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吉林省玉米种质资源SSR和SNP分子身份证的构建及应用
1
作者 张茗起 王蕊 +16 位作者 张春宵 孙擘 任洁 李淑芳 王璐 朱少喜 张江斌 施昕晨 王海杰 张云龙 田红丽 赵怡锟 匡猛 王元东 易红梅 李晓辉 王凤格 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期236-249,I0001,I0002,共16页
【目的】农作物种质资源具有重要的战略地位。吉林省玉米种质资源库主要存储具有北方春玉米区特色的种质资源。鉴于在传统农作物种质资源管理过程中难以获取真实身份信息的现状,利用分子标记技术构建种质资源分子身份证可以有效鉴定种... 【目的】农作物种质资源具有重要的战略地位。吉林省玉米种质资源库主要存储具有北方春玉米区特色的种质资源。鉴于在传统农作物种质资源管理过程中难以获取真实身份信息的现状,利用分子标记技术构建种质资源分子身份证可以有效鉴定种质资源真实身份,强化种质资源的分类管理。通过深度发掘吉林省玉米种质资源库的优异资源,推动共享利用。【方法】以吉林省玉米种质资源库中的2918份玉米种质资源为研究对象,采用玉米品种鉴定检测标准中推荐的40对SSR标记,以及61214个SNP标记来构建其分子身份证。根据获得的分子身份证信息将种质资源划分为核心、同近源、异质和群体等类进行管理,并进一步针对核心种质进行遗传多样性分析。【结果】为2918份种质资源构建了SSR分子身份证,为除异质性种质外的2502份种质资源构建了SNP分子身份证。分别制定了玉米种质资源SSR和SNP分子身份证的建设规范。其中,SSR分子身份证由40个SSR位点指纹转化为三位数字和一位字母的编码组合构成,并以二维码形式存储;SNP分子身份证由61214个SNP位点指纹转化为可视化的条形码。根据样品纯合度和指纹特异性等特征,将样品划分为1561份核心类、705份同近源类、416份异质类及236份群体类种质资源。遗传多样性分析表明,以旅大红骨群、黄改群为代表的国内种质资源是该库的主要种质资源,占全部核心种质资源的64.38%。【结论】提出了玉米种质资源分子身份证构建流程,为吉林省玉米种质资源库2918份种质资源构建了全部的SSR分子身份证和2502份SNP分子身份证;建立了核心、同近源、异质、群体四类种质资源筛选方案,实现了种质资源的分类管理。 展开更多
关键词 玉米 种质资源 吉林 SSR SNP 分子身份证
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用于玉米品种真实性鉴定的最优核心SNP位点集的研发
2
作者 田红丽 杨扬 +8 位作者 范亚明 易红梅 王蕊 金石桥 晋芳 张云龙 刘亚维 王凤格 赵久然 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期1115-1123,共9页
品种真实性是种子质量监测的一个重要指标。为建立准确可靠、快速简便、高通量、低成本的玉米品种真实性鉴定技术,本文利用200个核心SNP位点构建的5816个玉米杂交品种,3274个自交系的指纹数据,基于遗传算法、品种识别率评估确定了一套... 品种真实性是种子质量监测的一个重要指标。为建立准确可靠、快速简便、高通量、低成本的玉米品种真实性鉴定技术,本文利用200个核心SNP位点构建的5816个玉米杂交品种,3274个自交系的指纹数据,基于遗传算法、品种识别率评估确定了一套高鉴别力的核心SNP位点集,包含96个SNP位点。这96个SNPs全部位于基因内区域,相对均匀分布在10对染色体上。采用上述杂交品种和自交系的指纹数据评估显示这96个位点具有较高多态性和品种区分能力,PIC、MAF、DP平均值分别为0.36、0.40、0.60和0.36、0.39、0.48,对杂交品种、自交系的品种识别率达到99.14%和99.24%。两两样品成对比较结果显示,99.99%的品种间差异位点数目≥3个,杂交品种和自交系中96.74%和95.67%的成对比较差异位点数目集中在30~65个和30~60个。基于221个主推杂交品种的40个SSR位点、96个SNP位点的基因型数据分析结果显示,这2组标记集的鉴定结果具有较高的一致性。综上所述,本研究报道了一套具有位点数量最少、区分能力最强,兼容多平台、适于自动化分型等优点的最优核心SNP集。期望位点集将在玉米品种真实性监测、种子质量控制中得到广泛应用,进而维护玉米种子市场秩序、保障育种者权利以及保护农民利益。 展开更多
