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人类基因同义密码子偏好的特征以及与基因GC含量的关系 被引量:63
1
作者 石秀凡 黄京飞 +1 位作者 柳树群 刘次全 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第3期411-414,共4页
对人类的 72 8个基因 ,按其编码区中GC的含量分成四组 (从GC <0 4 3到GC >0 5 8) ,分别考察了这四组样本对同义密码子偏好的特征 ,发现在全部样本中都呈现NTG (N代表四种碱基中的任一种 )特受偏爱和NCG尽量避免的特征 .基因环境... 对人类的 72 8个基因 ,按其编码区中GC的含量分成四组 (从GC <0 4 3到GC >0 5 8) ,分别考察了这四组样本对同义密码子偏好的特征 ,发现在全部样本中都呈现NTG (N代表四种碱基中的任一种 )特受偏爱和NCG尽量避免的特征 .基因环境中GC含量与C3/G3含量 (密码子第三位C和G的含量 )的相关分析 ,以及四组样本对密码子的偏好都支持以C结尾的密码子在编码中有特殊的优势 ,这种优势有利于保证翻译的准确性 .还考察了各种氨基酸含量随编码区GC含量不同而变化的趋势 . 展开更多
关键词 C结尾密码子 NTG密码子 GC含量 人类基因 同义密码子偏好
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进化中的选择原理 被引量:1
2
作者 石秀凡 徐军 《Zoological Research》 CAS CSCD 1993年第S1期148-152,共5页
本文简要介绍了在过去几十年中非平衡统计物理研究有序现象的新概念及其在探讨进化问题中的应用和意义。
关键词 进化 选择原理 非平衡态
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嗜盐菌中的类视紫红质蛋白
3
作者 石秀凡 胡坤生 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 1990年第3期194-197,176,共5页
本文简要综述了在嗜盐菌中发现的四种含视黄醛的膜蛋白:bR,hR,sR-Ⅰ和sR-Ⅱ;着重介绍了对它们的结构和功能的研究状况,同时展示了这四种蛋白质在结构和功能方面的相似之处。
关键词 嗜盐菌 细菌视紫红质 膜蛋白
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小分子对大分子反应的控制作用
4
作者 石秀凡 徐军 《Zoological Research》 CAS CSCD 1993年第S1期153-154,83,共3页
生物体系中各种大分子的反应无一例外地都涉及多种小分子的参与。这些小分子,如小肽、有机小分子和无机离子等,在大分子的反应中是不可缺的,有些对反应的进程起着关键性作用。小分子究竟从哪些方面影响或控制大分子的反应进程?
关键词 反应控制 反应度 化学平衡
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四链DNA(loopG4)螺旋结构的计算机模拟
5
作者 石秀凡 刘次全 赵津石 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 1999年第1期112-119,共8页
对包含连续鸟嘌呤的寡核苷酸所形成两种反平行四链DNA(统称loopG4)的螺旋体部分进行了计算机模拟,给出了各种结构参数,发现loopG4中的磷酸基团呈疏密相间的分布,导致与其抗衡的K+亦呈疏密相间的分布。与先前做的... 对包含连续鸟嘌呤的寡核苷酸所形成两种反平行四链DNA(统称loopG4)的螺旋体部分进行了计算机模拟,给出了各种结构参数,发现loopG4中的磷酸基团呈疏密相间的分布,导致与其抗衡的K+亦呈疏密相间的分布。与先前做的平行四链DNA相比较,平行G4的构象能最低,二沟G4和三沟G4次之。loopG4中G四聚体的两种不同堆积方式以背对背的堆积能为低,为实验结果提供了理论支持。还探讨了能量优化过程中G4-DNA的构象变化趋势。 展开更多
关键词 四链DNA G4分子构型 能量优化 计算机模拟
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酵母内含子在基因序列中的分布对基因转录效率的影响 被引量:10
6
作者 张静 石秀凡 杨恒芬 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第6期945-949,共5页
