整合生物信息学和机器学习方法探究肥厚型心肌病自噬相关机制及鉴定潜在的关键基因

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作者 尤红俊 苟棋玲 +2 位作者 董梦雅 赵倩倩 常凤军 《临床与病理杂志》 CAS 2024年第2期147-156,共10页

目的:自噬调节异常与肥厚型心肌病(hypertrophic cardiomyopathy,HCM)密切相关,然而其具体机制仍未阐明。本研究拟探究HCM自噬相关机制及鉴定潜在的关键基因。方法:对HCM患者和健康对照者(healthy controls,HC)的心肌组织转录谱数据进... 目的:自噬调节异常与肥厚型心肌病(hypertrophic cardiomyopathy,HCM)密切相关,然而其具体机制仍未阐明。本研究拟探究HCM自噬相关机制及鉴定潜在的关键基因。方法:对HCM患者和健康对照者(healthy controls,HC)的心肌组织转录谱数据进行生物信息学分析,包括自噬相关差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)的鉴定和富集分析,利用最小绝对收缩和选择算子(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)回归模型和支持向量机递归特征消除(support vector machine recursive feature elimination,SVM-RFE)分析来筛选关键基因。外部数据集验证关键基因的表达。绘制受试者操作特征(receiver operator characteristic,ROC)曲线评估关键基因的诊断效能。结果:通过比较HCM患者和HC的转录谱数据,并与自噬相关基因取交集,筛选出12个自噬相关DEGs。富集分析表明这些基因主要参与胃泌素信号通路、甘丙肽受体通路、蛋白质相互作用数据库中的白细胞介素-6和白细胞介素-7信号通路、蛋白质相互作用数据库中的激活蛋白1信号通路、1,25-二羟基维生素D3的非基因组作用和凋亡等。筛选出6个候选关键基因,即PRKCD、MYC、DDIT3、CAPN1、HGS和TMEM74。PRKCD、MYC和DDIT3在验证数据集中成功验证,且具备较好的诊断效能。结论:PRKCD、MYC和DDIT3可能是HCM自噬相关的关键基因。 展开更多

关键词 肥厚型心肌病 生物信息学 机器学习 差异表达基因 自噬 关键基因

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整合生物信息学分析鉴定SARS-CoV-2感染引起的心肌损伤机制中潜在的铁死亡关键基因

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作者 尤红俊 赵倩倩 +3 位作者 苟棋玲 常凤军 刁佳宇 董梦雅 《中国循证心血管医学杂志》 2024年第7期772-777,共6页

目的铁死亡在冠状病毒病2019(Coronavirus Disease 2019,COVID-19)相关的心血管疾病中起致病作用。本研究旨在鉴定严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)感染引起的心肌损伤机制... 目的铁死亡在冠状病毒病2019(Coronavirus Disease 2019,COVID-19)相关的心血管疾病中起致病作用。本研究旨在鉴定严重急性呼吸综合征冠状病毒2型(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)感染引起的心肌损伤机制中潜在的铁死亡相关的关键基因。方法对感染SARS-CoV-2的人诱导的多能干细胞源性心肌细胞(human induced pluripotent stem cellderived cardiomyocytes,hiPSC-CMs)转录组数据进行生物信息学研究,包括铁死亡相关的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)的鉴定、基因本体论(Gene Ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析、蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interactions,PPI)、关键基因鉴定以及转录因子-基因相互作用等,以探索铁死亡相关基因在COVID-19相关心肌损伤发病机制中的潜在作用。此外,针对关键基因的候选靶向药物进行了开发,为该疾病的诊疗提供理论依据。结果通过比较感染或未感染SARS-CoV-2的hiPSC-CMs的转录谱数据,并与铁死亡数据库(FerrDb)基因取交集,筛选出80个铁死亡相关的DEGs。GO和KEGG通路富集分析表明,这些基因参与细胞对氧化应激和缺氧的反应、铁死亡、细胞坏死性凋亡、缺氧诱导因子1(hypoxia-inducible factor,HIF-1)信号通路、肿瘤坏死因子(Tumor Necrosis Factor,TNF)信号通路、白介素17(Interleukin 17,IL-17)信号通路、核因子-κB(Nuclear Factor-kappa B,NF-κB)信号通路等。使用PPI和cytoHubba鉴定的关键基因包括IL-6、JUN、PTGS2、TLR4、HIF1A、CAV1、HMOX1、SIRT1、EGFR和ATF3。转录因子RELA、NFKB1、EGR1、STAT3、JUN和SP1与大多数关键基因相互作用。筛选出针对关键基因的候选药物,包括去铁胺、氧气、辛伐他汀、乙酰半胱氨酸、姜黄素、醋酚酮、白藜芦醇、谷胱甘肽等。结论分析感染SARS-CoV-2的hiPSC-CMs的转录谱数据,为理解SARSCoV-2感染引起的心肌损伤的铁死亡相关病理机制的提供新视角。此外,探索铁死亡相关基因的候选靶向药物在未来对抗这种形式的心肌损伤方面具有巨大的潜力。 展开更多