关键词 玉米品种 真实性鉴定 SNP位点集 高鉴别力
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Maize 6H-60K芯片在玉米实质性派生品种鉴定中的应用分析
3
作者 田红丽 张如养 +6 位作者 范亚明 杨扬 张云龙 易红梅 邢锦丰 王凤格 赵久然 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期2876-2885,共10页
玉米实质性派生品种鉴定已成为当前种业知识产权保护的热点之一。为加快其精准高效分子鉴定技术的建立,本文利用多种类型派生品种为研究材料:京2416与京2416C(两者为遗传背景高度相近的两个自交系),京724与京72464(两者为遗传背景相近... 玉米实质性派生品种鉴定已成为当前种业知识产权保护的热点之一。为加快其精准高效分子鉴定技术的建立,本文利用多种类型派生品种为研究材料:京2416与京2416C(两者为遗传背景高度相近的两个自交系),京724与京72464(两者为遗传背景相近的两个自交系),以及由京724与京72464两者构建的893个DH系遗传群体等。研究分析了Maize 6H-60K芯片(包含61,214个SNP位点集合)应用于玉米派生品种鉴定的潜力。结果显示:(1)京2416与京2416C间存在829个SNP位点差异,GS值(遗传相似度)为98.7%,56.7%的差异位点集中分布在5号染色体长度约39 Mb区域内。(2)京724与京72464之间差异位点数目为4912个,GS值为90.1%,44.8%的差异位点集中分布在3号染色体上。(3)893个DH系与2个亲本京724及京72464之间的GS值分布均呈现连续性,其中与京724之间的GS值范围88.0%-97.0%,平均值为92.6%;与京72464之间的GS值范围88.3%-98.6%,平均值为94.5%。(4)893个DH系进行两两成对比较,共比较398,278‬对,所有DH系之间均有明确的SNP位点差异;GS值最小为87.5%,最大为99.9%,平均值为94.3%。结果表明Maize 6H-60K包含的SNP位点集能够精准评估派生、近似或极近似自交系及DH系的遗传背景,将所有材料一一鉴别明确区分开来,并具有进一步锁定与派生性状连锁标记的潜力。建议亟需基于Maize 6H-60K SNP位点集合,利用高效芯片、靶向测序等平台建立玉米实质性派生品种分子鉴定技术规程,为玉米品种知识产权保护、品种创新等提供技术支撑。 展开更多
关键词 玉米 实质性派生品种 分子鉴定 Maize 6H-60K芯片 高密度SNP位点集合
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基于KASP平台的转基因玉米高通量特异性检测方法
4
作者 朱少喜 金肇阳 +3 位作者 葛建镕 王蕊 王凤格 路运才 《生物技术通报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第6期133-140,共8页
为了促进转基因玉米产业化发展,加快优良性状转化体与骨干自交系的转育工作,适用于回交群体的高通量前景选择方法亟待开发。本研究以转基因玉米DBN9936为材料,根据其外源插入片段及其侧翼序列,采用primer5软件设计了6对特异性引物,与内... 为了促进转基因玉米产业化发展,加快优良性状转化体与骨干自交系的转育工作,适用于回交群体的高通量前景选择方法亟待开发。本研究以转基因玉米DBN9936为材料,根据其外源插入片段及其侧翼序列,采用primer5软件设计了6对特异性引物,与内标准基因zSSIIb引物进行组合用于评估,获得最优引物组合后,进一步开展特异性验证、检出限测试和多样品验证。