目的分析亚洲区西尼罗河病毒(West Nile virus,WNV)的流行情况,探讨其系统发育和分子进化特征。方法从NCBI数据库中分别获取亚洲区流行的WNV全基因组序列和E蛋白序列,进行比对和同源性分析后构建系统进化树,分析来自不同株型病毒的结构...目的分析亚洲区西尼罗河病毒(West Nile virus,WNV)的流行情况,探讨其系统发育和分子进化特征。方法从NCBI数据库中分别获取亚洲区流行的WNV全基因组序列和E蛋白序列,进行比对和同源性分析后构建系统进化树,分析来自不同株型病毒的结构蛋白E的核苷酸和氨基酸的突变率,进一步找出氨基酸的替代位点。结果在中国、马来西亚、印度、以色列、巴基斯坦、伊朗和土耳其等地有血清学感染或回顾性检测阳性报道。将获取的WNV全基因组序列进行系统进化树分析,发现WNV以色列株(HM152773、AF481864)在亲缘关系上与谱系1a株最为接近,而以色列株(AY688948)在亲缘关系上与谱系2株较为接近,印度株(KU978770)与谱系1c接近;将获取的WNV E蛋白序列进行系统进化分析,发现WNV中国株(JX442278,JX42280-JX442282)在亲缘关系上与谱系1a株最为接近。氨基酸序列和核酸序列分析表明,不同株型的E蛋白与谱系2相比,表现为碱基和氨基酸的突变率高,与谱系1a相比,印度株(GQ851605、JX041632、GQ851604和KU978770)的第154和第156位氨基酸分别由天冬酰胺突变为天冬氨酸和丝氨酸(N154D,N154S),丝氨酸突变为脯氨酸和丙氨酸(S156P,S156A),而中国株(AY490240)、巴基斯坦株(JX070655)和以色列株(HM051416)的第156位氨基酸分别由丝氨酸突变为脯氨酸、苯丙氨酸和脯氨酸(S156P、S156F、S156P)。结论通过谱系分析、系统进化树构建、包膜蛋白E氨基酸序列及编码核苷酸序列的比较分析发现,有些位点的改变可能与病毒的毒力、致病性、神经侵袭力、流行等有关,为研究亚洲区不同国家不同株型间WNV的生物学和流行致病性差异提供了参考。展开更多
文摘目的分析亚洲区西尼罗河病毒(West Nile virus,WNV)的流行情况,探讨其系统发育和分子进化特征。方法从NCBI数据库中分别获取亚洲区流行的WNV全基因组序列和E蛋白序列,进行比对和同源性分析后构建系统进化树,分析来自不同株型病毒的结构蛋白E的核苷酸和氨基酸的突变率,进一步找出氨基酸的替代位点。结果在中国、马来西亚、印度、以色列、巴基斯坦、伊朗和土耳其等地有血清学感染或回顾性检测阳性报道。将获取的WNV全基因组序列进行系统进化树分析,发现WNV以色列株(HM152773、AF481864)在亲缘关系上与谱系1a株最为接近,而以色列株(AY688948)在亲缘关系上与谱系2株较为接近,印度株(KU978770)与谱系1c接近;将获取的WNV E蛋白序列进行系统进化分析,发现WNV中国株(JX442278,JX42280-JX442282)在亲缘关系上与谱系1a株最为接近。氨基酸序列和核酸序列分析表明,不同株型的E蛋白与谱系2相比,表现为碱基和氨基酸的突变率高,与谱系1a相比,印度株(GQ851605、JX041632、GQ851604和KU978770)的第154和第156位氨基酸分别由天冬酰胺突变为天冬氨酸和丝氨酸(N154D,N154S),丝氨酸突变为脯氨酸和丙氨酸(S156P,S156A),而中国株(AY490240)、巴基斯坦株(JX070655)和以色列株(HM051416)的第156位氨基酸分别由丝氨酸突变为脯氨酸、苯丙氨酸和脯氨酸(S156P、S156F、S156P)。结论通过谱系分析、系统进化树构建、包膜蛋白E氨基酸序列及编码核苷酸序列的比较分析发现,有些位点的改变可能与病毒的毒力、致病性、神经侵袭力、流行等有关,为研究亚洲区不同国家不同株型间WNV的生物学和流行致病性差异提供了参考。
