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金钱鱼下丘脑转录组分析及其对雌激素在体注射的响应
1
作者 潘书慧 周彤 +6 位作者 袁嘉慧 罗琼 秦若彤 茹笑影 黄洋 石红娟 李广丽 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第8期1195-1210,共16页
为探究XX雌性和XY雄性金钱鱼(Scatophagus argus)下丘脑中的差异表达基因及雌激素(17β-Estradiol,E2)在体注射对XY雄鱼下丘脑中基因表达的影响,开展了转录组测序分析,包括测序数据质控、基因功能注释,差异基因筛选、鉴定和差异基因功... 为探究XX雌性和XY雄性金钱鱼(Scatophagus argus)下丘脑中的差异表达基因及雌激素(17β-Estradiol,E2)在体注射对XY雄鱼下丘脑中基因表达的影响,开展了转录组测序分析,包括测序数据质控、基因功能注释,差异基因筛选、鉴定和差异基因功能富集分析等,并利用实时定量PCR(Real-time quantitative PCR,qPCR)检测了金钱鱼下丘脑中相关基因的表达。金钱鱼下丘脑转录组共测得Clean reads 275833710,测序质量30(Q30)大于95%,GC含量值大于48%。其中,Ctrl-XX-H vs.Ctrl-XY-H组,共筛选和鉴定了91个差异表达基因,包括36个上调基因和55个下调基因。在Ctrl-XY-H vs.E2-XY-H组,筛选和鉴定了28个差异表达基因,包括11个上调基因和17个下调基因。GO和KEGG富集分析发现,差异表达基因主要显著富集在细胞、单生物过程,膜、膜组分,结合等生物学功能及泛醌和其他萜类-醌生物合成及类固醇激素生物合成通路等。转录组和qPCR结果表明,XX和XY金钱鱼下丘脑中prl、ccna1和hsp90aa1.1等生殖相关基因的表达具有明显的性别差异,但sbGnRH、sGnRH和cGnRH等生殖轴相关基因,ghrh、ghrhr和sst1、3、5和6等生长轴相关基因的表达没有明显差异。E2在体注射后,雄鱼下丘脑中cyp19a1b和greb1等基因的表达显著上调,而prl的表达显著下调。以上结果表明,雌激素可通过反馈作用调节下丘脑中部分基因的表达,参与调控金钱鱼性腺发育和配子发生过程。 展开更多
关键词 下丘脑 性别差异基因 17Β-雌二醇 金钱鱼
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配合饲料替代冰鲜鱼对高体鰤幼鱼生长及肝脏转录组的影响
2
作者 杨桐林 黄洋 +5 位作者 茹笑影 李锦 朱锟锋 杨佳慧 陈培培 朱春华 《广东海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2023年第5期92-99,共8页
【目的】探讨配合饲料替代冰鲜鱼条件下,高体鰤(Seriola dumerili)幼鱼生长及肝脏组织代谢相关基因的表达,揭示配合饲料影响高体生长、代谢的分子机制,为其精准配合饲料开发提供参考。【方法】分别将以冰鲜鱼与配合饲料喂养60 d的高体... 【目的】探讨配合饲料替代冰鲜鱼条件下,高体鰤(Seriola dumerili)幼鱼生长及肝脏组织代谢相关基因的表达,揭示配合饲料影响高体生长、代谢的分子机制,为其精准配合饲料开发提供参考。【方法】分别将以冰鲜鱼与配合饲料喂养60 d的高体幼鱼肝脏组织进行转录组测序分析,筛选差异表达基因(DEGs),富集分析GO和KEGG信号通路,RT-qPCR检测不同饵料喂养后高体肝脏中生长及代谢相关基因的表达。【结果】高体肝脏转录组测序获得高质量数据(cleanreads)共247272212,各样品Q_(30)均不低于94.11%;与冰鲜鱼组对比,配合饲料组共筛选到144个DEGs,其中81个DEGs表达上调,63个DEGs表达下调;KEGG通路富集分析发现,配合饲料组相对冰鲜鱼组显著富集在甾体生物合成、不饱和脂肪酸生物合成、萜类骨架生物合成、胆固醇代谢、脂肪代谢等脂质合成与代谢通路;转录组结果显示,配合饲料组与冰鲜鱼组肝脏中生长相关基因无显著差异,而代谢相关基因表达显著上调,RT-qPCR结果与转录组结果相一致。【结论】以配合饲料替代冰鲜鱼饲喂高体幼鱼,幼鱼生长差异不显著,但肝脏的脂质代谢能力显著提升。 展开更多
关键词 高体鰤 饲料替代 转录组测序 脂质代谢
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17β-雌二醇注射雌性金钱鱼下丘脑转录组分析 被引量：4
