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BELLHOP3D模型的多核并行及性能评估
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作者 蓝强 马树青 +2 位作者 朴胜春 肖汶斌 王勇献 《声学技术》 CSCD 北大核心 2024年第4期468-473,共6页
通过三维射线模型BELLHOP3D能够计算海洋中的三维声场,在声呐性能预报以及海洋环境参数反演等应用中具有重要意义。然而随着计算海域范围的增大以及计算网格点分辨率的提高,水声传播对计算的需求也逐渐增大。文章面向天河2号超级计算平... 通过三维射线模型BELLHOP3D能够计算海洋中的三维声场,在声呐性能预报以及海洋环境参数反演等应用中具有重要意义。然而随着计算海域范围的增大以及计算网格点分辨率的提高,水声传播对计算的需求也逐渐增大。文章面向天河2号超级计算平台的多核体系结构,针对BELLHOP3D计算特征,充分挖掘其中的并行性,采用OpenMP多核并行技术,实现BELLHOP3D的多核并行。最后,通过Munk波导算例以及三维楔形海底算例对射线模型的并行计算效率进行了测试,当计算节点中的24个计算核心全部用于计算时,两个算例的并行计算效率分别达到了83.3%和87.5%。 展开更多
关键词 BELLHOP3D 声呐性能预报 天河2号 OpenMP多核并行 并行效率
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高阶精度CFD应用在天河2系统上的异构并行模拟与性能优化 被引量:5
2
作者 王勇献 张理论 +3 位作者 车永刚 徐传福 刘巍 程兴华 《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2015年第4期833-842,共10页
在当前主流的众核异构高性能计算机平台上开展超大规模计算流体力学(computational fluid dynamics,CFD)应用的高效并行数值模拟仍然面临着一系列挑战性技术问题,也是该领域的热点研究问题之一.面向天河2高性能异构并行计算平台,针对高... 在当前主流的众核异构高性能计算机平台上开展超大规模计算流体力学(computational fluid dynamics,CFD)应用的高效并行数值模拟仍然面临着一系列挑战性技术问题,也是该领域的热点研究问题之一.面向天河2高性能异构并行计算平台,针对高阶精度CFD流场数值模拟程序的高效并行进行了探索,重点讨论了CFD应用特点与众核异构高性能计算机平台特征相适应的性能优化策略,从任务分解、并行度挖掘、多线程优化、SIMD向量化、CPU与加速器协同优化等方面,提出一系列性能提升技术.通过在天河2高性能异构并行计算平台上进行了多个算例的数值模拟,模拟的最大CFD规模达到1 228亿个网格点,共使用约59万CPU+MIC处理器核,测试结果表明移植优化后的程序性能提高2.6倍左右,且具有良好的可扩展性. 展开更多
关键词 计算流体动力学 高阶精度格式 并行计算 CPU+MIC异构协同并行 性能优化 天河2超级 计算机
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结构网格CFD应用程序在天河超级计算机上的高效并行与优化 被引量:4
3
作者 王勇献 张理论 +3 位作者 车永刚 徐传福 刘巍 程兴华 《电子学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2015年第1期36-44,共9页
对多区结构网格大规模CFD流场模拟的高效并行方法进行了研究,以天河超级计算机平台的CPU同构计算环境和CPU+MIC异构计算环境为例,重点讨论了CFD应用特点与超级计算机运行环境相适应的性能优化与改进策略,发展了一系列多层次并行与性能... 对多区结构网格大规模CFD流场模拟的高效并行方法进行了研究,以天河超级计算机平台的CPU同构计算环境和CPU+MIC异构计算环境为例,重点讨论了CFD应用特点与超级计算机运行环境相适应的性能优化与改进策略,发展了一系列多层次并行与性能优化方法.通过在天河2高性能计算平台上进行了多个算例的数值模拟,验证了这些优化方法的并行效果;在CPU+MIC异构平台上模拟的最大CFD问题规模达到6800亿个网格单元,共使用137.6万CPU+MIC处理器核,测试结果表明在CPU+MIC异构平台上移植优化后的程序性能提高2.6倍左右,且具有良好的可扩展性. 展开更多
关键词 计算流体力学 多区结构网格 并行计算 天河计算机 CPU+MIC异构计算