结果显示,最优引物组合为DBN9936-LB1*zSSIIb-k1;10份DBN9936 BC1代种子的KASP基因分型结果与琼脂糖凝胶电泳结果完全一致;10份转化体DBN9858、DBN9501、C0010.1.3、C0010.3.1、C0010.3.7、C0030.2.5、BT11、GA21、MIR162和2A-7的转基因玉米样品在双平台上检测结果均表现为阴性;转基因玉米DBN9936的检出限为10%;48份不同DBN9936杂交种材料的KASP基因分型结果均表现为阳性。综上,本研究方法可用于转基因玉米DBN9936回交转育过程中的前景选择,且样品通量高,为其他农作物在转基因育种过程中的目标基因检测提供了技术参考。 展开更多
关键词 转基因玉米 回交转育 前景选择 KASP平台 高通量
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利用InDel标记划分玉米自交系的杂种优势群
5
作者 黄艳艳 许理文 +2 位作者 王凤格 康定明 陈全家 《种子》 北大核心 2023年第4期98-101,107,共5页
利用北京市农林科学院玉米研究中心构建的多重扩增靶向捕获测序基因分型InDel标记组合,对102份玉米自交系进行InDel标记的基因分型。利用UPGMA方法将102份玉米自交系划分为6个杂种优势群包括瑞德群、塘四平头、兰卡斯特群、旅大红骨群、... 利用北京市农林科学院玉米研究中心构建的多重扩增靶向捕获测序基因分型InDel标记组合,对102份玉米自交系进行InDel标记的基因分型。利用UPGMA方法将102份玉米自交系划分为6个杂种优势群包括瑞德群、塘四平头、兰卡斯特群、旅大红骨群、P群及热带和亚热带混血群。类群分析结果与现有的杂种群和已知谱系高度一致。 展开更多
关键词 玉米 InDel分子标记 捕获测序 杂种优势
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中国328个玉米品种(组合)SSR标记遗传多样性分析 被引量：75
6
作者 王凤格 田红丽 +5 位作者 赵久然 王璐 易红梅 宋伟 高玉倩 杨国航 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2014年第5期856-864,共9页
【目的】从育成年份、种植区域角度分析中国328个玉米品种的遗传多样性,在分子水平上分析各适宜种植区域品种的遗传分化特点,为玉米品种区域试验、审定管理以及育种策略提供一定的理论依据。【方法】利用均匀分布于玉米基因组的40对核心... 【目的】从育成年份、种植区域角度分析中国328个玉米品种的遗传多样性,在分子水平上分析各适宜种植区域品种的遗传分化特点,为玉米品种区域试验、审定管理以及育种策略提供一定的理论依据。【方法】利用均匀分布于玉米基因组的40对核心SSR引物,采用10重荧光毛细管电泳检测技术对328个代表性育成品种进行基因分型;通过Power-Marker ver.3.25软件评估40对SSR引物多态性,对参试品种按年份、区试组分析遗传多样性情况;利用多变量统计分析软件MVSP ver.3.13对328个品种按区试组进行主坐标分析。【结果】基于328个玉米品种数据,检测到40对SSR引物等位基因变异范围为3—16个,平均8.10个,多态信息指数(PIC)值变化范围为0.18—0.85,平均为0.63。参试品种不同年份间遗传多样性变化不大,PIC值在0.60左右摆动;8个区试组品种的总等位基因和总基因型变异范围为170—262和200—511,京津唐和西南组分别表现出了最低值和最高值,京津唐组PIC值最低为0.51,其余组均接近于0.60,平均杂合度均在0.60左右。8个区试组主坐标分析显示鲜食、极早熟品种遗传分布偏离普通玉米区域,具有明显的种质特异性;青贮玉米由于早期对照品种为普通玉米导致遗传分布向普通玉米延伸,仅有少数品种分布偏离普通玉米;京津唐、西南、东北早熟三组品种遗传分布相对集中;极早熟、京津唐、西南三组之间品种遗传分布几乎无重叠区域;东华北和黄淮海两组参试品种遗传分布具有明显的分化但也有部分重叠,原因与对照品种曾经相同、育种同质化有关。【结论】利用SSR标记分析328份玉米品种的遗传多样性及遗传分化特点,表明近年来育成品种遗传多样性指数在不同年份间变化不大,除京津唐组之外在其它区试组间差异性也不大。参试品种主坐标分析显示各区试组划分、对照品种设置起到了育种导向的作用。 展开更多