3
作者 石红娟 茹笑影 +5 位作者 刘玉琪 郑芸 伍旭辉 黄洋 李广丽 江东能 《广东海洋大学学报》 CAS 北大核心 2021年第2期76-85,共10页
【目的】通过转录组测序分析雌激素(17β-Estradiol,E_(2))对雌性金钱鱼下丘脑中基因表达的影响。【方法】E_(2)体注射后进行雌性金钱鱼下丘脑转录组测序,基因功能注释,差异基因筛选、鉴定,GO(Gene Ontology annotation)和KEGG(Kyoto En... 【目的】通过转录组测序分析雌激素(17β-Estradiol,E_(2))对雌性金钱鱼下丘脑中基因表达的影响。【方法】E_(2)体注射后进行雌性金钱鱼下丘脑转录组测序,基因功能注释,差异基因筛选、鉴定,GO(Gene Ontology annotation)和KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)信号通路富集分析,并利用实时定量PCR(Real-time quantitative PCR,qPCR)检测E_(2)体注射后雌性金钱鱼下丘脑中相关基因的表达。【结果】雌性金钱鱼下丘脑转录组测序共测得Clean reads为190909756,注释到17687个基因,筛选和鉴定了22个差异表达基因,包括prl、erf3α、pgr和cyp19a1b等11个表达上调基因和chsy1、muc17l、prf1和hla-α等11个下调基因。通过KEGG功能富集分析发现差异基因涉及13个代谢通路。转录组和qPCR结果显示,与对照雌鱼相比,E_(2)注射组雌鱼下丘脑中prl、pgr、cyp19a1b和3β-HSDI的表达显著上调,而生长轴相关基因ghrh、sst1、sst3、sst5和sst6的表达未受影响。【结论】E_(2)通过反馈作用调节下丘脑中部分性类固醇激素合成通路相关基因的表达,但不影响生长相关基因的表达。 展开更多
关键词 金钱鱼 下丘脑 17Β-雌二醇 转录组分析
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金钱鱼mmp基因在性腺中的表达及其对外源17β-雌二醇的响应 被引量：1
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作者 郑任驰 罗少凤 +5 位作者 朱玮蔚 李雪微 石红娟 茹笑影 MUSTAPHA Umar Farouk 李广丽 《广东海洋大学学报》 CAS 北大核心 2022年第6期56-64,共9页
【目的】探究基质金属蛋白酶(Matrix metalloproteinase,MMP)基因mmp在金钱鱼(Scatophagus argus)生殖发育过程的作用。【方法】基于金钱鱼性腺转录组数据,筛选11个在性腺中高表达的mmp基因(mmp2、-9、-11b、-14a、-15a、-15b、-16a、-... 【目的】探究基质金属蛋白酶(Matrix metalloproteinase,MMP)基因mmp在金钱鱼(Scatophagus argus)生殖发育过程的作用。【方法】基于金钱鱼性腺转录组数据,筛选11个在性腺中高表达的mmp基因(mmp2、-9、-11b、-14a、-15a、-15b、-16a、-17a、-23b、-24和-28),利用qPCR分析4~12月龄金钱鱼性腺及17β-雌二醇(E_(2))处理性逆转金钱鱼间性卵-精巢中mmp基因的相对表达量,并通过E_(2)的在体注射和离体孵育,分析E_(2)对金钱鱼性腺中mmp基因相对表达量的影响。【结果】在4~9月龄金钱鱼性腺中,11个mmp基因未呈性别二态性表达;在10~12月龄金钱鱼性腺中,11个mmp基因均呈性别二态性表达。在间性卵-精巢中,mmp15a、-15b、-16a、-17a和-24的相对表达量显著低于其在精巢中的表达量。E_(2)在体注射结果显示,E_(2)可下调精巢中mmp2、-9、-11b和-14a的相对表达量,而显著上调其在卵巢中的相对表达量。不同浓度E_(2)离体孵育实验结果显示,E_(2)可上调精巢和卵巢中mmp2与mmp9的相对表达量。【结论】E_(2)对金钱鱼mmp基因表达的影响取决于其剂量以及处理方式,不同mmp基因对E_(2)处理的响应不同。 展开更多
关键词 金钱鱼 基质金属蛋白酶 基因表达 性腺 17Β-雌二醇
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