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基于KL散度的RNA-Seq数据差异异构体比例检测
被引量：
3
1
作者
欧书华
刘学军
张礼
《计算机工程与科学》
CSCD
北大核心
2017年第1期158-164,共7页
近年来,RNA-seq技术被广泛应用于差异表达基因和异构体的检测,但目前大多数方法都是识别单个异构体的差异表达,无法同时检测同一个基因中所包含异构体表达比例的差异,因此提出一个差异异构体比例检测方法。该方法基于先前设计的sLDASeq...
近年来,RNA-seq技术被广泛应用于差异表达基因和异构体的检测,但目前大多数方法都是识别单个异构体的差异表达,无法同时检测同一个基因中所包含异构体表达比例的差异,因此提出一个差异异构体比例检测方法。该方法基于先前设计的sLDASeq模型,运用该模型中隐含变量的概率分布,采用KL散度进行差异异构体比例的分析。首先使用最新的SEQC数据集评估sLDASeq模型表达水平的性能,结果表明该方法能准确地估计基因中异构体的比例。接着通过模拟数据集进行差异异构体比例的检测,与其他方法相比,实验结果表明该方法在差异异构体比例检测方面具有较高的准确性。
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关键词
RNA—Seq基因异构体表达水平
平滑LDA
KL散度
差异异构体比例
下载PDF
职称材料
基于平滑LDA的RNA-Seq数据表达分析研究
被引量：
1
2
作者
欧书华
刘学军
张礼
《计算机科学与探索》
CSCD
北大核心
2016年第3期381-388,共8页
RNA-Seq是目前转录组研究的一种重要技术,针对RNA-Seq数据分析中读段的多源映射,参考序列分布的不均匀性,一些转录本中外显子分布稀疏以及跨结合区读段处理问题,提出了一个新的转录组表达研究模型sLDASeqQ该模型根据基因中转录本注释信...
RNA-Seq是目前转录组研究的一种重要技术,针对RNA-Seq数据分析中读段的多源映射,参考序列分布的不均匀性,一些转录本中外显子分布稀疏以及跨结合区读段处理问题,提出了一个新的转录组表达研究模型sLDASeqQ该模型根据基因中转录本注释信息对模型参数进行约束,对跨结合区的读段按长度分配处理,解决了读段非均匀分布和跨结合区问题;在模型中增加一个超参数,从而解决了外显子的稀疏问题。将该模型应用到3个真实的数据集上,并与其他主流方法进行比较,结果表明该模型获得了较为准确的基因以及转录本表达水平计算结果。
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关键词
RNA-SEQ
基因转录本表达水平
平滑LDA
结合区
多源映射
非均匀性
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职称材料
题名
基于KL散度的RNA-Seq数据差异异构体比例检测
被引量：
3
1
作者
欧书华
刘学军
张礼
机构
南京航空航天大学计算机科学与技术学院
出处
《计算机工程与科学》
CSCD
北大核心
2017年第1期158-164,共7页
基金
国家自然科学基金(61170152)
文摘
近年来,RNA-seq技术被广泛应用于差异表达基因和异构体的检测,但目前大多数方法都是识别单个异构体的差异表达,无法同时检测同一个基因中所包含异构体表达比例的差异,因此提出一个差异异构体比例检测方法。该方法基于先前设计的sLDASeq模型,运用该模型中隐含变量的概率分布,采用KL散度进行差异异构体比例的分析。首先使用最新的SEQC数据集评估sLDASeq模型表达水平的性能,结果表明该方法能准确地估计基因中异构体的比例。接着通过模拟数据集进行差异异构体比例的检测,与其他方法相比,实验结果表明该方法在差异异构体比例检测方面具有较高的准确性。
关键词
RNA—Seq基因异构体表达水平
平滑LDA
KL散度
差异异构体比例
Keywords
RNA-Seq
gene isoform expression
smoothed LDA
KL divergence
differential isoform ratio
分类号
TP181 [自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
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职称材料
题名
基于平滑LDA的RNA-Seq数据表达分析研究
被引量：
1
2
作者
欧书华
刘学军
张礼
机构
南京航空航天大学计算机科学与技术学院
出处
《计算机科学与探索》
CSCD
北大核心
2016年第3期381-388,共8页
基金
国家自然科学基金No.61170152
江苏省青蓝工程
中央高校基本科研业务费专项资金No.CXZZ11_0217~~
文摘
RNA-Seq是目前转录组研究的一种重要技术,针对RNA-Seq数据分析中读段的多源映射,参考序列分布的不均匀性,一些转录本中外显子分布稀疏以及跨结合区读段处理问题,提出了一个新的转录组表达研究模型sLDASeqQ该模型根据基因中转录本注释信息对模型参数进行约束,对跨结合区的读段按长度分配处理,解决了读段非均匀分布和跨结合区问题;在模型中增加一个超参数,从而解决了外显子的稀疏问题。将该模型应用到3个真实的数据集上,并与其他主流方法进行比较,结果表明该模型获得了较为准确的基因以及转录本表达水平计算结果。
关键词
RNA-SEQ
基因转录本表达水平
平滑LDA
结合区
多源映射
非均匀性
Keywords
RNA-Seq
gene and transcript expression
smoothed LDA
exon-junction
multi-mapping
non-uniformity
分类号
TP391 [自动化与计算机技术—计算机应用技术]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于KL散度的RNA-Seq数据差异异构体比例检测
欧书华
刘学军
张礼
《计算机工程与科学》
CSCD
北大核心
2017
3
下载PDF
职称材料
2
基于平滑LDA的RNA-Seq数据表达分析研究
欧书华
刘学军
张礼
《计算机科学与探索》
CSCD
北大核心
2016
1
下载PDF
职称材料
已选择
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