关键词 玉米 SSR标记 区域试验 遗传多样性
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比较三种DNA指纹分析方法在玉米品种纯度及真伪鉴定中的应用 被引量：62
7
作者 王凤格 赵久然 +2 位作者 郭景伦 佘花娣 陈刚 《分子植物育种》 CAS CSCD 2003年第5期655-661,共7页
本项研究归纳出三种DNA指纹分析方法 ,即特征谱带法、引物组合法和核心引物组合法 ,并比较了这三种方法在玉米品种纯度及真伪鉴定中的应用价值。在玉米基因组上均匀选取 6 2对SSR引物对 6 0个玉米自交系进行分析。 6 2对SSR引物共检测到... 本项研究归纳出三种DNA指纹分析方法 ,即特征谱带法、引物组合法和核心引物组合法 ,并比较了这三种方法在玉米品种纯度及真伪鉴定中的应用价值。在玉米基因组上均匀选取 6 2对SSR引物对 6 0个玉米自交系进行分析。 6 2对SSR引物共检测到 2 38个等位基因变异 ,平均每个位点的等位基因数4 0 8个 ,平均多态性信息量 (PIC) 0 6 12 ,平均标记索引系数 (MI) 2 5 8,评估引物多态性的三个指标并不完全一致。三种方法的比较研究表明 ,特征谱带法仅在固定的材料范围内有效 ,当扩大范围后 ,原来具有特征带的样品往往不再具有特征带 ,且需要筛选大量的引物 ,效率很低 ;引物组合法通过不同引物的有限组合 ,完全可以区分全部材料 ,避免了筛选大量引物的工作 ;核心引物组合法是引物组合法的扩展 ,不同实验室通过使用固定的一套核心引物组合 ,其指纹图谱可以相互比较和整合 ,为玉米DNA指纹图谱分析的标准化奠定基础。 展开更多
关键词 DNA指纹 玉米 品种 纯度鉴定 真伪鉴定 特征谱带法 引物组合法 核心引物组合法
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中国玉米审定品种标准SSR指纹库的构建 被引量：63
8
作者 王凤格 杨扬 +8 位作者 易红梅 赵久然 任洁 王璐 葛建镕 江彬 张宪晨 田红丽 侯振华 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期1-14,共14页
【目的】对数量庞大的已知玉米品种构建可共享的作物品种标准DNA指纹库。【方法】基于荧光毛细管电泳检测平台和植物品种DNA指纹库管理系统,利用筛选的40对SSR核心引物对3 998份中国玉米审定品种标准样品进行建库,通过多实验室、多检测... 【目的】对数量庞大的已知玉米品种构建可共享的作物品种标准DNA指纹库。【方法】基于荧光毛细管电泳检测平台和植物品种DNA指纹库管理系统,利用筛选的40对SSR核心引物对3 998份中国玉米审定品种标准样品进行建库,通过多实验室、多检测平台进行建库数据的质量评估。【结果】绘制了40个玉米建库引物的等位基因频率分布图作为每个引物的特征图谱,在建库试验中发挥了相当于参照样品的作用。形成了一套十重荧光毛细管电泳组合,并在SSR指纹分析器中建立了一套系统默认PANEL作为不同实验室建库时的标准PANEL。统计玉米审定品种指纹库构建的试验情况,每份样品具有2—5套原始试验数据及对应的指纹图谱,其中61%的样品做了2组独立试验,33%的样品做了3组独立试验,最终建成的标准指纹库累计缺失和差异位点仅占0.2%,数据完整性达到99.8%。在不同实验室、不同电泳检测平台的评估结果表明,同一荧光电泳检测平台上获得SSR指纹数据一致性高,而不同的电泳检测平台获得的数据存在一定偏差,为实现不同实验室的SSR指纹数据共享,需要统一荧光引物、分析软件及电泳检测平台。对所有审定品种指纹数据进行整体两两比较,表明中国玉米审定品种之间差异比较大,品种间差异位点百分比集中在80%—95%(占78.28%),品种间差异位点百分比在50%以上的已达到99.21%,而低于20%的只有0.09%;对玉米审定品种杂合率水平进行分析,平均品种杂合率达到64%,主要集中在50%—80%(占89%)。通过玉米品种标准指纹比对服务平台(网址:http://www.maizedna.org/)实现了指纹库的共享。【结论】形成了构建作物品种SSR指纹库的标准化程序,构建了3 998份玉米审定品种的SSR指纹库,通过多实验室联合比较试验,保证建库数据的准确性和数据库的可共享性;建立了玉米品种标准指纹比对服务平台网站,实现玉米审定品种指纹库在全国种子检验系统的共享。 展开更多
