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青海高原型牦牛GHR基因多态性与生长发育的关联性
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作者 丁维芹 祁增源 +3 位作者 刘亚倩 韩银仓 李文浩 孙永刚 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2024年第1期9-15,35,共8页
【目的】探索青海高原型牦牛(Bos grunniens)生长激素受体(growth hormone receptor)基因GHR多态性及其与生长性状的关联性。【方法】以440头同等放牧条件下的30~36月龄健康牦牛为试验群体,PCR扩增其GHR基因,测序后用DNASTAR 7.1软件分... 【目的】探索青海高原型牦牛(Bos grunniens)生长激素受体(growth hormone receptor)基因GHR多态性及其与生长性状的关联性。【方法】以440头同等放牧条件下的30~36月龄健康牦牛为试验群体,PCR扩增其GHR基因,测序后用DNASTAR 7.1软件分析单核苷酸多态性(SNP)位点,研究不同基因型及其合并基因型与生长发育指标(体质量、体高、体斜长、胸围和管围)的关联性。【结果】青海高原型牦牛GHR基因上存在g.732091C>G、g.732195A>G和g.732373G>A 3个SNP位点,其中g.732195A>G上存在2种基因型(AA,AG),g.732091C>G和g.732373G>A上各存在3种基因型(分别为CC、CG、GG和GA、AA、GG);卡方检验表明,g.732091C>G、g.732195A>G和g.732373G>A均处于Hardy-Weinberg极度不平衡状态,且g.732195A>G为低度多态(PIC<0.25),g.732091C>G和g.732373G>A为中度多态(0.25<PIC<0.50)。与生长性状的关联性分析发现,g.732091C>G、g.732195A>G和g.732373G>A能够显著或极显著影响高原型牦牛的体质量和胸围,优势基因型分别为g.732091C>G和g.732373G>A的GG以及g.732195A>G的AA。对合并基因型分析发现,合并基因型GG-AA-GG个体的生长发育尤其是体斜长表现最佳。【结论】青海高原型牦牛GHR基因有3个SNP位点,因其与青海高原型牦牛的部分生长性状相关,可作为牦牛分子标记辅助选择的候选基因。 展开更多
关键词 高原型牦牛 GHR基因 SNP位点 基因多态性 合并基因型
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牦牛SMAD1基因第1外显子SNPs检测及与生长性状的关联分析 被引量:1
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作者 周建强 司思 +3 位作者 祁增源 韩银仓 刘秀 孙永刚 《西北农业学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第2期179-186,共8页
研究牦牛SMAD1基因第1外显子SNPs与生长性状的关系,寻找与牦牛生长性状相关的分子标记。采用DNA测序和单倍型分型技术,对青海牦牛SMAD1基因进行SNPs检测及其基因分型、连锁不平衡和单倍型分析,并对多态位点的基因型及组合单倍型与牦牛... 研究牦牛SMAD1基因第1外显子SNPs与生长性状的关系,寻找与牦牛生长性状相关的分子标记。采用DNA测序和单倍型分型技术,对青海牦牛SMAD1基因进行SNPs检测及其基因分型、连锁不平衡和单倍型分析,并对多态位点的基因型及组合单倍型与牦牛生长性状的关联性进行分析。结果发现,SMAD1在第1外显子上存在5个突变位点,其中,g.35084C>T、g.35111C>T和g.35333G>A均存在2种基因型,g.35171G>A和g.35312C>T均存在3种基因型。连锁不平衡分析发现5个位点间不存在强的连锁不平衡效应,单倍型分析发现存在6种不同的单倍型,其中单倍型Hap3的发生频率最高。关联性分析表明,g.35084C>T位点与胸围显著相关,g.35111C>T位点与体斜长、胸围显著相关,g.35171G>A和g.35312C>T位点与体质量、体高、体斜长和胸围显著相关,g.35333G>A位点与胸围、体高显著相关。通过基因型组合发现,4种组合单倍型均与牦牛生长性状有着显著或极显著相关,且H3H6可能是影响牦牛生长性状的最优组合单倍型。综上所述,牦牛SMAD1基因第1外显子多态性丰富,且与部分生长性状显著关联,可作为牦牛分子标记辅助选择的候选基因。 展开更多
关键词 牦牛 SMAD1基因 单倍型 SNP 生长性状
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牦牛SMAD4基因SNPs检测及其与生长性状的关联分析 被引量:1
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作者 周建强 祁增源 +2 位作者 韩银仓 刘秀 孙永刚 《西北农林科技大学学报(自然科学版)》 CSCD 北大核心 2023年第3期1-8,共8页
【目的】研究牦牛SMAD4基因SNPs与生长性状的关系,探寻与牦牛生长性状相关的分子标记。【方法】采用DNA测序和单倍型分型技术,对青海牦牛SMAD4基因进行SNPs检测及其基因分型、连锁不平衡和单倍型分析,并对多态位点的基因型及组合单倍型... 【目的】研究牦牛SMAD4基因SNPs与生长性状的关系,探寻与牦牛生长性状相关的分子标记。【方法】采用DNA测序和单倍型分型技术,对青海牦牛SMAD4基因进行SNPs检测及其基因分型、连锁不平衡和单倍型分析,并对多态位点的基因型及组合单倍型与牦牛生长性状的关联性进行分析。【结果】牦牛SMAD4基因在内含子区域存在6个突变位点,其中g.393A>G、g.555A>G、g.6525A>G和g.18360C>T均存在3种基因型,g.582A>T和g.6492C>T均存在2种基因型。连锁不平衡分析发现,6个位点间不存在强连锁不平衡效应。单倍型分析发现,在14种不同的单倍型中,单倍型H 1的发生频率最高。关联性分析表明,g.393A>G位点与体斜长、胸围和管围均显著相关(P<0.05),g.555A>G位点与体斜长显著相关(P<0.05),g.582A>T位点与体质量和体高均显著相关(P<0.05),g.6492C>T位点与体高显著相关(P<0.05),g.6525A>G位点与体质量显著相关(P<0.05),g.18360C>T位点与胸围显著相关(P<0.05)。基因型组合发现,单倍型H 1H 14可能是影响牦牛生长性状的最优组合。【结论】牦牛SMAD4基因内含子区域上的6个位点与生长性状显著关联,可作为牦牛分子标记辅助选择的候选基因。 展开更多
关键词 牦牛 SMAD4基因 单倍型 生长性状
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