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基于转录组测序解析南瓜子叶黄化的分子机理 被引量：1
1
作者 熊兴伟 王艺琴 +2 位作者 田怀志 张素勤 耿广东 《浙江农业学报》 CSCD 北大核心 2023年第1期90-102,共13页
为研究南瓜叶色黄化突变的机制,挖掘黄化相关关键基因,试验以南瓜自然黄化突变体为试材,通过高通量RNA测序(RNA-seq)对苗期子叶进行转录组分析。结果表明:从检测的26 445个表达基因中鉴定出12 687个差异表达基因(DEGs),包括6 444个上调... 为研究南瓜叶色黄化突变的机制,挖掘黄化相关关键基因,试验以南瓜自然黄化突变体为试材,通过高通量RNA测序(RNA-seq)对苗期子叶进行转录组分析。结果表明:从检测的26 445个表达基因中鉴定出12 687个差异表达基因(DEGs),包括6 444个上调基因,6 243个下调基因;其中2 321个DEGs是转录因子编码基因。选取14个与光合色素密切相关的DEGs进行实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析,发现它们的基因表达水平与转录组测序结果一致。经KEGG富集分析,发现卟啉和叶绿素(Chl)生物合成、光系统Ⅰ、光系统Ⅱ、光合作用-天线蛋白、电子传递和F型ATP酶相关基因的表达显著下调。谷氨酰-tRNA还原酶、镁离子螯合酶、叶绿素a加氧酶基因异常表达,血红素代谢相关基因表达上调抑制了Chl合成;β-胡萝卜素3-羟基酶促进了类胡萝卜素生成;另外,光合作用过程受阻也反馈抑制Chl合成,Chl合成受阻和类胡萝卜素合成受促导致南瓜叶色黄化。研究结果为南瓜黄化突变的分子机制提供了新的见解,为关键基因功能分析和南瓜育种奠定了基础。 展开更多
关键词 南瓜 黄化突变体 叶绿素 转录组 基因表达
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耐盐小偃麦乙烯受体基因TtETR1克隆及表达特性分析
2
作者 石鹿溪 田怀志 +5 位作者 熊兴伟 穆远航 张菊 何方 张庆勤 张素勤 《南方农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第1期13-21,共9页
【目的】克隆耐盐小偃麦的乙烯受体基因TtETR1,并进行表达特性分析,为TtETR1基因的功能分析和小麦耐盐遗传育种提供理论参考。【方法】以耐盐八倍体小偃麦为材料,根据小偃麦转录组数据筛选盐胁迫响应关键基因TtETR1,利用同源克隆技术获... 【目的】克隆耐盐小偃麦的乙烯受体基因TtETR1,并进行表达特性分析,为TtETR1基因的功能分析和小麦耐盐遗传育种提供理论参考。【方法】以耐盐八倍体小偃麦为材料,根据小偃麦转录组数据筛选盐胁迫响应关键基因TtETR1,利用同源克隆技术获得其cDNA序列,利用生物信息学软件进行分析,并通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测其在盐胁迫下的表达特性。【结果】TtETR1基因的开放阅读框(ORF)长度为2310 bp,编码769个氨基酸残基,其上游2000 bp启动子包含茉莉酸甲酯与脱落酸信号响应、干旱和厌氧诱导、分生组织表达等作用元件。TtETR1蛋白分子质量为85.76 kD,理论等电点(pI)为6.22,为含跨膜结构的分泌型蛋白,定位于细胞质膜上,二级结构主要由α-螺旋和无规卷曲构成,含有REC_ETR-like、HATPase_ETR2_ERS2-EIN4-like、cGMP磷酸二酯酶-腺苷酸环化酶-FhlA(GAF)、组氨酸激酶(HisKA)等结构域,具有丝氨酸为主、苏氨酸为辅的乙烯信号转导进行磷酸化修饰与调控的位点。盐胁迫下TtETR1基因在根中的相对表达量最高,分别是茎和叶的1.6和2.8倍,且显著高于未盐胁迫处理(对照)(P<0.05),但恢复处理后,TtETR1基因的相对表达量迅速下降至对照水平,与转录组数据分析结果一致。【结论】TtETR1基因在根系中受盐胁迫诱导高效表达,从而提高植物的耐盐性。 展开更多