关键词 严重急性呼吸综合征冠状病毒2型 冠状病毒病2019 心肌细胞 铁死亡

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加权基因共表达网络分析联合机器学习方法筛选扩张型心肌病生物标记及免疫浸润分析

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作者 尤红俊 赵倩倩 +3 位作者 刁佳宇 苟棋玲 寿锡凌 董梦雅 《中国循证心血管医学杂志》 2024年第5期517-522,共6页

目的利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)联合机器学习方法筛选扩张型心肌病(DCM)生物标记,并进行免疫浸润分析。方法对来自基因表达综合数据库(GEO)的DCM转录谱进行差异分析。对差异表达基因(DEGs)进行基因本体论(GO)富集分析和京都基... 目的利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)联合机器学习方法筛选扩张型心肌病(DCM)生物标记,并进行免疫浸润分析。方法对来自基因表达综合数据库(GEO)的DCM转录谱进行差异分析。对差异表达基因(DEGs)进行基因本体论(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。整合WGCNA和套索回归(LASSO)分析,筛选出DCM的生物标记。绘制受试者工作特征曲线(ROC)评估其诊断效能,并进行免疫浸润分析。结果DCM左心室组织中有268个DEGs,主要参与炎症反应的调节、上皮细胞增殖、含胶原蛋白的细胞外基质、细胞外基质结构组成成分等;同时,DEGs参与补体和凝血瀑布、吞噬体、酪氨酸激酶-信号传导子及转录激活子(JAK-STAT)信号通路、花生四烯酸代谢、白介素17(IL-17)信号通路等。鉴定出的生物标记ASPN、CRYM、CSDC2、ECM2、FCN3、HMOX2、LAD1、SERPINA3、TSPYL2和TUBA3D,具备良好的诊断效能。DCM心肌组织中辅助型T细胞2(Th2)、中央记忆型CD_(4)^(+)T细胞、中央记忆型CD_(8)^(+)T细胞显著上调;活化的树突状细胞、嗜酸性粒细胞、髓样抑制细胞、巨噬细胞、肥大细胞、自然杀伤细胞、中性粒细胞、调节性T细胞、滤泡辅助性T细胞、辅助型T细胞1(Th1)、辅助型T细胞17(Th17)和效应记忆型CD_(8)^(+)T细胞显著下调。结论ASPN、CRYM、CSDC2、ECM2、FCN3、HMOX2、LAD1、SERPINA3、TSPYL2和TUBA3D可能作为DCM的生物标记。多种免疫细胞可能介导着DCM的发生发展。 展开更多

关键词 扩张型心肌病 机器学习 生物标记 免疫浸润

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对超杓型血压的认识及研究进展

4

作者 邹航 苟棋玲 董梦雅 《心血管病学进展》 CAS 2024年第5期402-407,共6页

超杓型血压作为一种常见的血压昼夜模式,在一般人群及高血压人群中均可观察到,但学界对超杓型血压的关注相对较少且暂未达成一致。目前报告的超杓型血压的患病率差异较大,与诊断标准及受试者特征相关。虽然大多数研究尚未确立超杓型血... 超杓型血压作为一种常见的血压昼夜模式,在一般人群及高血压人群中均可观察到,但学界对超杓型血压的关注相对较少且暂未达成一致。目前报告的超杓型血压的患病率差异较大,与诊断标准及受试者特征相关。虽然大多数研究尚未确立超杓型血压与靶器官损害之间的关系,但它与主要不良心血管事件存在相关性。现就学界对超杓型血压的认识及研究进展做一综述。 展开更多

关键词 高血压 超杓型血压 血压昼夜节律

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miR-148a-3p通过抑制钙网蛋白表达改善高糖诱导的心肌细胞线粒体损伤与凋亡