对酵母中高效转录和低效转录基因内含子序列寡核苷酸使用情况的对照分析 ,显示两类内含子的序列结构有差异 ,并且高效转录基因内含子序列含有较多潜在的转录因子结合位点 ,由此推测内含子可能参与基因转录的调控 .这个结论有待更多的数... 对酵母中高效转录和低效转录基因内含子序列寡核苷酸使用情况的对照分析 ,显示两类内含子的序列结构有差异 ,并且高效转录基因内含子序列含有较多潜在的转录因子结合位点 ,由此推测内含子可能参与基因转录的调控 .这个结论有待更多的数据证实 .对内含子和外显子在两组基因序列中的分布 (长度、位置等 )进行详细比较分析后显示 ,高效转录基因内含子和低效转录基因内含子的长度有比较明显的界限 .两组基因中外显子长度的均值虽然有些差异 ,却没有明显的界限 .基因序列长度与外显子长度的情况相似 .虽然内含子的相对位置在两类基因中都很靠近 5′端 ,但是从实际位置看 ,高效转录基因中比较多的内含子很靠近基因的 5′端 ,有些则位于 5′ UTR区域 .这些结果提示 ,基因的转录效率与内含子的长度有关 ,与外显子及基因序列的长度无关 ,内含子的位置也可能影响转录效率 ,内含子对基因转录的调控可能与基因上游的转录调控有关联 。 展开更多
关键词 酵母 基因转录频率 内含子长度 内含子位置 基因序列 基因转录
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大肠杆菌基因中密码子前后碱基的使用与蛋白质结构 被引量:6
7
作者 张静 顾宝洪 +1 位作者 石秀凡 刘次全 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第1期174-180,共7页
对一组E.coli基因中编码蛋白质各类二级结构 (α -螺旋、β-折叠片、无规卷曲和回折 )的密码子前后碱基的使用情况进行统计分析和比较 ,发现一些密码子前后碱基的使用有偏向 ,而且这些偏向与蛋白质的二级结构有关联。这同时亦表明 ,E.c... 对一组E.coli基因中编码蛋白质各类二级结构 (α -螺旋、β-折叠片、无规卷曲和回折 )的密码子前后碱基的使用情况进行统计分析和比较 ,发现一些密码子前后碱基的使用有偏向 ,而且这些偏向与蛋白质的二级结构有关联。这同时亦表明 ,E.coli基因中同义密码子的选用与蛋白质的二级结构有一些关联。模型对于蛋白质结构预测算法的改进以及基因工程的研究有辅助作用。 展开更多
关键词 蛋白质二级结构 MRNA 密码子 前后碱基 使用偏向 同义密码子 大肠杆菌 基因
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人基因中密码子前后碱基使用与蛋白质结构 被引量:5
8
作者 张静 顾宝洪 +2 位作者 石秀凡 柳树群 刘次全 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第4期769-774,共6页
对62个人基因中编码蛋白质各类二级结构 (α -螺旋、β-折叠片、无规卷曲和回折 )的密码子前后碱基的使用情况进行统计分析和比较 ,发现多数密码子前后碱基的使用有一定偏向 ,而且这些偏向与蛋白质的二级结构有关联。这同时亦提示 ,同... 对62个人基因中编码蛋白质各类二级结构 (α -螺旋、β-折叠片、无规卷曲和回折 )的密码子前后碱基的使用情况进行统计分析和比较 ,发现多数密码子前后碱基的使用有一定偏向 ,而且这些偏向与蛋白质的二级结构有关联。这同时亦提示 ,同义密码子的选用与蛋白质的二级结构有一些关联。结果对于蛋白质结构预测算法以及基因工程的研究有辅助作用。 展开更多
关键词 蛋白质二级结构 MRNA 密码子前后碱基使用偏向 同义密码子
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酵母基因中转录正调控内含子序列特征的统计分析 被引量:11
9
作者 张静 石秀凡 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2003年第2期231-238,共8页