关键词 玉米 品种鉴定 DNA指纹库 SSR
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中国玉米新品种DNA指纹库建立系列研究 Ⅲ.多重PCR技术在玉米SSR引物扩增中的应用 被引量：48
9
作者 王凤格 赵久然 +5 位作者 佘花娣 郭景伦 陈刚 廖琴 孙世贤 陈如明 《玉米科学》 CAS CSCD 2003年第4期3-6,共4页
根据21对玉米SSR引物扩增片段大小范围组成不同的引物组合进行多重PCR反应的研究。在与单一PCR相同的反应条件下,47个两重PCR组合出现5种不同的扩增情况,其中30个组合扩增正常;10个三重PCR组合中有9个组合扩增正常;两个四重PCR组合中有... 根据21对玉米SSR引物扩增片段大小范围组成不同的引物组合进行多重PCR反应的研究。在与单一PCR相同的反应条件下,47个两重PCR组合出现5种不同的扩增情况,其中30个组合扩增正常;10个三重PCR组合中有9个组合扩增正常;两个四重PCR组合中有1个扩增正常,这些筛选出的正常扩增的组合可应用于今后玉米DNA指纹库构建研究中。研究表明,应用与单一PCR完全相同的反应条件,大部分能够获得正常扩增的多重PCR组合,在此基础上提出了简化的多重PCR优化程序。 展开更多
关键词 中国 玉米 品种 DNA指纹库 多重PCR技术 SSR引物 扩增片段
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中国玉米新品种DNA指纹库建立系列研究 Ⅰ.玉米品种纯度及真伪鉴定中SSR技术标准实验体系的建立 被引量：102
10
作者 王凤格 赵久然 +1 位作者 郭景伦 刘龙洲 《玉米科学》 CAS CSCD 2003年第1期3-6,共4页
本研究从DNA提取、PCR扩增、电泳检测等环节对SSR技术进行了优化,最终建立一套完善的适用于玉米品种鉴定的SSR标准体系。并以玉米杂交种农大108的纯度鉴定为例,探索了该体系在玉米杂交种鉴定中实际应用的可行性。
关键词 中国 玉米 新品种 DNA指纹库 品种纯度 SSR技术标准 实验体系
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玉米抗甘蔗花叶病毒QTL的初步研究 被引量：19
11
作者 王凤格 刘贤德 +5 位作者 王振华 张世煌 李新海 袁力行 韩晓清 李明顺 《作物学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期69-74,共6页
以黄早四 (抗 )×掖 10 7(感 )的 F2 分离群体 (184个单株 )为作图群体 ,构建了具有 6 5个 SSR标记位点的遗传连锁图谱 ,覆盖玉米基因组 1333.3c M,标记间平均距离 2 0 .5 c M。通过人工接种鉴定评价 184个 F3家系对 SCMV引起的玉... 以黄早四 (抗 )×掖 10 7(感 )的 F2 分离群体 (184个单株 )为作图群体 ,构建了具有 6 5个 SSR标记位点的遗传连锁图谱 ,覆盖玉米基因组 1333.3c M,标记间平均距离 2 0 .5 c M。通过人工接种鉴定评价 184个 F3家系对 SCMV引起的玉米矮花叶病的抗性反应。采用复合区间作图法对抗病数量性状位点 (QTL)进行定位及遗传效应分析 ,结果共检测到 3个 QTL s,分别位于第 3、 6和 10染色体上 ,与标记 phi0 5 3、phi0 77和 phi0 6 2连锁。第 3染色体上的 QTL 效应最大 ,可解释表型方差的 17.8% ,基因作用方式为加性 ;第 6和第 10染色体上的 QTL 效应较小 ,分别解释表型方差的 6 .1%和 7.0 % ,基因作用方式均为部分显性。采用多区间作图法未检测到 QTL s间显著的上位性互作。 3个 QTL s共解释表型方差的 30 .2 %。 展开更多