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CFD并行计算中的多区结构网格二次剖分方法与实现 被引量:3
4
作者 王勇献 张理论 +3 位作者 刘巍 车永刚 徐传福 王正华 《计算机研究与发展》 EI CSCD 北大核心 2013年第8期1762-1768,共7页
在多区结构网格计算流体动力学(computational fluid dynamics,CFD)并行模拟中,为了与并行计算资源相适应,经常需要对原始流场网格进行二次剖分与区块分组.在对区块分组和网格二次剖分进行了总结综述的基础上,重点提出针对多区结构网格... 在多区结构网格计算流体动力学(computational fluid dynamics,CFD)并行模拟中,为了与并行计算资源相适应,经常需要对原始流场网格进行二次剖分与区块分组.在对区块分组和网格二次剖分进行了总结综述的基础上,重点提出针对多区结构网格二次剖分的两种策略:几何剖分和嵌套二分.基于这两种策略完成了剖分软件工具TH-MeshSplit,可实现初级方式、专业方式和专家方式3种运行方式,为用户在自动化与灵活性方面提供了多样化选择.数值实验结果表明,两种剖分策略及其实现软件可在较短时间内完成复杂的剖分,剖分后的网格在负载平衡性、计算通信比等方面具有更优的性能,从而为后续CFD流场的高效并行加速求解奠定了基础. 展开更多
关键词 并行计算 计算流体力学 多区结构网格 网格二次剖分 TH MeshSplit
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蛋白质结构预测算法的评估
5
作者 王勇献 王正华 张振慧 《计算机工程与科学》 CSCD 2005年第8期62-64,共3页
选取合适的蛋白质结构预测算法的性能评估指标,是直接影响到衡量和比较各种蛋白质结构预测算法优劣的重要问题。本文对目前各种评估指标进行了剖析比较,总结对比了各种评估指标的优缺点,分析了其相互之间的联系与区别,并结合神经网络建... 选取合适的蛋白质结构预测算法的性能评估指标,是直接影响到衡量和比较各种蛋白质结构预测算法优劣的重要问题。本文对目前各种评估指标进行了剖析比较,总结对比了各种评估指标的优缺点,分析了其相互之间的联系与区别,并结合神经网络建模,提出各种评估指标的适用范围与使用原则。 展开更多
关键词 蛋白质结构预测 性能评估 生物信息学
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后基因组时代生物信息学的新进展 被引量:13
6
作者 孙有平 王正华 王勇献 《国防科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2003年第1期1-6,44,共7页
生物信息学是近年来综合生命科学与信息科学而迅速发展起来的一门新兴交叉学科。对后基因组时代生物信息学的几个热点研究方向进行了概述,介绍了当前一组有影响的代表性工作,初步分析了各种研究的技术特点与适用范围,并对今后的研究作... 生物信息学是近年来综合生命科学与信息科学而迅速发展起来的一门新兴交叉学科。对后基因组时代生物信息学的几个热点研究方向进行了概述,介绍了当前一组有影响的代表性工作,初步分析了各种研究的技术特点与适用范围,并对今后的研究作了展望,提出了亟待解决的一些关键问题。 展开更多
关键词 生物信息学 基因组信息学 蛋白质组信息学 后基因组时代
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天河超级计算机上超大规模高精度计算流体力学并行计算研究进展 被引量:8
7
作者 徐传福 车永刚 +2 位作者 李大力 王勇献 王正华 《计算机工程与科学》 CSCD 北大核心 2020年第10期1815-1826,共12页
高性能计算(HPC)技术的迅猛发展为大规模复杂计算流体力学(CFD)应用提供了重要支撑。近年来,“通用处理器+众核加速器”的异构体系结构已成为研制超大规模高性能计算机的重要技术途径之一。异构高性能计算机不仅包含海量的异构处理器核... 高性能计算(HPC)技术的迅猛发展为大规模复杂计算流体力学(CFD)应用提供了重要支撑。近年来,“通用处理器+众核加速器”的异构体系结构已成为研制超大规模高性能计算机的重要技术途径之一。异构高性能计算机不仅包含海量的异构处理器核,同时具有异构存储层次、通信方式和编程环境,极大增加了CFD等并行应用开发、优化的难度。国防科技大学是我国高性能计算机系统研制与应用开发的基地,长期以来,学校CFD应用软件团队依托天河/银河系列超级计算机开展了超大规模复杂CFD并行计算和性能优化研究,突破了异构协同并行计算等一系列关键技术,初步实现了HPC与CFD的深度融合,有力支撑了我国几套重要的In-house CFD软件在天河/银河系列超级计算机上的高效超大规模并行应用。归纳总结了天河超级计算机上超大规模高精度CFD并行计算研究进展,并对未来E级超级计算机上CFD并行应用开发进行了分析展望。 展开更多
