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基于基因表达综合数据库和网络药理学探讨香参丸治疗溃疡性结肠炎的分子机制
1
作者 缪涛声 李逸婷 +4 位作者 郑鸿铭 胡芝凡 莫乔兰 邱泽鑫 陈斌 《安徽医药》 CAS 2024年第5期883-888,I0001-I0003,共9页
目的采用生物信息学和网络药理学分析香参丸对溃疡性结肠炎(UC)的分子机制。方法2023年1―5月通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集香参丸的有效成分及其相关靶点,利用基因表达综合(GEO)数据库筛选UC相关靶点,将香参丸与UC的... 目的采用生物信息学和网络药理学分析香参丸对溃疡性结肠炎(UC)的分子机制。方法2023年1―5月通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)收集香参丸的有效成分及其相关靶点,利用基因表达综合(GEO)数据库筛选UC相关靶点,将香参丸与UC的交集靶点信息上传至STRING并通过Cytoscape 3.7.2可视化蛋白质相互作用(PPI)网络。使用Metascape数据库进行KEGG与GO通路富集分析并预测香参丸作用UC的相关通路,并绘制“中药-成分-疾病-靶点-通路”网络,利用Autodock进行分子对接。结果结果显示共筛选得到香参丸主要成分136个、靶点243个,UC相关靶点1750个,香参丸与UC交集靶点37个,筛选出关键成分槲皮素、刺芒柄花素、木犀草素以及山柰酚等,关键靶点如NOS2、PPARG、IL1B、MMP2以及ICAM1等。分子对接结果提示核心成分与核心靶点结合稳定,平均最低结合能为−5.5986 kCal/mol。KEGG与GO通路富集分析显示香参丸参与多种分子功能和生物过程,其涉及的主要通路有TNF信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路以及MAPK信号通路等。结论香参丸可通过多靶点、多通路改善UC症状,其主要成分槲皮素、刺芒柄花素、木犀草素以及山柰酚等可能通过TNF信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路以及MAPK信号通路等作用于NOS2、PPARG、IL1B、MMP2等关键靶点。 展开更多
关键词 结肠炎 溃疡性 香参丸 网络药理学 基因表达综合数据库
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基于数据挖掘和网络药理学研究中药复方治疗重症肌无力的用药规律及作用机制
2
作者 郑鸿铭 胡芝凡 +6 位作者 黄梦芬 陈明榆 李逸婷 缪涛声 莫乔兰 邱泽鑫 陈斌 《天津中医药》 CAS 2024年第3期372-385,共14页
[目的]基于国家专利、中国知网及万方数据库探究中药复方治疗重症肌无力的用药规律,同时分析核心药对的作用机制,以期为中药复方治疗重症肌无力提供理论依据。[方法]检索国家知识产权局中国专利公布公告数据库、中国知网及万方数据库,... [目的]基于国家专利、中国知网及万方数据库探究中药复方治疗重症肌无力的用药规律,同时分析核心药对的作用机制,以期为中药复方治疗重症肌无力提供理论依据。[方法]检索国家知识产权局中国专利公布公告数据库、中国知网及万方数据库,获取中药复方治疗重症肌无力的处方数据,利用R语言、SPSS、IBM SPSS Modeler软件对专利复方进行频数统计、关联规则分析及系统聚类分析,分析专利中药复方治疗重症肌无力的用药规律。基于网络药理学方法对筛选出的核心药对的潜在靶点及通路进行预测,构建“中药-成分-靶点”及蛋白质互作网络(PPI),利用Autodock进行分子对接预测。