关键词 玉米 抗甘蔗花叶病毒 QTL 遗传连锁图谱 数量性状位点
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植物品种SSR指纹分析专用软件SSR Analyser的研发 被引量：15
12
作者 王凤格 李欣 +11 位作者 杨扬 易红梅 江彬 张宪晨 霍永学 朱丽 葛建镕 王蕊 任洁 王璐 田红丽 赵久然 《中国农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第12期2248-2262,共15页
【目的】开发适用于植物品种SSR指纹分析的软件工具,实现植物品种SSR指纹分析的自动化和标准化,解决SSR标记在实际应用中存在的数据采集效率较低、数据共享难度较大等问题。【方法】在商业化软件Gene Marker?的基础上,针对植物品种SSR... 【目的】开发适用于植物品种SSR指纹分析的软件工具,实现植物品种SSR指纹分析的自动化和标准化,解决SSR标记在实际应用中存在的数据采集效率较低、数据共享难度较大等问题。【方法】在商业化软件Gene Marker?的基础上,针对植物品种SSR指纹分析的特殊性,在SSR指纹处理、panel设计、数据库对接等方面进行算法开发或优化,形成植物品种定制化软件SSR Analyser,并在玉米等多种作物上测试其分析效果。【结果】在SSR指纹处理功能上,软件通过先用系统计算的矩阵进行弱消除,再用Pull-up峰匹配算法进行单峰消除的方案实现了对Pull-up峰准确自动消除;通过优化N+1峰、连续多峰等特殊峰型读取的算法,解决了特异峰不识别、读不准、误读等问题,对2 bp重复类型SSR标记为主的植物品种指纹采集更加精准;通过完善邻峰过滤、高低峰过滤和二倍体过滤算法,解决了植物品种混合样品的有效峰采集问题。在Panel设计功能上,软件兼顾了Panel设计的灵活性、方便性和统一性,在保证数据采集标准化的前提下,更加适应复杂的试验情况:提高了标记参数设置的灵活性,根据不同参数作用范围,标记参数设置既有针对特定物种、Panel一次性固定设置的参数,也有针对每个引物位点、每块电泳板单独设定或微调的参数;实现了从已有标记中快速重新组合形成新Panel的功能;保证了Panel的统一调用和同步更新。通过将软件与指纹库管理系统的无缝对接,实现了样品准备到指纹采集全流程的自动化、标准化,形成的指纹库具有直观可追溯的优势。将SSR Analyser在玉米大规模建库中试用,表明该软件的指纹分析更加简单高效,比原软件分析效率提高了10倍以上;将SSR Analyser扩大到水稻、大豆、黄瓜、西瓜、大白菜等多种二倍体作物和小麦、棉花等多倍体作物中试用,表明在二倍体作物上使用效果较好;在多倍体作物上,对其中的二倍体化的标记使用效果较好,但对非二倍体化的标记仍需进一步完善过滤算法。【结论】开发的SSR Analyser软件具有数据分析程序简单高效、对特殊峰型的SSR标记指纹采集精准、适合基于混合样品的植物品种SSR指纹采集、与指纹库管理系统无缝对接的优点,大大改善了SSR标记在植物品种鉴定中的应用效果。 展开更多
关键词 植物品种 SSR DNA指纹 荧光毛细管电泳 软件开发
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中国玉米新品种标准DNA指纹库构建研究的几点思考 被引量：46
13
作者 王凤格 赵久然 +1 位作者 郭景伦 孙世贤 《植物学通报》 CSCD 北大核心 2005年第1期121-128,共8页
概述了中国玉米新品种DNA指纹库构建研究中的五个主要问题,即选用哪些品种材料、选用什么标记方法、SSR标记存在哪些问题、选用哪些SSR引物及如何提高建库效率等,并提出了相应的解决方案,对其应用前景及主要应用领域进行了探讨。
关键词 DNA指纹库 玉米新品种 SSR引物 SSR标记 应用前景 标记方法 构建 研究 中国 问题
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利用SSR标记进行玉米品种一致性检测研究 被引量：29
14
