IHH 过表达对鸡原代软骨细胞增殖和分化的影响

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作者 金四华 贾富民 +7 位作者 何培莉 贾羽晴 税斐 刘旭玲 刘星 王新 徐嫚 耿照玉 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第11期4569-4576,共8页

为探究印度刺猬因子(IHH)基因对鸡原代软骨细胞增殖和分化的调控作用,本研究根据IHH基因序列信息,构建真核过表达载体(OV-IHH);采用双酶切和测序进行鉴定,并将其转染鸡原代软骨细胞;采用CCK-8法检测细胞增殖,流式细胞术检测细胞周期和... 为探究印度刺猬因子(IHH)基因对鸡原代软骨细胞增殖和分化的调控作用,本研究根据IHH基因序列信息,构建真核过表达载体(OV-IHH);采用双酶切和测序进行鉴定,并将其转染鸡原代软骨细胞;采用CCK-8法检测细胞增殖,流式细胞术检测细胞周期和细胞凋亡,对软骨细胞进行成骨诱导分化至21 d,采用ALP试剂盒检测细胞ALP活性。结果表明,IHH真核过表达载体构建成功,与对照组和空载体组(OV-NC)相比,过表达组IHH基因的mRNA表达显著增加(P<0.01),过表达效率扩大2700倍左右。过表达IHH促进细胞周期从G1期到S期的转换,从而促进增殖,抑制细胞凋亡,且ALP活性升高,促进细胞分化。综上,IHH基因显著影响鸡软骨细胞的生长发育,研究结果为进一步解析IHH基因调控鸡匍匐性状的作用机制提供理论依据。 展开更多

关键词 IHH 鸡原代软骨细胞 过表达 增殖 分化

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鸭LEPR基因结构和功能的生物信息学分析

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作者 税斐 邱桂如 +7 位作者 江洪峰 郑书丽 夏晶晶 贾羽晴 郭立平 陈兴勇 耿照玉 金四华 《扬州大学学报（农业与生命科学版）》 CAS 北大核心 2023年第3期11-17,36,共8页

以鸭瘦素受体(LEPR)基因为研究对象,运用生物信息学方法对鸭等10种动物的LEPR蛋白进行多序列比对分析、分子进化分析及蛋白质结构分析,并预测LEPR蛋白的理化性质、疏水性等基本性质。结果表明:鸭LEPR蛋白预测为不稳定的亲水性蛋白质,不... 以鸭瘦素受体(LEPR)基因为研究对象,运用生物信息学方法对鸭等10种动物的LEPR蛋白进行多序列比对分析、分子进化分析及蛋白质结构分析,并预测LEPR蛋白的理化性质、疏水性等基本性质。结果表明:鸭LEPR蛋白预测为不稳定的亲水性蛋白质,不含信号肽,为非分泌型蛋白质,定位在细胞质膜上,与其生物学功能相符。鸭LEPR蛋白还含有132个潜在磷酸化位点、10个N型糖基化位点和6个O型糖基化修饰位点。进化关系分析表明,鸭LEPR基因与同为水禽的黑天鹅进化关系最近,具有较高的同源性。这一研究为进一步研究鸭LEPR基因及其编码的蛋白质结构和功能提供了参考。 展开更多

关键词 鸭 LEPR基因 生物信息学

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鸭胆碱激酶α(CHKA)基因结构及功能的生物信息学分析

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作者 邱桂如 薛百玲 +5 位作者 税斐 曹程程 周旋 潘子婷 冯璐 金四华 《皖西学院学报》 2023年第2期69-73,144,共6页

