目的研究舌鳞癌组织及其癌旁组织之间长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)表达谱的差异,探讨LncRNA在基因调控中的作用。方法应用Ion Torrent高通量测序技术对1例新鲜舌鳞癌组织及其癌旁组织的LncRNA表达谱进行检测比较。将测出...目的研究舌鳞癌组织及其癌旁组织之间长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)表达谱的差异,探讨LncRNA在基因调控中的作用。方法应用Ion Torrent高通量测序技术对1例新鲜舌鳞癌组织及其癌旁组织的LncRNA表达谱进行检测比较。将测出的LncRNA序列和Ensemble 6.8数据库中LncRNA的数据进行比对,用Bowtie2的方法挑出LncRNA的读序,然后用Cufflinks方法计算LncRNA每百万读序中来自某基因每千碱基长度的读序数(reads per kilo bases per million reads,RPKM)。截取癌症组织比癌旁组织RPKM值大于10和小于0.1的LncRNA作为候选目标。结果纳入候选目标LncRNA的有52个,其中表达上调的有28个,表达下调的有24个。结论舌鳞癌组织和癌旁组织中存在差异表达的LncRNA分子,提示其靶基因有可能成为舌鳞癌基因治疗的潜在靶点。展开更多
文摘目的研究舌鳞癌组织及其癌旁组织之间长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA)表达谱的差异,探讨LncRNA在基因调控中的作用。方法应用Ion Torrent高通量测序技术对1例新鲜舌鳞癌组织及其癌旁组织的LncRNA表达谱进行检测比较。将测出的LncRNA序列和Ensemble 6.8数据库中LncRNA的数据进行比对,用Bowtie2的方法挑出LncRNA的读序,然后用Cufflinks方法计算LncRNA每百万读序中来自某基因每千碱基长度的读序数(reads per kilo bases per million reads,RPKM)。截取癌症组织比癌旁组织RPKM值大于10和小于0.1的LncRNA作为候选目标。结果纳入候选目标LncRNA的有52个,其中表达上调的有28个,表达下调的有24个。结论舌鳞癌组织和癌旁组织中存在差异表达的LncRNA分子,提示其靶基因有可能成为舌鳞癌基因治疗的潜在靶点。