作者 王凤格 赵久然 +6 位作者 戴景瑞 王璐 易红梅 郭景伦 孙世贤 廖琴 杨国航 《分子植物育种》 CAS CSCD 2007年第1期95-104,共10页
为了评估SSR标记在玉米品种一致性鉴定中的应用价值及确定基于SSR标记的玉米一致性鉴定标准,利用13个SSR标记对213份来自2004年国家区域试验的玉米单交种(包括16份重复材料)进行了一致性分析,每个品种取20个个体,除在染色体6和8上各选取... 为了评估SSR标记在玉米品种一致性鉴定中的应用价值及确定基于SSR标记的玉米一致性鉴定标准,利用13个SSR标记对213份来自2004年国家区域试验的玉米单交种(包括16份重复材料)进行了一致性分析,每个品种取20个个体,除在染色体6和8上各选取了2个和3个标记外,其他染色体上均各选取1个SSR标记。结果显示:一致性检测中异型带的类型有7种,每种出现的概率不同;不同品种在不同引物位点的一致性分布情况差别较大。比较位于同一染色体的引物一致性检测结果,发现在相同染色体上位置较近的不同引物一致性检测结果具有较高的相关性,因此提出在选用一致性检测的引物时应遵循均匀分布的原则,减少引物间的相关性。通过剔除自交个体对品种一致性比率进行校正(仅有7个品种),校正值可反映品种真实的遗传一致性和稳定性。综合考虑品种在单个引物位点的一致性和在所有位点的平均一致性,提出了划分玉米品种一致性级别的标准。 展开更多
关键词 玉米 SSR 一致性 DUS测试
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玉米品种DNA指纹数据库构建的标准化规范 被引量：41
15
作者 王凤格 赵久然 +6 位作者 戴景瑞 郭景伦 原亚萍 王璐 易红梅 孙世贤 吕波 《分子植物育种》 CAS CSCD 2007年第1期128-132,共5页
为了保证玉米品种DNA指纹库构建的标准化,从建库标记、检测平台、试剂、样品、评估程序、数据整合、模式库、扩展库、随机盲测等九个方面进行了全面的规范:(1)通过对不同分子标记的比较,确定SSR标记作为建库标记;(2)通过对不同DNA指纹... 为了保证玉米品种DNA指纹库构建的标准化,从建库标记、检测平台、试剂、样品、评估程序、数据整合、模式库、扩展库、随机盲测等九个方面进行了全面的规范:(1)通过对不同分子标记的比较,确定SSR标记作为建库标记;(2)通过对不同DNA指纹检测方法的比较,确定毛细管电泳结合多色荧光检测方法作为DNA指纹片段分析方法;(3)规范了DNA、引物、Taq酶等试剂质量,以保证数据的稳定性和可重复性;(4)规范了样品来源、样品类型及分析样品数量;(5)确定评估品种的数量及引物的取舍标准;(6)为解决不同来源DNA指纹数据的有效整合问题,提出了固定一套核心引物、提供标准品种、提供标准DNA、确定引物等位基因BIN、规定对异常带型数据处理方式、规定数据的编码方式等6个解决策略;(7)规范了构建模式库的材料名单、来源及构建方式;(8)规范了构建扩展库的材料来源及构建方式;(9)进行数据库数据随机盲测,以评估入库数据质量。以上规范将为不同单位合作开展大规模的DNA指纹库构建研究奠定基础。 展开更多
关键词 玉米 DNA指纹 数据库
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玉米自交系遗传关系的SSR标记分析 被引量：12
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作者 王凤格 赵久然 +3 位作者 佘花娣 陈刚 郭景伦 戴景瑞 《中国农学通报》 CSCD 2005年第2期10-14,共5页
选用系谱明确的和系谱来源复杂的38个玉米自交系为材料,在玉米基因组上均匀选取62个SSR引物进行遗传关系分析:(ⅰ)分析SSR引物在这些自交系中的差异程度;(ⅱ)进行自交系的类群划分;(ⅲ)明确SSR标记在不同来源类型玉米自交系的类群划分... 选用系谱明确的和系谱来源复杂的38个玉米自交系为材料,在玉米基因组上均匀选取62个SSR引物进行遗传关系分析:(ⅰ)分析SSR引物在这些自交系中的差异程度;(ⅱ)进行自交系的类群划分;(ⅲ)明确SSR标记在不同来源类型玉米自交系的类群划分和遗传关系分析上的应用价值。62对SSR引物共检测到238个等位基因变异,平均每个位点的等位基因数4.08个,平均多态性信息量(PIC)0.612,平均标记索引系数(MI)2.58,三个指标对标记多态性的分析不完全一致。UPGMA聚类分析将38个玉米自交系分为瑞德、旅大红骨、塘四平头、兰卡斯特、P1、P2和热带素湾7个类群,划群结果与系谱基本吻合,同时对系谱来源复杂的自交系进行分析,明确了它们的归属。 展开更多