基于生物基因组学数据库,对鸭胆碱激酶α(Choline kinaseα,CHKA)基因进行生物信息学分析,同时研究CHKA的定位。结果显示,鸭CHKA共编码氨基酸477个,蛋白分子式为C_(2304)H_(3565)N_(605)O_(657)S_(22),相对分子质量为50957.63,理论等电... 基于生物基因组学数据库,对鸭胆碱激酶α(Choline kinaseα,CHKA)基因进行生物信息学分析,同时研究CHKA的定位。结果显示,鸭CHKA共编码氨基酸477个,蛋白分子式为C_(2304)H_(3565)N_(605)O_(657)S_(22),相对分子质量为50957.63,理论等电点为6.70,脂肪系数为77.07。同源性分析发现,其与鹅的同源性为99.3%,与疣鼻天鹅的同源性为99.1%,与红色原鸡的同源性为93.7%,与其他动物的同源性为74%~92%。CHKA蛋白无信号肽,具有2个低复杂度结构域,二级结构以α螺旋为主。亚细胞定位表明,CHKA在胞外含量最高,在细胞核和胞浆中含量较多,在细胞其他位置也有分布。预测结果为进一步研究鸭CHKA基因及其编码蛋白的结构和生物学功能提供参考依据。 展开更多

关键词 鸭 CHKA基因 生物信息学分析 同源性

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鸡UCP3基因结构与功能的生物信息学分析

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作者 徐支青 邱桂如 +3 位作者 税斐 江洪峰 谢艳霞 程智中 《安徽科技学院学报》 2022年第4期1-8,共8页

目的:对鸡解偶联蛋白(UCP3)基因的结构与功能进行生物信息学分析。方法:借助生物信息分析软件解析鸡UCP3基因序列及其蛋白的理化性质、结构域、信号肽、跨膜结构和亚细胞定位等特性,并比较多物种氨基酸序列的同源性和遗传进化程度。结果... 目的:对鸡解偶联蛋白(UCP3)基因的结构与功能进行生物信息学分析。方法:借助生物信息分析软件解析鸡UCP3基因序列及其蛋白的理化性质、结构域、信号肽、跨膜结构和亚细胞定位等特性,并比较多物种氨基酸序列的同源性和遗传进化程度。结果:鸡UCP3基因序列长度为924 bp,编码307个氨基酸,氨基酸组成中以缬氨酸、丙氨酸和亮氨酸占比较高,超10%。鸡UCP3蛋白分子式为C_(1478)H_(2384)N_(410)O_(422)S_(15),相对分子质量为33130.58,理论等电点为9.50,不稳定系数为41.02,脂肪指数97.82,为疏水蛋白。预测UCP3蛋白结构特点,发现UCP3蛋白的结构以-螺旋(47.23%)为主,具有3个线粒体载体结构域,有25个磷酸化位点和2个O型糖基化位点,亚细胞定位显示其主要分布在线粒体中;信号肽预测表明其属于非分泌蛋白。同源性比对结果表明,在选用的14个物种中,鸡UCP3基因氨基酸序列与火鸡的同源性最高,达99.02%,而与哺乳类动物和水生动物同源性较低。构建的系统进化树中主要分为3支,其中禽类、哺乳类为相对独立的两支,鱼类和两栖动物为第3支。在系统进化树中,与火鸡的遗传距离最近,与同源性分析结果一致。结论:该分析结果将为深入研究鸡UCP3基因的结构和生物学功能提供重要参考。 展开更多

关键词 UCP3基因 生物信息学分析 同源性

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温度对锦鲤疱疹病毒体外培养和致病性的影响 被引量：2

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作者 周瑶佳 涂尊方 +5 位作者 税斐 阳瑞雪 汪开毓 耿毅 黄小丽 欧阳萍 《华南农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2018年第4期20-24,共5页