5

作者 苟棋玲 赵宏谋 +1 位作者 酉鹏华 刁佳宇 《西安交通大学学报（医学版）》 CAS CSCD 北大核心 2023年第4期499-504,共6页

目的评估miR-148a-3p对钙网蛋白(calreticulin,CRT)表达的影响以及对高糖培养下心肌细胞线粒体功能的调节作用。方法利用miR-148a-3p minic、inhibitor干预H9c2大鼠心肌母细胞,检测CRT蛋白表达水平。再将细胞分为对照组、高糖组、高糖+m... 目的评估miR-148a-3p对钙网蛋白(calreticulin,CRT)表达的影响以及对高糖培养下心肌细胞线粒体功能的调节作用。方法利用miR-148a-3p minic、inhibitor干预H9c2大鼠心肌母细胞,检测CRT蛋白表达水平。再将细胞分为对照组、高糖组、高糖+miR-148a-3p minic组、高糖+miR-148a-3p minic+TG(CRT激动剂)、高糖+miR-148a-3p inhibitor组、高糖+miR-148a-3p inhibitor+CRT-(CRT-siRNA)组,检测三磷酸腺苷(adenosine triphosphate,ATP)含量与活性氧物质(reactive oxygen species,ROS)水平、细胞线粒体呼吸链复合酶活性与细胞凋亡水平。结果miR-148a-3p minic明显抑制心肌细胞内CRT蛋白表达,miR-148a-3p inhibitor使CRT表达水平升高。miR-148a-3p minic抑制了高糖诱导的心肌细胞内的ATP生成减少、ROS生成增多、线粒体呼吸链复合酶活性减弱及细胞过度凋亡;而TG减弱了miR-148a-3p minic的上述作用。miR-148a-3p inhibitor加重了高糖诱导的心肌细胞线粒体损伤与凋亡,而miR-148a-3p inhibitor的上述作用则被CRT-siRNA部分阻断。结论miR-148a-3p可负向调节心肌细胞内CRT的表达,并通过抑制CRT保护高糖诱导的心肌细胞线粒体损伤与凋亡。 展开更多

关键词 miR-148a-3p 钙网蛋白 高糖 心肌细胞 线粒体损伤 凋亡

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小儿特发性扩张型心肌病核心基因鉴定和免疫浸润分析

6

作者 尤红俊 赵倩倩 +1 位作者 苟棋玲 董梦雅 《中西医结合心脑血管病杂志》 2023年第20期3703-3710,共8页

目的:利用生物信息学分析筛选小儿特发性扩张型心肌病(PIDC)的核心基因,并进行免疫浸润分析。方法:使用R语言对来自基因表达综合数据库(GEO)的PIDC转录谱进行差异分析。利用R语言对差异表达基因(DEGs)进行基因本体(GO)功能富集分析和京... 目的:利用生物信息学分析筛选小儿特发性扩张型心肌病(PIDC)的核心基因,并进行免疫浸润分析。方法:使用R语言对来自基因表达综合数据库(GEO)的PIDC转录谱进行差异分析。利用R语言对差异表达基因(DEGs)进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。通过STRING数据库和CytoHubba构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络及鉴定核心基因。利用比较毒理基因组学数据库(CTD)分析核心基因与心肌病、心力衰竭风险的关系。利用单样本基因集富集分析(ssGSEA)计算PIDC中28种免疫细胞在免疫浸润微环境中的比例。结果:PIDC左心室有137个DEGs,主要参与对外部刺激的正向调节、炎症反应的调节、中性粒细胞的激活和介导的免疫、细胞-基质黏附的正向调节、细胞外结构、含胶原的细胞外基质等。DEGs参与细胞凋亡、胰岛素抵抗、花生四烯酸代谢和缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路等。鉴定的核心基因为信号转导和转录激活因子3(STAT3)、CD68、高亲和力IgE受体γ亚基基因(FCER1G)、细胞周期素D1(CCND1)和CD163,其与心肌病、心力衰竭关联紧密。PIDC左心室组织中央记忆型CD_(8)^(+)T细胞的含量较高;活化的树突样细胞、骨髓来源的抑制性细胞、自然杀伤T细胞、浆细胞样树突状细胞、滤泡辅助性T细胞的含量较低。结论:炎症及免疫反应在PIDC的发病机制中发挥着重要作用,5个核心基因和6种免疫细胞与PIDC发生发展密切相关。 展开更多

关键词 扩张型心肌病 差异表达基因 生物信息学 核心基因 免疫浸润

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加权基因共表达网络分析联合机器学习法筛选缺血性心肌病生物标记及免疫浸润分析

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作者 尤红俊 苟棋玲 +1 位作者 赵倩倩 董梦雅 《中西医结合心脑血管病杂志》 2023年第23期4289-4300,共12页

目的:利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)联合机器学习法筛选缺血性心肌病(ICM)的生物标记,并进行免疫浸润分析。方法:对来自基因表达综合数据库(GEO)的ICM转录谱进行差异分析。对差异表达基因(DEGs)进行基因本体(GO)富集分析和京都基... 目的:利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)联合机器学习法筛选缺血性心肌病(ICM)的生物标记,并进行免疫浸润分析。方法:对来自基因表达综合数据库(GEO)的ICM转录谱进行差异分析。对差异表达基因(DEGs)进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。整合WGCNA和套索回归(LASSO)分析,筛选出ICM的生物标记。绘制受试者工作特征曲线(ROC)评估其诊断效能,并进行免疫浸润分析。结果:ICM左心室组织中有517个DEGs,主要参与细胞外基质构成、含胶原蛋白的细胞外基质等;同时,DEGs参与磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K/AKT)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、内质网中的蛋白质加工、酪氨酸激酶/信号传导子及转录激活因子(JAK/STAT)信号通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化终产物/晚期糖基化终产物受体(AGE/RAGE)信号通路、细胞凋亡、缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路等。鉴定出的生物标记无孢蛋白(ASPN)和高温需求丝氨酸肽酶1(HTRA1)具备良好的诊断效能。T淋巴细胞介导的免疫反应在ICM的发生发展中发挥重要作用,并与ASPN和HTRA1显著相关。结论:ASPN和HTRA1可作为ICM的生物标记,并与T淋巴细胞显著相关,在ICM的发病机制中发挥重要作用。 展开更多