关键词 玉米自交系 遗传关系 SSR标记 SSR引物 类群划分 系谱 位点 多态性 吻合 分析
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毛细管电泳荧光检测中的异常电泳类型及原因分析 被引量：17
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作者 王凤格 易红梅 +1 位作者 赵久然 王璐 《分子植物育种》 CAS CSCD 2007年第6期890-894,共5页
采用毛细管电泳荧光检测技术进行玉米SSR标记的片段分析。利用峰型、峰面积和其它荧光干扰峰等方面的特征对特异峰和非特异峰进行甄别。分析了特异峰的具体表现类型及原因:包括N+1峰、稀有峰、连续多峰、三峰和高低峰等。探讨了片段扩... 采用毛细管电泳荧光检测技术进行玉米SSR标记的片段分析。利用峰型、峰面积和其它荧光干扰峰等方面的特征对特异峰和非特异峰进行甄别。分析了特异峰的具体表现类型及原因:包括N+1峰、稀有峰、连续多峰、三峰和高低峰等。探讨了片段扩增产物大小与异常峰型的关系。为保证玉米品种DNA指纹库构建的标准化,提出了数据统计规范化的解决方案。 展开更多
关键词 毛细管电泳 荧光检测 玉米 SSR
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适于玉米SSR核心引物的通用PCR扩增反应程序的建立 被引量：6
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作者 王凤格 易红梅 +2 位作者 赵久然 王璐 孙艳美 《玉米科学》 CAS CSCD 北大核心 2008年第3期19-21,25,共4页
通过研究退火温度与引物TM值之间的关系,确定玉米核心引物设计时对TM值的特殊要求,通过比较3种PCR扩增程序,确定两步法扩增作为新设计引物的统一的PCR反应程序,为基于玉米SSR核心引物构建多重PCR组合反应进行高通量的基因分型奠定了基础。
关键词 玉米 SSR PCR 核心引物
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玉米DNA指纹数据库建库标准规范的建立 被引量：7
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作者 王凤格 赵久然 +6 位作者 戴景瑞 郭景伦 原亚萍 王璐 易红梅 孙世贤 吕波 《玉米科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期66-68,共3页
为了保证玉米品种DNA指纹库构建的标准化,从建库标记、检测平台、试剂、样品、评估程序、数据整合、模式库、扩展库和随机盲测9个方面进行了全面的规范,从而为科研单位合作开展大规模的DNA指纹库构建研究奠定基础。
关键词 玉米 DNA指纹 数据库
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关于玉米品种DUS测试的几点思考 被引量：7
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作者 王凤格 赵久然 +1 位作者 邢锦丰 郭景伦 《玉米科学》 CAS CSCD 北大核心 2005年第3期126-129,共4页
针对玉米品种DUS测试中存在的实际问题,从标准品种、测试性状、对照品种、繁殖材料提供、特异性、分子标记等方面进行了全面分析,并对部分问题提出了相应的解释或解决方法。
关键词 玉米 新品种保护 DUS测试
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