【目的】证实温度对锦鲤疱疹病毒CyHV-3体外增殖和致病性的影响。【方法】选用CyHV-3-EGFP病毒株为研究对象,采用间接免疫荧光染色法测定病毒滴度,使用荧光显微镜观察病毒体外增殖,研究病毒的热稳定性、以及温度对病毒的体外培养和体内... 【目的】证实温度对锦鲤疱疹病毒CyHV-3体外增殖和致病性的影响。【方法】选用CyHV-3-EGFP病毒株为研究对象,采用间接免疫荧光染色法测定病毒滴度,使用荧光显微镜观察病毒体外增殖,研究病毒的热稳定性、以及温度对病毒的体外培养和体内致病性的影响。【结果】CyHV-3在4~36℃条件下具有很好的稳定性,温度超过36℃后,病毒活力随着温度升高而降低,50℃时病毒活力完全丧失。感染温度对CyHV-3病毒活力影响不大,高温(37℃)和低温(4℃)时病毒都具有感染能力。但是,孵育温度明显影响病毒活力,温度高于30℃时,CyHV-3的增殖能力减退甚至消失。鲤鱼感染CyHV-3病毒后,低温组(15℃)的死亡率为26.67%,常温组(25℃)的死亡率为73.33%,高温组(30℃)和对照组的死亡率均为0。【结论】证实了CyHV-3病毒在低温下能够增殖并且具有致病性,解释了近年来锦鲤疱疹病毒(KHVD)的暴发及流行不再受限于春秋季节的现象。 展开更多

关键词 锦鲤疱疹病毒Ⅲ型 鲤鱼 锦鲤疱疹病毒病 温度 致病性 增殖 感染

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鸡ITGB1基因生物信息学分析 被引量：1

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作者 贾羽晴 夏晶晶 +6 位作者 薛百玲 税斐 曹程程 丁元飞 张泰康 耿照玉 金四华 《华北农学报》 CSCD 北大核心 2022年第S01期339-347,共9页

利用生物信息学方法分析鸡ITGB1基因结构及其编码蛋白理化性质,结构位点及细胞定位等,旨在进一步探究该基因功能与潜在用途。同时从GenBank中下载鸡、鹅、鸭、火鸡、人、猪、兔、小鼠、大鼠、绵羊、黑猩猩11个物种的ITGB1基因CDS序列为... 利用生物信息学方法分析鸡ITGB1基因结构及其编码蛋白理化性质,结构位点及细胞定位等,旨在进一步探究该基因功能与潜在用途。同时从GenBank中下载鸡、鹅、鸭、火鸡、人、猪、兔、小鼠、大鼠、绵羊、黑猩猩11个物种的ITGB1基因CDS序列为材料,对该11个物种的ITGB1蛋白序列进行同源性和系统进化分析。结果表明,该基因CDS区长度为2412 bp,共编码803个氨基酸,其相对分子质量为88618.48,理论等电点为5.14;其是一个亲水性的稳定蛋白,有信号肽;蛋白二级结构上,含有162个α-螺旋,459个无规则卷曲,182伸展条和一个跨膜结构。鸡ITGB1基因的编码蛋白经同源性比对,发现其与鹅、火鸡、鸭的ITGB1蛋白高度同源。利用生物信息学方法对ITGB1基因及其表达的蛋白进行研究,有助于理解该基因在鸡这一物种上的相关作用,为进一步开发利用鸡ITGB1基因进行禽业生产、禽病防控以及分子育种提供了参考依据。 展开更多

关键词 鸡 ITGB1基因 生物信息学分析 同源性

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鸡GCGR基因结构与功能的生物信息学分析 被引量：2

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作者 薛百玲 贾富民 +4 位作者 税斐 曹程程 张泰康 丁元飞 金四华 《安徽科技学院学报》 2022年第5期7-14,共8页