关键词 缺血性心肌病 加权基因共表达网络分析 机器学习 生物标记 免疫浸润

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混合式教学法在心内科住院医师规范化培训中的效果评价 被引量：3

8

作者 祁杰 吕颖 +1 位作者 苟棋玲 钟妮尔 《医学教育研究与实践》 2022年第6期786-789,共4页

目的为应对新冠肺炎疫情的防疫要求,探讨常态化疫情防控下混合式教学法在我院的心血管内科住院医师规范化培训中应用的学习效果。方法将学员随机分为混合教学组和传统教学组,每组32人,分别采用线上、线下相结合的混合教学法和线上面授... 目的为应对新冠肺炎疫情的防疫要求,探讨常态化疫情防控下混合式教学法在我院的心血管内科住院医师规范化培训中应用的学习效果。方法将学员随机分为混合教学组和传统教学组,每组32人,分别采用线上、线下相结合的混合教学法和线上面授的传统教学法进行临床教学活动,在教学完成时及结束后3个月对两组学员进行理论及技能操作考核,比较两种教学法的效果及学员对这两种教学方法的满意度及教学效果评价。结果在教学结束时及结束3个月后,混合教学组学员的理论成绩及技能成绩均显著高于传统教学组(P<0.01),混合教学组学员的教学效果评价及满意度均显著高于传统教学组(P<0.01)。结论在新冠疫情防控背景下,线上与线下相结合的混合教学法可以有效地提高学员的理论知识及实践应用能力,是一种有效的教学模式。 展开更多

关键词 混合教学法 新冠疫情防控 实践技能

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原发性醛固酮增多症合并早期肾动脉狭窄、冠状动脉粥样硬化性心脏病一例 被引量：1

9

作者 苟棋玲 王忠莉 《临床内科杂志》 CAS 2016年第7期498-499,共2页

患者，男，48岁。因“间断头昏9年，再发1个月伴头部发紧及心前区拥堵感”于2015年8月8日入院。患者于2006年发现高血压，最高达180／110mmHg，起初口服多种药物血压控制不佳、后换用缬沙坦80mg／氨氯地平5mg、比索洛尔5mg降压治疗，血... 患者，男，48岁。因“间断头昏9年，再发1个月伴头部发紧及心前区拥堵感”于2015年8月8日入院。患者于2006年发现高血压，最高达180／110mmHg，起初口服多种药物血压控制不佳、后换用缬沙坦80mg／氨氯地平5mg、比索洛尔5mg降压治疗，血压仍持续波动在160／95mmHg左右。 展开更多

关键词 原发性醛固酮增多症 肾动脉狭窄 冠心病

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老年患者永久起搏器植入的临床疗效评价

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作者 祁杰 韩稳琦 +1 位作者 吴皓宇 苟棋玲 《延安大学学报（医学科学版）》 2022年第4期60-63,共4页

目的探讨不同年龄组老年患者植入心脏永久起搏器的安全性及可行性。方法对2020年1月至2021年1月初诊于陕西省人民医院心内二科初次植入永久起搏器的老年患者74例的临床及随访资料进行回顾性分析,依据世界卫生组织的老年标准分为高龄组... 目的探讨不同年龄组老年患者植入心脏永久起搏器的安全性及可行性。方法对2020年1月至2021年1月初诊于陕西省人民医院心内二科初次植入永久起搏器的老年患者74例的临床及随访资料进行回顾性分析,依据世界卫生组织的老年标准分为高龄组和低龄组。分析气胸、电极脱位、囊袋出血等并发症发生率及起搏器阈值、感知、电极阻抗等数据。结果两组患者在性别和BMI,以及冠心病、高血压和2型糖尿病患病占比差异均无统计学意义(P>0.05)。高龄组年龄以及心力衰竭和肺部疾病的占比均显著高于低龄组,差异有统计学意义(P<0.05)。高龄组气胸和囊袋出血发生率显著高于低龄组,差异有统计学意义(P<0.05);高龄组心室和心房的起搏阈值均显著高于低龄组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论高龄及超高龄患者植入心脏永久起搏器安全且可行,关注老年患者生理特性并注重围术期管理十分重要。 展开更多

