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Neuritin结构组成分析及其相互作用蛋白生物信息学预测 被引量：2
1
作者 李煜 孟平平 +4 位作者 王宿洁 朱礼彦 朱金辉 陈仁伟 杨磊 《石河子大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2023年第1期87-92,共6页
目的对Neuritin的理化性质及结构组成,蛋白质相互作用网络进行生物信息学预测分析,为进一步研究Neuritin的功能和作用机制提供新的思路与方向。方法应用Protscale和ProtParam、TMHMM、SignalP、PSORTⅡ、NetNGlyc、NetOGlyc和Netphos等... 目的对Neuritin的理化性质及结构组成,蛋白质相互作用网络进行生物信息学预测分析,为进一步研究Neuritin的功能和作用机制提供新的思路与方向。方法应用Protscale和ProtParam、TMHMM、SignalP、PSORTⅡ、NetNGlyc、NetOGlyc和Netphos等软件,分析Neuritin的理化性质、跨膜结构、信号肽结构、亚细胞定位以及翻译后修饰位点;利用Protean、tFold以及AlaphFold等软件和数据库,分析Neuritin的二级和三级结构;同时,利用STRING数据库构建Neuritin蛋白质相互作用网络。结果Neuritin的相对分子质量为15332.77,理论等电点(PI)为6.54。不稳定系数27.26,属于较稳定蛋白;脂肪系数98.31;总平均亲水性0.208,属于疏水性蛋白;Neuritin表达产物N端27个氨基酸为信号肽,C端27个氨基酸为GPI锚定序列,为跨膜区;其亚细胞定位及可能性分别为胞外(34.8%)、细胞膜(34.8%)、内质网(17.4%)及高尔基体(13.0%);无N糖基化及O糖基化位点,存在11个磷酸化位点;由5段α-螺旋构成其主体结构;相互作用蛋白网络包括离子型谷氨酸受体AMPA(Gria)家族、嗅觉介导素(Olfm)家族等10个蛋白。结论Neuritin为经典的分泌蛋白,具有多个磷酸化氨基酸残基的潜在位点,整体呈现疏水性质,可能通过Gria蛋白家族发挥兴奋性突触传递作用,通过Cacng2蛋白调控胞内钙通路产生生物学效应,本研究为进一步探讨Neuritin的功能及发挥作用的机制提供了依据。 展开更多
关键词 NEURITIN 理化性质 结构预测 蛋白质相互作用网络 生物信息学
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重组人Neuritin蛋白生物学活性的定量分析方法 被引量：1
2
作者 王宿洁 宋丹丹 +4 位作者 李煜 孟平平 朱金辉 朱礼彦 黄瑾 《石河子大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2022年第5期611-619,共9页
目的建立一种快速高效地定量评价重组人Neuritin(rhNeuritin)蛋白生物学活性的新方法。方法首先建立小鼠海马神经元细胞(HT22细胞)维持培养条件。在此条件下,明确rhNeuritin蛋白作用于HT22细胞的最佳检测时间。根据11组不同浓度梯度的rh... 目的建立一种快速高效地定量评价重组人Neuritin(rhNeuritin)蛋白生物学活性的新方法。方法首先建立小鼠海马神经元细胞(HT22细胞)维持培养条件。在此条件下,明确rhNeuritin蛋白作用于HT22细胞的最佳检测时间。根据11组不同浓度梯度的rhNeuritin蛋白对HT22细胞存活的影响,建立标准品rhNeuritin蛋白与HT22细胞存活的量效关系曲线;并确定rhNeuritin蛋白的检测范围。在rhNeuritin蛋白的检测限内,根据标准品rhNeuritin蛋白与HT22细胞存活之间的量效关系的拟合曲线,制订标准品蛋白的活性单位,建立了针对rhNeuritin蛋白生物学活性的评价体系。利用两批测试品rhNeuritin蛋白,对该方法的重复性和准确性进行了验证。结果HT22细胞的维持培养液的浓度为0.4%FBS,rhNeuritin蛋白作用于HT22细胞的最佳检测时间为72 h,rhNeuritin蛋白浓度在62.5~1000 ng·mL^(-1)的检测限内,HT22细胞的存活与rhNeuritin蛋白的浓度呈正相关。在rhNeuritin蛋白的检测线内,拟定标准品的EC50为一个活性单位。两组测试品rhNeuritin蛋白的量效关系曲线与标准品呈现相同趋势,3者R 2均大于0.9,说明该方法的重复性很好。通过拟订的标准品的活性单位,计算得到500 ng·mL^(-1)时测试品1和测试品2的活性单位分别为1.059、1.069,而实验实际测得测试品1和测试品2的活性单位分别为1.074和1.088,与测定的活性单位相比,两组测试品计算得到的活性单位的误差小于2%,说明该实验方法具有较好的准确性。结论成功建立了重组人Neuritin蛋白的定量检测方法,并制定了明确的活性单位。 展开更多
关键词 重组人Neuritin蛋白 小鼠海马神经元HT22细胞 细胞存活率 活性单位
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年龄相关性听力损失核心基因的筛选及生物信息学分析
3
作者 张雪 宋银 +4 位作者 孙嘉伟 汪海燕 王宿洁 黄瑾 杨磊 《石河子大学学报（自然科学版）》 CAS 北大核心 2021年第6期755-761,共7页
目的筛选年龄相关性听力损失的核心基因,为其早期诊断寻找新的分子靶标。方法从高通量基因表达数据库中搜索出3个年龄相关性听力损失的基因芯片,利用R语言的LIMMA包对其进行差异表达基因分析,筛选标准为P<0.05和|logFC|>0.5。通过... 目的筛选年龄相关性听力损失的核心基因,为其早期诊断寻找新的分子靶标。方法从高通量基因表达数据库中搜索出3个年龄相关性听力损失的基因芯片,利用R语言的LIMMA包对其进行差异表达基因分析,筛选标准为P<0.05和|logFC|>0.5。通过STRING数据库从表达下调的基因中富集出核心基因并使用KEGG富集核心基因的下游信号通路。使用miRDB数据库预测调控核心基因的miRNA。结果从3个基因芯片GSE6045,GSE62173和GSE35234共筛选出109个上调基因和121个下调基因。从121个下调基因中富集出10个核心基因:Col3a1,Col1a2,Sparc,Col4a2,Col2a1,Postn,Col5a2,Lox,Acan和Ctgf。KEGG通路富集中col家族基因富集于与年龄相关性听力损失有关的信号通路:Protein digestion and absorption,ECM-receptor interactions,PI3K-Akt,Focal adhesion。使用miRDB数据库预测到两个调控核心基因的重要miRNA即miR-29a-3p,miR-29c-3p。结论筛选出10个在年龄相关性听力损失中下调的核心基因Col3a1,Col1a2,Sparc,Col4a2,Col2a1,Postn,Col5a2,Lox,Acan和Ctgf。其中Col3a1,Col4a2,Col2a1,Col5a2受miR-29a-3p,miR-29c-3p调控并通过Protein digestion and absorption,ECM-receptor interactions,PI3K-Akt,Focal adhesion通路发挥作用。 展开更多
关键词 年龄相关听力损失 生物信息学 核心基因 MICRORNA
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