目的:对鸡胰高血糖素受体(GCGR)基因的结构与功能进行生物信息学分析。方法:应用生物信息学软件解析鸡GCGR基因序列及其蛋白的理化性质、蛋白结构、结构域、信号肽、跨膜结构和亚细胞定位等特性,以及不同动物GCGR氨基酸序列的同源性和... 目的:对鸡胰高血糖素受体(GCGR)基因的结构与功能进行生物信息学分析。方法:应用生物信息学软件解析鸡GCGR基因序列及其蛋白的理化性质、蛋白结构、结构域、信号肽、跨膜结构和亚细胞定位等特性,以及不同动物GCGR氨基酸序列的同源性和遗传进化程度。结果:鸡GCGR基因编码区长1491 bp,编码氨基酸496个,预测理论等电点和分子量分别为8.43和56.69201 kD,是一种较稳定的疏水性蛋白;存在4个N-糖基化位点和45个磷酸化位点,1个7tmB1_GCGR结构域;二级结构主要为α-螺旋,与三级结构预测结果一致;同源性分析发现,该基因编码的蛋白氨基酸序列与鹌鹑的相似性最高,其次为疣鼻天鹅、棕榈尾鸭、仓鸮等禽类。亚细胞定位分析发现,该基因主要定位在细胞质膜上。结论:该结果为进一步研究鸡GCGR基因及其编码蛋白的结构和生物学功能提供基础。 展开更多

关键词 鸡 胰高血糖素受体基因 生物信息学分析 同源性

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淮北灰驴mtDNA D-loop区遗传多样性及起源分析 被引量：2

8

作者 夏晶晶 贾羽晴 +4 位作者 税斐 高伟凤 涂小璐 程智中 许大双 《安徽农业大学学报》 CAS CSCD 2022年第4期578-582,共5页

为分析淮北灰驴遗传多样性与母系起源,从大群中随机选择10匹淮北灰驴,对其mt DNA D-loop区部分序列进行测序,与Gen Bank已公布的一些驴品种的mt DNAD-loop区序列进行比对分析,并探讨淮北灰驴的遗传多样性与母系起源。结果显示,在获得的4... 为分析淮北灰驴遗传多样性与母系起源,从大群中随机选择10匹淮北灰驴,对其mt DNA D-loop区部分序列进行测序,与Gen Bank已公布的一些驴品种的mt DNAD-loop区序列进行比对分析,并探讨淮北灰驴的遗传多样性与母系起源。结果显示,在获得的407 bp D-loop碱基序列中,共检测出28处变异位点,8处碱基对的转换以及1处颠换,其核苷酸多样性(Pi)为0.021 95,单倍型多样性(Hd)为0.778,平均核苷酸差异(K)为8.911,显示淮北灰驴较为丰富的遗传多样性。从D-loop区核苷酸序列的5种单倍型分析,发现淮北灰驴可能有2个母系起源,遗传距离表明,淮北灰驴与克罗地亚家驴之间的遗传距离较近。研究结果从分子水平上为淮北灰驴的遗传资源保护和开发利用提供了参考。 展开更多

关键词 淮北灰驴 MTDNA D-LOOP区 遗传多样性 起源

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鸭脂肪生成相关的miR-184-3p分析及关键靶基因筛选

9

作者 金四华 贾富民 +6 位作者 冯璐 税斐 王鑫 方毅 常亮 李欣 耿照玉 《中国农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第2期152-159,共8页

为筛选miR-184-3p影响鸭脂肪生成的关键靶基因,本研究首先利用在线数据库预测miR-184-3p靶基因,并对靶基因进行富集分析和蛋白-蛋白相互作用(Protein-protein interaction,PPI)网络构建,寻找网络图中有意义的模块,然后分析靶基因在脂肪... 为筛选miR-184-3p影响鸭脂肪生成的关键靶基因,本研究首先利用在线数据库预测miR-184-3p靶基因,并对靶基因进行富集分析和蛋白-蛋白相互作用(Protein-protein interaction,PPI)网络构建,寻找网络图中有意义的模块,然后分析靶基因在脂肪中的表达,再依据microRNA对靶基因负相关的作用机制筛选关键靶基因。最后,通过RNA22 v2对筛选结果进行评估。结果表明:1)共获得225个靶基因。2)GO富集分析显示,靶基因参与细胞和大分子生物合成过程的负调控过程,KEGG富集结果包含Notch信号传导途径、动物线粒体自噬和内吞作用3条显著通路。3)PPI网络图共筛选4个核心基因,4)表达谱分析共筛选到4个基因,DVL3(Dishevelled segment polarity protein 3)、HOXA9(homeobox A9)、LIFR(LIF receptor subunit alpha)和SPECC1L(Sperm antigen with calponin homology and coiled-coil domains 1 like),而RNA22 v2评估结果显示,仅LIFR存在P<0.05的结合位点。综上,miR-184-3p很可能通过靶向DVL3、HOXA9、LIFR和SPECC1L影响鸭脂肪发育,其中LIFR尤为重要。本研究为进一步研究鸭miR-184-3p提供了理论基础和数据支撑。 展开更多