关键词 永久起搏器 高龄 超高龄 并发症

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希氏束起搏在心力衰竭患者中的应用研究进展

11

作者 祁杰 程功 +2 位作者 杨光 韩稳琦 苟棋玲 《实用心电学杂志》 2022年第3期206-209,211,共5页

常规的右心室起搏位点为右心室的间隔及心尖部,而这并非生理性的起搏位点,可导致心室收缩非同步,进而引发起搏介导的心肌病,并使心力衰竭(简称心衰)患者的住院率升高。希氏束起搏模拟了正常心室的电激动顺序,是一种生理性起搏方式。近年... 常规的右心室起搏位点为右心室的间隔及心尖部,而这并非生理性的起搏位点,可导致心室收缩非同步,进而引发起搏介导的心肌病,并使心力衰竭(简称心衰)患者的住院率升高。希氏束起搏模拟了正常心室的电激动顺序,是一种生理性起搏方式。近年来,希氏束起搏在心衰患者中的临床应用逐年增多,在临床实践中获益显著,是目前研究的热点。本文将从希氏束的解剖、电生理等方面,对希氏束起搏的研究现状及其在心衰患者中的应用进展进行综述。 展开更多

关键词 希氏束起搏 心力衰竭 生理性起搏 电-机械同步 房颤 再同步化

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非酒精性脂肪性肝病发病机制的研究进展 被引量：16

12

作者 匡爱霞 王忠莉 苟棋玲 《临床内科杂志》 CAS 2018年第4期284-285,共2页

非酒精性脂肪性肝病（NAFLD）是指除外酒精和其他损伤肝脏因素所导致的以肝细胞内脂肪过度沉积为主要特征的临床病理综合征，与胰岛素抵抗（IR）和遗传易感密切相关。

关键词 非酒精性脂肪性肝病 非酒精性脂肪性肝炎 固有免疫 自噬 表观遗传学

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冠心病合并糖尿病患者338例临床特点分析 被引量：1

13

作者 帅建 苟棋玲 +2 位作者 匡爱霞 干学东 王忠莉 《临床内科杂志》 CAS 2019年第12期850-852,共3页

冠心病(CHD)是最常见的心血管疾病之一。在普通人群中进行动脉粥样硬化风险评估时,合并糖尿病(DM)被列为极高危的危险因素。有研究显示,血糖和胰岛素水平能够预测CHD合并DM患者发生心血管事件的风险,胰岛素水平与CHD的严重程度呈线性相... 冠心病(CHD)是最常见的心血管疾病之一。在普通人群中进行动脉粥样硬化风险评估时,合并糖尿病(DM)被列为极高危的危险因素。有研究显示,血糖和胰岛素水平能够预测CHD合并DM患者发生心血管事件的风险,胰岛素水平与CHD的严重程度呈线性相关[1]。也有研究指出,血糖水平与CHD的严重程度无明显相关性,而DM病程影响CHD的严重程度[2]。本研究纳入1424例因主诉为“胸闷胸痛”行冠状动脉(简称冠脉)造影检查的患者,探讨DM/非DM患者CHD发生及其严重程度的临床特点及危险因素,为临床早期控制CHD及冠脉病变程度的危险因素,预防CHD及其相关不良事件的发生提供理论依据。 展开更多

关键词 冠心病 糖尿病 严重程度 危险因素

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肝淀粉样变性一例误诊为自身免疫性肝病并文献复习 被引量：2

14

作者 匡爱霞 王忠莉 苟棋玲 《临床误诊误治》 2017年第9期13-16,共4页

目的探讨肝淀粉样变性的临床特点及误诊原因。方法对我院收治的肝淀粉样变性1例的临床资料进行回顾性分析,并复习相关文献。结果本例因腹胀、食欲缺乏伴腹腔积液3个月入院。病初误诊为自身免疫性肝病,予相关治疗后症状未见明显缓解,后... 目的探讨肝淀粉样变性的临床特点及误诊原因。方法对我院收治的肝淀粉样变性1例的临床资料进行回顾性分析,并复习相关文献。结果本例因腹胀、食欲缺乏伴腹腔积液3个月入院。病初误诊为自身免疫性肝病,予相关治疗后症状未见明显缓解,后行肝穿刺活组织病理检查(活检)示:肝组织内见纤维蛋白渗出物呈纤维化、玻璃样变性,残存少许肝细胞;免疫组织化学染色示:刚果红染色阳性。确诊为肝淀粉样变性,行经颈内静脉肝内门体分流术+腹腔积液引流术,术中肝内植入支架一枚,术后予抗感染、补充白蛋白、利尿等对症处理,患者腹腔积液明显减少,腹胀症状好转出院,后失访。结论临床遇及原因不明的乏力、疲劳、消瘦、食欲缺乏、不易纠正的低蛋白血症、大量蛋白尿、肝大等患者时,要考虑到肝淀粉样变性的可能,及时行肝脏活检,减少误诊误治。 展开更多

