【目的】通过分析梅花鹿早期妊娠不同时期的血液转录组数据,筛选参与梅花鹿早期妊娠的关键基因。【方法】分别采集人工授精后0、7、15和20 d的雌性梅花鹿血液样品,利用Illumina HiSeq TM 3000C测序平台进行转录组分析。对不同时期的血...【目的】通过分析梅花鹿早期妊娠不同时期的血液转录组数据,筛选参与梅花鹿早期妊娠的关键基因。【方法】分别采集人工授精后0、7、15和20 d的雌性梅花鹿血液样品,利用Illumina HiSeq TM 3000C测序平台进行转录组分析。对不同时期的血液样本进行主成分分析和组间表达相关性分析,鉴定梅花鹿早期妊娠的关键阶段,利用DESeq筛选各时期的差异表达基因(DEGs),并进行GO和KEGG功能分析以及蛋白互作网络构建。【结果】转录组测序结果显示,妊娠第15天时梅花鹿血液出现了转录高峰,比较组D7 vs D0、D15 vs D7、D20 vs D15分别筛选到181、996、265个DEGs。其中比较组D7 vs D0共筛选到ERAS、MET、KDR等7个关键基因。综合GO和KEGG功能富集结果显示,基因主要富集在细胞对刺激的响应、信号转导等生物过程,以及PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等通路中;比较组D15 vs D7共筛选到HRAS、HIF 1A、MAPK 1、JAK 1等10个关键基因,主要富集在免疫系统进程、免疫反应、趋化因子信号通路、C型凝集素受体信号通路等信号通路中;比较组D20 vs D15共筛选到MAPK 1、MMP 2等4个关键基因,主要富集在雌激素信号通路和松弛素信号通路中。【结论】本研究分析了梅花鹿早期妊娠关键时间点血液转录组的动态表达,筛选到KDR、HRAS、MAPK 1、JAK 1等关键基因,为梅花鹿早期妊娠诊断标志物的挖掘提供参考。展开更多
文摘【目的】通过分析梅花鹿早期妊娠不同时期的血液转录组数据,筛选参与梅花鹿早期妊娠的关键基因。【方法】分别采集人工授精后0、7、15和20 d的雌性梅花鹿血液样品,利用Illumina HiSeq TM 3000C测序平台进行转录组分析。对不同时期的血液样本进行主成分分析和组间表达相关性分析,鉴定梅花鹿早期妊娠的关键阶段,利用DESeq筛选各时期的差异表达基因(DEGs),并进行GO和KEGG功能分析以及蛋白互作网络构建。【结果】转录组测序结果显示,妊娠第15天时梅花鹿血液出现了转录高峰,比较组D7 vs D0、D15 vs D7、D20 vs D15分别筛选到181、996、265个DEGs。其中比较组D7 vs D0共筛选到ERAS、MET、KDR等7个关键基因。综合GO和KEGG功能富集结果显示,基因主要富集在细胞对刺激的响应、信号转导等生物过程,以及PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等通路中;比较组D15 vs D7共筛选到HRAS、HIF 1A、MAPK 1、JAK 1等10个关键基因,主要富集在免疫系统进程、免疫反应、趋化因子信号通路、C型凝集素受体信号通路等信号通路中;比较组D20 vs D15共筛选到MAPK 1、MMP 2等4个关键基因,主要富集在雌激素信号通路和松弛素信号通路中。【结论】本研究分析了梅花鹿早期妊娠关键时间点血液转录组的动态表达,筛选到KDR、HRAS、MAPK 1、JAK 1等关键基因,为梅花鹿早期妊娠诊断标志物的挖掘提供参考。