大量实验研究显示 ,真核基因的许多内含子具有调控转录的功能 ,但是对此问题尚缺乏全面的研究 .观察一些酵母基因的转录频率与基因的内含子序列后 ,发现一个值得注意的现象 :转录频率高的基因内含子序列一般都比较长 ,而转录频率低的基... 大量实验研究显示 ,真核基因的许多内含子具有调控转录的功能 ,但是对此问题尚缺乏全面的研究 .观察一些酵母基因的转录频率与基因的内含子序列后 ,发现一个值得注意的现象 :转录频率高的基因内含子序列一般都比较长 ,而转录频率低的基因内含子一般都比较短 .这提示高效转录基因的较长内含子中可能含有某些增强基因转录的特征性结构 .于是选取两组酵母基因的内含子进行详细研究 ,第一组的基因具有较高的转录频率 (>30 ) ,第二组的基因转录频率较低 (≤ 10 ) .对寡核苷酸 (主要是四核苷酸、五核苷酸 )的出现频率进行统计比较分析 ,探测到一批寡核苷酸 ,它们在第一组内含子中出现的频率显著高于在第二组内含子中出现的频率 ,同时也显著高于与第一组内含子相邻的外显子中的出现频率 .其中一些寡核苷酸与实验研究得到的转录调控元件相同 .从这批寡核苷酸在内含子和外显子序列中的分布看 。 展开更多
关键词 酵母基因 转录 正调控 内含子 序列特征 基因转录频率 寡核苷酸出现频率
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用神经网络法预测膜蛋白RH和BR的二级结构 被引量:5
10
作者 陈润生 王化军 +1 位作者 倪向善 石秀凡 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 1990年第2期267-270,共4页
膜蛋白的结构预测目前还十分困难.本文以两个典型的膜蛋白为选材,用神经网络方法对其二级结构做了预测.预测结果与实验资料的符合率与该方法用于球蛋白时的结果一致,因此是较好的.鉴于目前还没有人将此方法用于膜蛋白的结构预测.我们拟... 膜蛋白的结构预测目前还十分困难.本文以两个典型的膜蛋白为选材,用神经网络方法对其二级结构做了预测.预测结果与实验资料的符合率与该方法用于球蛋白时的结果一致,因此是较好的.鉴于目前还没有人将此方法用于膜蛋白的结构预测.我们拟进一步发展此方法. 展开更多
关键词 膜蛋白 RH BR 二级结构 神经网络法
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不具有3-碱基周期性的编码序列初探 被引量:7
11
作者 张静 石秀凡 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第2期267-272,共6页
对 12 0个较短编码序列 (<12 0 0bp)的Fourier频谱进行分析表明 ,3 碱基周期性在短编码序列中并不是绝对存在的 .统计分析提示 ,编码序列有无 3 碱基周期性与序列的碱基组成和分布、所编码蛋白质氨基酸的选用和顺序以及同义密码子的... 对 12 0个较短编码序列 (<12 0 0bp)的Fourier频谱进行分析表明 ,3 碱基周期性在短编码序列中并不是绝对存在的 .统计分析提示 ,编码序列有无 3 碱基周期性与序列的碱基组成和分布、所编码蛋白质氨基酸的选用和顺序以及同义密码子的使用都有一定的关系 .一般地 ,非周期 3序列中A +U含量高于G +C含量 ,周期 3序列的情况则相反 ;非周期 3序列中碱基在密码子三个位点上的分布比周期 3序列中的分布均匀 ;非周期 3序列密码子和氨基酸的使用偏向没有周期 3序列的大 .在利用Fourier分析方法预测DNA序列中的基因和外显子时 。 展开更多
关键词 编码序列 FOURIER分析 3-碱基周期性 非3-碱基周期性
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细菌视紫红质的构象模拟和视黄醛的顺反异构模型 被引量:3
12
作者 凌伦奖 倪向善 +1 位作者 陈润生 石秀凡 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 1989年第3期293-297,共5页
本文在细菌视紫红质构象模拟的基础上提出了一个视黄醛顺反异构模型.该模型中视黄醛的C_(13)—C_(14)与Lys—216的C~δ—C^e处于一直线上,这样,顺反异构只涉及视黄醛C_(15)和Lys—216的N~ζ绕此直线为抽的旋转.理论计算表明,这是一种空... 本文在细菌视紫红质构象模拟的基础上提出了一个视黄醛顺反异构模型.该模型中视黄醛的C_(13)—C_(14)与Lys—216的C~δ—C^e处于一直线上,这样,顺反异构只涉及视黄醛C_(15)和Lys—216的N~ζ绕此直线为抽的旋转.理论计算表明,这是一种空间障碍最小的模型,并能通过Asp—96和Asp—212传递质子. 展开更多
关键词 视紫红质 构象 异构模型 视黄醛
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Yeast基因下游二级结构与多聚腺苷作用信号 被引量:3
13
