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马氏珠母贝Pm-miR-183序列分析及功能研究 被引量:1
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作者 熊新威 郑哲 +2 位作者 焦钰 邓岳文 杜晓东 《广东海洋大学学报》 CAS 2017年第6期11-18,共8页
用马氏珠母贝基因组序列,通过生物信息学方法获得Pm-miR-183的前体,长度76 bp,具有典型的茎环结构。成熟序列及前体序列的同源性分析均显示较高的种间保守性。Pm-miR-183前体序列(Pm-pre-miR-183)的系统进化树分析,Pm-pre-miR-183与帽... 用马氏珠母贝基因组序列,通过生物信息学方法获得Pm-miR-183的前体,长度76 bp,具有典型的茎环结构。成熟序列及前体序列的同源性分析均显示较高的种间保守性。Pm-miR-183前体序列(Pm-pre-miR-183)的系统进化树分析,Pm-pre-miR-183与帽贝同源性较高。靶向关系分析,Pm-miR-183与矿化基因及免疫相关基因均存在靶向作用位点。实时荧光定量分析,Pm-miR-183在马氏珠母贝的各组织中均有表达。注射Pm-miR-183mimics进行过表达,Pm-miR-183的表达量在套膜区(MP)中显著上调(P<0.05)。扫描电子显微镜(scanning electron microscope,SEM)检测,Pm-miR-183过表达会导致贝壳珍珠层生长出现紊乱。 展开更多
关键词 马氏珠母贝 Pm-miR-183 生物矿化 miRNA调控
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马氏珠母贝双链RNA干扰实验条件优化 被引量:1
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作者 黎楚怡 熊新威 杜晓东 《广东海洋大学学报》 CAS 2020年第6期9-15,共7页
【目的】优化马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)双链RNA干扰实验的条件。【方法】注射不同次数的干扰探针进行不同时间的干扰,通过实时荧光定量检测Pif基因的表达;通过扫描电子显微镜观察贝壳珍珠层内表面新生层的生长并分析不同... 【目的】优化马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)双链RNA干扰实验的条件。【方法】注射不同次数的干扰探针进行不同时间的干扰,通过实时荧光定量检测Pif基因的表达;通过扫描电子显微镜观察贝壳珍珠层内表面新生层的生长并分析不同组别贝壳的生长情况。【结果】注射60μg探针1次时,实验组Pif基因在外套膜套膜区相对表达量显著低于对照组,且实验组Pif基因6 d的相对表达量显著低于4 d;注射60μg探针2次时,8d Pif基因在外套膜套膜区的相对表达量显著低于对照组。扫描电子显微镜观察结果表明,所有实验组贝壳珍珠层均出现无序生长;与实验组4 d和8 d相比,6 d时新生珍珠层新生层边界完全被破坏,并且出现更多散乱的细小晶体。【结论】注射60μg双链RNA探针1次并在6 d后收集样品,为马氏珠母贝双链RNA干扰实验探究基因功能的稳定高效条件。 展开更多
关键词 马氏珠母贝 双链RNA干扰 优化
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马氏珠母贝Ago2基因克隆与表达分析
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作者 谢冰怡 熊新威 +3 位作者 郑哲 焦钰 邓岳文 杜晓东 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第7期2972-2979,共8页
为探讨由Argonaute 2(Ago2)介导的LncRNA-miRNA调控系统在贝类生物矿化(Biomineralization)的调控机制,本研究利用RACE技术克隆获得马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)Ago2(PmAgo2)基因cDNA全长序列并检测其表达。结果表明,PmAgo2全... 为探讨由Argonaute 2(Ago2)介导的LncRNA-miRNA调控系统在贝类生物矿化(Biomineralization)的调控机制,本研究利用RACE技术克隆获得马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)Ago2(PmAgo2)基因cDNA全长序列并检测其表达。结果表明,PmAgo2全长3465 bp,开放阅读框(open reading frame,ORF)2679 bp,编码892个氨基酸残基,5’UTR为113 bp,3’UTR为673 bp;预测其分子量为101.06139 kD,理论等电点为9.48;多序列比对的结果表明,PmAgo2与脊椎动物和其他无脊椎的Ago2具有较高的保守性,与美洲牡蛎(Crassostrea virginica)的相似度高达88%;qRT-PCR结果显示,PmAgo2在马氏珠母贝各个组织均有表达,外套膜边缘膜区的表达量最高。利用脊椎动物Ago2抗体,通过Western blotting检测其在外套膜组织中的表达,发现Ago2蛋白的分子量在100 kD左右,与理论的分子量相一致。本研究结果为后期深入研究由Ago2介导的LncRNA-miRNA非编码RNA调控系统奠定基础。 展开更多
关键词 马氏珠母贝 Argonaute 2 基因克隆 表达分析
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马氏珠母贝Pfm-miR-9b-5p序列特征和功能分析
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作者 李智鑫 熊新威 +2 位作者 郑哲 黄荣莲 杜晓东 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第5期960-969,共10页
miRNAs可通过靶向目标基因3′UTR,负调控目的基因的表达。本研究以马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)的一种miRNA Pfm-miR-9b-5p成熟序列及其基因组数据为基础,获得Pfm-miR-9b-5p前体序列,其长度为99 bp,包含典型的发夹结构。多序... miRNAs可通过靶向目标基因3′UTR,负调控目的基因的表达。本研究以马氏珠母贝(Pinctada fucata martensii)的一种miRNA Pfm-miR-9b-5p成熟序列及其基因组数据为基础,获得Pfm-miR-9b-5p前体序列,其长度为99 bp,包含典型的发夹结构。多序列比对结果表明,Pfm-miR-9b-5p的成熟序列和前体序列均与其他物种高度保守。系统进化树分析结果表明,Pfm-miR-9b-5p的前体序列与软体动物聚为一支,与帽贝(Lottia gigantean)亲缘关系最近。组织差异表达分析表明,Pfm-miR-9b-5p在矿化器官边缘膜和套膜区高表达。靶标预测结果表明,贝壳基质蛋白基因PNU9为Pfm-miR-9b-5p的潜在靶标基因之一。注射Pfm-miR-9b-5p mimics过表达Pfm-miR-9b-5p后,靶标基因PNU9的表达被显著抑制,并且贝壳珍珠层和棱柱层均出现异常生长。综上,在马氏珠母贝中,Pfm-miR-9b-5p可通过负向调控矿化基因PNU9的表达,参与贝壳的形成。本研究为进一步探讨miRNAs参与贝壳形成的机制提供了参考。 展开更多
关键词 马氏珠母贝 Pfm-miR-9b-5p 生物矿化 MiRNA调控
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