关键词 计算流体力学 并行计算 天河超级计算机
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一种基于KEGG数据库重构代谢网络的新方法 被引量:6
8
作者 周婷婷 容健锋 +3 位作者 王正华 董蕴源 王勇献 朱云平 《计算机工程与科学》 CSCD 北大核心 2010年第8期104-107,111,共5页
从代谢物、酶和生化反应信息重新构建正确的代谢网络是各项代谢网络相关研究非常关键的第一步。针对以往重构方法存在的数据难以及时更新、数据有冗余、获取数据慢等问题,本文采用分而治之的递归策略,提出了一种基于KEGG数据库自下而上... 从代谢物、酶和生化反应信息重新构建正确的代谢网络是各项代谢网络相关研究非常关键的第一步。针对以往重构方法存在的数据难以及时更新、数据有冗余、获取数据慢等问题,本文采用分而治之的递归策略,提出了一种基于KEGG数据库自下而上重构全物种代谢网络的新方法。与以前的方法相比,本方法的优点在于:使用KEGG的Web服务获取数据,以保证数据的准确性和及时更新;依靠KEGG/PATHWAY库的数据选择机制选取数据,以保证构建网络的数据无冗余;整个方法基于Java实现,保证程序的跨平台通用性;通过构建MySQL本地数据库将远程数据本地化,大大降低数据读取的时耗。评估结果显示,该方法不仅能够保证重建网络数据的准确性和及时更新,而且有效地提高了多物种多次重构情况下的网络重构效率。 展开更多
关键词 代谢网络 网络构建 KEGG数据库 WEB服务 MYSQL
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一个结构网格并行CFD程序的单机性能优化 被引量:3
9
作者 车永刚 张理论 +4 位作者 王勇献 徐传福 刘巍 王正华 刘化勇 《计算机科学》 CSCD 北大核心 2013年第3期116-120,共5页
从单机性能优化角度对一个高阶精度结构网格CFD并行程序进行了优化。通过识别关键变量并对其进行常量参数化优化,使编译器能够实现更高级别的针对性优化;根据程序数据结构特点及访问模式,设计了分级数据缓存技术,使程序主要计算代码能... 从单机性能优化角度对一个高阶精度结构网格CFD并行程序进行了优化。通过识别关键变量并对其进行常量参数化优化,使编译器能够实现更高级别的针对性优化;根据程序数据结构特点及访问模式,设计了分级数据缓存技术,使程序主要计算代码能够以更优的方式访问主要数据结构,提高了访存空间局部性;进行了各种循环变换,以优化访存性能。在国家超算长沙中心"Tianhe-1A"并行机上的测试结果表明,相对于采用Intel编译器最高优化级别的版本,其对100万网格点二维翼型算例,串行程序性能提高约22.2%~28.9%;对1.12亿网格点三角翼算例,并行程序性能提高约13.9%~20.2%。 展开更多
关键词 CFD并行计算 单机性能优化 关键变量参数化 分级数据缓存
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Intel多核与集成众核上CFD程序的OpenMP性能分析 被引量:2
10
作者 车永刚 张理论 +2 位作者 王勇献 徐传福 程兴华 《计算机科学与探索》 CSCD 北大核心 2015年第10期1153-1162,共10页
多核与众核已成为当前主流的高性能计算体系结构,Open MP编程是开发其并行计算能力的主要手段之一。针对一个实际高阶精度结构网格CFD(computational fluids dynamics)应用程序,采用基于硬件计数器的性能测试和模型分析的方法,系统地研... 多核与众核已成为当前主流的高性能计算体系结构,Open MP编程是开发其并行计算能力的主要手段之一。针对一个实际高阶精度结构网格CFD(computational fluids dynamics)应用程序,采用基于硬件计数器的性能测试和模型分析的方法,系统地研究了其在Intel Xeon E5 Sandy Bridge多核处理器和Intel Knights Corner集成众核协处理器上的Open MP性能。重点分析了Open MP库开销、线程负载均衡性、主存访问带宽对性能的影响,发现因Open MP并行引入的冗余计算对并行效率影响很小,但串行计算部分和负载不均衡性对并行效率影响大,主存访问带宽对浮点性能的影响大。还比较了该程序两种体系结构上的性能差异,讨论了性能进一步优化的方向。 展开更多