关键词 肝淀粉样变性 误诊 自身免疫性肝病

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基于高通量测序数据挖掘探讨小鼠射血分数保留心力衰竭的发病机制 被引量：1

15

作者 尤红俊 赵倩倩 +3 位作者 任淑婷 刁佳宇 苟棋玲 董梦雅 《中西医结合心脑血管病杂志》 2022年第22期4102-4109,共8页

目的对小鼠射血分数保留心力衰竭(HFpEF)转录组高通量测序数据进行生物信息学分析,探讨其发病机制。方法使用R语言对基因表达综合数据库(GEO)来源的HFpEF转录谱数据进行差异表达分析,STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,并利用... 目的对小鼠射血分数保留心力衰竭(HFpEF)转录组高通量测序数据进行生物信息学分析,探讨其发病机制。方法使用R语言对基因表达综合数据库(GEO)来源的HFpEF转录谱数据进行差异表达分析,STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,并利用cytoHubba软件鉴定核心基因。采用R语言进行差异表达基因(DEGs)和核心基因的基因本体论(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用比较毒理基因组学数据库(CTD)分析核心基因与心力衰竭风险之间的关系。结果HFpEF小鼠左心室组织中337个基因存在差异表达。DEGs主要参与细胞外结构和基质的构成、损伤应答和愈合、胶原纤维构成、血液凝固和纤连蛋白结合等多个GO子集。KEGG分析提示DEGs参与细胞外基质-受体相互作用、黏着斑、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K-Akt)、血小板活化、糖尿病并发症中的晚期糖化终产物(AGEs)及其受体(RAGE)、缺氧诱导因子1(HIF-1)等信号通路中。构建PPI网络后共鉴定出30个核心基因,即Fn1、Mki67、Mmp9、Col1a1、Ctgf、Col1a2、Col3a1、Timp1、Cdk1、Hmmr、Foxm1、Racgap1、Ckap2、Spag5、Ncapg、Cenpe、Fbn1、Spp1、Thbs1、Shcbp1、Cdca3、Ckap2l、Tpx2、Cenpf、Kif20a、Cep55、Prc1、Ect2、Lox和Anln。核心基因参与有丝分裂、细胞外基质、细胞黏附分子结合、细胞外基质-受体相互作用、黏着斑、AGE-RAGE、PI3K-Akt、血小板活化和转化生长因子β(TGF-β)等信号通路。CTD数据库分析提示,核心基因Col1a1、Fn1、Mmp9、Timp1、Spp1、Col3a1、Cdk1和Thbs1等与舒张性心力衰竭关联性更高。结论通过挖掘HFpEF转录谱数据,可进一步了解其发病机制,为疾病防治提供理论支持。 展开更多

关键词 射血分数保留心力衰竭 基因表达综合数据库 差异表达基因 生物信息学 富集分析

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基于机器学习算法筛选肥厚性心肌病铁死亡的潜在疾病特征基因

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作者 尤红俊 赵倩倩 +4 位作者 苟棋玲 武锋超 刁佳宇 程功 董梦雅 《实用心脑肺血管病杂志》 2024年第5期59-65,共7页

目的基于机器学习算法筛选肥厚性心肌病(HCM)铁死亡的潜在疾病特征基因。方法从基因表达数据库(GEO)中下载GSE36961、GSE141910数据集,其中GSE36961数据集包括106例HCM患者和39例健康对照者,作为训练集;GSE141910数据集包括28例HCM患者... 目的基于机器学习算法筛选肥厚性心肌病(HCM)铁死亡的潜在疾病特征基因。方法从基因表达数据库(GEO)中下载GSE36961、GSE141910数据集,其中GSE36961数据集包括106例HCM患者和39例健康对照者,作为训练集;GSE141910数据集包括28例HCM患者和166例健康对照者,作为测试集。使用R语言“limma”包筛选GSE36961数据集中HCM患者与健康对照者之间的差异表达基因(DEGs),然后与铁死亡数据库(FerrDb)中的259个铁死亡相关基因取交集,以筛选HCM铁死亡相关DEGs。采用随机森林筛选疾病特征基因,绘制热图以分析疾病特征基因在测试集中的表达情况,并基于疾病特征基因构建人工神经网络(ANN)模型;绘制ROC曲线以评估ANN模型对训练集、测试集HCM的预测价值。结果从GSE36961数据集中筛选出2959个DEGs,与铁死亡数据库中259个铁死亡相关基因取交集后获得72个HCM铁死亡相关DEGs。采用随机森林从72个HCM铁死亡相关DEGs中筛选出9个疾病特征基因,分别为ALOX5、ZFP36、RGS4、DDIT3、LPCAT3、SOCS1、EGLN2、NNMT和DUSP1。热图分析结果显示,RGS4、DDIT3表达上调,ALOX5、ZFP36、LPCAT3、SOCS1、EGLN2、NNMT、DUSP1表达下调。基于9个疾病特征基因构建ANN模型。ROC曲线分析结果显示,ANN模型预测训练集HCM的AUC为1.000[95%CI(0.998~1.000)],预测测试集HCM的AUC为0.817[95%CI(0.745~0.881)]。结论ALOX5、ZFP36、RGS4、DDIT3、LPCAT3、SOCS1、EGLN2、NNMT和DUSP1是HCM铁死亡的潜在疾病特征基因。 展开更多

