目的利用二代测序技术筛选出具有显著性变化的基因,并探讨月腺大戟素A在转录组学层面上抗乳腺癌活性的作用机制。方法从月腺大戟药材中提取乙酰间苯三酚类化合物月腺大戟素A,对MCF-7细胞(乳腺癌细胞的luminal A型)进行干扰,观察被干扰...目的利用二代测序技术筛选出具有显著性变化的基因,并探讨月腺大戟素A在转录组学层面上抗乳腺癌活性的作用机制。方法从月腺大戟药材中提取乙酰间苯三酚类化合物月腺大戟素A,对MCF-7细胞(乳腺癌细胞的luminal A型)进行干扰,观察被干扰后的细胞与正常细胞差异基因表达,采用二代高通量测序平台(IlluminaHi-Seq)测序技术分别对对照组和实验组各3个样本进行高通量转录组测序并进行数据分析。结果对照组和实验组分别总获得123656848、123974262个干净序列(clean reads),分别对比到参考基因组上的序列为119762214、119881622,各占总数的96.85%、96.69%;2组转录组对照可得:差异基因总数为1695个,其中上调基因770个,下调基因925个,可清楚注释的基因有3874个。应用基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)进行生物功能富集分析,GO分析发现这3874个基因主要涉及生物过程(1270个)、细胞组成(1322个)与分子功能(1282个)3个大类的45个小类,包括细胞的生长发育过程、信号蛋白活性、膜以及基因表达的调控等过程;KEGG分析发现差异表达基因涉及263条信号通路,主要代谢通路为PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路;以及碳水化合物代谢、心肌系统和细胞生殖系统等生物过程。结论利用二代高通量测序平台测序技术一共筛选、鉴定出差异基因1695个,更深入了解了月腺大戟素A与MCF-7细胞基因之间的相互关系,为乳腺癌治疗提供了一些理论基础。展开更多
文摘目的利用二代测序技术筛选出具有显著性变化的基因,并探讨月腺大戟素A在转录组学层面上抗乳腺癌活性的作用机制。方法从月腺大戟药材中提取乙酰间苯三酚类化合物月腺大戟素A,对MCF-7细胞(乳腺癌细胞的luminal A型)进行干扰,观察被干扰后的细胞与正常细胞差异基因表达,采用二代高通量测序平台(IlluminaHi-Seq)测序技术分别对对照组和实验组各3个样本进行高通量转录组测序并进行数据分析。结果对照组和实验组分别总获得123656848、123974262个干净序列(clean reads),分别对比到参考基因组上的序列为119762214、119881622,各占总数的96.85%、96.69%;2组转录组对照可得:差异基因总数为1695个,其中上调基因770个,下调基因925个,可清楚注释的基因有3874个。应用基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)进行生物功能富集分析,GO分析发现这3874个基因主要涉及生物过程(1270个)、细胞组成(1322个)与分子功能(1282个)3个大类的45个小类,包括细胞的生长发育过程、信号蛋白活性、膜以及基因表达的调控等过程;KEGG分析发现差异表达基因涉及263条信号通路,主要代谢通路为PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路;以及碳水化合物代谢、心肌系统和细胞生殖系统等生物过程。结论利用二代高通量测序平台测序技术一共筛选、鉴定出差异基因1695个,更深入了解了月腺大戟素A与MCF-7细胞基因之间的相互关系,为乳腺癌治疗提供了一些理论基础。
