为了深入了解大额牛瘤胃细菌CMC-1蛋白的结构和功能,试验利用ProtParam、TMHMM Server 2.0、ProtScale、NCBI Conserved Domains、SignalP 5.0、TargetP、PSORTⅡserver、SOPMA、SWISS-MODEL、NCBI protein BLASTp和MEGA 7.0等在线工具...为了深入了解大额牛瘤胃细菌CMC-1蛋白的结构和功能,试验利用ProtParam、TMHMM Server 2.0、ProtScale、NCBI Conserved Domains、SignalP 5.0、TargetP、PSORTⅡserver、SOPMA、SWISS-MODEL、NCBI protein BLASTp和MEGA 7.0等在线工具和软件,对CMC-1蛋白的理化性质、跨膜区、亲水性/疏水性、结构域、信号肽及亚细胞定位、二级结构、三级结构、系统进化等内容进行分析。结果表明:CMC-1蛋白的相对分子质量为47 026.01,理论等电点为5.68,带负电荷的残基总数为49个,带正电荷的残基总数为41个,估计半衰期为100 h,属于亲水型稳定的跨膜脂蛋白,定位于线粒体中,含有一个主要由α-螺旋、无规则卷曲、扩展链、β-转角组成的保守结构域,三级结构同源建模有较高的置信度;CMC-1蛋白在进化树中独立成支,与普雷沃氏菌科细菌HUN156糖苷水解酶家族5中的纤维素酶蛋白同源性较高。说明CMC-1蛋白是与普雷沃氏菌科细菌HUN156纤维素酶蛋白有较高亲缘关系的亲水型跨膜脂蛋白,可能来源于一个新的微生物种或一个新的纤维素酶基因。展开更多