[结果]数据挖掘共纳入中药复方151条,中药352味,其中高频中药共26味,关联规则分析共筛出核心药对76项,包括中药7味,聚类分析共得到7类,包括3个聚类方,3个聚类药对及1个单药,选取核心药物组合“柴胡-当归-黄芪-党参-白术-升麻”进行网络药理学分析,得到药物组合核心活性成分10个,包括槲皮素、木犀草素、山柰酚、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、7-O-甲基异微凸剑叶莎醇、异鼠李素、甲氧异黄酮、β-谷甾醇、豆甾醇及毛蕊异黄酮,核心作用靶点14个,包括蛋白激酶B1(AKT1)、表皮生长因子受体(EGFR)、原癌基因FOS(FOS)、原癌基因JUN(JUN)、原癌基因MYC(MYC)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、胱天蛋白酶3(CASP3)、白细胞介素-1β(IL-1β)、C反应蛋白(CRP)、肿瘤抑制蛋白(TP53)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、雌激素受体(ESR1)、酪氨酸激酶受体2(ERBB2),分子对接结果提示核心成分与核心靶点结合稳定,平均最低结合能为-6.23 kcal/mol。[结论]中药复方治疗重症肌无力用药多以补益虚损为法,辅以活血通经、舒筋通络等,其核心药物组合“柴胡-当归-黄芪-党参-白术-升麻”主要通过参与调节免疫,炎症反应等机制,作用于突触后膜等细胞成分,影响G蛋白偶联乙酰胆碱受体活性等分子功能发挥重症肌无力的治疗作用,并可能通过靶向EGFR治疗胸腺相关型重症肌无力,可为中药复方治疗重症肌无力的机制研究及临床用药提供参考。 展开更多
关键词 数据挖掘 网络药理学 重症肌无力 用药规律 作用机制 中医药
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基于网络药理学方法探讨地榆治疗结直肠癌的作用机制
3
作者 缪涛声 黄梦芬 +6 位作者 陈明榆 郑鸿铭 李逸婷 胡芝凡 莫乔兰 邱泽鑫 陈斌 《广西医学》 CAS 2023年第12期1463-1471,共9页
目的基于网络药理学方法探讨地榆治疗结直肠癌的作用机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台获取地榆的有效活性成分及其作用靶点,利用药物靶标数据库、OMIM、GeneCards数据库获取结直肠癌的相关靶点。将地榆有效活性成分的作用... 目的基于网络药理学方法探讨地榆治疗结直肠癌的作用机制。方法利用中药系统药理学数据库与分析平台获取地榆的有效活性成分及其作用靶点,利用药物靶标数据库、OMIM、GeneCards数据库获取结直肠癌的相关靶点。将地榆有效活性成分的作用靶点与结直肠癌的相关靶点取交集,获得共同靶点。将有效活性成分和共同靶点导入Cytoscape 3.7.2软件构建“中药-成分-靶点-疾病”网络。针对共同靶点,使用STRING数据库和Cytoscape 3.7.2软件构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,使用Metascape线上软件进行基因本体论(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果共筛选出9个地榆有效活性成分,包括槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等。获得地榆有效活性成分的作用靶点154个和结直肠癌相关靶点1908个,取交集后获得共同靶点94个。PPI网络显示,地榆治疗结直肠癌的关键作用靶点包括肿瘤蛋白p53、苏氨酸蛋白激酶(AKT)1、Caspase-3、血管内皮生长因子A及肿瘤坏死因子等。GO功能富集分析结果显示,地榆治疗结直肠癌的作用靶点涉及的生物学过程主要有细胞群增殖的负调控、凋亡信号通路的调控、蛋白质磷酸化的正向调节等;涉及的细胞组分主要有细胞外基质、内质网腔、染色体区域等;涉及的分子功能主要有激酶结合、蛋白激酶活性、内肽酶活性、核受体活性等。KEGG通路富集分析结果显示,地榆治疗结直肠癌的作用靶点主要涉及癌症信号通路、磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/AKT信号通路等。结论地榆中的有效活性成分可能通过多个关键靶点来作用于膜筏、细胞外基质、内质网腔、染色体等细胞组分,实现蛋白质的磷酸化、细胞增殖及凋亡等分子功能,以及调节PI3K/AKT信号通路等,从而发挥治疗结直肠癌的作用。 展开更多
关键词 结直肠癌 地榆 作用机制 网络药理学
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