关键词 心肌病 肥厚性 铁死亡 差异表达基因 随机森林 人工神经网络

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COVID-19与动脉粥样硬化不稳定斑块共同疾病基因的筛选及鉴定

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作者 尤红俊 苟棋玲 +1 位作者 董梦雅 常凤军 《实用心脑肺血管病杂志》 2024年第10期82-87,93,共7页

目的筛选并鉴定COVID-19与动脉粥样硬化(AS)不稳定斑块的共同疾病基因。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载GSE164805、GSE28829、GSE41571、GSE163154数据集,然后将GSE28829、GSE41571数据集作为AS训练集,GSE163154数据集作为AS验证集... 目的筛选并鉴定COVID-19与动脉粥样硬化(AS)不稳定斑块的共同疾病基因。方法从基因表达综合(GEO)数据库下载GSE164805、GSE28829、GSE41571、GSE163154数据集,然后将GSE28829、GSE41571数据集作为AS训练集,GSE163154数据集作为AS验证集。筛选GSE164805数据集中COVID-19和健康对照者(HC)间的差异表达基因(DEGs)及AS训练集中AS不稳定斑块和AS稳定斑块间的DEGs。绘制COVID-19和HC间的DEGs与AS不稳定斑块和AS稳定斑块间的DEGs的韦恩图,筛选COVID-19与AS不稳定斑块的共同DEGs。将共同DEGs导入String数据库进行蛋白质-蛋白质互作(PPI)网络分析,以最大相关准则(MCC)值排序前10位的基因作为共同核心DEGs。在GSE164805数据集和AS训练集中分析10个共同核心DEGs的表达水平。绘制ROC曲线以分析10个共同核心DEGs对AS验证集AS不稳定斑块的预测效能。结果在GSE164805数据集中,COVID-19和HC间的DEGs共5379个。在AS训练集中,AS不稳定斑块和AS稳定斑块间的DEGs共1615个。韦恩图分析结果显示,COVID-19与AS不稳定斑块的共同DEGs共210个。PPI网络分析结果显示,取MCC排序前10位的基因作为共同核心DEGs,分别为TLR2、FCGR3B、TLR8、CSF1R、MMP9、TLR1、CD163、SPI1、CD80、C5AR1。在GSE164805数据集中,COVID-19的TLR2、FCGR3B、TLR8、CSF1R、MMP9、TLR1、CD163、SPI1、CD80、C5AR1表达水平高于HC(P<0.05);在AS训练集中,AS不稳定斑块的TLR2、FCGR3B、TLR8、CSF1R、MMP9、TLR1、CD163、SPI1、CD80、C5AR1表达水平高于AS稳定斑块(P<0.05)。ROC曲线分析结果显示,TLR2、FCGR3B、TLR8、CSF1R、MMP9、TLR1、CD163、SPI1、CD80、C5AR1预测AS验证集AS不稳定斑块的AUC分别为0.873〔95%CI(0.746~0.999)〕、0.565〔95%CI(0.385~0.746)〕、0.843〔95%CI(0.691~0.994)〕、0.953〔95%CI(0.898~1.000)〕、0.938〔95%CI(0.861~1.000)〕、0.831〔95%CI(0.694~0.968)〕、0.951〔95%CI(0.895~1.000)〕、0.981〔95%CI(0.931~1.000)〕、0.935〔95%CI(0.856~1.000)〕、0.984〔95%CI(0.958~1.000)〕。结论TLR2、TLR8、CSF1R、MMP9、TLR1、CD163、SPI1、CD80、C5AR1可能是COVID-19与AS不稳定斑块的共同疾病基因。 展开更多

关键词 新型冠状病毒感染 动脉粥样硬化 粥样斑块 基因

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基于冠状动脉CT血管造影的血流储备分数对不同性质冠状动脉斑块患者发生病变特异性缺血的诊断价值 被引量：3

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作者 董梦雅 苟棋玲 +1 位作者 杨光 寿锡凌 《实用心脑肺血管病杂志》 2023年第10期96-101,共6页

