目的探索JAK/STAT(Janus kinase/signal transducer and activator of transcription)通路在急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)患者中的表达特征,分析其对患者生存预后的影响。方法在2个独立队列(n=64,n=121)中比较AML患者与...目的探索JAK/STAT(Janus kinase/signal transducer and activator of transcription)通路在急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)患者中的表达特征,分析其对患者生存预后的影响。方法在2个独立队列(n=64,n=121)中比较AML患者与健康人之间的差异表达基因,对这些基因进行通路富集;比较JAKs和STATs基因在AML患者与健康人中的表达水平;利用2个AML队列(n=163,n=403)基因表达数据、患者临床及预后信息,分析JAKs和STATs基因的临床价值。结果分析26例AML患者和38例健康人基因芯片表达结果,发现1266个具有显著表达差异基因(P_(adj)≤0.05,|log_(2)FC|≥0.5),其中有426个基因在AML患者中显著上调,840个基因在AML患者中显著下调,对这些基因进行通路富集,发现在AML患者中,JAK/STAT通路处于激活状态(P<0.05);对比GSE1159队列(n=121)中芯片数据,AML患者JAK1(P=0.019)、JAK2(P=0.047)和STAT4(P<0.01)基因表达水平高于健康人,STAT5A(P=0.028)和STAT6(P=0.022)基因表达水平低于健康人。单因素生存分析发现在TCGA与GSE68912个队列(n=163;n=403)中,STAT4高表达患者的总生存期(OS:P=0.02,HR=1.463;P=0.041,HR=1.293)和无事件生存期(EFS:P=0.01,HR=1.510)较STAT4低表达患者短。单因素和多因素COX分析证实,STAT4高表达是AML患者预后的独立危险因素(EFS:P=0.002,HR=1.958;OS:P=0.036,HR=1.556)。结论在急性髓系白血病患者中,JAK/STAT通路处于激活状态,STAT4表达量高于健康人群;STAT4基因表达上调提示预后不良,是AML患者预后的独立危险因素。展开更多
目的研究t(8;21)急性髓系白血病(AML)中AML1-ETO(AE)融合基因与细胞内N6-甲基腺嘌呤(m6A)修饰的关系。方法利用RNA-蛋白免疫共沉淀和高通量测序技术(MeRIP-Seq)在AE(+)和敲除AE的AML细胞系中进行RNAm6A测序,分析整个转录组m6A修饰的变...目的研究t(8;21)急性髓系白血病(AML)中AML1-ETO(AE)融合基因与细胞内N6-甲基腺嘌呤(m6A)修饰的关系。方法利用RNA-蛋白免疫共沉淀和高通量测序技术(MeRIP-Seq)在AE(+)和敲除AE的AML细胞系中进行RNAm6A测序,分析整个转录组m6A修饰的变化。利用高通量测序技术进行转录组测序(RNA-seq)。进一步通过GO分析、KEGG通路富集分析对差异修饰的mRNA进行功能注释。实时荧光定量PCR检测m6A相关酶表达量变化。结果RNAm6A甲基化测序在敲除AE和表达AE的AML细胞系中共检测到26441个基因,包含了72036个m6A peak。AE敲除后细胞内m6A peak的数目由37042个变成34994个,其中有1278个m6A peak升高,1225个下降。AE敲除后新出现了1316个m6A修饰的基因,1830个基因失去了m6A修饰。差异的peak主要在癌症、人类T淋巴细胞白血病病毒Ⅰ等通路中富集。RNA-seq结果显示,AE敲除后有2483个基因表达上调,3913个基因表达下调。MeRIP-Seq和RNA-Seq联合分析结果显示,与非m6A修饰的基因相比,m6A所修饰的基因表达水平均相对较高(SKNO-1:0.6116±1.263 vs 2.010±1.655,P<0.0001;SKNO-1 siAE:0.5528±1.257 vs 2.067±1.686,P<0.0001)。