GULP1是一种含磷酸化酪氨酸结合(phosphotyrosine-binding,PTB)结构域的吞噬衔接蛋白,已有的研究表明它可促进脂肪细胞3T3-L1的糖摄取。为进一步挖掘GULP1下游关键的代谢相关差异基因,本研究对过表达GULP1的脂肪细胞和骨骼肌细胞进行转...GULP1是一种含磷酸化酪氨酸结合(phosphotyrosine-binding,PTB)结构域的吞噬衔接蛋白,已有的研究表明它可促进脂肪细胞3T3-L1的糖摄取。为进一步挖掘GULP1下游关键的代谢相关差异基因,本研究对过表达GULP1的脂肪细胞和骨骼肌细胞进行转录组分析,然后对表达异常基因进行生物信息学分析,并通过实时荧光定量PCR(real-time fluorescent quantitative PCR,qRT-PCR)与转录组测序进行相互验证。结果表明:以P<0.05和|Log_(2)Foldchange|≥1为阈值筛选差异表达基因,发现与对照细胞相比,过表达GULP1的脂肪细胞中有278个上调基因和263个下调基因,与代谢相关的GO(Gene Ontology)条目包括胆固醇生物合成过程、胆固醇代谢过程、对脂多糖的反应、脂质代谢过程等,有52个代谢相关差异表达基因富集到10条KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路,其中脂质代谢被高度富集;过表达GULP1的骨骼肌细胞有280个上调基因和302个下调基因,与代谢相关的GO条目包括激素代谢过程、对脂多糖的反应、单碳代谢过程等,有86个代谢相关差异表达基因富集到10条KEGG通路,其中氨基酸代谢、脂质代谢、碳水化合物代谢被高度富集。GULP1的生物学功能涉及广泛,包括脂代谢、肿瘤等方面。本研究通过转录组学以及生物信息学分析,筛选出GULP1下游关键的代谢相关差异基因,获得了过表达GULP1后的代谢相关差异基因及信号通路,为今后GULP1下游靶基因的研究提供了重要的理论依据。展开更多
文摘GULP1是一种含磷酸化酪氨酸结合(phosphotyrosine-binding,PTB)结构域的吞噬衔接蛋白,已有的研究表明它可促进脂肪细胞3T3-L1的糖摄取。为进一步挖掘GULP1下游关键的代谢相关差异基因,本研究对过表达GULP1的脂肪细胞和骨骼肌细胞进行转录组分析,然后对表达异常基因进行生物信息学分析,并通过实时荧光定量PCR(real-time fluorescent quantitative PCR,qRT-PCR)与转录组测序进行相互验证。结果表明:以P<0.05和|Log_(2)Foldchange|≥1为阈值筛选差异表达基因,发现与对照细胞相比,过表达GULP1的脂肪细胞中有278个上调基因和263个下调基因,与代谢相关的GO(Gene Ontology)条目包括胆固醇生物合成过程、胆固醇代谢过程、对脂多糖的反应、脂质代谢过程等,有52个代谢相关差异表达基因富集到10条KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路,其中脂质代谢被高度富集;过表达GULP1的骨骼肌细胞有280个上调基因和302个下调基因,与代谢相关的GO条目包括激素代谢过程、对脂多糖的反应、单碳代谢过程等,有86个代谢相关差异表达基因富集到10条KEGG通路,其中氨基酸代谢、脂质代谢、碳水化合物代谢被高度富集。GULP1的生物学功能涉及广泛,包括脂代谢、肿瘤等方面。本研究通过转录组学以及生物信息学分析,筛选出GULP1下游关键的代谢相关差异基因,获得了过表达GULP1后的代谢相关差异基因及信号通路,为今后GULP1下游靶基因的研究提供了重要的理论依据。