关键词 小偃麦 盐胁迫 乙烯受体(ETR) 基因克隆 表达水平
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水涝胁迫下辣椒转录组特征分析及EST-SSR标记开发
3
作者 田怀志 郭豪 +3 位作者 田浩 熊兴伟 张素勤 耿广东 《广西植物》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期2052-2064,共13页
为开发适当的生物学工具以探索辣椒对水涝胁迫应答的分子机制,该研究对不同淹水处理的辣椒样本进行转录组分析,获得了丰富的序列数据,并在此基础上对SSR分子标记进行挖掘。结果表明:(1)辣椒转录组检测共获得128939个Unigene,其总长度、... 为开发适当的生物学工具以探索辣椒对水涝胁迫应答的分子机制,该研究对不同淹水处理的辣椒样本进行转录组分析,获得了丰富的序列数据,并在此基础上对SSR分子标记进行挖掘。结果表明:(1)辣椒转录组检测共获得128939个Unigene,其总长度、平均长度和GC含量分别是55082725、1101 bp和40.57%。与七大功能数据库进行比较,分别有102123个(NR,79.20%)、110157个(NT,85.43%)、70203个(SwissProt,54.45%)、73539个(KOG,57.03%)、77646个(KEGG,60.22%)、77442个(GO,60.06%)以及68216个(Pfam,52.91%)Unigene获得功能注释。发现脂质代谢、碳水化合物代谢、氨基酸代谢、环境适应、次级代谢物生物合成、信号转导和翻译等途径在辣椒水涝胁迫应答中起重要作用。(2)从辣椒转录组数据中发掘到26574个SSR位点分布在24889个Unigene中。SSR的出现频率为20.61%,其中单核苷酸重复所占比例(37.26%)最高,其次是三核苷酸(31.00%)和二核苷酸(25.44%)重复类型,三者占EST-SSR总数的93.70%。在单核苷酸与二核苷酸中最多的基序类型为A/T、AG/CT和TC/GA,其次是AT和TA;三核苷酸中最常见的基序类型是TTG/CAA和ACA/TGT。(3)用Primer 3在线工具设计了10002对EST-SSR引物,随机选择30对引物进行PCR扩增,均可获得有效扩增。对3份辣椒材料进行扩增,其中7对引物可以扩增出目标条带。综上所述,在辣椒中优势SSR重复类型的基序结构和其他品种基本相近,并初步探索了辣椒水涝胁迫应答的分子机制,开发了EST-SSR标记,为辣椒耐涝遗传育种提供了参考。 展开更多
关键词 辣椒 水涝胁迫 响应机制 转录组 EST-SSR
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蔗糖浓度对大丽花瓶插寿命及生理特性的影响 被引量：5
4
作者 熊兴伟 杨浩 张文娥 《山地农业生物学报》 2021年第1期85-89,共5页
为了解决大丽花切花保鲜中因缺乏能源物质而衰老凋谢的问题,以大丽花切花品种“小粉色”为试验材料,以50 mg/L硝酸银+200 mg/L 8-HQC为基本瓶插液组分,研究了不同蔗糖浓度对大丽花瓶插寿命及部分生理特性的影响。结果表明:50 g/L的蔗糖... 为了解决大丽花切花保鲜中因缺乏能源物质而衰老凋谢的问题,以大丽花切花品种“小粉色”为试验材料,以50 mg/L硝酸银+200 mg/L 8-HQC为基本瓶插液组分,研究了不同蔗糖浓度对大丽花瓶插寿命及部分生理特性的影响。结果表明:50 g/L的蔗糖对大丽花的切花保鲜效果最佳。瓶插寿命为16 d,比对照延长了9.7 d,提升了观赏品质,同时减缓了切花鲜重变化率和水分平衡值的下降幅度,减少MDA积累;提高了可溶性糖、叶片可溶性蛋白含量;SOD、CAT、POD活性也得到改善;增强了细胞膜的稳定性。 展开更多
关键词 大丽花 蔗糖浓度 切花保鲜 瓶插寿命