关键词 鸭 miR-184-3p 脂肪生成 生物信息学

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鸡IHH基因生物信息学及组织特异性表达分析 被引量：1

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作者 金四华 税斐 +5 位作者 徐媛 贾羽晴 夏晶晶 王鑫 贾富民 耿照玉 《中国农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第10期122-131,共10页

为分析鸡印度刺猬因子(Indian hedgehog,IHH)基因生物信息学及IHH基因在不同组织中特异性表达规律,选取体重相近、健康强健的6只鸡,借助生物信息学手段,对IHH基因结构、启动子和CpG岛进行分析,并通过实时荧光定量PCR检测IHH基因在鸡心... 为分析鸡印度刺猬因子(Indian hedgehog,IHH)基因生物信息学及IHH基因在不同组织中特异性表达规律,选取体重相近、健康强健的6只鸡,借助生物信息学手段,对IHH基因结构、启动子和CpG岛进行分析,并通过实时荧光定量PCR检测IHH基因在鸡心、肝、脾、肺、肾、软骨、下丘脑、胸肌、十二指肠和胸腺组织中的特异性表达规律,同时对IHH蛋白进行相似性比较,并利用生物信息学分析IHH蛋白的理化和结构特性。结果表明,1)鸡IHH基因开放阅读框长度为1227 bp,可编码408个氨基酸,具有3个外显子、4个核心启动子区和1个CpG岛。2)成功扩增IHH基因,IHH基因在鸡各组织中均有不同水平的mRNA表达,在软骨组织中相对表达量最高,在心、脾和胸腺组织中的表达量相对较低。3)鸡IHH蛋白在禽类中保守性较高,IHH蛋白大小为44.82936 ku,属于偏碱性蛋白,具有1个跨膜端和1个信号肽;IHH蛋白二级结构中无规则卷曲的比例最高(44.12%),只含有1个HH-Signal功能域,内含大部分丝氨酸磷酸化位点,该蛋白还有14个苏氨酸磷酸化位点和5个酪氨酸磷酸化位点,鸡IHH蛋白存在1处N型糖基化位点和6处O型糖基化位点。综上,鸡IHH基因有3个外显子,有多个启动子区,在软骨组织中极显著高表达,鸡IHH蛋白是具有偏碱性、强热稳性和低亲水性的分泌型蛋白,IHH氨基酸序列在物种进化过程中比较保守,本研究为深入研究鸡IHH基因对软骨发育的调控作用提供依据。 展开更多

关键词 鸡 IHH 生物信息学 特异性表达

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鸡肌肉发育相关miR-133a-5p分析和关键靶基因筛选 被引量：1

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作者 贾富民 贾羽晴 +7 位作者 夏晶晶 税斐 曹程程 张泰康 丁元飞 郭立平 耿照玉 金四华 《中国农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期172-182,共11页