关键词 多核 集成众核 CFD应用程序 OPEN MP 性能分析
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提高近场精度的海洋声学快速场改进模型 被引量:3
11
作者 刘巍 肖汶斌 +2 位作者 程兴华 王勇献 张理论 《国防科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第6期168-174,共7页
为了提高海洋声学快速场模型在近场区域的计算精度,分析了影响经典快速场模型精度的因素,主要包括Bessel函数近似、忽略内行波项以及在水平距离最远处波数采样率过低,这些因素导致快速场模型近场误差较大、远场水平距离最远处结果不正确... 为了提高海洋声学快速场模型在近场区域的计算精度,分析了影响经典快速场模型精度的因素,主要包括Bessel函数近似、忽略内行波项以及在水平距离最远处波数采样率过低,这些因素导致快速场模型近场误差较大、远场水平距离最远处结果不正确(计算结束后需要去除水平距离后段的声场)。提出能够提高经典快速场模型近场计算精度的改进模型,改进部分主要是采用保留内行波项的近似Bessel函数,再将近场上下两个基于声源点与对称轴的三角形区域用波数积分解(使用精确Bessel函数)覆盖。算例测试结果表明:与经典快速场模型相比,改进模型可在绝对时间增加较少的情况下,显著提高近场计算精度,综合性能更优;与波数积分法相比,改进模型在误差为同量级的情况下,积分时间大幅降低,实际应用价值更高。 展开更多
关键词 海洋声学 快速场 波数积分
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蛋白质相互作用网络的几种聚类方法综述 被引量:3
12
作者 王正华 董蕴源 王勇献 《国防科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2009年第4期81-86,共6页
蛋白质相互作用网络是后基因组时代系统生物学研究的重要内容。针对蛋白质相互作用网络中的聚类问题,介绍了几种代表性的聚类分析方法,初步分析了这些方法的特点,指出了当前研究工作的困难与挑战,并对今后的研究方向作了展望。
关键词 蛋白质相互作用网络 谱聚类 信息流模拟聚类 整体聚类
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利用分组重量编码预测细胞凋亡蛋白的亚细胞定位 被引量:5
13
作者 张振慧 王正华 王勇献 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期275-282,共8页
从氨基酸的物化特性出发,利用物理学中“粗粒化”和“分组”的思想,提出了一种新的蛋白质序列特征提取方法——分组重量编码方法。采用组分耦合算法作为分类器,从蛋白质一级序列出发对细胞凋亡蛋白的亚细胞定位进行研究。针对Zhou和Doc... 从氨基酸的物化特性出发,利用物理学中“粗粒化”和“分组”的思想,提出了一种新的蛋白质序列特征提取方法——分组重量编码方法。采用组分耦合算法作为分类器,从蛋白质一级序列出发对细胞凋亡蛋白的亚细胞定位进行研究。针对Zhou和Doctor使用的数据集,Re-substitution和Jackknife检验总体预测精度分别为98.0%和85.7%,比基于氨基酸组成和组分耦合算法的总体预测精度提高了7.2%和13.2%;针对陈颖丽和李前忠使用的数据集,Re-substitution和Jackknife检验总体预测精度分别为94.0%和80.1%,比基于二肽组成和离散增量算法的总体预测精度提高了5.9%和2.0%。针对我们自己整理的最新数据集,通过Re-substitution和Jackknife检验,总体预测精度分别为97.33%和75.11%。实验结果表明蛋白质序列的分组重量编码对于细胞凋亡蛋白的定位研究是一种有效的特征提取方法。 展开更多
关键词 分组重量编码 凋亡蛋白 组分耦合算法
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异构盘阵中最优Stripe Unit Size选择技术 被引量:1
14
作者 刘军 杨学军 +1 位作者 唐玉华 王勇献 《计算机学报》 EI CSCD 北大核心 2004年第6期819-827,共9页