目的分析基于冠状动脉CT血管造影的血流储备分数(CT-FFR)对不同性质冠状动脉斑块患者发生病变特异性缺血的诊断价值。方法连续收集2019年12月至2021年4月在陕西省人民医院心血管内二科住院并接受选择性冠状动脉造影(CAG)检查的35例疑似... 目的分析基于冠状动脉CT血管造影的血流储备分数(CT-FFR)对不同性质冠状动脉斑块患者发生病变特异性缺血的诊断价值。方法连续收集2019年12月至2021年4月在陕西省人民医院心血管内二科住院并接受选择性冠状动脉造影(CAG)检查的35例疑似冠状动脉狭窄患者及2020年7月至2021年4月在四川大学华西医院住院并接受选择性CAG检查的56例疑似冠状动脉狭窄患者为研究对象。根据冠状动脉斑块性质将所有患者分为钙化斑块组(n=14)、非钙化斑块组(n=34)和混合斑块组(n=42)。比较三组人口学资料、入院时心率、入院时血压、既往史、入院时实验室检查指标、CT-FFR及血流储备分数(FFR)。以FFR≤0.80作为诊断病变特异性缺血的“金标准”,绘制ROC曲线以评价CT-FFR对不同性质冠状动脉斑块患者发生病变特异性缺血的诊断价值;采用相关系数分析FFR与CT-FFR诊断不同性质冠状动脉斑块患者发生病变特异性缺血结果的一致性,绘制Bland-Altman图以分析CTFFR与FFR诊断不同性质冠状动脉斑块患者发生病变特异性缺血结果的差异性。结果三组年龄、入院时舒张压、有糖尿病史者占比、有高血压史者占比及入院时血肌酐(Scr)比较,差异有统计学意义(P<0.05)。以CT-FFR≤0.80诊断为病变特异性缺血。在冠状动脉钙化斑块、非钙化斑块、混合斑块患者中,CT-FFR诊断病变特异性缺血的灵敏度分别为55.55%、72.22%、75.00%,特异度分别为20.00%、81.25%、55.55%,正确率分别为42.86%、76.47%、66.67%。ROC曲线分析结果显示,CT-FFR诊断冠状动脉钙化、非钙化、混合斑块患者发生病变特异性缺血的AUC分别为0.40〔95%CI(0.07,0.73),P=0.549〕、0.75〔95%CI(0.58,0.93),P=0.011〕、0.66〔95%CI(0.48,0.84),P=0.080〕。相关性分析结果显示,FFR与CT-FFR诊断冠状动脉钙化、混合斑块患者发生病变特异性缺血结果均无线性关系(冠状动脉钙化斑块患者:R^(2)<0.01,P=0.926;冠状动脉混合斑块患者:R^(2)=0.07,P=0.102),FFR与CT-FFR诊断冠状动脉非钙化斑块患者发生病变特异性缺血结果的一致性良好(R^(2)=0.19,P=0.011)。Bland-Altman图分析结果显示,CT-FFR与FFR诊断冠状动脉非钙化斑块患者发生病变特异性缺血的所有散点基本在平均差值的95%CI内,说明两种方法检测结果差异性小。结论CT-FAR对冠状动脉非钙化斑块患者发生病变特异性缺血具有一定诊断价值,对冠状动脉钙化、混合斑块患者发生病变特异性缺血的诊断价值较低。 展开更多

关键词 冠状动脉疾病 斑块 病变特异性缺血 血流储备分数 CT血管造影术 诊断

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234例冠状动脉粥样硬化性心脏病患者临床分析 被引量：8

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作者 苟棋玲 干学东 王忠莉 《武汉大学学报（医学版）》 CAS 2017年第2期329-333,共5页

目的:分析了234例冠心病患者临床特点及危险因素,为临床冠心病的防治积累经验。方法:选取2011-2012年间在我院行冠脉造影的324例研究对象,根据冠脉造影结果将研究对象分为冠心病组(n=234)及非冠心病组(n=90)。详细询问高血压病、糖尿病... 目的:分析了234例冠心病患者临床特点及危险因素,为临床冠心病的防治积累经验。方法:选取2011-2012年间在我院行冠脉造影的324例研究对象,根据冠脉造影结果将研究对象分为冠心病组(n=234)及非冠心病组(n=90)。详细询问高血压病、糖尿病、家族早发心脏病、吸烟及高脂血症等病史。并进行血常规、肝肾功能、尿酸、血脂等生化检查,采用Gensini积分评估患者冠脉病变情况。结果:冠心病组包含更多吸烟、家族早发冠心病、高血压及糖尿病等病史的患者;冠心病组WBC、L%、N%、NLR、PLR、ALT、AST、TG、HDL-C、apoA1、BUN、Cr、UA均显著高于非冠心病组,差异有统计学意义。结论:高血压、糖尿病、高AST、高NLR及高尿酸血症是冠心病患者的独立危险因素;AST、脂蛋白a、HDL-C、NLR是冠心病病变严重程度的危险因素。 展开更多

关键词 冠状动脉心脏病 GENSINI积分 危险因素

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