m6A修饰位于3'UTR或5'UTR的基因较位于外显子区的基因表达量更高(SKNO-1:2.177±1.633 vs 1.333±1.470 vs 2.449±1.651,P<0.0001;SKNO-1 siAE:2.304±1.671 vs 1.336±1.522 vs 2.394±1.649,P<0.05)。RNA-seq结果显示,有3种m6A相关酶METTL14、WTAP、ALKBH5的mRNA表达升高(WTAP:5.36±0.5657 vs 13.19±0.3253,METTL14:2.850±0.1556 vs 8.815±1.761,ALKBH5:13.70±0.4596 vs 39.84±6.067,P<0.05)。实时荧光定量PCR检测METTL14、WTAP、ALKBH5的表达量变化发现敲除AE后WTAP、ALKBH5的表达量升高,而METTL14的表达量降低(P<0.05)。结论AE敲除造成m6A相关酶差异,推测AE融合基因或许可以调控一种或多种m6A相关酶的表达控制细胞内的甲基化水平,影响m6A修饰模式。展开更多
基金国家自然科学基金(82270162,82270224,82070178)北京市自然科学基金(7222175)+2 种基金军队卫勤保障能力创新与生成专项(21WQ034)保健专项科研课题重点项目(21BJZ30)国家重点研发计划(2021Y FA 1100904)。
文摘目的:探寻IGF2BP3基因表达水平与急性髓系白血病(AML)患者预后的关系。方法:通过对本中心27例AML患者骨髓原代白血病细胞进行转录组高通量测序,分析IGF2BP3基因表达水平与患者临床特征之间的关系,并在初治AML患者及难治AML(Refractory AML)患者样本中验证。分析20例健康对照者和26例AML患者中IGF2BP3基因表达水平的差异。采用RT-qPCR、Western blot检测两种蒽环类耐药细胞系(HL60/ADR、K562/ADR)中IGF2BP3表达水平,比较其与敏感细胞(HL60、K562)的表达差异。通过3个数据集,分析IGF2BP3在AML患者中的表达水平及与预后的关系,进一步使用Cox生存分析IGF2BP3在AML中的预后价值。结果:在本中心27例AML患者骨髓原代白血病细胞中,难治性AML患者的IGF2BP3表达量明显高于化疗敏感的患者(P=0.0343),白血病细胞髓外浸润(extramedullary infiltration,EMI)患者的IGF2BP3表达量明显高于无髓外浸润的AML患者(P=0.0049)。与健康人比较,IGF2BP3在AML患者中表达增加(P=0.0009)。蒽环类耐药细胞系(HL60/ADR、K562/ADR)中IGF2BP3 mRNA的表达显著高于敏感细胞系(K562/ADR vs K562,P=0.0430;HL60/ADR vs HL60,P=0.7369)。Western blot结果显示,耐药细胞中IGF2BP3蛋白表达显著高于敏感细胞(P<0.001)。qPCR结果显示,难治AML患者中IGF2BP3的mRNA表达水平明显高于化疗敏感患者(P=0.002)。在3个大样本AML患者队列中IGF2BP3高表达预示AML预后不良(P<0.05)。单因素和多因素预后分析证实IGF2BP3高表达与患者较短的无事件生存(HR=1.887,P=0.024)和总体生存(HR=1.619,P=0.016)显著相关。结论:IGF2BP3基因高表达可能是AML预后不良的重要因素,提示IGF2BP3基因有望成为AML的临床预后评估和提供治疗策略的新的分子标志物。