缓解计算机IO子系统瓶颈的有效手段是采用磁盘阵列 .配置时 ,SUS(StripeUnitSize)的选择对盘阵性能的影响非常关键 ,而以往对异构盘阵的SUS的选择研究较少 .该文推导出了确定异构盘阵最优SUS的方程 ,具体工作如下 :首先 ,该文采用close... 缓解计算机IO子系统瓶颈的有效手段是采用磁盘阵列 .配置时 ,SUS(StripeUnitSize)的选择对盘阵性能的影响非常关键 ,而以往对异构盘阵的SUS的选择研究较少 .该文推导出了确定异构盘阵最优SUS的方程 ,具体工作如下 :首先 ,该文采用close队列网络模型来描述异构盘阵负载 ;然后 ,从该模型推导出系统数据传输率解析表达式 .根据该表达式和异构盘阵中设备的特性 ,可求出使传输率最大的SUS .最后 ,研究中进行了大量的模拟试验 .模拟试验表明在并发的进程数大于 10时 ,所推导的结论与模拟结果非常吻合 . 展开更多
关键词 异构盘阵 磁盘性能 最优Stripe UNIT Size选择技术 磁盘阵列 close队列网络模型 模拟试验
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基于相互作用的蛋白质功能预测 被引量:2
15
作者 王正华 王秀鹤 +1 位作者 王勇献 张振慧 《激光生物学报》 CAS CSCD 2007年第4期390-393,共4页
蛋白质功能预测是后基因时代研究的热点问题。基于相互作用的蛋白质功能预测方法目前应用比较广泛,但是当"伙伴蛋白质"(interacting partners)数目k较小时,其预测准确率不高。从蛋白质相互作用网络入手,结合"小世界网络&... 蛋白质功能预测是后基因时代研究的热点问题。基于相互作用的蛋白质功能预测方法目前应用比较广泛,但是当"伙伴蛋白质"(interacting partners)数目k较小时,其预测准确率不高。从蛋白质相互作用网络入手,结合"小世界网络"特性,有效解决了k较小时预测准确率不高的问题。对酵母(Saccharomyces cerevisiae)蛋白质的相互作用网络进行预测,当k≤4时其预测准确率比相同条件下的GO(global optimization)方法有一定提高。实验结果表明:该方法能够有效的应用于伙伴蛋白质数目较小时的蛋白质功能预测。 展开更多
关键词 蛋白质功能预测 蛋白质相互作用 小世界网络
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利用基于Normal矩阵的谱平分法挖掘酵母蛋白质相互作用网络中的社团 被引量:3
16
作者 董蕴源 王正华 王勇献 《激光生物学报》 CAS CSCD 2008年第1期13-18,共6页
蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络是生物网络的重要组成部分,也是后基因组时代的热点研究问题。揭示PPI网络中的社团结构,对于理解其复杂相互作用的结构和动态特征,了解活体细胞的结构和功能都有很大作用。... 蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络是生物网络的重要组成部分,也是后基因组时代的热点研究问题。揭示PPI网络中的社团结构,对于理解其复杂相互作用的结构和动态特征,了解活体细胞的结构和功能都有很大作用。但目前对于PPI网络结构的分析带有很强的试探性,还没有成熟可靠的方法。传统的谱平分法需要预先知道社团的个数,为了克服这一缺点,在无向无权的PPI网络中使用改进后的基于Normal矩阵的谱平分法,得到了55个有生物学意义的社团。实验结果表明:尽管PPI网络中的社团结构不是很明显,基于Normal矩阵的谱平分法依然可以有效地挖掘出其中具有生物学意义的社团结构。 展开更多
关键词 PPI网络 社团结构 谱平分法
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声场波数积分最大截止波数自动选取算法 被引量:1
17
作者 刘巍 肖汶斌 +2 位作者 程兴华 王勇献 张理论 《国防科技大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2019年第4期177-181,共5页
为了提高声场波数积分传递函数矩阵法的计算稳定性与精确性,提出基于预估-校正思想的最大截止波数自动选取算法,具有简单可靠、附带计算量小的优点。自由空间球面波算例测试结果表明,传递函数自下而上(单向)求解顺序的计算稳定性相对较... 为了提高声场波数积分传递函数矩阵法的计算稳定性与精确性,提出基于预估-校正思想的最大截止波数自动选取算法,具有简单可靠、附带计算量小的优点。自由空间球面波算例测试结果表明,传递函数自下而上(单向)求解顺序的计算稳定性相对较差,在声源上方易出现积分核函数非物理发散,需要在不同深度上采用不同的截止波数才能计算出正确结果;而上下对进(双向)求解顺序的计算稳定性与计算精度均较高。 展开更多