作者 张静 石秀凡 刘次全 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第4期523-527,共5页
形成真核生物mRNA 3′末端的多聚腺苷 (poly (A) )作用涉及前体mRNA下游的三个元件 :效率元件(EE)、定位元件 (PE)以及实际的剪切和 poly (A)作用位点 ,实验研究提出了一些EE和PE的碱基序列组成 .对 180个Yeast基因下游 (终止密码子后 2... 形成真核生物mRNA 3′末端的多聚腺苷 (poly (A) )作用涉及前体mRNA下游的三个元件 :效率元件(EE)、定位元件 (PE)以及实际的剪切和 poly (A)作用位点 ,实验研究提出了一些EE和PE的碱基序列组成 .对 180个Yeast基因下游 (终止密码子后 2 0 0个碱基 )二级结构进行的详细分析显示 ,约 86 %的EE、 89%的PE与二级结构中碱基非配对的环 (发夹环、膨胀环、内环或多分支环 )区或连接单链区有关 .这个结果提示 ,反式因子对EE和PE的识别和作用在一定程度上有赖于EE和PE的二级结构特征 . 展开更多
关键词 Yeast基因 多聚腺苷作用信号 MRNA二级结构 蛋白质合成
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预测蛋白质二级结构的人工神经元网络方法 被引量:4
14
作者 王化军 陈润生 +2 位作者 倪向善 石秀凡 凌伦奖 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 1989年第4期422-427,共6页
本文独立地建立了用人工神经元网络预测蛋白质二级结构的方法,并通过分析我们提出的分布矩阵(表达每一类构象被预测成所有各类构象的可能性的矩阵),对于这一方法的误差以及造成误差的可能的原因进行了较过去更为深入的分析.并在此基础... 本文独立地建立了用人工神经元网络预测蛋白质二级结构的方法,并通过分析我们提出的分布矩阵(表达每一类构象被预测成所有各类构象的可能性的矩阵),对于这一方法的误差以及造成误差的可能的原因进行了较过去更为深入的分析.并在此基础上提出了一种修正的学习方法,结果对于规则二级结构(α螺旋和β折叠)的预测精度和相关系数均有提高. 展开更多
关键词 蛋白质结构 神经元网络法
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蛋白质内含子演化分析 被引量:1
15
作者 谢君 黄京飞 +4 位作者 石秀凡 邵丹 柳树群 梁宠荣 刘次全 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第3期396-399,共4页
蛋白质内含子是能够自我剪切的一段多肽链 .它在生物三大系统中都存在 ,但它的分布在各物种间以及蛋白质种类之间极不均衡 .蛋白质内含子的演化和扩散也因此引起了人们的极大兴趣 .经过系统搜索 ,从已知的核酸序列中找到 6 9个经典的蛋... 蛋白质内含子是能够自我剪切的一段多肽链 .它在生物三大系统中都存在 ,但它的分布在各物种间以及蛋白质种类之间极不均衡 .蛋白质内含子的演化和扩散也因此引起了人们的极大兴趣 .经过系统搜索 ,从已知的核酸序列中找到 6 9个经典的蛋白质内含子 .同源比较和系统树分析表明 ,蛋白质内含子的演化应综合先天遗传和后天转移两方面的因素 . 展开更多
关键词 蛋白质内含子 演化 亲缘关系 同源蛋白质内含子
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蛋白质内含子的特征、转移和演化 被引量:1
16
作者 谢君 刘次全 +2 位作者 黄京飞 石秀凡 邵丹 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第2期184-187,共4页
自从 1990年发现第一个蛋白质内含子 ,就引起了有关专家的高度重视 ,蛋白质内含子不仅在理论上丰富了遗传信息翻译后加工的内容 ,而且实践上在蛋白质纯化方面有着广泛的应用前景 .鉴于蛋白质内含子的不断发现 ,有必要对其在自我剪切 ,传... 自从 1990年发现第一个蛋白质内含子 ,就引起了有关专家的高度重视 ,蛋白质内含子不仅在理论上丰富了遗传信息翻译后加工的内容 ,而且实践上在蛋白质纯化方面有着广泛的应用前景 .鉴于蛋白质内含子的不断发现 ,有必要对其在自我剪切 ,传递 ,演化等方面的进展做一概述 . 展开更多
关键词 蛋白质内含子 自我剪切 传递 演化
