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刺参germ cell-less基因表达分析及转录因子预测
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作者 黄孝枭 刘炳正 +3 位作者 孙志惠 丛晶晶 苏唯一 魏金亮 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2023年第6期203-213,共11页
不同性别的刺参(Apostichopus japonicus)在生长速度、免疫能力等方面具有显著差异,解析其性别决定和性别分化机制具有重要的理论和经济价值。目前,刺参的性腺发育机制尚不清晰,挖掘性腺发育相关基因是解析其发育机制的重要途径。研究表... 不同性别的刺参(Apostichopus japonicus)在生长速度、免疫能力等方面具有显著差异,解析其性别决定和性别分化机制具有重要的理论和经济价值。目前,刺参的性腺发育机制尚不清晰,挖掘性腺发育相关基因是解析其发育机制的重要途径。研究表明,germ cell-less基因在哺乳动物性腺发生中起重要作用,但无脊椎动物中关于germ cell-less基因的研究较少。本研究从刺参基因组中鉴定了germ cell-less (Ajgcl)基因片段,随后通过c DNA末端快速扩增技术(rapid amplification of c DNA ends,RACE)获得其全长c DNA序列。通过荧光定量PCR (real-time quantitative PCR,RT-q PCR)揭示了Ajgcl在成体组织中呈现泛表达状态,性腺中表达量最高,且雌性性腺中的表达量是雄性性腺中表达量的2.25倍。随着卵子的发生,Ajgcl的表达量呈现先上升后下降的动态表达变化,而在精子发生的过程中其表达量变化不大,意味着其可能在卵子发生过程中发挥重要作用。在整个胚胎发育过程中均能检测到Ajgcl转录本,意味着Ajgcl作为母源因子可能与原始生殖细胞的形成有关。此外,Ajgcl基因启动子中具有Oct-1、FOXD3、PAX-6、CRP、c-Myb和NF-1等转录因子的结合位点。本研究为深入解析germ cell-less基因在刺参等无脊椎动物性腺发育中发挥的功能奠定了基础。 展开更多
关键词 刺参 germ cell-less 生殖细胞 母源因子
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基于全长转录组测序挖掘中间球海胆(Strongylocentrotus intermedius)性腺发育相关基因
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作者 李鹏琛 刘炳正 +4 位作者 苏唯一 常帅 金晗 常亚青 孙志惠 《基因组学与应用生物学》 CAS CSCD 北大核心 2022年第11期2062-2075,共14页
中间球海胆(Strongylocentrotus intermedius)是一个重要的海水养殖品种,性腺是其唯一可食用的部分。海胆产业季节性强,若能人工控制其性成熟将具有重要的经济价值。本研究对处于营养噬细胞(nutritive phagocyte,NP)恢复期的中间球海胆... 中间球海胆(Strongylocentrotus intermedius)是一个重要的海水养殖品种,性腺是其唯一可食用的部分。海胆产业季节性强,若能人工控制其性成熟将具有重要的经济价值。本研究对处于营养噬细胞(nutritive phagocyte,NP)恢复期的中间球海胆精巢及卵巢进行全长转录组测序,以期挖掘参与其性别决定、性别分化和配子发生相关的基因。通过从头组装(de novo)获得64949条Unigenes,通过同源比对分析共注释了23848个(36.72%)功能基因。通过比较精巢及卵巢中Unigenes的表达水平,获得了15985个差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。与精巢相比,卵巢中8355个DEGs显著上调,7630个DEGs显著下调。利用GO聚类分析、差异基因表达分析等鉴定了14个精巢特异表达基因(DMRT1、Catspere、Meioc等),16个卵巢特异表达基因(TGFBI、EGF3、EGF1等)和19个进化上保守的性别相关基因(Spata4、DMC1、HSF5、gata4等)。本研究为解析中间球海胆性腺发育机制奠定了基础。 展开更多
关键词 中间球海胆 转录组测序 性腺发育 性别决定
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