关键词 水声传播 波数积分 截止波数 计算稳定性
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一种预测细胞凋亡蛋白的亚细胞定位的新方法 被引量:2
18
作者 张振慧 王勇献 王正华 《激光生物学报》 CAS CSCD 2007年第2期249-252,F0003,共5页
细胞凋亡蛋白对生物体的发育、维持内环境稳定及人们理解细胞凋亡机制非常重要。文中提出了一种新的蛋白质序列特征提取方法—三肽离散源方法。计算了蛋白质序列中紧邻三联体的出现个数,利用离散增量极小化对凋亡蛋白进行定位预测;同时... 细胞凋亡蛋白对生物体的发育、维持内环境稳定及人们理解细胞凋亡机制非常重要。文中提出了一种新的蛋白质序列特征提取方法—三肽离散源方法。计算了蛋白质序列中紧邻三联体的出现个数,利用离散增量极小化对凋亡蛋白进行定位预测;同时推广了张春霆等提出的内容平衡精度指数,使其能评估任意类的分类问题。实验结果表明:在凋亡蛋白定位预测研究中,三肽离散源方法在提高总体预测精度的同时,能够较好的解决样本不均衡问题;而内容平衡精度指数能比传统的总体预测精度更准确的评估预测算法的预测能力,有效的反映预测算法对样本不均衡问题的相容能力。 展开更多
关键词 细胞凋亡蛋白 亚细胞定位 三肽组成 离散增量
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使用多特征联合变量的支持向量机方法预测外膜蛋白 被引量:1
19
作者 邹凌云 王正志 王勇献 《生物工程学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第4期651-658,共8页
外膜蛋白(Outer Membrane Proteins,OMPs)是一类具有重要生物功能的蛋白质,通过生物信息学方法来预测OMPs能够为预测OMPs的二级和三级结构以及在基因组发现新的OMPs提供帮助。文中提出计算蛋白质序列的氨基酸含量特征、二肽含量特征和... 外膜蛋白(Outer Membrane Proteins,OMPs)是一类具有重要生物功能的蛋白质,通过生物信息学方法来预测OMPs能够为预测OMPs的二级和三级结构以及在基因组发现新的OMPs提供帮助。文中提出计算蛋白质序列的氨基酸含量特征、二肽含量特征和加权多阶氨基酸残基指数相关系数特征,将三类特征组合,采用支持向量机(Support Vector Machine,SVM)算法来识别OMPs。计算了包括四种残基指数的多种组合特征的识别结果,并且讨论了相关系数的阶次和权值对预测性能的影响。在数据集上的十倍交叉验证测试和独立性测试结果显示,组合特征识别方法对OMPs和非OMPs的识别精度最高分别达到96.96%和97.33%,优于现有的多种方法。在五种细菌基因组内识别OMPs的结果显示,组合特征方法具有很高的特异性,并且对PDB数据库中已知结构的OMPs识别准确度超过99%。表明该方法能够作为基因组内筛选OMPs的有效工具。 展开更多
关键词 外膜蛋白 联合特征 氨基酸指数 相关系数 支持向量机
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蛋白质的分组重量编码及在结构型预测的应用 被引量:1
20
作者 张振慧 王正华 王勇献 《计算机工程与应用》 CSCD 北大核心 2007年第7期38-40,89,共4页
从氨基酸的物化特性出发,利用物理学中“粗粒化”思想,提出了一种蛋白质序列的分组重量编码方法(Encoding Basedon Grouped Weight,简记为EBGW),并结合组分耦联算法进行结构型预测的研究。对标准集T359中359个蛋白质的Resubstitution检... 从氨基酸的物化特性出发,利用物理学中“粗粒化”思想,提出了一种蛋白质序列的分组重量编码方法(Encoding Basedon Grouped Weight,简记为EBGW),并结合组分耦联算法进行结构型预测的研究。对标准集T359中359个蛋白质的Resubstitution检验和Jack-knife检验预测准确性分别达到99.72%和91.09%,其中Jack-knife检验总体预测精度比相同条件下采用氨基酸组成编码的方法提高了约7%,特别是α+β类的预测精度提高了15%。实验结果表明蛋白质序列的EBGW编码方法能够有效地提取字母序列中蕴含的结构信息。 展开更多
关键词 蛋白质序列 特征序列 组分耦联算法 结构型
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