目的通过网络药理学及分子对接方法,探讨清热活血方改善心肌缺血再灌注损伤(MIRI)的潜在作用机制。方法检索BAT-MAN数据库获得清热活血方药物活性成分及药物靶点;检索GeneCards数据库获得MIRI疾病靶点;将药物靶点与疾病靶点取交集,应用S...目的通过网络药理学及分子对接方法,探讨清热活血方改善心肌缺血再灌注损伤(MIRI)的潜在作用机制。方法检索BAT-MAN数据库获得清热活血方药物活性成分及药物靶点;检索GeneCards数据库获得MIRI疾病靶点;将药物靶点与疾病靶点取交集,应用STRING数据库进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)分析,筛选出核心靶点,进行生物及通路富集分析;最后使用Auto Dock Vina进行分子对接验证。结果获得清热活血方药物活性成分149个,药物靶点1241个,MIRI疾病靶点1753个,共同作用靶点223个,核心靶点77个;生物及通路富集分析涉及炎症、氧化应激、凋亡、自噬等生物途径;靶点与药物活性成分的对接活性可验证网络药理学的预测结果。结论清热活血方可通过多成分、多靶点、多通路的协同机制,发挥保护MIRI的作用。展开更多
【目的】利用网络药理学的方法探讨杜仲治疗骨质疏松(OP)的可能作用机制。【方法】通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、文献检索获取杜仲的活性成分,利用反向分子对接服务器(DRAR-CPI)、GeneCards和在线人类孟德尔遗传(OMIM)...【目的】利用网络药理学的方法探讨杜仲治疗骨质疏松(OP)的可能作用机制。【方法】通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、文献检索获取杜仲的活性成分,利用反向分子对接服务器(DRAR-CPI)、GeneCards和在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库筛选杜仲的活性成分治疗骨质疏松的潜在作用靶点。应用Cytoscape软件构建杜仲的活性成分—作用靶点网络。应用String数据库和Cytoscape软件获得蛋白质相互作用网络。采用Systems Dock Web Site网络服务器与杜仲的活性成分进行分子对接。利用DAVID数据库对杜仲的作用靶点进行基因本体论(GO)分类富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。【结果】从杜仲中筛选出活性成分12个,作用靶标35个。杜仲治疗骨质疏松主要涉及磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)/丝苏氨酸蛋白激酶Akt、血管内皮生长因子(VEGF)、腺苷酸活化蛋白激酶(AMPK)、Notch、核因子kappaB(NF-κB)、叉头框蛋白(FoxO)、人嗜T淋巴细胞病毒I型(HTLV-I)等信号通路。【结论】杜仲可能通过PTH、BGP、PPAR、ALP、RUNX2等靶标达到治疗骨质疏松的目的,其治疗骨质疏松的过程可能涉及PI3K-Akt、VEGF、AMPK、Notch等信号通路。展开更多
文摘目的通过网络药理学及分子对接方法,探讨清热活血方改善心肌缺血再灌注损伤(MIRI)的潜在作用机制。方法检索BAT-MAN数据库获得清热活血方药物活性成分及药物靶点;检索GeneCards数据库获得MIRI疾病靶点;将药物靶点与疾病靶点取交集,应用STRING数据库进行蛋白-蛋白相互作用(PPI)分析,筛选出核心靶点,进行生物及通路富集分析;最后使用Auto Dock Vina进行分子对接验证。结果获得清热活血方药物活性成分149个,药物靶点1241个,MIRI疾病靶点1753个,共同作用靶点223个,核心靶点77个;生物及通路富集分析涉及炎症、氧化应激、凋亡、自噬等生物途径;靶点与药物活性成分的对接活性可验证网络药理学的预测结果。结论清热活血方可通过多成分、多靶点、多通路的协同机制,发挥保护MIRI的作用。
文摘【目的】利用网络药理学的方法探讨杜仲治疗骨质疏松(OP)的可能作用机制。【方法】通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、文献检索获取杜仲的活性成分,利用反向分子对接服务器(DRAR-CPI)、GeneCards和在线人类孟德尔遗传(OMIM)数据库筛选杜仲的活性成分治疗骨质疏松的潜在作用靶点。应用Cytoscape软件构建杜仲的活性成分—作用靶点网络。应用String数据库和Cytoscape软件获得蛋白质相互作用网络。采用Systems Dock Web Site网络服务器与杜仲的活性成分进行分子对接。利用DAVID数据库对杜仲的作用靶点进行基因本体论(GO)分类富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。【结果】从杜仲中筛选出活性成分12个,作用靶标35个。杜仲治疗骨质疏松主要涉及磷脂酰肌醇-3-激酶(PI3K)/丝苏氨酸蛋白激酶Akt、血管内皮生长因子(VEGF)、腺苷酸活化蛋白激酶(AMPK)、Notch、核因子kappaB(NF-κB)、叉头框蛋白(FoxO)、人嗜T淋巴细胞病毒I型(HTLV-I)等信号通路。【结论】杜仲可能通过PTH、BGP、PPAR、ALP、RUNX2等靶标达到治疗骨质疏松的目的,其治疗骨质疏松的过程可能涉及PI3K-Akt、VEGF、AMPK、Notch等信号通路。
