差异显著(P<0.05);在红细胞体积上,杂交鳢均比亲本小,差异显著(P<0.05);杂交鳢及其亲本血液中都含有较少比例的DNA合成期(S期)细胞,但彼此差异不显著(P>0.05)。 展开更多

关键词 杂交鳢(Channaargus♂×C.maculata♀) 乌鳢(Channa argus) 斑鳢(Channa maculata) 血液指标

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