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水对多聚α-门冬酰胺能带结构的影响 被引量:1
17
作者 陈润生 倪向善 +1 位作者 石秀凡 凌伦奖 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 1989年第1期35-38,共4页
本文练合使用了Monte Carlo(MC)方法;互洽场(MCF)方法和从头计算的晶体轨道(ab initio CO)方法,首先研究了无限周期的多聚α-门冬酰胺的水溶液结构.进而,研究了该水结构对多聚α-门冬酰胺能带结构的影响.结果表明:水的存在增加了多聚α... 本文练合使用了Monte Carlo(MC)方法;互洽场(MCF)方法和从头计算的晶体轨道(ab initio CO)方法,首先研究了无限周期的多聚α-门冬酰胺的水溶液结构.进而,研究了该水结构对多聚α-门冬酰胺能带结构的影响.结果表明:水的存在增加了多聚α-门冬酰胺的禁带宽度约0.5电子伏.这一结果与水对多聚α-甘氨酸和多聚α-丙氨酸的影响是有差别的. 展开更多
关键词 门冬酰胺 能带结构
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抽油机超越离合器节能增产技术应用与分析 被引量:1
18
作者 石秀凡 《黑龙江科技信息》 2007年第06S期25-25,共1页
抽油机安装超越离合器后,可使抽油机原双向动力传动系统变为单向动力传动,不平衡负荷不再反拖电机发电,消除负功,提高电机和皮带的传动效率,在皮带轮轮径不变的情况下,抽油机可以动态微量调整冲次,降低交变载荷,提高泵效,在达到油井增... 抽油机安装超越离合器后,可使抽油机原双向动力传动系统变为单向动力传动,不平衡负荷不再反拖电机发电,消除负功,提高电机和皮带的传动效率,在皮带轮轮径不变的情况下,抽油机可以动态微量调整冲次,降低交变载荷,提高泵效,在达到油井增产的同时,提高系统效率,达到节能目的。介绍了超越离合器在喇嘛甸油田现场应用的节能效果,证明该技术具有很好的推广价值,认为这是解决抽油机节电的又一重大发展方向。 展开更多
关键词 抽油机井 超越离合器 节能 增产 应用与分析
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基于从头算的缬氨酸两性离子和水分子的相互作用势
19
作者 凌伦奖 倪向善 +2 位作者 王化军 陈润生 石秀凡 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 1990年第2期202-206,共5页
本工作分两个阶段,第一阶段用从头算方法计算纳氨酸两性离子同处于160种不同位置的水分子的相互作用能,计算时采用最小基组并进行了基组重叠修正,最后还对计算得的相互作用能用Slater-Kirwood公式作色散能修正.第二阶段是势函数拟合的工... 本工作分两个阶段,第一阶段用从头算方法计算纳氨酸两性离子同处于160种不同位置的水分子的相互作用能,计算时采用最小基组并进行了基组重叠修正,最后还对计算得的相互作用能用Slater-Kirwood公式作色散能修正.第二阶段是势函数拟合的工作,做法是舍弃12个相互作用能大于5Kcal/mole或原子间距离小于1.68(?)的布点,对其余148个布点进行拟合.拟合结果的标准偏差为SD=0.48Kcal/mole. 展开更多
关键词 缬氨酸 两性离子 水分子 相互作用
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胰凝乳蛋白酶原激活过程的分子动力学研究
20
作者 王化军 凌伦奖 +2 位作者 倪向善 陈润生 石秀凡 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 1990年第2期217-220,共4页
本文报道了我们使用分子动力学方法模拟胰凝乳蛋白酶原激活过程的研究.使用我们所提出的虚拟势法,通过对不加虚拟势和加大小不等的虚拟势的几种情形的模拟和比较,对于激活过程可能具有的时间尺度以及过程中势垒的位置及性质都给出了一... 本文报道了我们使用分子动力学方法模拟胰凝乳蛋白酶原激活过程的研究.使用我们所提出的虚拟势法,通过对不加虚拟势和加大小不等的虚拟势的几种情形的模拟和比较,对于激活过程可能具有的时间尺度以及过程中势垒的位置及性质都给出了一定的信息,这是只用普通(?)分子动力学方法不易达到的. 展开更多
关键词 胰凝乳蛋白 酶原激活 分子动力学
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