为筛选miR-133a-5p影响鸡肌肉发育的关键靶基因,本研究利用在线数据库预测miR-133a-5p靶基因,并对靶基因进行富集分析和构建蛋白-蛋白相互作用(Protein-protein interaction,PPI)网络,寻找网络图中有意义的模块。通过单因素方差分析,比... 为筛选miR-133a-5p影响鸡肌肉发育的关键靶基因,本研究利用在线数据库预测miR-133a-5p靶基因,并对靶基因进行富集分析和构建蛋白-蛋白相互作用(Protein-protein interaction,PPI)网络,寻找网络图中有意义的模块。通过单因素方差分析,比较分析肌肉和其他组织中的miR-133a-5p表达量;再依据microRNA与靶基因负相关的作用机制,将miR-133a-5p靶基因与肌肉中相对下调基因取交集,筛选关键靶基因。最后,通过RNA22 v2对筛选结果进行评估。结果表明:(1)共获得157个靶基因;(2)GO富集分析显示,靶基因参与多个生物合成过程的调控和代谢过程;KEGG富集结果包括MAPK信号通路等多种信号通路,也包括肌动蛋白细胞骨架等与肌肉发育直接相关的通路;(3)PPI网络图共筛选到4个有意义模块,涉及17个基因;(4)miR-133a-5p在肌肉中表达显著上调(相对肺、肝脏和肾脏),与肌肉相对下调基因取交集后,筛选到SOX5(SRY-box 5)、PRTFDC1(Phosphoribosyl transferase domain containing 1)、THRB(Thyroid hormone receptor beta)、THBS2(Thrombospondin 2)和ARRDC3(Arrestin domain containing 3)5个基因;(5)在GSE93855的表达谱中,PRTFDC1和THRB在肌肉中表达量最低,而RNA22 v2评估结果显示,仅SOX5和THRB存在P<0.05的结合位点。综上,miR-133a-5p很可能是通过SOX5、PRTFDC1、THRB、THBS2和ARRDC3影响肌肉发育,其中SOX5和THRB尤为重要。本研究为进一步研究鸡miR-133a-5p提供了理论基础和数据支撑。 展开更多

关键词 鸡 肌肉 miR-133a-5p 生物信息学

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耐甲氧西林金黄色葡萄球菌裂解性噬菌体PhMASA-WJ的生物学特性及其对小鼠败血症的疗效 被引量：6

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作者 涂尊方 税斐 +6 位作者 何汶璐 廖娅欣 缪玉佳 邓益 汪开毓 耿毅 欧阳萍 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2020年第5期521-526,共6页

目的探讨耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)噬菌体PhMASA-WJ的生物学特性及其对小鼠败血症的疗效,为开发高效低毒的抗菌药物奠定实验基础。方法以MRSA(USA300)为宿主菌,从地下污水中分离筛选... 目的探讨耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)噬菌体PhMASA-WJ的生物学特性及其对小鼠败血症的疗效,为开发高效低毒的抗菌药物奠定实验基础。方法以MRSA(USA300)为宿主菌,从地下污水中分离筛选出1株噬菌体PhMASA-WJ,双层琼脂平板培养法测定噬菌体效价,点滴法测定噬菌体裂解谱,确定最佳感染复数(multiplicity of infection,MOI),提取噬菌体全基因组并进行酶切鉴定,电镜观察噬菌体形态,并检测噬菌体的体外裂解效果、安全性及其对小鼠败血症的疗效。结果PhMASA-WJ在USA300菌苔上形成直径1~2 mm的圆形、透明且边界清晰的噬菌斑,PhMASA-WJ效价为7.1×10^8 PFU/m L,其为专一裂解金黄色葡萄球菌的噬菌体,最佳MOI为0.001,属于RNA病毒,基因组大小约23000 bp。电镜观察显示,PhMASA-WJ属于有尾噬菌体目肌尾噬菌体科。动物实验证实,PhMASA-WJ对小鼠无毒副作用,败血症小鼠经PhMASA-WJ治疗后存活率为60%,对照组全部死亡,PhMASA-WJ治疗显著提高了小鼠的存活率(P<0.001)。结论PhMASA-WJ有严格的宿主特异性,裂解谱窄且裂解能力强,能显著提高败血症小鼠的存活率,为临床治疗MRSA感染提供了实验依据。 展开更多

关键词 耐甲氧西林金黄色葡萄球菌 败血症 噬菌体 生物学特性

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