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酉阳调查队五项制度确保调查数据质量
5
作者 熊兴伟 《重庆统计》 2010年第5期34-34,共1页
今年以来，国家统计局酉阳调查队着力实施五项管理制度强化基础工作，为进一步提高调查数据质量提供了有力保障。
关键词 调查数据质量 五项制度 酉阳 国家统计局 管理制度
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脆木耳转录组EST-SSR标记特征及多态性分析
6
作者 王艺琴 张素勤 +4 位作者 郭豪 田怀志 熊兴伟 刘进平 耿广东 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2024年第8期2611-2619,共9页
为开发脆木耳EST-SSR标记,本试验从脆木耳转录组测序数据挖掘SSR位点,并设计引物对木耳DNA进行多态性分析,为木耳的遗传育种提供理论基础。结果发现,在脆木耳转录组的52 954条unigene序列中共搜寻到4 600个SSR位点,SSR发生频率为6.85%,... 为开发脆木耳EST-SSR标记,本试验从脆木耳转录组测序数据挖掘SSR位点,并设计引物对木耳DNA进行多态性分析,为木耳的遗传育种提供理论基础。结果发现,在脆木耳转录组的52 954条unigene序列中共搜寻到4 600个SSR位点,SSR发生频率为6.85%,分布频率为8.69%。脆木耳SSR位点共包括112种重复基元;其中,二核苷酸和三核苷酸重复为主要类型,占SSR总数的92.86%。三核苷酸重复最多(66.64%),其优势重复单元为CCG/GGC (8.71%)。从设计引物中随机挑选30对进行PCR扩增,6对引物在3份木耳种质中均能扩增出清晰的目标条带。本试验所获得的EST-SSR可为木耳种质资源鉴定、遗传结构分析及遗传图谱构建等提供参考。 展开更多
关键词 脆木耳 EST-SSR 特征 PCR体系优化 多态性
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偏凸山羊草染色体的GISH和FISH核型分析
7
作者 杨志芬 陆叶 +4 位作者 王亚 熊兴伟 穆远航 张庆勤 张素勤 《分子植物育种》 CAS 北大核心 2024年第3期899-904,共6页
为了解偏凸山羊草染色体的组成及特点,本试验采用基因组原位杂交(GISH)和荧光原位杂交(FISH)技术对其染色体进行核型分析,以期为其应用于小麦遗传育种研究奠定细胞学基础。结果表明:GISH分析可以将偏凸山羊草的D、N两个染色体组清晰区分... 为了解偏凸山羊草染色体的组成及特点,本试验采用基因组原位杂交(GISH)和荧光原位杂交(FISH)技术对其染色体进行核型分析,以期为其应用于小麦遗传育种研究奠定细胞学基础。结果表明:GISH分析可以将偏凸山羊草的D、N两个染色体组清晰区分,发现D、N组染色体之间发生易位的2对染色体。偏凸山羊草染色体上Oligo-pAs1-2红色信号强且丰富,大多数信号分布于染色体端部。N组染色体上Oligo-pSc119.2-1绿色信号多于D组染色体。(GAA)7红色信号强且丰富,主要分布于染色体着丝点附近;N组染色体上的(GAA)7信号明显强于D组染色体,多呈现较大面积的团状信号。根据偏凸山羊草的FISH核型,发现2对易位染色体分别是T5NL·3DL和T5NS·3DS。该偏凸山羊草与前人报道的偏凸山羊草、普通小麦的D组染色体的FISH核型较为一致,但它们的N组染色体差别较大。本试验与前人所报道偏凸山羊草染色体的FISH核型及易位染色体存在差异,因此该材料可能是一种偏凸山羊草新种质。本研究结果将为培育含有偏凸山羊草染色体或其片段的小麦新种质及拓宽小麦遗传背景提供参考。 展开更多
关键词 偏凸山羊草 GISH FISH 核型 易位染色体
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