文摘目的探索JAK/STAT(Janus kinase/signal transducer and activator of transcription)通路在急性髓系白血病(acute myeloid leukemia,AML)患者中的表达特征,分析其对患者生存预后的影响。方法在2个独立队列(n=64,n=121)中比较AML患者与健康人之间的差异表达基因,对这些基因进行通路富集;比较JAKs和STATs基因在AML患者与健康人中的表达水平;利用2个AML队列(n=163,n=403)基因表达数据、患者临床及预后信息,分析JAKs和STATs基因的临床价值。结果分析26例AML患者和38例健康人基因芯片表达结果,发现1266个具有显著表达差异基因(P_(adj)≤0.05,|log_(2)FC|≥0.5),其中有426个基因在AML患者中显著上调,840个基因在AML患者中显著下调,对这些基因进行通路富集,发现在AML患者中,JAK/STAT通路处于激活状态(P<0.05);对比GSE1159队列(n=121)中芯片数据,AML患者JAK1(P=0.019)、JAK2(P=0.047)和STAT4(P<0.01)基因表达水平高于健康人,STAT5A(P=0.028)和STAT6(P=0.022)基因表达水平低于健康人。单因素生存分析发现在TCGA与GSE68912个队列(n=163;n=403)中,STAT4高表达患者的总生存期(OS:P=0.02,HR=1.463;P=0.041,HR=1.293)和无事件生存期(EFS:P=0.01,HR=1.510)较STAT4低表达患者短。单因素和多因素COX分析证实,STAT4高表达是AML患者预后的独立危险因素(EFS:P=0.002,HR=1.958;OS:P=0.036,HR=1.556)。结论在急性髓系白血病患者中,JAK/STAT通路处于激活状态,STAT4表达量高于健康人群;STAT4基因表达上调提示预后不良,是AML患者预后的独立危险因素。
文摘目的研究t(8;21)急性髓系白血病(AML)中AML1-ETO(AE)融合基因与细胞内N6-甲基腺嘌呤(m6A)修饰的关系。方法利用RNA-蛋白免疫共沉淀和高通量测序技术(MeRIP-Seq)在AE(+)和敲除AE的AML细胞系中进行RNAm6A测序,分析整个转录组m6A修饰的变化。利用高通量测序技术进行转录组测序(RNA-seq)。进一步通过GO分析、KEGG通路富集分析对差异修饰的mRNA进行功能注释。实时荧光定量PCR检测m6A相关酶表达量变化。结果RNAm6A甲基化测序在敲除AE和表达AE的AML细胞系中共检测到26441个基因,包含了72036个m6A peak。AE敲除后细胞内m6A peak的数目由37042个变成34994个,其中有1278个m6A peak升高,1225个下降。AE敲除后新出现了1316个m6A修饰的基因,1830个基因失去了m6A修饰。差异的peak主要在癌症、人类T淋巴细胞白血病病毒Ⅰ等通路中富集。RNA-seq结果显示,AE敲除后有2483个基因表达上调,3913个基因表达下调。MeRIP-Seq和RNA-Seq联合分析结果显示,与非m6A修饰的基因相比,m6A所修饰的基因表达水平均相对较高(SKNO-1:0.6116±1.263 vs 2.010±1.655,P<0.0001;SKNO-1 siAE:0.5528±1.257 vs 2.067±1.686,P<0.0001)。m6A修饰位于3'UTR或5'UTR的基因较位于外显子区的基因表达量更高(SKNO-1:2.177±1.633 vs 1.333±1.470 vs 2.449±1.651,P<0.0001;SKNO-1 siAE:2.304±1.671 vs 1.336±1.522 vs 2.394±1.649,P<0.05)。RNA-seq结果显示,有3种m6A相关酶METTL14、WTAP、ALKBH5的mRNA表达升高(WTAP:5.36±0.5657 vs 13.19±0.3253,METTL14:2.850±0.1556 vs 8.815±1.761,ALKBH5:13.70±0.4596 vs 39.84±6.067,P<0.05)。实时荧光定量PCR检测METTL14、WTAP、ALKBH5的表达量变化发现敲除AE后WTAP、ALKBH5的表达量升高,而METTL14的表达量降低(P<0.05)。结论AE敲除造成m6A相关酶差异,推测AE融合基因或许可以调控一种或多种m6A相关酶的表达控制细胞内的甲基化水平,影响m6A修饰模式。
